2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 자기주식을 취득ㆍ소각한 경위는 아래와 같다. 청구법인은 2001년 설립된 후 2003년 4월에 대표이사 A가 새로운 영업환경을 구축하기 위하여 자신의 지인들과 청구법인의 거래처 임원들(이익발생 시 배당은 가능하나 탈퇴 시 원본만 반환하는 조건이었음)에게 청구법인에게 투자할 것을 권유하였고, 그 당시 1주당 OOO원의 액면가액으로 유상증자를 실시하여 그들을 주주로 등록하였다. 그 후 청구법인은 2010년 12월 서울특별시 마포구 소재 “OOO” 오피스텔분양사업의 성공으로 중견기업으로 성장하였는데, 2013년 대표이사 A의 건강악화(2014년 5월 신장이식수술에 이어 척추질환 등)로 신규사업 진행이 어려워짐에 따라 경영실적이 악화되었고, 2014년부터 대부분의 임직원이 퇴사하였으며, 여러 주주들이 출자금의 반환을 요구하였다. 한편, 경영실적이 악화되던 도중 청구법인이 투자한 베트남주택신축분양사업이 건축허가가 지연되면서 사업의 추진이 불투명해짐에 따라 청구법인의 투자금 회수가 어려워졌는데, 베트남측의 제안에 따라 청구법인은 투자금의 대물변제로 서울특별시 서초구 소재 “OOO” 쇼핑몰 내 상가 9개를 취득하였으나, 해당 상가는 경기침체와 상가운영위원회 내부의 의견차이로 인하여 2017년 8월부터 공실상태로서 무수익부동산이 되었다. 그러다가 청구법인은 2018년에 여러 신규 부동산개발사업을 의욕적으로 추진하면서 OOO 상가의 처분을 통해 조만간 영업이익의 흑자전환이 예상되었고, 그 와중에 주주의 출자금 반환요구를 들어주기 위하여 영업이익이 흑자로 전환되는 시점에 자기주식을 소각하기로 예정하고 자기주식을 취득하기로 임시주주총회에서 결의한 후 자기주식의 취득에 이르게 되었다.
(2) 이 건은 청구법인이 주주들의 요구에 따라 출자금을 반환하고 이사회 및 주주총회 결의에서 주식소각 목적으로 자기주식을 취득하는 것임을 밝혔고, 궁극적으로 자본감소를 완료하여 감자등기를 이행하였으므로, 청구법인의 쟁점주식의 취득은 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 자본거래에 해당하는바, 법인세법 제15조 제2항 제1호 의 적용대상이 아니다. (가) 쟁점주식은 제3자가 매입할 정도의 가치가 없는 비상장주식인 관계로, 시장에서의 매각이 불가능한 주식[출자금 반환을 요구한 투자자들이 장기간 시장에서 매각하지 못하고 청구법인에게 주식매수요청 및 투자금(원금) 반환을 요청하였다]인바, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 다시 매각하는 것은 현실적으로 불가능하므로, 청구법인이 손익거래를 하기 위하여 쟁점주식을 취득할 유인이 전혀 없다. (나) 청구법인은 세 차례에 걸쳐 자기주식을 취득하기 이전에 상법규정에 따라 이사회와 주주총회의 결의를 각각 적법하게 이행하였고, 그 결의내용에는 청구법인이 주식을 소각할 목적으로 쟁점주식을 취득한다는 사실이 명확하게 기재되어 있어(다만 그 소각시점을 “영업이익이 흑자로 전환되는 시점”으로 정하였다) 청구법인이 자본감소의 일환으로 자기주식을 취득한다는 사실이 대외적으로 명확하게 표시되었다. 청구법인은 주주들의 투자금반환 요구가 계속되자 그 문제를 해결하기 위하여 1차로 2018.9.30. 임시주주총회를 개최하여 감자결의를 한 후 2018.10.1. 총 주주 16명 중 4명으로부터 OOO주를 액면가액이자 당초 유상증자 가액이었던 1주당 OOO원에 취득하였다. 