조세심판원 심판청구 법인세

쟁점금액은 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하므로 경정청구 거부처분을 취소해달라는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023인0501 선고일 2023-10-24 조세심판원

[요지] 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우에는 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임은 감액경정청구를 하는 납세의무자에게 있음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. OOO(이하 “AAA”라 한다)는 OOO에 본점을 두고 국제항공운송업 등을 영위하는 회사이고, 청구법인은 1989년 사업자등록한 AAA의 국내지점이다.
  • 나. AAA는 3개월에 한 번씩 청구법인을 비롯한 각 지점에 해외항공운송용역과 관련하여 발생한 총 비용 중 각 지점에 배분할 비용을 기재한 ‘Uplift Report’를 송부하여 왔고, 청구법인은 AAA가 송부한 Uplift Report상 금액을 청구법인의 해외화물운송용역의 영세율 과세표준에 포함하여 신고하여 왔으나, 2020년 제1․2기분 부가가치세 신고당시 OOO 금액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과세표준에서 누락하여 신고하였다가 2021.4.22. 수정신고시 당초 신고누락되었던 쟁점금액을 영세율 과세표준에 포함시키고 OOO와 같이 2020년 제1․2기분 부가가치세(영세율 과세표준 신고불성실가산세) 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 다. 청구법인은 2022.3.15. 쟁점금액은 AAA의 매출이므로 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.9.13. 이를 입증할 증빙이 제출되지 아니하였다는 이유로 이를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) Uplift Report는 AAA가 본인이 지출한 비용을 관리회계목적으로 청구법인을 포함한 전 세계 각 지점에 배분할 목적으로 작성한 것에 불과한데, 청구법인은 이를 착오로 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한 것이므로 이를 제외하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. (가) 청구법인은 AAA 한국법인과 용역계약을 체결하고 AAA 한국법인에게 하역서비스 및 창고보관 서비스 등을 제공하고 있다. 청구법인은 AAA와는 어떠한 거래관계 없이 그 지점으로서 AAA가 대한민국에서 항공화물운송업을 영위함에 있어서 도움을 제공할 목적으로 ① AAA가 소유하는 항공기들에 운송대상인 화물을 적재 또는 하역하거나, ② 항공기 유지 등의 업무를 수행하는 등 AAA가 한국에서 관련 물류운송 용역을 국외에 제공하는데 도움을 주는 업무를 수행하고 있다. 그 외에 청구법인과 AAA 한국법인은 별도의 용역계약을 체결하고 청구법인이 AAA 한국법인에게 허브운영 서비스(인력서비스, 임대서비스, 자재구매 서비스 등), 에어램프 운영서비스, 지상조업 서비스, 수리 및 유지보수 서비스, 보안서비스(경비 및 보안검색 등) 등을 제공하고 그 대가로 실제 지출한 비용의 OOO를 지급받기로 약정하였다. 청구법인은 법인세 신고시 AAA 한국법인에 대한 매출을 청구법인의 영업외수익(잡이익)으로 계상하여 신고하였는데, 2020사업연도의 경우 해당 금액은 OOO원이다. 청구법인은 이에 대하여 매출세금계산서를 발행하였고 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하여 신고하였다. (나) 청구법인은 AAA에 쟁점금액과 관련된 재화나 용역을 공급하지 아니하였고 그에 대한 대가를 수령한 사실도 없다. Uplift Report는 AAA가 내부적으로 각 국가별로 지출된 비용을 배분하여 관리할 목적으로 유류비, 소모품비, 승무원 인건비 등 지출한 비용들 중에 한국지점으로 배분할 비용을 집계하여 청구법인에게 송부한 것이고, 이와 관련하여 세금계산서를 발급하거나 대금수수가 이루어지지 아니하였다. 부가가치세법 제12조 제2항은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것을 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 대가를 지급받지 아니한 이상 이를 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급으로 볼 수 없다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 30여년 이상 부가가치세 및 법인세를 신고하면서 지속적으로 해외항공운송용역 매출․매입을 과세표준에 포함하여 신고․납부하여 오고 있고, 이 건 부가가치세 수정신고 역시 해외항공운송용역 매출을 영세율 매출에 포함하여 신고한 것으로 확인된다. 청구법인은 돌연 이 건 경정청구를 통해 청구법인이 해외항공운송용역 매출․매입과 관련된 용역을 공급한 사실이 없으므로 이는 청구법인의 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점금액이 청구법인이 아닌 AAA의 매출 또는 매입이라는 점, 청구법인은 관련된 용역을 제공한 사실이 없다는 점 등을 객관적으로 입증할 수 있는 증빙(해외항공운송수입 매출액 및 매출원가의 계정별 원장, 관련 전표, 계약서, 잡이익․잡손실로 계상한 특수관계법인과의 거래내역과 관련된 계정별 원장 등)이 제출되지 아니하여 이를 확인할 수 없었다. 감액경정청구를 하는 납세의무자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 사실을 객관적으로 뒷받침할 자료를 제시함으로써 자신이 정당한 청구권자라는 점과 감액을 구하는 과세표준과 세액이 정당함을 주장·증명하여야 하는바, 이에 대한 증명 없이 이루어진 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점금액은 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하므로 경정청구 거부처분을 취소해달라는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1989년 법인 설립 후 현재까지 30여년 이상 AAA가 송부한 Uplift Report상 금액을 청구법인의 해외화물운송용역 영세율 과세표준에 포함하여 신고하여 왔으나, 2020년 제1․2기분 부가가치세 신고당시 OOO 금액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과세표준에서 누락하여 신고하였다가 2021.4.22. 수정신고시 당초 누락되었던 쟁점금액을 영세율 과세표준에 포함시키고 OOO와 같이 2020년 제1․2기분 부가가치세(영세율 과세표준 신고불성실가산세) 합계 OOO원을 신고․납부하였다. (가) 청구법인의 2020년 제1기․제2기 부가가치세 수정신고 내역은 OOO와 같다. (나) 청구법인이 제출한 ‘OOO(국내 총수익 계산)’에 의하면 Uplift report와 관련된 청구법인의 비용은 ‘AAA 전체 비용 중 청구법인이 차지하는 비율’에 따라 계산되는데, 2020년의 경우 AAA 전체에서 청구법인이 차지하는 비율은 비용을 기준으로 계산하였을 때 OOO로 계산되었다. (다) 청구법인의 2020사업연도 법인세 신고서(표준손익계산서)에 의하면 청구법인은 해외항공운송용역에 대한 운송원가를 OOO원, 운송수입을 OOO원, 그에 대한 손익을 OOO원(OOO)으로 하여 신고한 사실이 확인된다. (라) 그 외에 AAA 한국법인에 대한 매출을 영업외수익(잡이익) OOO원, 그에 대한 비용을 잡손실 OOO원으로 계상하고, 이를 특수관계법인에 대한 매출/매입으로 신고한 것으로 보인다.

