조정대상지역 내 2주택을 보유한 것으로 보아 중과세율을 적용 및 장기보유특별공제를 부인한 처분의 당부

가. 청구인들은 부부로서 2004.8.24. OOO(이하 “ 쟁점대체주택 ” 이라 한다) 의 각 1/2 지분씩을 합계 OOO 원에 취득하였고, 2021.1.29. AAA 에게 쟁점대체주택을 OOO 원에 양도하였으며, 2021.2.28. 쟁점대체주택의 양도가액 OOO 원에서 취득가액 OOO 원 및 장기보유 특별공제 (공제율:80%) OOO 원을 차감한 양도소득금액 OOO 원에 일반세율 (15%) 을 적용하여 산출한 2021 년 귀속 양도소득세 OOO 원을 각각 예정신고·납부하였다. 나. 처분청은 2022.10.5. 부터 2022.10.20. 까지 청구인들의 쟁점대체주택 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인들이 쟁점대체주택의 양도일 (2021.1.29.) 현재 쟁점대체주택 외에도 OOO(이하 “ 쟁점멸실주택 ” 이라 한다) 를 재건축한 OOO(이하 “ 재건축주택 ” 이라 한다) 를 보유하고 있는 사실을 확인하고 당초 청구인들이 적용한 장기보유 특별공제 (80%) 의 적용을 배제하였으며, 일반세율 대신 중과세율 (45%) 을 적용하여 2022.12.8. 청구인들에게 2021 년 귀속 양도소득세 OOO 원을 각각 경정·고지하였다. 다. 청구인들은 이에 불복하여 2023.2.20. 이의신청을 거쳐 2023.7.19. 심판청구를 제기하였다.

가. 청구인 주장 청구인들은 1996.1.8. 쟁점멸실주택을 취득하였고, 2000 년 7 월경부터 재건축을 추진한 후 2020.11.25. 쟁점멸실주택이 준공인가되었으며, 해당 쟁점멸실주택의 입주금을 마련하기 위하여 쟁점대체주택을 양도하였다. 청구인들은 1993 년 결혼 후 자녀를 출산하였고, 이후 전셋집에서 살다가 좁은 공간에서 생활이 어려워져 쟁점멸실주택의 입주 시까지 거주하기 위하여 시세가 저렴한 쟁점대체주택으로 이사를 하게 되었는바, 쟁점멸실주택의 재건축은 청구인들의 의사와는 상관없이 진행되었고, 쟁점멸실주택의 취득은 투기 목적이 없었으며, 정부에서 쟁점대체주택 양도 당시 다주택자에 대한 양도를 홍보한 시기였고, 2022 년 5 월경에는 양도소득세 중과가 유예된 시기였으므로, 청구인들에게 부과한 양도소득세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구인들은 쟁점대체주택 양도일 현재 조정대상지역 내 2 주택을 보유한 상태였고, 이 경우 소득세법 시행령제167조의 10 제1항 및 동법 시행령 제167조의 11 제1항에서 규정하고 있는 중과제외주택에 해당하지 아니하면 쟁점대체주택 양도 시 중과세율 적용과 장기보유특별공제를 배제하여 신고하여야 한다. 청구인들은 재건축으로 인하여 쟁점대체주택을 취득하였다고 주장하고 있으나, 쟁점멸실주택은 2003 년 재건축이 추진되어 2015 년 8 월경이 되어서야 재건축사업이 조건부통과되었고, 2016 년 12 월경에 착공개시된 것으로 파악되므로, 청구인들이 쟁점멸실주택의 사업시행인가일 (2016.1.13.) 전인 2004.8.24. 쟁점대체주택을 취득한 것은 재건축사업이 확정되기 전 주거이전계획에 따라 쟁점대체주택을 취득한 것에 불과할 뿐, 소득세법 시행령제156조의 2 제5항에서 규정하고 있는 사업시행인가일 이후 취득한 대체주택에 해당할 수 없다. 결국 청구인들은 재건축추진위원회가 설립된 상태에서 쟁점대체주택을 취득한 것에 불과하고, 재건축사업이 인가되어 이주가 불가피한 상황에서의 대체주택을 취득하여야 하는 요건을 충족하지 못하였기에 때문에 청구인의 주장은 수용할 수 없으며, 청구인들의 보유주택이 중과배제에 해당하지 아니하는 한 중과세율을 적용함과 동시에 장기보유 특별공제를 배제하여 한 과세처분은 타당하다.

가.

조정대상지역 내 2 주택을 보유한 것으로 보아 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부 나.

