조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 특수관계인인 개인(주주)들로부터 유가증권(자기주식)을 저가매입하였다고 보아 「법인세법」제15조 제2항 제1호에 따라 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-서-9343 선고일 2024.01.09

청구법인은 2018.10.1. 및 2021년 7월~2021년 9월 중 세 차례에 걸쳐 자기주식을 취득하였으나, 이 건 세무조사 종결당시(2023.3.14.)에도 주식을 소각하지 않고 보유하고 있었고, 세무조사가 끝난 후이자 최초로 자기주식을 취득한 때로부터 약 4년 6개월이 지난 2023.4.10.에서야 주식의 소각을 완료한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 쟁점주식 취득이 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 자본거래라고 단정하기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다

문서번호 조심-2023-서-9343 결정유형 기각 세목 법인 생산일자 2024.1.9. 귀속연도 2018, 제목 청구법인이 특수관계인인 개인(주주)들로부터 유가증권(자기주식)을 저가매입하였다고 보아 법인세법제15조 제2항 제1호에 따라 과세한 처분의 당부 요지 청구법인은 2018.10.1. 및 2021년 7월~2021년 9월 중 세 차례에 걸쳐 자기주식을 취득하였으나, 이 건 세무조사 종결당시(2023.3.14.)에도 주식을 소각하지 않고 보유하고 있었고, 세무조사가 끝난 후이자 최초로 자기주식을 취득한 때로부터 약 4년 6개월이 지난 2023.4.10.에서야 주식의 소각을 완료한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 쟁점주식 취득이 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 자본거래라고 단정하기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

법인세법 제15조 상세내용 [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2001.8.15. 분양대행 및 PM(Project Management)용역사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 개인 주주들로부터 2018.10.1. OOO주, 2021년 7월~2021년 9월 중 OOO주 총 OOO주(지분비율 46.22%로, 이하 “쟁점주식”이라 한다)의 자기주식을 1주당 액면가액인 OOO원(총 취득가격은 OOO원임)에 취득한 후 청구법인에 대한 주식변동조사가 끝난 후인 2023.3.27. 정기주주총회의 결의를 거쳐 2023.4.10. 쟁점주식을 소각하였다.
  • 나. 서울지방국세청장(조사3국)은 2022.11.14.∼2023.3.14. 기간 동안 청구법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식의 1주당 시가를 2018.10.1. 취득분은 OOO원, 2021년 취득분은 OOO원으로 각각 산정하고, 청구법인이 특수관계인인 개인(주주)들로부터 주식을 저가매입한 것에 대하여 법인세법제15조 제2항 제1호에 따라 시가와 취득가격의 차액 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원)을 익금에 산입하여야 한다는 내용의 세무조사결과를 통보하였다.
  • 다. 이에 따라 처분청은 2023.5.16. 청구법인에게 법인세 2018사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 자기주식을 취득ㆍ소각한 경위는 아래와 같다. 청구법인은 2001년 설립된 후 2003년 4월에 대표이사 A가 새로운 영업환경을 구축하기 위하여 자신의 지인들과 청구법인의 거래처 임원들(이익발생 시 배당은 가능하나 탈퇴 시 원본만 반환하는 조건이었음)에게 청구법인에게 투자할 것을 권유하였고, 그 당시 1주당 OOO원의 액면가액으로 유상증자를 실시하여 그들을 주주로 등록하였다. 그 후 청구법인은 2010년 12월 서울특별시 마포구 소재 “OOO” 오피스텔분양사업의 성공으로 중견기업으로 성장하였는데, 2013년 대표이사 A의 건강악화(2014년 5월 신장이식수술에 이어 척추질환 등)로 신규사업 진행이 어려워짐에 따라 경영실적이 악화되었고, 2014년부터 대부분의 임직원이 퇴사하였으며, 여러 주주들이 출자금의 반환을 요구하였다. 한편, 경영실적이 악화되던 도중 청구법인이 투자한 베트남주택신축분양사업이 건축허가가 지연되면서 사업의 추진이 불투명해짐에 따라 청구법인의 투자금 회수가 어려워졌는데, 베트남측의 제안에 따라 청구법인은 투자금의 대물변제로 서울특별시 서초구 소재 “OOO” 쇼핑몰 내 상가 9개를 취득하였으나, 해당 상가는 경기침체와 상가운영위원회 내부의 의견차이로 인하여 2017년 8월부터 공실상태로서 무수익부동산이 되었다. 그러다가 청구법인은 2018년에 여러 신규 부동산개발사업을 의욕적으로 추진하면서 OOO 상가의 처분을 통해 조만간 영업이익의 흑자전환이 예상되었고, 그 와중에 주주의 출자금 반환요구를 들어주기 위하여 영업이익이 흑자로 전환되는 시점에 자기주식을 소각하기로 예정하고 자기주식을 취득하기로 임시주주총회에서 결의한 후 자기주식의 취득에 이르게 되었다.

