쟁점인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과하고 동 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

[주 문]

1. 마포세무서장이 2023.3.8. 청구법인에게 한 2019년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지 처분은 청구법인의 사업소득 및 일용근로소득 신고금액 OOO원에 대하여 지급사유 및 최종 귀속자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액변동통지 금액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2010.1.21. 설립되어 부동산 개발 및 공급업을 영위하고 있고, 2016.5.17. 서울특별시 마포구 OOO외 2필지의 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 약 OOO원에 취득(매매계약일 2015.11.20.)하여 주택 신축․분양사업을 진행하던 중 2019.4.30. a에게 매매가액 OOO원에 양도한 후, 2019사업연도에 사업과 관련한 급여(OOO원), 잡급(OOO원), 상여금(OOO원) 등 인건비 합계 OOO원을 손금으로 계상하여 2020.3.30. 2019사업연도 법인세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2022.10.1.〜2023.1.8. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 손익계산서상 인건비 계상금액 OOO원 중 대표이사 급여(OOO원)를 제외한 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)에 대하여 사업관련성이 없고, 그 귀속이 불분명한 가공인건비인 것으로 보아 손금에 불산입하여 2023.3.8. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정․고지하는 한편, 동 손금불산입 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.10. 이의신청을 거쳐 2023.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 세무조사과정에서 근로자(소득귀속 당사자)들이 각각 “근로 및 용역을 제공하고 인건비를 지급받았다”고 증언하고, 사실확인서를 제출하였는데도 처분청은 아무런 이유 없이 이를 묵살한 채 이 건 부과처분 등을 하였는바, 이는 국세기본법 제16조 의 근거과세 원칙을 위반한 위법한 처분이다. (가) 청구법인은 소득을 지급받은 당사자들에게 이 건 관련 근무사실 및 인건비 지급내용에 대하여 ‘확인서 및 진술서’로 생생한 증언을 받았고, 이를 서류로 작성․확인받은 후 은행계좌 입출금 내역을 포함하여 지출사실의 근거를 처분청에 제출한 사실이 있다. 