1. 청구법인이 2020사업연도 법인세 신고시 첨부한 특수관계인간 거래명세서에 의하면, 특수관계법인 매출은 OOO원으로 잡이익으로 계상한 금액보다 약간 적고, 특수관계법인 매입은 OOO원으로 잡손실로 계상한 금액과 일치한다.

2. 청구법인과 AAA 한국법인간 2016.1.1. 체결된 ‘Service Agreement’를 제출하였다.

3. 청구법인은 위 Service Agreement에 따라 AAA 한국법인에게 허브운영서비스(인력서비스, 임대서비스, 자재구매서비스 등), 에어 램프 운영 서비스, 지상 조업 서비스, 수리 및 유지보수 서비스, 보안 서비스(경비 및 보안검색 등) 등을 제공하고, 업무에 소요되는 비용의 OOO 및 그에 대한 부가가치세를 지급받기로 약정하였다.

4. 청구법인에게 잡이익․잡손실의 구체적 내역(청구주장과 같이 해외항공운송용역 매출인지 여부 등)을 확인하기 위해 해당 계정과목의 계정별원장의 제출을 요청하였으나 제출하지 아니하였고, 잡이익 계정과목에는 경영진 급여, 허브(hub) 운영과 관련하여 발생한 손익 및 이익, 운항비 계정 재분류로 인하여 발생한 손실 및 이익이 포함되어 있다고 주장하며 ‘OOO’라는 영문파일을 제출하였다. (마) 청구법인은 AAA로부터 인천공항에서 출발한 항공기들이 지출한 유류비․소모품비․승무원 급여 등 지점별 비용 배분금액이 기재된 Uplift Report를 송부 받아왔고, 청구법인은 AAA가 송부한 Uplift Report상 금액(지점별 비용 배분금액)을 해외화물운송용역의 영세율 과세표준에 포함하여 신고하여 왔다.

1. 청구법인은 2020년도 Uplift Report의 출력물과 그 산정방법 등이 담긴 Segment costing 관련 설명자료, Korea Package Uplift Report 작성방법․산정내역 등을 제출하였고, Uplift Report 금액을 부가가치세 과세기간별로 정리하면 OOO와 같다.

2. 제출된 Segment costing 관련 설명자료 및 Korea Package Uplift Report 작성방법․산정내역 등은 AAA와 각 지점들간에 약정된 비용의 배분 기준에 관한 자료들로 보인다.