(2) 이 건은 청구법인이 주주들의 요구에 따라 출자금을 반환하고 이사회 및 주주총회 결의에서 주식소각 목적으로 자기주식을 취득하는 것임을 밝혔고, 궁극적으로 자본감소를 완료하여 감자등기를 이행하였으므로, 청구법인의 쟁점주식의 취득은 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 자본거래에 해당하는바, 법인세법 제15조 제2항 제1호 의 적용대상이 아니다. (가) 쟁점주식은 제3자가 매입할 정도의 가치가 없는 비상장주식인 관계로, 시장에서의 매각이 불가능한 주식[출자금 반환을 요구한 투자자들이 장기간 시장에서 매각하지 못하고 청구법인에게 주식매수요청 및 투자금(원금) 반환을 요청하였다]인바, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 다시 매각하는 것은 현실적으로 불가능하므로, 청구법인이 손익거래를 하기 위하여 쟁점주식을 취득할 유인이 전혀 없다. (나) 청구법인은 세 차례에 걸쳐 자기주식을 취득하기 이전에 상법규정에 따라 이사회와 주주총회의 결의를 각각 적법하게 이행하였고, 그 결의내용에는 청구법인이 주식을 소각할 목적으로 쟁점주식을 취득한다는 사실이 명확하게 기재되어 있어(다만 그 소각시점을 “영업이익이 흑자로 전환되는 시점”으로 정하였다) 청구법인이 자본감소의 일환으로 자기주식을 취득한다는 사실이 대외적으로 명확하게 표시되었다. 청구법인은 주주들의 투자금반환 요구가 계속되자 그 문제를 해결하기 위하여 1차로 2018.9.30. 임시주주총회를 개최하여 감자결의를 한 후 2018.10.1. 총 주주 16명 중 4명으로부터 OOO주를 액면가액이자 당초 유상증자 가액이었던 1주당 OOO원에 취득하였다. 그 후 2차로 2021.6.21. 임시주주총회를 개최하여 감자목적으로 자사주를 취득하기로 결의한 후 2021.7.31. B으로부터 OOO주를, 3차로 2021.8.2. 임시주주총회를 개최하여 감자목적으로 자사주 취득을 결의한 후 2021년 9월 중 주주 8명으로부터 자기주식 OOO주를 각각 취득하였다. (다) 청구법인은 2023.3.15. 이사회결의 및 2023.3.27. 정기주주총회 결의를 통해 쟁점주식을 모두 소각(감자)하기로 의결하였고, 상법상 절차에 따라 2023.4.10. 주식소각 및 자본감소를 완료하고 2023.4.26. 법인등기사항전부증명서에 발행주식수와 자본금의 감소등기를 완료하는 등 자본감소의 절차를 모두 완료하였다. 청구법인은 당초 영업이익의 흑자전환 시기를 주식의 소각시기로 고려하였는데, 이는 2018년에 새로운 신사업의 추진을 검토하는 과정에서 흑자전환이 예상되었기 때문이다. 그러나, 그 후에 청구법인은 자금조달 등의 문제로 인하여 신사업의 추진이 무산되었고, 그 여파로 인하여 청구법인에는 대표이사 A와 직원 C 외에는 모두 퇴사하였으며, 당초 예상과 달리 영업이익도 흑자로 전환되지 않고, 2022.12.31.까지 계속하여 결손금이 발생하였다. 따라서 청구법인의 대표이사는 세무조사 당시 조사청과의 문답에서 소각지연의 이유에 대하여 영업이익의 흑자전환을 기다려왔고, 2022사업연도 결산 후에 흑자전환 여부와 관계 없이 이사회나 주주총회를 개최하여 소각할 계획이라고 일관되게 답변하였으며, 2022사업연도 결산 결과 향후에도 흑자전환이 어려울 것으로 예상되어 적법한 절차에 따라 이사회 및 주주총회를 거쳐 자본감소의 절차를 모두 완료하였다. (라) 처분청은 청구법인의 주식소각 절차가 장기간 이행되지 않은 점을 문제 삼고 있다. 그러나, 상법은 2011.11.14. 개정되기 전에는 자기주식의 취득을 원칙적으로 금지하되, 일정한 사유의 경우에 예외적으로 허용하였으나, 2011.11.14. 개정되면서 자기주식의 취득을 원칙적으로 허용하는 것으로 변경하였는데, 개정된 상법제341조에서 자기주식을 취득한 후 소각을 언제까지 하여야 하는지에 대한 명문의 제한을 두고 있지 아니하여(개정전 상법제342조에서는 “지체없이 주식실효의 절차를 밟아야 한다”고 규정하였다), 청구법인이 자기주식을 취득한 후 일정한 기간 동안 주식소각 절차를 진행하지 않았다는 사정만으로 상법을 위배한 것으로 볼 수 없다. 청구법인의 경우 자기주식을 취득할 때, 영업이익이 흑자전환되는 때에 주식소각을 하기로 하였고, 세무조사가 끝날 때까지도 사업부진으로 인하여 당초에 의도한 소각시점이 도래하지 아니함에 따라 소각절차를 진행하지 못하고 있었을 뿐, 다른 목적에서 소각을 지연한 것은 아니다. (마) 처분청은 감사보고서에 자기주식을 취득할 당시의 목적이나 향후 처리에 대한 내용이 기재되어 있지 않은 것을 문제 삼고 있으나, 감사보고서의 기재사항은 감사를 실시한 외부감사인의 업무영역에 불과하고, 그 당시 자기주식의 취득 목적을 감사보고서의 주석사항에 기재하지 않은 것은 외부감사인의 단순한 실수가 원인인 것으로 보이고, 그 기재사항의 누락에 대한 귀책사유가 청구법인에게 있는 것도 아니다. 청구법인의 주주들은 소수에 불과하여 그 거래 당시에 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 소각한다는 사실을 모두 알고 있었으므로, 단지 감사보고서에 그 내용이 기재되어 있지 않았다고 하여 투자자의 보호에 소홀한 것도 아니라고 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견 장기간 자본감소 절차를 진행하지 않은 청구법인의 자기주식 취득은 손익거래에 해당한다 할 것인바, 법인세법 제15조 제2항 제1호 에 따른 이 건 처분은 적법하다.

