청구인이 양도한 쟁점토지의 양도가액에는 쟁점토지 지상의 건물 취득비용이 포함되어 있으므로 이를 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.6.13. OOO 대 366㎡(이하 “쟁점토지a”라 한다)를 AAA에게, OOO 대 189㎡(이하 “쟁점토지b”라 하고 쟁점토지a와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 BBB에게 각 양도하면서 2015.7.2. OOO가 한 화해권고결정(OOO 건물철거 등, 이하 “이 건 화해권고결정”이라 한다)에 따라 청구인이 AAA 및 BBB에게 지급할 쟁점토지 지상의 건물 3개동(단독주택 72.73㎡, 근린생활시설 57.18㎡, 단독주택 44.39㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)의 가액 OOO원(이하 “쟁점건물의 취득비용”이라 한다)을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 계상하여 2016.8.1. 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점건물의 취득비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 공제한 것이 수익비용대응의 원칙에 부합하지 않는다고 보아 쟁점건물의 취득비용을 필요경비에서 제외하여 2022.4.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.9. 이의신청을 거쳐 2022.12.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 예전부터 소유하고 있었고, AAA와 BBB가 쟁점건물에 대하여 소유권보존등기를 하여 소유하고 있음에 따라 청구인은 쟁점토지에 대한 권리행사를 할 수 없어 2013.6.14. AAA와 BBB를 피고로 하여 건물철거 등 소송(OOO)를 제기하였고 이에 OOO는 2015.7.2. 이 건 화해권고결정을 하여 소송이 마무리되었다. 이 건 화해권고결정에 따라 청구인은 쟁점건물의 취득비용을 AAA와 BBB에게 지급할 의무가 발생하였으나 청구인의 자금 사정상 쟁점토지를 먼저 양도한 후 그 양도대금으로 쟁점건물의 취득비용을 AAA와 BBB에게 지급할 생각이었다. 그때 마침 AAA와 BBB가 쟁점토지를 매수할 의사를 밝힘에 따라 청구인은 쟁점토지를 이들에게 양도하기로 하면서 2016.3.8. 쟁점토지에 관한 매매계약서(이하 “이 건 매매계약서”라 한다)를 작성하였다. 이 건 매매계약서의 계약내용에 따르면 청구인은 쟁점토지의 잔금을 지급받을 때 쟁점건물의 취득비용을 공제한 나머지 금액만 지급받음으로써 잔금지급을 완결하는 것으로 하였는데 청구인이 쟁점토지를 양도함에 따라 실제로 지급받은 금액은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지 매각에 따라 실제 지급받은 금액 ㅇㅇㅇ 이 건 매매계약서 기재 양도가액에 쟁점건물의 취득비용이 포함되지 않은 이유는 AAA와 BBB가 쟁점토지의 매수자이자 동시에 쟁점건물의 소유자이므로 청구인이 쟁점건물에 대하여 소유권이전등기를 받아 쟁점토지와 합하여 AAA와 BBB에게 매각하고 다시 이들에게 쟁점건물의 소유권이전등기를 마쳐 줄 실익이 없었기 때문에 이를 생략하고 잔금수령 시 이를 정산하기로 한 것에 기인한 것이다. 처분청은 청구인이 잔금을 지급받을 때 쟁점건물의 취득비용을 지급한 것으로 보았고 AAA와 BBB는 쟁점건물을 다시 취득하면서 청구인에게 미지급한 것으로 보았으나 만약 처분청 의견대로라면 청구인은 현재까지도 AAA와 BBB로부터 받아야 금액(쟁점건물의 취득비용)이 존재하게 된다. 그러나 청구인은 쟁점토지 잔금을 지급받음과 동시에 AAA와 BBB로부터 더 받아야 할 금액은 남아 있지 아니하다. 또한 AAA와 BBB는 이 건 매매계약서 상 매매가액에는 쟁점건물의 취득비용이 포함되어 있다는 거래사실확인서를 제출하였다. 따라서 처분청이 쟁점건물의 취득비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 인정하지 아니하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지에 대한 잔금을 받을 때 쟁점건물의 취득비용을 차감하고 수령하였으므로 쟁점토지의 매매대금에는 쟁점건물의 취득비용이 포함된 것이고 이 건 매매계약서에 쟁점건물의 취득비용을 포함하지 않은 이유는 실익이 없고 번거롭기 때문에 생략하고 정산한 것이라고 주장하나, 이러한 청구주장은 쟁점건물의 취득비용과 양도가액이 동일하여 양도차익이 없다는 사실과는 별개로 쟁점건물의 미등기 이전 및 양도소득세를 신고하지 아니한 것이 되며, 쟁점건물의 취득비용으로 지급(쟁점토지의 양도대금에서 차감)한 금액을 양도가액에는 포함하지 않고 필요경비(취득가액)에만 산입하는 것이 되어 이는 수익비용대응의 원칙에 어긋나는 것이고, 이 건 매매계약서 상의 양도가액에서 쟁점건물의 취득비용을 공제하면 쟁점토지의 기준시가에도 미달하므로 정상적인 거래가액으로 보기 어렵다. 쟁점토지의 매매계약은 이 건 화해권고결정을 바탕으로 이루어진 것이며 쟁점건물에 대한 대금 역시 같은 결정에 따라 정해진 금액이고 이는 2013.7.19.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기 절차를 이행하는 대가임이 명시되어 있어 쟁점건물의 취득비용은 쟁점건물 매매를 전제로 하고 있다 할 것이고, 이 건 매매계약서의 특약 및 합의사항에서 AAA가 점유하던 토지의 감정가 OOO원, 건물 보상가액 OOO원 및 BBB가 점유하던 토지의 감정가액 OOO원, 건물 보상가액 OOO원임을 확인하고 있고 쟁점토지 전체 양도가액 OOO원과 쟁점토지의 감정가액이 일치하므로 매매대상 물건은 쟁점토지로 한정하고 있음이 명확하다. 