조특법§99의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적용시 신축주택에 대한 감면세액 계산방법의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1995.11.27. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 동 주택은 2001.4.28. 사업계획승인을 받은 후 재건축되었으며, 2005.1.28. 준공됨에 따라 청구인은 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였고, 2017.5.25. 매매가액 OOO원에 쟁점주택을 양도하였으며, 쟁점주택이 조세특례제한법(이하 “조세특례제한법”이라 한다) 제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 대상에 해당하는 것으로 보아, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 제1호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 아래와 같이 감면소득금액을 OOO원으로 계산하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다. <감면대상 소득금액 계산내역>
• 나. 청구인은 쟁점규정이 본법의 위임범위를 벗어나 위법하고, 쟁점규정 산식 중 분모의 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’를 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’로 하여 감면대상 소득금액을 계산하여야 하므로 청구인이 기신고한 양도소득세를 전액 환급하여야 한다는 취지로 2023.6.2. 처분청에게 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점규정에 따라 감면대상소득금액을 계산하여 신고한 당초 신고는 적정하다는 이유로 2023.6.16. 청구인에게 경정청구거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법(이하 “소득세법”이라 한다)상 개념과 다르게 조세특례제한법에서 새롭게 용어를 정의하였다면 조세특례제한법은 조세특례제한법상 정의된 용어의 개념으로 해석해야 하는 것임에도 불구하고 소득세법상 용어의 개념으로 조세특례제한법 및 같은 법 시행령을 해석하고 산식을 규정한다면 조세특례제한법상 규정과 일치하지 않는 여러 가지 문제가 발생할 수밖에 없다. 하지만, 소득세법상 신축주택의 양도소득 및 그 부수토지의 양도소득과 조세특례제한법상 신축주택의 양도소득을 대응관계로 인식하여 조세특례제한법상 신축주택의 기준시가로 배분하면 과세관청이 소득세법상 신축주택의 양도소득을 기간배분하는 개념으로 봄으로써 조세특례제한법 시행령의 산식에서 발생되었던 모든 문제점들이 해소된다. 조세특례제한법상 신축주택과 소득세법상 신축주택은 다른 개념이고 그 취득일 및 양도소득의 의미도 다르므로 서로 다른 것을 대응관계로 연결시켜야 함에도 불구하고 서로 다른 것을 같은 것으로 보아 시행령의 산식을 규정함으로써 이러한 문제가 발생된 것으로 판단되는바, 쟁점규정의 산식은 본법의 위임범위를 벗어났으므로 위법하고 이에 근거한 처분청의 경정청구 거분처분도 위법하다.
• 나. 처분청 의견 법령의 문언 및 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 신축주택의 경우에는 특례규정 및 계산식에 따라 ‘종전 주택 취득 당시 기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산함이 타당하다 할 것이므로 청구주장은 이유 없다.

(1) 청구인은 소득세법상 주택과 조세특례제한법상 신축주택의 개념상 차이가 있음에도 이 차이로 감면대상 양도소득금액 계산하는 것은 맞지 않다고 주장하나, 소득세법 제88조 는 주택에 대한 개념을 정의한 규정이고 감면적용 규정인 조세특례제한법 제99조의3 에서는 감면대상이 되는 신축주택을 규정한 것으로 두 법 규정은 비교 대상의 법 규정에 해당되지 않으므로 청구인의 주장은 논리에 맞지 않는다.

(2) 또한 청구인은 조세특례제한법상 신축주택과 소득세법상 신축주택을 동일한 것으로 오해하여 조세특례제한법상 신축주택의 양도소득을 소득세법상 신축주택의 양도소득 중 일부로 보아 산식을 규정한 시행령의 산식은 본법의 위임 범위를 벗어났고 이러한 위법한 산식에 근거한 경정청구거부처분은 당연 위법이라고 주장하나, 재개발․재건축을 통한 감면대상 주택 취득의 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 규정에 따르면 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상이 되는 양도소득금액 계산시 산식 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가로 명확히 규정하고 있다.

(3) 또한 청구인은 경정청구 감면대상소득금액 산정 시 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 은 제1호에서 취득일부터 5년이내에 양도하는 경우의 계산식을, 제2호에서 취득일로부터 5년 후에 양도하는 경우의 계산식을 규정하고 있는데, 위 각 호의 계산식에서는 재개발․재건축하여 취득한 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항목을 ‘종전 주택 취득당시 기준시가’를 적용하여 계산하도록 규정하고 있다.

(4) 위와 같이 조세특례제한법법 시행령 제99조의3 제2항이 신축주택을 신규로 취득하는 경우와 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 신축주택을 나누어, 후자에 대하여는 ‘종전주택 취득당시 기준시가’로 계산하도록 정하고 있는 것은 특례규정이 ‘신축주택의 신규수요 창출을 통한 건설경기 부양’을 목적으로 한 것이므로 이미 발생한 종전주택의 양도소득에 대한 세액을 감면하는 것은 신축주택의 신규수요 창출과 직접적인 관련성이 없기 때문이다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적용시 신축주택에 대한 감면세액 계산방법 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항 에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

2. 청산금을 지급받는 경우: 제1항 제2호에 따른 가액 (3) 조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 종전주택 취득 당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 (종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

(5) 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구인은 1995.11.27. 종전주택을 취득하였고, 종전주택은 2001.4.28. 사업계획승인인가를 받아 재건축되었으며, 2005.1.28. 준공됨에 따라 청구인은 쟁점주택을 취득하여 보유하다가 2017.5.25. 양도하였다. (나) 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 과세특례대상 신축주택에 해당하는지 여부에 대하여 양측의 다툼이 없다. (다) 청구인의 양도소득세 신고 내역 등에 나타나는 각 시점별 종전주택 및 쟁점주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 시점별 종전주택 및 쟁점주택의 기준시가 내역 (라) 대법원은 2014.12.11. 재개발․재건축의 경우 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 감면대상 양도소득에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 사이의 양도소득분을 제외하여야 하는지 여부를 다툰 사안에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 사이의 양도소득분을 감면대상 양도소득에서 제외할 수 없다는 취지로 판결(대법원 2014.12.11. 선고 2014두36105 판결)하였고, 이에 따라 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호) 및 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호)을 일부개정하여 감면대상 소득금액의 계산방법을 명확히 규정한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정의 산식이 본법의 위임범위를 벗어났으므로 위법하고 이에 근거한 처분청의 경정청구 거분처분도 위법하다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 과세특례 규정상 감면대상은 “해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.”고 규정하고 있는 바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 면제대상이라고 규정하지 아니하였고, 위 규정 신설의 입법취지가 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용함이 타당한 점, 대한민국 헌법 제107조 제2항은 명령ㆍ규칙이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 이 건 심리일 현재까지 쟁점규정에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 확인되지 않으므로 쟁점규정은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 쟁점규정이 위법ㆍ무효라는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵고, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.