그 후 2차로 2021.6.21. 임시주주총회를 개최하여 감자목적으로 자사주를 취득하기로 결의한 후 2021.7.31. B으로부터 OOO주를, 3차로 2021.8.2. 임시주주총회를 개최하여 감자목적으로 자사주 취득을 결의한 후 2021년 9월 중 주주 8명으로부터 자기주식 OOO주를 각각 취득하였다. (다) 청구법인은 2023.3.15. 이사회결의 및 2023.3.27. 정기주주총회 결의를 통해 쟁점주식을 모두 소각(감자)하기로 의결하였고, 상법상 절차에 따라 2023.4.10. 주식소각 및 자본감소를 완료하고 2023.4.26. 법인등기사항전부증명서에 발행주식수와 자본금의 감소등기를 완료하는 등 자본감소의 절차를 모두 완료하였다. 청구법인은 당초 영업이익의 흑자전환 시기를 주식의 소각시기로 고려하였는데, 이는 2018년에 새로운 신사업의 추진을 검토하는 과정에서 흑자전환이 예상되었기 때문이다. 그러나, 그 후에 청구법인은 자금조달 등의 문제로 인하여 신사업의 추진이 무산되었고, 그 여파로 인하여 청구법인에는 대표이사 A와 직원 C 외에는 모두 퇴사하였으며, 당초 예상과 달리 영업이익도 흑자로 전환되지 않고, 2022.12.31.까지 계속하여 결손금이 발생하였다. 따라서 청구법인의 대표이사는 세무조사 당시 조사청과의 문답에서 소각지연의 이유에 대하여 영업이익의 흑자전환을 기다려왔고, 2022사업연도 결산 후에 흑자전환 여부와 관계 없이 이사회나 주주총회를 개최하여 소각할 계획이라고 일관되게 답변하였으며, 2022사업연도 결산 결과 향후에도 흑자전환이 어려울 것으로 예상되어 적법한 절차에 따라 이사회 및 주주총회를 거쳐 자본감소의 절차를 모두 완료하였다. (라) 처분청은 청구법인의 주식소각 절차가 장기간 이행되지 않은 점을 문제 삼고 있다. 그러나, 상법은 2011.11.14. 개정되기 전에는 자기주식의 취득을 원칙적으로 금지하되, 일정한 사유의 경우에 예외적으로 허용하였으나, 2011.11.14. 개정되면서 자기주식의 취득을 원칙적으로 허용하는 것으로 변경하였는데, 개정된 상법제341조에서 자기주식을 취득한 후 소각을 언제까지 하여야 하는지에 대한 명문의 제한을 두고 있지 아니하여(개정전 상법제342조에서는 “지체없이 주식실효의 절차를 밟아야 한다”고 규정하였다), 청구법인이 자기주식을 취득한 후 일정한 기간 동안 주식소각 절차를 진행하지 않았다는 사정만으로 상법을 위배한 것으로 볼 수 없다. 청구법인의 경우 자기주식을 취득할 때, 영업이익이 흑자전환되는 때에 주식소각을 하기로 하였고, 세무조사가 끝날 때까지도 사업부진으로 인하여 당초에 의도한 소각시점이 도래하지 아니함에 따라 소각절차를 진행하지 못하고 있었을 뿐, 다른 목적에서 소각을 지연한 것은 아니다. (마) 처분청은 감사보고서에 자기주식을 취득할 당시의 목적이나 향후 처리에 대한 내용이 기재되어 있지 않은 것을 문제 삼고 있으나, 감사보고서의 기재사항은 감사를 실시한 외부감사인의 업무영역에 불과하고, 그 당시 자기주식의 취득 목적을 감사보고서의 주석사항에 기재하지 않은 것은 외부감사인의 단순한 실수가 원인인 것으로 보이고, 그 기재사항의 누락에 대한 귀책사유가 청구법인에게 있는 것도 아니다. 청구법인의 주주들은 소수에 불과하여 그 거래 당시에 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 소각한다는 사실을 모두 알고 있었으므로, 단지 감사보고서에 그 내용이 기재되어 있지 않았다고 하여 투자자의 보호에 소홀한 것도 아니라고 할 것이다.
