[요지] 청구인들은 사업용부동산으로 쟁점부동산을 취득하여 장부에 계상 후 감가상각비를 필요경비에 반영하여 종합소득세를 신고해 온 점 청구인들이 쟁점부동산을 취득 후 취득세를 신고하면서 취득가액을 00억원으로 신고한 내역이 확인되고 99.5.14.자 감정평가서에 취득세 신고가액에 상당하는 00억원으로 쟁점부동산을 감정한 내역이 나타나는 것으로 보아 취득세 신고가액·감정평가가액과 장부상 취득가액이 유사한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들은 1999.3.31. 쟁점부동산을 취득하고 취득가액을 OOO원으로 하여 검인을 받아 취득세 및 등록세 OOO원을 납부하여 소유권이전등기를 경료하였으며, 쟁점사업장에 대한 사업자등록 후 쟁점부동산의 가액을 OOO원(쟁점장부가액)으로 하여 장부에 계상하고 부동산임대업을 영위하면서 감가상각비 등을 필요경비로 반영하여 2021년 귀속분까지 종합소득세를 신고하였다.
(2) 쟁점부동산 취득당시 법인이 아닌 개인이 부동산을 취득하여 취득세 등을 신고할 경우, 취득가액을 지방세 시가표준액 이상으로만 신고하면 되었기에 대부분 시가표준액을 과세표준으로 하여 신고하였는바, 담당세무사가 관행적으로 그 금액을 그대로 반영한 쟁점장부가액을 쟁점부동산의 실지거래가액으로 볼 수 없다. (가) 실가과세제도가 시행된 2006년 이후에는 실지거래가액이 확인되기 때문에 당연히 실지 거래가액을 장부가액에 반영하지만 그 이전에는 검인계약서나 실지거래계약서가 중요하지 않아 통상 기준시가로 계상하여 장부가액으로 기록하는 것이 일반적인 관행이었는바, 개인사업자인 청구인들이 종합소득세 신고시 쟁점부동산의 감가상각비를 필요경비로 반영하고 세무대리인의 조정을 거쳤다고 하여 쟁점장부가액이 당연히 실지취득가액이라고 할 수는 없다. (나) 쟁점부동산의 전소유자는 상당한 규모가 있는 법인인 CCC인데, CCC가 취득자라 한다면 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정된 것, 이하 구지방세법이라 한다) 제111조 제5항에 의거 장부가액이 실지거래가액이라 할 수 있으나 전소유자 CCC는 양도자로서 쟁점부동산의 신고된 취득세 과세표준과는 아무런 관련이 없으며, 또한 쟁점부동산 취득 당시에는 IMF라는 특수한 사정으로 부실법인간 인수합병이 만연하던 시대로 관련 증빙자료 확인이 불가한 상황에서 막연히 장부가액이 있으니 실지거래가액일 것이라고 추정하는 것은 엄격해석의 원칙을 벗어난 것이라 할 것이다. (다) 또한 처분청은 청구인들이 사업자등록 신청시 작성된 출자금도 OOO원이고 1999.5.14. 작성된 쟁점부동산의 감정평가액도 OOO원으로 쟁점부동산의 쟁점장부가액과 차이가 거의 없어 쟁점장부가액이 실지거래가액이라는 의견이나, 사업자등록시 작성한 공동출자금은 실지거래계약서 제출을 의무화하여 작성하였다면 실지계약서를 제출하였겠지만 이는 지분율 확인을 위한 임의서식으로 검인계약서 상의 금액으로 작성한 것일 뿐이며, 감정평가액은 은행 대출을 위한 담보목적 평가액으로 당시에는 IMF시기여서 부동산시세가 하루가 다르게 변화하는 시기에 금융권 대출시 대출금 최소화를 위해 저가로 평가하는 것이 관례였음을 볼 때 처분청 의견은 타당하지 않다. (라) 설령, 감정평가액이 시세를 반영한다 치더라도 1개의 감정평가법인의 감정평가액은 쟁점부동산의 취득가액으로 적용할 수 없다. 소득세법 시행령 176조의2 제3항에 의하면 둘이상 감정평가법인의 감정가액의 평균액이 있는 경우에만 적용하도록 규정하고 있는데 처분청은 한 개의 감정평가액이라도 쟁점부동산의 시세를 가늠할 수 있다고 하나 이는 시세여부를 떠나 쟁점부동산의 감정가액을 취득가액으로 적용할 수 없으며 감정가액이 쟁점장부가액과 비슷하다고 하여 장부가액이 실지거래가액이 될 수는 없다.
