[요지] 청구인이 쟁점토지의 지목변경에 실제 소요된 비용을 객관적으로 확인할 수 있는 금융거래내역, 장부, 공사도급계약서 등의 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 이상 쟁점토지의 취득세 과세표준 만으로 쟁점공사비용이 실제 지출되었다고 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 쟁점공사비용을 필요경비로 부인하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 청구인이 쟁점토지의 지목변경에 실제 소요된 비용을 객관적으로 확인할 수 있는 금융거래내역, 장부, 공사도급계약서 등의 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 이상 쟁점토지의 취득세 과세표준 만으로 쟁점공사비용이 실제 지출되었다고 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 쟁점공사비용을 필요경비로 부인하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2021중5844
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 2000년경 쟁점토지를 자동차운전학원 시설로 사용하기 위해서 지목을 전에서 잡종지로 변경하면서 성토공사, 콘크리트 및 아스콘 포장공사, 조경공사, 주행시험을 위한 코스시설공사 등(이하 “쟁점공사”라 한다)을 하고, 2000.7.7. 쟁점공사가 완료됨에 따라 2층 건물을 포함한 쟁점토지를 자동차운전학원으로 사용하였다.
(2) 청구인은 2000.11.30. 쟁점토지의 지목이 변경됨에 따라 쟁점공사비용 OOO원과 농지전용부담금 등 OOO원을 합한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원을 납부하였다. (가) 처분청은 쟁점공사비용이 장부 등에 의하여 입증되지 않아 실제 소요된 비용으로 인정할 수 없다는 의견이나, 지방세법 시행령(2001.1.1. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제82조 등에 따르면 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 지목변경공사 전과 후의 시가표준액의 차이 또는 실제 소요된 비용으로 하도록 되어 있는바, 쟁점토지의 지목변경 전과 후의 개별공시지가 차액은 OOO원[= OOO원(지목변경 후 개별공시지가) - OOO원(지목변경전 개별공시지가) × 7,005㎡]으로 청구인이 취득세 과세표준으로 신고한 OOO원과 다름을 알 수 있어, 이는 청구인이 개별공시지가의 차액이 아닌, 실제 소요된 쟁점공사비용으로 취득세를 신고하였다는 반증이다. OOO (나) OOO 등이 2021.11.3. 쟁점토지를 수용하면서 쟁점공사(아스콘 포장공사 등)를 포함하여 손실보상금액을 지급하였으므로, 쟁점공사가 양도가액을 구성하고 있다고 보는 것이 타당하고, 이에 따라 쟁점공사비용 또한 필요경비로 인정해야 한다.
(3) 조세심판원은 2002년 토지 및 지상건물을 리모델링하고 2020년에 양도하면서, 구체적인 증빙이 없는 리모델링비를 자본적지출로 볼 수 있는지 여부에 대해, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 소득세법 시행령 부칙 제11조와 제24조에서는 개정규정의 시행일(2016.2.17.) 이전에 자본적지출액에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 하고 있고, 쟁점리모델링비를 지출한 뒤 19년여가 경과된 시점에서 청구인에게 구체적인 증빙을 요구하는 것은 사회통념상 무리라고 보이는 점, 복식부기의무자로서 쟁점리모델링비를 자본적지출로 보아 쟁점건물 가액에 가산하여 회계처리한 뒤 2018년까지 쟁점건물의 감가상각비를 임대소득의 필요경비로 공제하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였고 처분청이 이에 대하여 달리 경정한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점리모델링비를 쟁점부동산의 기타필요경비에서 부인하여 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 있다고 판단된다고 결정한 바 있다(조심 2021중5844, 2022.1.13. 참고).
(1) 청구인은 쟁점공사비용이 쟁점토지의 지목변경을 위해 지출한 비용이라고 주장하고 있으나, 이를 뒷받침할만한 공사계약서, 금융거래내역, 장부 등 증빙자료를 제시하지 못하고 있다.