(1) 쟁점주식 매도인의 입장에서 쟁점주식의 거래는 손익거래로 보는 것이 타당하다. 청구법인의 대표이사는 쟁점주식의 취득 경위에 대해 ‘여러 가지 이유로 주주들이 투자금 반환을 지속적으로 요구해서 투자금을 반환해주기 위한 일환으로 자기주식으로 취득하였다’고 진술하였고, 주식매매계약서에 주식의 소각 목적이 명시되지 않은 것에 대해 ‘청구법인이 취득한 주식에 대한 부분은 양수자의 몫이라서 별도로 기재할 필요성을 못느꼈다’라고 진술한바, 그 진술내용만으로는 소각목적의 자기주식 취득으로 보기 어렵다. 주식매매계약서에 주식의 소각시기를 특정하지 않으면, 매도자 입장에서는 세법상 의제배당의 귀속시기를 파악할 수 없어 조세상 불안정한 지위에 놓이게 되는데, 이 건의 주식매매계약서에는 주식의 양도에 관한 내용만 기재되어 있을 뿐 주식의 소각과 관련된 내용은 기재되어 있지 아니한바, 쟁점주식의 매도인들은 주식거래의 목적과 배당소득의 귀속시기를 알 수 없었을 것으로 보인다. 특히, 쟁점주식을 매도한 주주들은 증권거래세를 신고ㆍ납부하였는데, 이는 그들이 쟁점주식의 거래를 손익거래로 인식하였다는 것을 방증한다고 봄이 타당하다.