또한 처분청에 조사 당시 당사자들에 대한 조사관계 서류 일체를 국세기본법 제16조 제4항 에 근거하여 복사 및 열람요청을 하였음에도 불구하고 처분청은 이를 거부하여 실체적 진실을 은폐하였다. (나) 쟁점인건비는 청구법인의 부득이한 자금사정으로 2016〜2019사업연도에 발생한 급여 등을 2019년에 지급한 것으로서 가공경비가 아니다. (2) 쟁점인건비는 실제 근로 또는 용역을 제공한 자들에게 금융계좌를 통해 지급한 정상적인 인건비로서 처분청이 명확한 근거 없이 이를 부인하는 것은 부당하다. (가) 이 건 인정상여 소득처분은 소득의 귀속이 전혀 불분명하지 않고, 지급된 인건비의 소득자가 부여된 업무를 이행하고, 그에 따라 각 사원의 은행계좌로 지급된 사실이 명확히 확인됨에도 불구하고, 쟁점인건비 전액을 가공인건비로 본 것은 과세근거가 없어 위법ㆍ부당하다. (나) 처분청은 청구법인의 대표이사 외에 “근무사원이 전혀 없다”고 하면서도 아무런 근거를 제시하지도 않았는데, 이는 국세기본법 제16조 의 근거과세 원칙을 위반한 것이다. (다) 청구법인에는 근무사원이 존재하고, 정상적인 업무를 집행하였음에도 처분청은 청구법인을 유령회사로 만들었다. 이는 마치 건물은 있는데 건축자재는 전혀 사용하지 않았다거나, 음식은 나왔는데 음식조리 및 서빙한 자는 전혀 없다는 것과 같은 상황이다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인에게 쟁점인건비(급여, 잡급 등 포함)로 계상한 OOO원에 대해, 장부·서류 등 자료제출요구서를 발송하여 근로소득자의 급여대장, 업무분장, 급여지급내역 등을 요청하고, 사업소득 등이 지급된 인적용역자에 대한 계약서, 용역의 내용, 사업소득 지급내역 등 근무사실을 입증할 수 있는 증빙서류 일체를 요청하였으나, 청구법인이 제출한 서류는 계약서, 계좌이체내역 등 객관적인 증빙 없이 청구법인의 대표자인 b이 수기로 작성한 “사업비용 지급사실 경위서” 1부뿐이었다. 제출한 경위서의 내용을 보면, 청구법인은 쟁점부동산을 취득 후 주상복합건물로 신축 및 분양하려고 하였으나, 임차인과의 분쟁으로 불발되었는데 당시 분양관련 업무와 임차인과의 분쟁을 해결하기 위해 임차인을 찾아다니는 등의 과정에서 발생된 용역비용이라고 기재되어 있다. 처분청은 이에 대해 분양계약서나 분양대금 거래내역, 임차인 관련 지출 등 경위서에 기재된 내용을 입증할 수 있는 증빙을 요구하였으나, 청구법인은 제출하지 않았다. (1) 또한 청구법인이 제출한 “요약서”에 따르면, 쟁점부동산 취득 당시 매매계약서를 쓰고 잔금 전에 매도자의 토지사용 동의서를 얻어 주상복합건물 미관심의 건축허가를 받아 일반공개분양을 하였고, 분양을 완료한 상태에서 잔금지급일에 임차인이 점포를 비워주지 않아 잔금을 치르고 쟁점부동산의 명의변경을 완료한 후에 임차인과의 소송이 계속되었다고 하였는데, 이러한 주장에 따르면 분양관련 업무나 임차인과의 분쟁으로 임차인을 찾아다니는 등의 용역비용의 발생 시점은 임차인과의 소송이 종료되고 쟁점부동산의 매도가 이루어진 2019사업연도에는 발생될 수 없는 내역이다. (2) 근로소득의 경우 소득자가 모두 대표자의 가족으로 근로계약서가 없고, 근무사실을 입증할 만한 결재문서나 출ㆍ퇴근 기록 등이 확인되지 않는 점, 출근할 만한 별도 근무공간이 없는 점 등에 비추어 통상적인 근로용역의 제공이 있었다고 볼 수 없으므로 대표자의 인건비 OOO원을 제외한 나머지 근로소득을 손금불산입하였고, 사업소득 및 일용소득 역시 관련 계약서 및 업무내용을 확인할 수 있는 증빙이 전혀 제시되지 않은 점, 청구법인이 주장하는 “사업비용 지급사실 경위서”에 기재된 업무의 내용 역시 객관적 증빙이 없고, 발생시점도 임차인과의 소송이 종료되고 쟁점부동산의 매도가 이루어진 2019사업연도에 발생될 수 없는 내용인 점 때문에 동 금액을 손금불산입하고 대표자 상여로 소득금액변동통지를 하였다.