(2) 처분청은 청구인이 쟁점공사비용이 지출되었음을 입증하지 못하자 2022.8.5. OOO구청장에게 쟁점토지의 지목변경에 따라 청구인이 납부한 취득세 신고서 등 첨부서류의 사본과 과세표준을 요청하였지만, OOO구청장은 2022.8.10. 청구인의 신고서 등은 확인할 수 없다며 청구인이 제출한 지방세 세목별 과세증명서만 회신하여, 취득세 과세표준이 지목변경 전·후의 시가표준액의 차액인지, 실제 소요된 비용인지 확인할 수 없었다.
(3) 지방세법 시행령 제82조 등에 따르면 지목변경에 대한 취득세 과세표준은 지목이 변경된 후의 개별공시지가에서 변경되기 전의 개별공시지가의 차액으로 계산하거나, 판결문·법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 하도록 되어 있는데, 청구인은 쟁점공사비용이 실제 소요된 비용임을 입증하지 못하면서도 막연히 실제 지출한 비용이라고 주장만 하고 있다.
3. 심리 및 판단
(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 이 건 경정청구 당시 농지전용부담금 등 OOO원을 중복 계산하여 청구하였으므로, 처분청의 필요경비 부인금액 중 이를 제외한 나머지 쟁점공사비용(OOO원)을 필요경비로 인정해 달라는 취지의 청구이유서를 제출하였다. (나) 쟁점공사비용 외에 농지전용부담금 등 OOO원은 필요경비에 해당한다는데 대한 양측의 이견은 없다. (다) 청구인은 아래와 같이 OOO구청장에게 2000.7.1. 쟁점토지상의 건축물 사용승인신청을 하고 2000.7.7. 이를 승인받았다. OOO (라) 쟁점토지의 지목변경 전·후의 개별공시지가는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점토지의 개별공시지가 OOO (마) 청구인은 2000.6.30. 쟁점토지를 형질변경하고 건축허가를 받았음을 증명하는 감리의견서를 제출하였다. OOO (바) 청구인이 제출한 지방세 세목별 과세증명서에 따르면 청구인은 2000.11.30. 과세표준액을 OOO원으로하여 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 OOO원을 납부하였는데, 위 과세표준액은 판결문, 장부 등에 의하여 실제 지목변경에 소요된 비용임이 입증되지는 않는다. (사) 청구인은 이 건 심판청구를 하면서 쟁점공사비용이 실제 지출되었음을 입증할 수 있는 장부, 금융거래내역, 영수증 등을 제출하지 못하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 지목 변경에 실제 소요된 비용을 과세표준으로 하여 취득세를 납부하였으므로 이를 자본적지출로 보아 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 등, 같은 뜻임)인 바, 청구인이 쟁점토지의 지목변경에 실제 소요된 비용을 객관적으로 확인할 수 있는 금융거래내역, 장부, 공사도급계약서 등의 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 이상 쟁점토지의 취득세 과세표준만으로 쟁점공사비용이 실제 지출되었다고 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 쟁점공사비용을 필요경비 부인하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과부가가치세법제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다) 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
(3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조【양도자산의 필요경비】③법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)
(4) 지방세법(2001.1.1. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
1. 토지에 대한 시가표준액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장ㆍ군수가 동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가액토지가격비준표를 사용하여 측정한 가액을 말한다)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액
2. 토지외의 과세대상에 대한 시가표준액은 대통령령이 정하는 가액
③ 건축물을 증축한 경우 또는 건축물의 개축과 대통령령이 정하는 선박ㆍ거량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그 증축에 소요되는 금액 또는 개축과 종류변경이나 지목변경으로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
(5) 지방세법 시행령(2001.1.1. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제82조【토지의 지목변경에 대한 과세표준액】법 제111조 제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경전의 시가표준액과 지목변경후의 시가표준액(지목변경후의 개별공시지가가 결정고시되지 아니한 때에는 지방자치단체의 장이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 평가한 가액에 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액적용비율을 곱하여 산정한 가액을 말한다)의 차액으로 한다. 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문ㆍ법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다. 제82조의2【취득가격의 입증등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서