(2) 이 건과 같이 자기주식을 취득한 후 장기간 소각하지 않은 경우에는 그 자기주식의 취득은 주식소각이나 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 것으로 보기 어렵다. 쟁점주식은 취득일로부터 4년이 지난 조사완료 시점까지 주식소각에 의한 자본 감소절차를 취하지 않았고, 청구법인이 2023년 4월에 주식소각을 하였다 하더라도 취득시기와는 시간적 간격이 크다. 청구법인은 흑자전환 후에 주식소각을 할 의도였다고 주장하나, 주식소각의 의도가 있었다면, 이사회 소집이나 주주총회를 통해 소각이 가능하였음에도 불구하고, 청구법인은 이를 이행하지 않았고, 세무조사 이후에는 흑자전환이 되지 않았음에도 주식을 소각을 한 것은 단순히 불복 절차에서 유리하게 활용하기 위한 조치에 불과하다. 또한, 청구법인의 감사보고서에 자기주식을 취득할 당시의 목적이나 향후 처리에 대한 내용이 기재되어 있지 않아 그 취득목적 등을 간접적으로도 확인할 수 없다. 한편, 장기간 주식소각이 이루어지지 않는 자기주식의 거래를 자본거래로 볼 경우, 양도소득세를 과세하지 못할 뿐만 아니라, 의제배당의 수입시기도 지연되어 자본거래에 대한 과세공백이 발생할 수 있는 문제가 있다. 청구법인의 경우 계속적인 손실발생으로 인하여 주주로부터 투자금의 반환 요청을 받게 되자 이를 모면하기 위하여 회사의 계산으로 쟁점주식을 취득하게 되었을 뿐이다. 쟁점주식의 취득 당시에 청구법인의 미처분이익잉여금(2018년말 OOO원, 2021년말 OOO원)이 많아 자기주식의 소각이 충분히 가능한 상황이었음에도 불구하고 장기간 소각을 하지 않은 이 건의 경우 자기주식의 취득 당시에 청구법인에게 ‘소각목적’이 있었다고 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계인인 개인(주주)들로부터 유가증권(자기주식)을 저가매입하였다고 보아 법인세법제15조 제2항 제1호에 따라 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 (2) 법인세법 시행령 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 “소액주주등”이라 한다)을 말한다.

(3) 상법 제341조(자기주식의 취득) ① 회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하지 못한다.

1. 거래소에서 시세(時勢)가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법

2. 제345조 제1항의 주식의 상환에 관한 종류주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법

② 제1항에 따라 자기주식을 취득하려는 회사는 미리 주주총회의 결의로 다음 각 호의 사항을 결정하여야 한다. 다만, 이사회의 결의로 이익배당을 할 수 있다고 정관으로 정하고 있는 경우에는 이사회의 결의로써 주주총회의 결의를 갈음할 수 있다.

1. 취득할 수 있는 주식의 종류 및 수

2. 취득가액의 총액의 한도

3. 1년을 초과하지 아니하는 범위에서 자기주식을 취득할 수 있는 기간 제341조의2(특정목적에 의한 자기주식의 취득) 회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제341조에도 불구하고 자기의 주식을 취득할 수 있다.

1. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 경우

2. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우

3. 단주(端株)의 처리를 위하여 필요한 경우

4. 주주가 주식매수청구권을 행사한 경우 제343조(주식의 소각) ① 주식은 자본금 감소에 관한 규정에 따라서만 소각(消却)할 수 있다. 다만, 이사회의 결의에 의하여 회사가 보유하는 자기주식을 소각하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 자본금감소에 관한 규정에 따라 주식을 소각하는 경우에는 제440조 및 제441조를 준용한다. (4) 상법 시행령 제9조(자기주식 취득 방법의 종류 등) ① 법 제341조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 회사가 모든 주주에게 자기주식 취득의 통지 또는 공고를 하여 주식을 취득하는 방법

2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제133조 부터 제146조까지의 규정에 따른 공개매수의 방법

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점주식의 취득 및 관련 제세 신고 등의 내용은 아래와 같다.

1. 청구법인이 자기주식을 취득한 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 자기주식 취득내역 (단위: 주, 원) 거래일 매도인 거래주식수 매매가격 1주당 가격 총 금액 2018.10.1. D 외 3명 OOO OOO OOO 2021.7.31. B OOO OOO OOO 2021.9.2. ∼2021.9.10. B 외 7명 OOO OOO OOO 합계 OOO OOO

2. 쟁점주식 취득 전ㆍ후의 청구법인의 주주현황은 아래 <표2>와 같고, 자기주식 취득 전에는 주주가 16명(곳)이었으나, 청구법인의 쟁점주식 취득 후에는 대표이사 A와 E, 청구법인의 직원 B, 법인주주인 주식회사 A 등 총 4명(곳)만이 주주로 남아 있는 것으로 나타난다. <표2> 청구법인의 주주현황 ㅇㅇㅇ

3. 재무제표에 따르면, 청구법인이 자기주식을 취득하기 전의 매출액 및 영업이익 현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 경영실적 현황 (단위: 백만원) 사업연도 2012 2013 2014 2018 매출액 OOO OOO OOO OOO 영업이익 OOO △OOO △OOO △OOO

4. 처분청 답변서에 따르면, 쟁점주식의 매도인들은 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 증권거래세는 신고ㆍ납부한 것으로 나타난다.

5. 조사종결보고서 등에 따르면, 처분청은 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식의 1주당 시가를 2018.10.1. 취득분은 OOO원, 2021년 취득분은 OOO원으로 각각 산정하고, 시가와 취득가격의 차액 총 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원)을 익금에 산입한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 2018.10.1.자 자기주식 취득(1차분)과 관련한 자료는 아래와 같다.

1. 청구법인의 2018.9.3.자 이사회의사록에는 이사 총 2명 중 전원이 출석하여 “자사주식 취득의 건”을 만장일치로 승인가결한 것으로 나타나고, 안건의 내용은 아래와 같다. 상법제341조 및 동법 시행령 제10조에 의거하여 다음과 같이 자사주식의 취득코저 그 가부를 물은바, 참석자 전원이 이의 없이 찬성하여 만장일치로 승인 가결한다.

1. 취득목적

ㆍ누적결손에 따른 자기주식 소각 ㆍ흑자전환 후 주주총회의 결의에 의하여 소각

2. 취득주식의 종류 및 주식수

ㆍOOO주 이내(보통주, 우선주)

3. 취득주식 대가

ㆍ주당 OOO원/OOO원 이내

4. 양도신청 기간

ㆍ2018.9.17.∼2018.10.7.(21일간)

5. 대가지급시기

ㆍ2018.10.1.∼2018.10.15.(15일간)

2. 청구법인의 2018.9.3.자 임시주주총회 의사록에 따르면, 총 주주 16명 중 4명이 출석(의결주식수 OOO주/발행주식수 OOO주)하여 “자사주식 취득의 건”을 심의한 것으로 나타난다.

3. 청구법인 대표이사 명의로 2018.9.3. 각 주주에게 보낸 “회사주식 취득계획”문서에, 취득목적은 “누적결손에 따른 자기주식 소각”으로, 취득주식은 “OOO주 이내”로, 취득주식의 처분은 “회사의 재무상황이 흑자 전환시 소각”으로 각 기재되어 있고, 주식 양도를 원하는 주주는 2018.9.17. ∼2018.10.7. 기간 중 신청하라는 내용이 기재되어 있다.

