이 건 양도소득세 부과처분은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 권리를 침해하여 이루어진 것으로 위법하다는 청구주장의 당부 등

[주 문]

1. 영등포세무서장이 2023.5.31. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 성동구 OOO에 대한 청구인의 분담금 납입 내역 등의 자료를 토대로 양도차익 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2015.6.2. 서울특별시 성동구 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 양도소득세를 신고하지 않았다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세를 신고하지 아니한 것으로 보아 2023.5.31. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 이 건 양도소득세 부과처분은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 권리를 침해하여 이루어진 것으로 위법하다. (가) 양도소득세 무신고에 따른 부과제척기간은 2023.5.31.에 종료되는데, 처분청은 부과제척기간이 임박한 2023.3.30. 과세예고통지를 한 후 부과제척기간 종료일에 이 건 양도소득세를 고지하였다. (나) 국세기본법제81조의15에서 부과제척기간 만료일까지 3개월 이내 과세예고통지가 이루어진 경우 과세전적부심사 청구 대상에서 제외하도록 규정되어 있는데, 이는 과세관청이 별다른 사유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일이 임박하여 과세예고통지를 하는 경우에까지 적용된다고 볼 수는 없다.

(2) (예비적 청구) 처분청은 쟁점아파트의 양도시기를 매매계약서 상 잔금 지급 약정일인 2015.6.2.로 보아 2015년 귀속 양도소득세를 부과하였으나, 쟁점아파트의 양도시기는 2018.3.14.이고, 청구인은 주택재개발사업으로 신규아파트를 취득하였으므로, 과세기간과 양도차익 등을 재계산하여야 한다. (가) 청구인은 2015.6.2. 쟁점아파트의 잔금 중 OOO원만을 지급받았고, 매매대금지급 약정일까지 지급받은 금액은 모두 전세보증금으로 전환되었으며, 쟁점아파트의 소유권이 매수인에게 소유권이전등기된 2018.3.14. 전세보증금이 매매대금으로 대체되고, 나머지 잔금 OOO원이 지급됨에 따라 쟁점아파트가 양도되었다. (나) 설령 잔금지급일이 객관적으로 확인되지 않았다고 하더라도 쟁점아파트의 양도시기는 매수인에게 소유권이전등기가 된 2018년으로 봄이 타당하다. (다) 한편, 청구인은 분담금 OOO원을 납입하고 주택재개발사업 이후 신축아파트를 취득하였는데, 소득세법 시행령제166조 제2항 및 제5항에서는 신축아파트의 양도차익과 장기보유특별공제 계산방법을 별도로 규정하고 있으므로 이에 따라 과세표준과 세액을 재계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구인에게 기한 후 신고 안내서를 2022.7.29. 발송하여 청구인에게 자진신고를 안내하였으나, 청구인은 관련 자료 일체를 제출하지 않아 부과제척기간이 임박하여 이 건 양도소득세 과세예고통지서를 발송하였다.

(2) 청구인이 주장하는 잔금 OOO원은 잔금이 아니라 보관금의 성격이고, 쟁점아파트의 매수인은 전세 계약을 체결하고 실제 쟁점아파트에서 거주하였으므로 쟁점아파트의 양도시기는 2015년이다.

• 가. 쟁점

① 이 건 양도소득세 부과처분은 부과제척기간이 임박하여 이루어졌으므로 과세전적부심사를 청구할 수 있는 권리를 침해한 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

② 쟁점아파트의 양도시기는 2018년이고, 주택재개발사업에 따라 납입한 분담금을 반영하여 필요경비 및 장기보유특별공제액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(역외거래의 경우 10년간) 제81조의15【과세전적부심사】① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

(2) 소득세법 제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. (3) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다. 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점아파트 취득 관련 내역은 아래와 같다. (가) 청구인은 2004.4.22. 서울특별시 성동구 OOO(지분 106분의 34.78)를 OOO원에 취득하였다. (나) OOO주택재개발정비사업 진행에 따라 2007.6.28., 2009.12.3. 및 2018.2.6. 관리처분계획인가, 쟁점아파트의 사용승인 및 소유권보존등기가 각각 이루어졌다. (다) 청구인은 쟁점아파트의 조합원 분양가는 OOO원이고, 권리가액은 OOO원으로 기재되어 있는 조합원 분양 계약서와 청구인이 2010.3.3. 쟁점아파트의 잔금 OOO원(연체금 제외시 OOO원)을 납입하였다고 기재되어 있는 분양금 납부확인서를 제출하였다.