- 나. 처분청 의견 장기간 자본감소 절차를 진행하지 않은 청구법인의 자기주식 취득은 손익거래에 해당한다 할 것인바, 법인세법 제15조 제2항 제1호 에 따른 이 건 처분은 적법하다.
(1) 쟁점주식 매도인의 입장에서 쟁점주식의 거래는 손익거래로 보는 것이 타당하다. 청구법인의 대표이사는 쟁점주식의 취득 경위에 대해 ‘여러 가지 이유로 주주들이 투자금 반환을 지속적으로 요구해서 투자금을 반환해주기 위한 일환으로 자기주식으로 취득하였다’고 진술하였고, 주식매매계약서에 주식의 소각 목적이 명시되지 않은 것에 대해 ‘청구법인이 취득한 주식에 대한 부분은 양수자의 몫이라서 별도로 기재할 필요성을 못느꼈다’라고 진술한바, 그 진술내용만으로는 소각목적의 자기주식 취득으로 보기 어렵다. 주식매매계약서에 주식의 소각시기를 특정하지 않으면, 매도자 입장에서는 세법상 의제배당의 귀속시기를 파악할 수 없어 조세상 불안정한 지위에 놓이게 되는데, 이 건의 주식매매계약서에는 주식의 양도에 관한 내용만 기재되어 있을 뿐 주식의 소각과 관련된 내용은 기재되어 있지 아니한바, 쟁점주식의 매도인들은 주식거래의 목적과 배당소득의 귀속시기를 알 수 없었을 것으로 보인다. 특히, 쟁점주식을 매도한 주주들은 증권거래세를 신고ㆍ납부하였는데, 이는 그들이 쟁점주식의 거래를 손익거래로 인식하였다는 것을 방증한다고 봄이 타당하다.
(2) 이 건과 같이 자기주식을 취득한 후 장기간 소각하지 않은 경우에는 그 자기주식의 취득은 주식소각이나 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 것으로 보기 어렵다. 쟁점주식은 취득일로부터 4년이 지난 조사완료 시점까지 주식소각에 의한 자본 감소절차를 취하지 않았고, 청구법인이 2023년 4월에 주식소각을 하였다 하더라도 취득시기와는 시간적 간격이 크다. 청구법인은 흑자전환 후에 주식소각을 할 의도였다고 주장하나, 주식소각의 의도가 있었다면, 이사회 소집이나 주주총회를 통해 소각이 가능하였음에도 불구하고, 청구법인은 이를 이행하지 않았고, 세무조사 이후에는 흑자전환이 되지 않았음에도 주식을 소각을 한 것은 단순히 불복 절차에서 유리하게 활용하기 위한 조치에 불과하다. 또한, 청구법인의 감사보고서에 자기주식을 취득할 당시의 목적이나 향후 처리에 대한 내용이 기재되어 있지 않아 그 취득목적 등을 간접적으로도 확인할 수 없다. 한편, 장기간 주식소각이 이루어지지 않는 자기주식의 거래를 자본거래로 볼 경우, 양도소득세를 과세하지 못할 뿐만 아니라, 의제배당의 수입시기도 지연되어 자본거래에 대한 과세공백이 발생할 수 있는 문제가 있다. 청구법인의 경우 계속적인 손실발생으로 인하여 주주로부터 투자금의 반환 요청을 받게 되자 이를 모면하기 위하여 회사의 계산으로 쟁점주식을 취득하게 되었을 뿐이다. 쟁점주식의 취득 당시에 청구법인의 미처분이익잉여금(2018년말 OOO원, 2021년말 OOO원)이 많아 자기주식의 소각이 충분히 가능한 상황이었음에도 불구하고 장기간 소각을 하지 않은 이 건의 경우 자기주식의 취득 당시에 청구법인에게 ‘소각목적’이 있었다고 인정하기 어렵다.