따라서 처분청이 쟁점건물의 취득비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 인정하지 아니하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도가액에 쟁점건물의 취득비용이 포함되어 있으므로 동 비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제92조(양도소득과세표준의 계산) ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 “양도소득과세표준”이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 (3) 소득세법 시행규칙 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 쟁점토지를 소유하고 있던 중 AAA는 쟁점토지a 지상에 단층주택 및 근린생활시설(쟁점주택 일부)을 신축하여 1999.6.23. 소유권보존등기를 하였으며, BBB는 쟁점토지b 지상에 단층주택(쟁점주택 일부)을 신축하고 2011.4.6. 소유권보존등기를 하였다. (나) 청구인은 쟁점토지에 대한 권리를 행사하기 위하여 AAA와 BBB를 피고로 하여 쟁점토지 임대차 계약 해지에 따른 토지 인도 청구 등 소송(OOO 건물철거 등)을 2013.6.14. 제기하였고, 이에 법원이 2015.7.2. 화해권고결정을 하여 소송이 마무리되었으며 그 결정내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (다) 위 소송 과정에서 OOO의 의뢰로 쟁점건물 및 쟁점토지에 대한 감정평가가 진행되었고 그 결과 아래 <표2>, <표3>과 같이 감정평가되었다. <표2> 쟁점건물에 대한 감정평가 명세표 ㅇㅇㅇ <표3> 쟁점토지에 대한 감정평가 명세표 ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 쟁점토지를 쟁점건물 소유자인 AAA와 BBB에게 양도하기로 하고 2016.3.8. 아래 <표4>, <표5>와 같은 매매계약서(이 건 매매계약서)를 작성하였다. <표4> 쟁점토지a에 대한 매매계약서 ㅇㅇㅇ <표5> 쟁점토지b에 대한 매매계약서 ㅇㅇㅇ (마) AAA와 BBB가 2022.8.4. 작성한 거래사실확인서에는 쟁점토지 매매대금에 쟁점토지와 쟁점건물이 포함된 금액이라고 기재되어 있다. (바) 국토교통부 부동산공시알리미에서 조회된 쟁점토지 양도당시(2016.1.1. 기준) 개별공시지가는 1㎡당 OOO원이며, 이를 기준하여 산정한 쟁점토지(555㎡)의 개별공시지가는 OOO원이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도가액(OOO원)에 쟁점토지 지상에 존재하는 쟁점건물의 취득비용(OOO원)이 포함되어 있으므로 동 비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 이 건의 경우 청구인이 2013.6.14. 쟁점토지에 대한 권리를 행사하기 위하여 AAA와 BBB를 피고로 하여 쟁점토지 임대차 계약 해지에 따른 토지 인도 청구 등 소송(OOO 건물철거 등)을 제기한데 대하여 법원이 2015.7.2. 화해권고결정을 하여 소송이 마무리되었는데 이 과정에서 진행된 감정평가 결과 쟁점건물의 감정평가액은 OOO원으로, 쟁점토지의 감정평가액은 OOO원으로 각 평가되었고 동 금액은 청구인이 주장하는 필요경비 즉 쟁점건물의 취득비용(OOO원)과 쟁점토지의 양도가액(OOO원)과 동일하거나 유사하며 2016.1.1. 기준으로 산정한 쟁점토지의 개별공시지가도 OOO원(1㎡당 OOO원×555㎡)으로 나타나는바, 청구주장에 따르면 감정평가액(OOO)이나 개별공시지가(OOO원)에도 훨씬 못미치는 금액인 OOO원(OOO원-OOO원)만 지급받고 쟁점토지를 양도한 것이 되는데 이렇듯 청구인이 쟁점토지를 시가(감정가액)보다 저가에 양도할 특별한 이유가 없어 보이고 청구인 스스로도 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 주장하고 있으므로 쟁점토지의 양도가액을 OOO원(청구인 실 수령액)으로 보기도 어렵다. 그렇다면 쟁점토지의 양도가액은 청구인이 AAA․BBB와 체결한 쟁점토지 매매계약서 상 매매가액인 OOO원으로 보아야 하는데 동 금액은 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 매매가액만이 해당되고 쟁점건물의 취득가액이 포함되어 있다고 볼 수 없다. 즉 청구인은 이 건 화해권고결정에 따라 쟁점건물을 AAA․BBB로부터 취득하였다가 쟁점토지와 함께 다시 양도한 것으로 볼 수 있는데 그렇다면 청구인이 쟁점건물을 취득함에 따라 AAA․BBB에게 지급하여야 할 쟁점건물의 취득비용과 청구인이 쟁점건물을 양도함에 따라 AAA․BBB에 지급하여야 할 양도대가는 상계된 것이므로 청구인이 또다시 쟁점건물의 취득비용을 쟁점토지의 양도가액에서 차감하는 것은 일반적인 상거래 관행과는 거리가 있어 보인다. 따라서 청구인은 2016.6.13. 쟁점건물을 제외한 쟁점토지만을 AAA․BBB에게 OOO원에 양도한 것이므로 비록 청구인이 쟁점건물의 취득비용 명목으로 OOO원을 차감하고 OOO원만 수령하였다고 하더라도 쟁점건물의 취득비용을 쟁점토지 양도소득의 필요경비로 인정할 수는 없다 할 것이어서 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.