(3) 쟁점부동산 취득당시 작성된 실지매매계약서가 없고 계약금 및 중도금에 대한 입증자료가 없어 실지거래가액 전부에 대한 입증은 불가하지만 소유권이전등기접수일이며 잔금지급일인 1999.3.31. 청구인들의 계좌에서 인출된 금액 OOO원, 대출금 OOO원 및 인수한 임차보증금 OOO원을 합한 금액이 OOO원으로 확인되는바, 해당 금액(OOO원)과 장부가액을 비교하여도 무려 약 OOO원이 차이가 나고 매매계약시 계약금이 없는 경우는 없으므로 매매가액의 통상 10%가 계약금을 가정한다면 차이는 OOO원 이상이 나므로 쟁점장부가액이 실지거래가액이 아니라는 것을 명백하게 알 수 있다.
(1) 청구인들은 쟁점부동산 취득 시 OOO구청장(이하 “OOO구청장”이라 한다)에게 신고한 취득가액이 실지거래가액과 무관하게 관행적으로 작성된 다운계약서상의 금액으로 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 다운계약서란 검인계약서상에 매매가를 실거래가가 아니라 지방세 시가표준액보다 조금 높은 금액으로 낮춰서 작성하는 이중계약서를 말하는 것으로 1999년 당시에도 불법이었다. 전소유자는 우리나라 국민 대부분이 알고 있는 구두브랜드 CCC로, 굴지의 기업인 CCC가 청구인들이 주장하는 실지거래가액 OOO원 외에 OOO원으로 이중계약서를 작성하였다는 주장은 신빙성이 없고 또한 OOO구청 세무1과 담당자에 따르면 1999년 당시에는 ‘부동산 실거래가 신고제도’ 시행 전이지만 양도자(전소유자)가 법인인 경우 매매계약서와 법인의 장부가액 증빙을 받아서 양수자의 취득신고가액 적정 여부를 판단하였음을 확인하였다.
(2) 청구인들은 쟁점부동산 취득 관련 잔금일인 1999.3.31. 청구인들의 계좌에서 인출된 금액 OOO원, 대출금 OOO원 및 인수한 임차보증금 OOO원의 합계가 OOO원이므로 잔금부분만 확인하여도 쟁점장부가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 전소유자 CCC에 직접 지급하였다고 볼 만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고 또한 1999.3.31. 청구인 BBB의 OOO은행 주식회사(이하 “OOO은행”이라 한다)계좌에 입금된 OOO원 및 청구인 AAA의 OOO은행계좌에 입금된 OOO원 총 OOO원 관련 자금출처에 대하여도 별다른 소명을 하지 못하는 반면 상기 금액이 OOO은행으로부터의 대출금액 OOO원과 차이가 거의 없는 점으로 보아 대출금이 입금된 것으로 추정하는 것이 합리적이라 할 것인바, 이에 인출된 금액 OOO원과 대출금 OOO원을 모두 잔금에 포함시키는 것은 일부 잔금을 중복계산하였다고 밖에 볼 수 없다.
(3) 청구인들은 1999.4.9. 사업자등록 후 부동산임대업 및 의류 소매업 등(복식부기의무자)을 영위하면서 쟁점부동산의 취득가액을 장부에 계상하고 감가상가비 등을 필요경비로 반영하고 세무대리인의 조정을 거친 재무제표와 함께 2022년 5월까지 매년 종합소득세 신고를 해 온 사실, ‘청구인들은 복식부기의무자로 쟁점부동산의 매매계약서 확인 후 장부에 등록하였으며 기준시가로 기장하지 않았다’라는 쟁점부동산 취득 당시 기장한 세무대리인의 진술내용, 전소유자는 외형 OOO원 이상의 상당한 규모 있는 법인인 CCC로서 OOO구청에 신고된 가액을 신뢰할 수 있는 점, 쟁점부동산 취득가액 조사내용과 같이 장부가액이 지방자치단체에 신고 된 가액 및 감정평가액 등과 유사한 점으로 보아 쟁점장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 신뢰할 수 있다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
(2) 소득세법 시행령 제167조2(추계 결정·경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
(3) 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정된 것) 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.(각 호 생략)
⑤ 다음에 게기하는 취득(贈與ㆍ寄附 기타 無償取得을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 년부금액에 의한다.