: < 별지 > 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인들의 쟁점대체주택, 쟁점멸실주택의 소유 등과 관련한 내용을 시계열화 하면 아래 < 표 1> 과 같다. < 표 1> 이 사건 관련 시계열표 ㅇㅇㅇ (나) 청구인들이 쟁점대체주택 양도에 따라 처분청에 신고한 내역과 처분청이 청구인들에 대해 양도소득세 조사를 실시한 후 경정한 내역은 아래 < 표 2> 와 같다. < 표 2> 쟁점대체주택 양도에 따른 신고 내역 및 경정 내역 (청구인별) ㅇㅇㅇ (다) 처분청이 청구인들의 쟁점대체주택 양도에 따른 세무조사 시 작성한 조사 종결보고서의 주요 내용은 아래 < 표 3> 과 같다. < 표 3> 쟁점대체주택에 대한 양도소득세 조사종결보고서 중 발췌 ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 제출한 쟁점멸실주택의 조합정기 및 해산총회 회의록상 사업시행인가일은 2016.1.13. 이고, 준공인가승인일은 2020.11.25. 이다. (마) 청구인들의 주소지 변경 이력은 아래 < 표 4> 와 같다. < 표 4> 청구인들의 주소지 변경 이력 ㅇㅇㅇ (바) 우리 원에서 국토교통부 홈페이지를 통하여 확인한 OOO 와 OOO 의 조정대상지역 지정 및 해제 내역은 아래 < 표 5> 와 같다. < 표 5> OOO, OOO 의 조정대상지역 지정 내역 ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제95조 제2항 및 동법 제104조 제7항에서 조정대상지역 내 2 주택에 해당하는 경우 중과세율을 적용하고, 장기보유 특별공제를 배제하도록 규정하고 있는바, 조세법률주의원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 비과세․감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합 (대법원 2009.8.20. 선고 2008 두 11372 판결 외 다수 같은 뜻임) 하는 것이다. 청구인들은 쟁점멸실주택의 재건축은 청구인들의 의사와는 상관없이 진행되었고, 쟁점멸실주택의 취득은 투기 목적이 없었으며, 정부에서 쟁점대체주택 양도 당시 다주택자에 대한 양도를 홍보한 시기였고, 2022 년 5 월경에는 양도소득세 중과가 유예된 시기였으므로, 청구인들에게 부과한 양도소득세는 취소되어야 한다고 주장하나, 청구인들이 조정대상지역 내에 소재하고 있는 쟁점대체주택의 양도 당시 쟁점대체주택 외에 조정대상지역 내에 재건축주택을 보유하고 있어, 조정대상지역 내 2 주택에 해당하는 주택을 양도한 것으로 확인되는 점, 청구인들은 이 건 사업계획시행인가 전에 쟁점대체주택을 취득하였음을 감안하면 소득세법 시행령제156조의 2 제5항 제1호의 요건을 충족하지 못하였으므로, 해당 조항에 따른 1 세대 1 주택 비과세 특례를 적용하기도 어려워 보이는 점에 비추어, 처분청이소득세법제104조 제7항 제1호 및 같은 법 제95조 제2항에 따라 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별지 >

(1) 소득세법 (2021.3.16. 법률 17925 호로 개정되기 전의 것) 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액 (이하 “ 양도가액 ” 이라 한다) 에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 “ 양도차익 ” 이라 한다) 에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “ 장기보유 특별공제액 ” 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산 (제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 으로서 보유기간이 3 년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권 (조합원으로부터 취득한 것은 제외한다) 에 대하여 그 자산의 양도차익 (조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다) 에 다음 표 1 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1 세대 1 주택 (이에 딸린 토지를 포함한다) 에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. < 표 2> 보유기간 공제율 거주기간 공제율 3 년 이상 4 년 미만 100 분의 12 2 년 이상 3 년 미만 (보유기간 3 년 이상에 한정함) 100 분의 8 3 년 이상 4 년 미만 100 분의 12 4 년 이상 5 년 미만 100 분의 16 4 년 이상 5 년 미만 100 분의 16 5 년 이상 6 년 미만 100 분의 20 5 년 이상 6 년 미만 100 분의 20 6 년 이상 7 년 미만 100 분의 24 6 년 이상 7 년 미만 100 분의 24 7 년 이상 8 년 미만 100 분의 28 7 년 이상 8 년 미만 100 분의 28 8 년 이상 9 년 미만 100 분의 32 8 년 이상 9 년 미만 100 분의 32 9 년 이상 10 년 미만 100 분의 36 9 년 이상 10 년 미만 100 분의 36 10 년 이상 100 분의 40 10 년 이상 100 분의 40 제104조 (양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택 (이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100 분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100 분의 30) 을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2 년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100 분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100 분의 30) 을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 주택법 제63조의 2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1 세대 2 주택에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 (2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제156조의 2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1 세대 1 주택의 특례)

⑤ 국내에 1 주택을 소유한 1 세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택 (이하 이 항에서 " 대체주택 " 이라 한다) 을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1 세대 1 주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다.

, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1 년 이상 거주할 것 제167조의 10(양도소득세가 중과되는 1 세대 2 주택에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제1호에서 “ 대통령령으로 정하는 1 세대 2 주택에 해당하는 주택 ” 이란 국내에 주택을 2 개 (제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1 세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

·특별자치시 (광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

155 조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택 제167조의 11(1 세대 2 주택‧조합원입주권 또는 분양권에서 제외되는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제2호 단서에서 “ 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등 ” 이란 국내에 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 각각 1 개씩 소유하고 있는 1 세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

4. 1 세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시 (특별시·광역시·특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1 주택 (학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료·요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 않은 것으로 한정한다) 을 취득하여 1 세대가 1 주택과 1 조합원입주권 또는 1 주택과 1 분양권을 소유하게 된 경우 해당 주택 (취득 후 1 년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3 년이 경과하지 않은 경우로 한정한다)

10. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택