  • 가) Segment costing(부문비용 프로세스)
  • 나) 청구법인이 제출한 Korea Package Uplift Report 작성방법․산정내역에 의하면, ‘Korea Package Uplift Report’는 AAA로부터 해당 사업연도의 Uplift Report를 송부받은 이후 Uplift Report에 기재된 항공편들 중에서 출발점이 OOO인 항공편들만을 분류한 후 그 내역에 대하여 ‘Airfeed Cost’열을 중심으로 Pivot Tab을 작성하여 매 해당 항공기들의 월별 ‘Total Airfeed Cost’를 도출하고, 이러한 과정을 반복하여 최종적인 Korea package Uplift Report를 작성한다고 기재되어 있다.
  • 다) AAA 담당임원(BBB) 진술서(번역)

(2) 청구법인은 2022.3.15. 쟁점금액은 AAA의 매출 또는 매입이므로 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다는 취지로 경정청구를 제기하였다. (가) 청구법인이 경정청구 당시 제출한 증빙은 AAA에서 청구법인에게 송부한 이메일과 해당 메일에 첨부되었던 Uplift Report 출력물, 두 가지에 불과한 것으로 확인된다. (나) 이 건 심판청구 당시 청구법인은 AAA가 청구법인에게 송부한 이메일, Uplift Report 출력본, 경정청구신고서, 거부통지서, AAA의 Segment costing 관련 설명자료(AAA의 지점별 비용배분의 기준에 관한 내용), Korea Package Uplift Report 작성방법․산정내역, AAA 담당임원 진술서(영문)․번역본 등을 제출하였다. (다) 조사관실은 해외항공운송용역 매출액이 AAA의 매출인지 여부를 확인하기 위해 해외항공운송용역 매출액․매출원가의 계정별 원장, 청구법인이 잡이익․잡손실로 계상한 특수관계법인과의 거래내역과 관련된 계정별 원장 등의 제출을 지속적으로 요청하였으나, 청구법인은 이를 제출하지 아니하였으며 표준손익계산서, 시산표 등의 제출로 대신하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점금액은 AAA의 매출임에도 이를 착오로 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한 것이므로 이를 제외하여야 함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우에는 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임은 감액경정청구를 하는 납세의무자에게 있는바, 청구법인은 1989년 법인 설립 후 현재까지 최소 30여년 이상 AAA가 송부한 Uplift Report상 금액(비용)을 부가가치세 신고시 영세율 과세표준에 포함하여 신고하여 오다가 2020년 제1․2기분 부가가치세 신고분에 대하여 이를 부가가치세 과세표준에서 제외하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였고, 쟁점금액이 청구법인이 아닌 AAA의 매출에 해당한다는 점을 입증할 증빙을 제출하지 아니한 점, 청구법인은 단순히 착오로 쟁점금액을 부가가치세 및 법인세 신고시 과세표준(매출)에 포함하였고 쟁점금액에 대한 대가를 지급받지 아니하였다고 주장하나, 청구법인의 2020사업연도 법인세 신고서에 의하면 해외항공운송수입의 매출액(OOO원)과 매출원가(OOO원)가 서로 다르게 기재되어 있는 것을 확인할 수 있는바, 청구법인은 Uplift Report상 지점별 비용배분금액을 매출원가로 보고 ‘지점별 수익을 해당 원가에 가산’하여 매출액을 계산하고 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 AAA가 소유하는 항공기들에 운송대상인 화물을 적재 또는 하역하거나 항공기 유지 등의 업무를 수행하는 등 AAA가 한국에서 관련 물류운송 용역을 국외에 제공하는데 도움을 주는 업무를 수행하였음을 인정하면서도 이는 AAA 한국법인과 2016.1.1. ‘Service Agreement’를 체결함에 따라 AAA 한국법인에게 해외항공운송용역을 제공한 것이라고 주장하나, 해외항공운송용역의 계약 주체는 AAA와 화주인바 청구법인이 해외항공운송용역 계약의 주체가 아닌 AAA 한국법인에게 해당 용역을 제공하였다는 점을 이해하기 어렵고, 제출된 ‘Service Agreement’에 의하더라도 청구법인이 해당 계약에 따라 AAA 한국법인에게 제공하는 용역은 허브운영서비스, 에어 램프 운영 서비스, 지상 조업 서비스, 수리 및 유지보수 서비스, 보안 서비스 등으로 기재되어 있어 이를 해외항공운송용역으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 착오로 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였다는 청구주장은 사실과 다른 것으로 보이고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제22조의2[수정신고의 효력] ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

(2) 국세기본법 시행규칙 제12조의2[경정 등의 청구] 영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2서식의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다.

(3) 부가가치세법 제12조[용역 공급의 특례] ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)