3. 판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득
(4) 지방세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15982호로 개정된 것) 제82조의2(취득가격의 입증등) ① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서
(1) 처분청은 청구인들이 1999.3.31. 법인인 CCC로부터 쟁점부동산을 취득하고 2021.12.30. DDD에게 양도한 후, ‘취득가액을 환산취득가액(합계 OOO원)’으로 하여 양도소득세를 신고한 것과 관련하여, 쟁점부동산의 실지취득가액이 장부가액 등에서 확인되는 경우로 보아 환산취득가액을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 과세근거로 제출된 자료에서 확인된 내용은 아래와 같다. (가) 청구인들의 1999.3.31.자 쟁점부동산에 대한 ‘취득 신고에 따른 납부세액계산서’에 의하면, 청구인들이 쟁점부동산의 취득가액(신고가액)을 OOO원으로 하여 OOO구청장에게 취득세(OOO원) 및 등록세(OOO원)를 신고한 것으로 나타나며, 쟁점부동산의 시가표준액은 별도로 기재되어 있지 않다. (나) 청구인들의 쟁점사업장에 대한 사업자등록(1999.4.9.) 신청서에 의하면, 출자금이 OOO원으로 기재되어 있다. (다) 청구인들의 1999년∼2021년 귀속 종합소득세 신고내역(1999년에 의하면, 청구인들(복식부기의무자)은 표준대차대조표에 쟁점부동산을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 계상하고 감가상각비 등을 필요경비로 반영하여 매년 종합소득세를 신고한 것으로 확인된다. (라) 중앙감정평가법인의 쟁점부동산에 대한 1999.5.14.자 감정평가내역에 의하면, 1999.5.20.자 근저당권 설정과 관련하여 쟁점부동산을 OOO원(토지 OOO원 및 건물 OOO원)으로 평가한 것으로 나타난다. (마) 쟁점부동산에 대한 폐쇄등기부등본에 의하면, 쟁점부동산에 1999.3.31.(소유권이전등기접수일) 채권자 OOO, 채무자 청구인들, 채권최고액 OOO원으로 하여 근저당권 설정 등기가 경료되었다가, 1999.5.20. 해당 근저당권설정등기가 말소되고, 채권자 주식회사 EEE, 채무자 청구인들, 채권최고액 합계 OOO원(청구인 AAA OOO원, BBB OOO원)으로 하여 근저당권 설정등기가 경료된 것으로 나타난다. (바) 청구인들의 쟁점부동산 매입 당시 금융거래 내역 등은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 금융거래 내역 등 OOO (사) 처분청의 쟁점부동산에 대한 양도 관련 자료(장부내역, 법인세 신고내역 등) 요청에 대한 CCC의 회신문에 의하면, ‘자료 미보관으로 확인불가’라고 기재되어 있다.
(2) 청구인들이 제출한 OOO은행(채무자)의 파산관재인인 OOO의 회신공문(2023.4.3., ＜표＞ 금융거래내역 등 관련 금융거래제공요청에 대한 회신)에 의하면, ‘1999.3.31. 청구인들의 OOO은행 계좌에서 출금된 금액 합계 OOO원의 인출상세내역과 관련하여 대출채권원장 및 전표 등의 자료가 존재하지 않아 확인할 수 없다’고 기재되어 있고, 그 외 쟁점부동산 취득 당시의 계약서, 계약금 및 중도금에 대한 지급증빙이나 계약서 등은 제출되지 아니하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법제97조 제1항 제1호에서 거주자의 양도차익의 계산에 있어 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액(가목)을 규정하면서 그 단서에서 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득액을 순차적으로 적용한 금액(나목)으로 한다고 규정하고 있는바, 여기서 실지거래가액이라 함은 자산의 취득대가로 지급한 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다 할 것이다. (나) 청구인들은 쟁점부동산의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인들이 사업용부동산으로 쟁점부동산을 취득하여 장부에 쟁점장부가액(OOO원)으로 계상하고 이후 이에 대한 감가상각비를 필요경비로 반영하여 종합소득세를 신고해 온 점, 청구인들의 쟁점부동산 취득 당시(1999년) 구지방세법제111조 제5항 및 같은 법 시행령 제82조의2 제1항에서 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 매매거래의 경우에는 그 사실상의 취득가격으로 취득세를 신고납부하도록 규정하였는데, 여기에서 ‘법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 매매거래’라 함은 거래당사자 중 어느 일방이라도 법인에 해당하여 그 가격이 원장 등에서 확인되는 경우를 의미하는바, ‘취득신고에 따른 납부세액계산서’에 청구인들이 법인인 CCC로부터 쟁점부동산을 취득하여 취득세를 신고하면서 취득가액을 OOO원으로 신고한 내역이 확인되고 1999.5.14.자 감정평가서에 취득세 신고가액에 상당하는 OOO원으로 쟁점부동산을 감정한 내역이 나타나는 것으로 보아 청구인들의 취득세 신고가액은 쟁점부동산의 사실상 취득가격으로 보이는 점, 또한 청구인들의 잔금지급일(1999.3.31.)에 대출금(OOO원)에 상당하는 OOO원이 입금된 것으로 보아, 청구인들이 잔금으로 출금되었다는 OOO원에는 입금된 대출금이 출금되었을 것으로 보여, ‘청구인들이 계산한 잔금(OOO원)이 일부 중복계산되었다’는 처분청 의견에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액은 그 실지거래가액이 확인된다 할 것이므로 처분청이 환산취득가액을 부인하고 쟁점장부가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 청구인들에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.