• 가. 쟁 점 쟁점인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과하고 동 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. 이 경우 장부 및 증거서류 중 국제조세조정에 관한 법률 제16조 제4항 에 따라 과세당국이 납세의무자에게 제출하도록 요구할 수 있는 자료의 경우에는 소득세법 제6조 또는 법인세법 제9조 에 따른 납세지(소득세법 제9조 또는 법인세법 제10조 에 따라 국세청장이나 관할지방국세청장이 지정하는 납세지를 포함한다)에 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

③ 납세자는 제1항에 따른 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 대통령령으로 정하는 기준에 따라 자기테이프, 디스켓 또는 그 밖의 정보보존 장치에 보존하여야 한다.

(2) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 제112조(장부의 비치ㆍ기장) 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다. (3) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. 인건비[내국법인{ 조세특례제한법 시행령 제2조 에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 및 같은 영 제6조의4 제1항에 따른 중견기업으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다}이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다] 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 세무조사 조사종결보고서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자등록 기본사항 및 주주현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 사업자등록 기본사항 및 주주현황 (나) 청구법인의 쟁점부동산 취득 후, 사업진행 경과 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산 관련 일자별 주요 사실관계 (다) 청구법인의 법인세 신고내용 및 손익계산서 주요 항목은 아래 <표3>과 같다. <표3> 법인세 신고내용 및 손익계산서 주요 항목 (단위: 천원) (라) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점인건비를 포함하여 총 인건비 OOO원을 신고하였는데, 사업․근로․일용근로 소득신고 및 지급조서 제출내용과 청구법인 주장 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인 2019사업연도 인건비 신고 내용 (2) (3) 청구법인은 항변서에서 쟁점인건비가 실제 지출된 비용이라고 주장하며, 법인으로부터 대금을 지급받은 수령인들의 확인서 등을 제출하였는데, 주요내용 및 문서목록 등은 아래 <표5>와 같다. <표5> 제출 증거목록 및 확인서 등 (4) 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점인건비와 관련하여 청구법인이 지급근거 서류 등을 제출하지 아니하여 용역제공에 대한 근거서류가 없고, 그 지급시기도 사업내용에 비추어 신빙성이 없어 보인다는 이유로 이를 손금으로 인정하지 않았는데, 종결보고서에 기재된 조사내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 조사종결보고서 기재내용 (5) 청구법인이 제출한 금융거래내역을 보면, 쟁점인건비에 대하여 대부분 계좌이체 등으로 지급한 것으로 보이나, 처분청이 이와 관련하여 거래상대방에 대한 금융조사 및 거래사실조회 등을 실시하였는지 여부는 확인되지 아니한다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점인건비가 청구법인의 실제 경비인지에 대한 입증이 부족하고, 관련 장부 등을 보관하지 아니하여 쟁점인건비를 손금에 산입하지 아니하고 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다는 의견이다. (나) 법인세법제19조 제2항은 손금으로 인정되는 손비를 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있는바, 법인이 사업과 관련하여 지급한 인건비 등이 손금에 산입되기 위해서는 당해 근로자 또는 용역제공자 등이 실제로 업무를 수행하였다는 사실이 증명되어야 하고, 이 때 이에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 할 것이지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 할 것(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점인건비와 관련한 계약서 등을 제출하지 아니하였고, 해당 근로자 또는 용역수행자들이 청구법인의 업무와 관련한 용역을 제공하였다고 인정할 만한 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점, 청구법인은 쟁점인건비 중 상당액이 명도집행에 소요된 비용이라고 주장하나 그 지급시기(쟁점부동산을 양도한 후 지급)와 수령인들의 확인서 내용을 보면, 쟁점부동산의 임차인들에 대한 명도 관련 비용 또는 청구법인의 사업 관련 비용임이 불분명한 점 등에 비추어, 이를 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단된다. (다) 다만, 청구법인의 쟁점인건비 중 근로소득에 대해서는 소득자가 대표자의 가족 등인 것으로 나타나고 근로계약서가 확인되지 않았으며, 근무사실을 입증할 만한 결재서류나 출ㆍ퇴근 기록 등이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있겠으나, 그 외 청구법인이 외주용역비 등으로 신고한 금액의 경우 대부분을 계좌이체 등으로 지급한 사실이 확인되는 반면 처분청의 금융거래 조사내용 등은 확인되지 아니한 점, 청구법인은 동 인건비에 대하여 법인(원천)세 신고 및 지급조서 등을 제출하였고, 소득의 수령자들 또한 실지 용역 등을 제공하고 지급받은 대가라고 확인서를 작성․제출한 사실이 있는 점 등에 비추어, 해당 금액은 귀속이 불분명하다고 단정하기 어려우므로 쟁점인건비 중 근로소득 지급금액을 제외한 나머지 인건비에 대해서는 지급사유 및 최종 귀속자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 대표자 상여로 소득처분한 소득금액변동통지 금액을 경정함이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.