4. D이 2018.9.25. 청구법인에게 제출한 “주식양도신청서”에는 자신의 보유주식 보통주 OOO주를 OOO원에 매수청구하는 내용이 기재되어 있고, 2018.10.1.자 주식매매계약서의 내용은 아래와 같으며, 다른 주주들의 매수청구 및 매매계약서의 내용도 동일한 것으로 나타난다. 주식매매계약서 매수인 청구법인과 매도인 D 같에 매도인이 소유하고 있는 청구법인의 주식을 매매하기 위하여 다음과 같이 계약을 체결한다. 제1조(매매주식의 종류) 매도인은 자신이 소유하고 있는 청구법인의 1주당 액면가 OOO원인 기명식 보통주식 OOO주를 1주당 일금 OOO원의 인수가로 총 매매대금 OOO원에 청구법인에게 매도하기로 한다. 제2조(주식매매대금의 지급) 본 계약에 따른 주식매매대금의 지급은 계약체결 즉시 지급하기로 한다. 제4조(양도효력의 발생시기) 제3조의 명의개서 완료와 동시에 본 주식에 대한 양도 효력은 발생한다. (다) 청구법인은 자기주식의 2차분 취득과 관련하여 2021.6.21.에, 3차분 취득과 관련하여 2021.8.2.에 각각 이사회 결의 및 임시주주총회 결의를 거쳐 주주들에게 “자기주식 취득계획”을 공고한 것으로 나타나고, 각 문서의 내용은 위 1차분 취득에 관한 것과 유사하다. (라) 2023.4.10.자 주식소각과 관련한 자료는 아래와 같다.

1. 청구법인의 2023.3.27.자 정기주주총회의사록에 따르면, 청구법인의 총 주주 4명 중 3명이 출석하여 제3호 안건 “주식소각 승인의 건”에 대하여 의장은 청구법인의 보유주식 23,110주에 대하여 2023.4.10. 소각할 것을 제안하고, 출석주주 전원이 이의 없이 만장일치로 승인 가결한 것으로 나타난다.

2. 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인의 발행주식총수는 2023.4.26. 소각된 자기주식수를 뺀 OOO주로 변경등기된 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 대표이사 A가 2022.12.1. 세무조사 당시 처분청에 답변한 내용은 아래와 같다.