(2) 쟁점아파트 매매와 관련하여 청구인이 제출한 증빙자료는 아래와 같다. (가) 청구인은 a과 2015.4.13. 쟁점아파트를 OOO원에 양도하는 매매계약서(이하 “쟁점매매계약서”라 한다)를 작성하였는데, 쟁점매매계약서상 잔금(OOO원)의 지급시기는 2015.6.2.이다. (나) 쟁점매매계약서 상 특약사항에는 잔금일 이후 매수인이 조합원의 지위를 승계하고, 잔금과 동시에 매수인은 채권 보존을 위해 보증금 OOO원에 전세 계약으로 쟁점아파트에 입주하며, 잔금 중 OOO원을 매수인이 보관하다가 소유권이전등기가 가능한 날 이후 소유권이전등기 관련 서류와 잔금을 교환하는 것 등이 포함되어 있다. (다) 청구인은 2015.6.2. 및 2018.3.14. 매수자에게 쟁점아파트 매매대금 중 OOO원과 잔금 OOO원을 지급받았다고 기재되어 있는 영수증(2매)을 제출하였다.

(3) 이 건 양도소득세 과세예고통지 및 납세고지서 송달 등과 관련된 내역은 아래와 같다. (가) 처분청은 2022.7.28. 청구인에게 기한 후 신고 안내문을 발송하였고, 2023.3.30. 청구인에게 과세예고통지를 한 후 2023.5.31. 청구인에게 이 건 양도소득세 납세고지서를 교부송달하였다. (나) 처분청은 쟁점아파트의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로, 필요경비를 OOO원으로 하여 이 건 양도소득세를 부과하였는데, 그 상세내역은 아래 <표>와 같다. <표> 이 건 양도소득세 계산내역 (단위: 원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 우선, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 별다른 사유 없이 부과제척기간이 임박하여 이 건 양도소득세 과세예고통지를 하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분에 절차상 하자가 있다고 주장한다. 그러나, 청구인은 쟁점아파트를 양도하면서 양도소득세를 신고하지 아니한 점, 처분청은 2022.7.28. 청구인에게 기한 후 신고 안내를 하였으나, 청구인은 안내문을 전달받고도 이에 대한 해명자료를 제출하지 않은 점, 이에 따라 처분청은 2023.3.30. 이 건 양도소득세 과세예고통지서를 청구인에게 송달한 것인 점, 달리 처분청이 고의 또는 과실로 장기간 과세권을 행사하지 아니하였다고 볼만한 사정이 없어 보이는 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점아파트의 양도시기가 청구인이 잔금을 지급받은 2018년이고, 주택재개발조합에 납입한 분담금을 쟁점아파트의 취득가액에 반영하여야 하며, 주택재개발사업으로 취득한 신축주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나, 쟁점아파트의 매매계약서상 특약사항에 매수인은 청구인의 주택재개발사업의 조합원으로서의 권리와 의무를 인수하고, 채권 보존을 위하여 쟁점아파트에 대한 전세계약을 체결하여 쟁점아파트에 전입하며, 남은 잔금 OOO원은 소유권보존등기의 협조를 위하여 청구인이 보관하는 것으로 기재되어 있는바, 매수인은 잔금일(2015.6.2.) 이후 쟁점아파트의 소유권을 실질적으로 행사한 것으로 보이고, 잔금 OOO원은 소유권이전등기의 편의를 위한 보관금의 성격으로 보이는 점, 실제 청구인은 2015.6.2. 쟁점아파트의 매매대금의 대부분인 OOO원(약 96.5%)을 지급받았고, 소유권보존등기(2018.2.6.) 이후 잔금 청산 및 소유권이전등기(2018.3.14.)가 이루어진 점 등에 비추어, 쟁점아파트의 양도시기는 쟁점아파트의 소유권이 사실상 이전된 2015년이라고 봄이 합리적이라 하겠다. 다만, 청구인은 주택재개발사업에 따라 쟁점아파트를 취득하였고, 이 건 심판청구 당시 주택재개발조합에 분담금을 납부한 내역이 기재되어 있는 조합원 분양계약서와 분양금 납부확인서를 제출하였는데, 처분청은 이 건 양도소득세 부과처분 당시 이를 확인하지 못한 것으로 보이고, 쟁점아파트의 양도차익 산정 시 필요경비에 청구인이 납부한 분담금 등이 반영되어 있지 아니한 것으로 보이므로, 처분청은 청구인의 분담금 납입 내역 등을 재조사하고 소득세법 시행령제166조 제2항 및 제5항을 적용하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 2015년 귀속 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.