  • 문) 2018.9.3. 이사회의사록의 “취득주식의 종류 및 주식수”는 “OOO주 이내(보통주, 우선주)”로 되어 있습니다. 취득주식의 종류를 우선주까지 포함하고, 주식수를 OOO주 이내로 특정한 경위와 근거가 무엇인가요.
  • 답) F씨는 퇴사하고 나서 투자금 회수를 희망했고, D, G, H씨도 여러 가지 이유로 투자금 반환을 계속 요구하는 상황이었습니다. 그래서 G의 우선주를 염두해서 우선주를 포함했고, 4명이 보유한 주식 OOO주에 추가로 다른 주주도 매각 희망을 할지 몰라 약간의 여유를 둬서 OOO주로 정하였습니다.
  • 문) 이번 세무조사 과정에서 상속세 및 증여세법에 따라 평가한 청구법인의 2018..10.1. 기준 1주당 주식평가액은 OOO원입니다. 그런데, 취득주식의 대가로 지급하기로 한 금액은 주당 OOO원입니다. 주당 OOO원으로 정한 이유와 계산 근거는 무엇인가요.
  • 답) 당시에 주식평가를 하거나 그런 것은 잘 몰랐고, 본인들이 투자했던 원금을 돌려준다는 생각으로 그렇게 정했습니다.
  • 문) 1주당 주식평가액 OOO원과 1주당 주식매입대가 OOO원은 차이가 큰데, 주주들이 가격결정에 순순히 동의하였는지요. 혹시 반발은 없었는지요.
  • 답) 주주들도 원금을 돌려받는다는 개념으로 생각해서 흔쾌히 동의하였습니다.
  • 문) 청구법인이 주주로부터 자기주식을 취득하게 된 경위는 무엇인가요.
  • 답) 좀전에 말씀드렸던 것처럼, 여러 가지 이유로 주주들이 투자금 반환을 지속적으로 희망해서 투자금을 반환해주기 위한 일환으로 자기주식으로 취득하게 되었습니다.
  • 문) 주식매매계약서에 주식을 소각목적으로 취득한다는 내용을 별도로 기재하지 않은 이유가 있나요?
  • 답) 주식양도 이후에 취득한 주식에 대한 부분은 양수자의 몫이라 별도로 기재하지 않았습니다. 아파트 같은 경우에도 매매계약할 때 어떻게 사용하든지는 매수자의 마음이기 때문에 똑같이 생각해서 별도로 기재하지 않습니다.(중략)
  • 문) 자사주식 취득목적으로 기재된 두 가지 중 두 번째 ‘흑자전환 후 주주총회의 결의에 의하여 소각’에 대해 묻겠습니다. 자사주를 매입했던 2018년부터 4년이 지난 현재까지 주식소각이 안되었는데, 맞는지요?
  • 답) 현재까지 주식소각은 안되어 있습니다.
  • 문) 2018년 취득 당시에 흑자전환이 언제쯤으로 예상되었나요? 그 근거는 무엇인가요?
  • 답) 2014년 이식수술 이후 회복이 어느 정도 되어서 2018년 당시 신규 부동산개발사업을 의욕적으로 검토하고 있었고 조만간 흑자로 전환될 것이라고 예상했습니다. 결과적으로는 검토하던 사업이 모두 무산되어 현재까지도 흑자전환을 못하고 있는 상태입니다.
  • 문) 현재까지 흑자전환이 안되고 있는데, 앞으로도 흑자전환이 되지 않는다면 주식소각을 하지 않을 생각인가요?
  • 답) 종국에는 건강이 허락하지 않으면, 부동산 매각 등 청산절차를 밟을 예정입니다. 2018년에는 흑자전환을 전제로 소각하기로 하였지만, 향후에는 흑자전환이 되지 않는다고 해도 새로 이사회나 주주총회를 개최하여 소각을 검토해 볼 계획이 있습니다.(이하 생략) (바) 청구법인의 감사보고서에는 자기주식의 취득 목적 등에 관하여 별도로 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구법인은 자본감소 절차의 일환으로 쟁점주식을 취득하였으므로, 쟁점주식의 취득은 자본거래로서 법인세법제15조 제2항 제1호의 적용대상이 아니라고 주장한다. (나) 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 할 것(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786 판결 참조)이다. (다) 살피건대, 청구법인은 2018.10.1. 및 2021년 7월~2021년 9월 중 세 차례에 걸쳐 자기주식을 취득하였으나, 이 건 세무조사 종결 당시(2023.3.14.)에도 주식을 소각하지 않고 보유하고 있었고, 세무조사가 끝난 후이자 최초로 자기주식을 취득한 때로부터 약 4년 6개월이 지난 2023.4.10.에서야 주식의 소각을 완료한 점, 청구법인은 쟁점주식의 소각절차가 지연된 이유에 대하여 쟁점주식을 취득 할 때, 흑자전환 시점을 소각시기로 계획하였기 때문이라고 주장하나, 상법 등 관련 법령에서 주식의 소각을 위해 이익이 발생할 것을 요건으로 하고 있지 아니하여 청구주장의 신빙성이 부족한 점, 쟁점주식의 매매계약서나 청구법인의 재무제표 등에 자기주식의 취득 목적이나 소각계획 등이 명시되어 있지 아니하고, 쟁점주식의 매도인들은 증권거래세를 신고ㆍ납부한 것으로 보아 쟁점주식의 매도인들이 쟁점주식의 거래에 소각목적이 있었다는 것을 알았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 쟁점주식 취득이 자본감소 절차의 일환으로 이루어진 자본거래라고 단정하기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)