청구인이 중소기업특별세액감면 대상인 소기업에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.11.9.부터 OOO 소재지에서 ‘AAA’이라는 상호로 의약품·의료기기 도매업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 따른 중소기업특별세액감면(산출세액의 10%로, 감면액 OOO원)을 적용하여 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 수도권 안에서 중소기업을 영위하는 내국인은 소기업만이 중소기업특별세액 감면대상이나, ‘AAA’은 소기업이 아닌 중기업에 해당하여 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아, 처분청에 기 적용된 세액감면을 배제하여 청구인의 2021년 귀속 종합소득세를 경정할 것을 지시하였으며, 처분청은 이를 반영하여 2023.2.1. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.29. 이의신청을 거쳐 2023.7.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 AAA이 소기업인지 여부는 3년간의 평균매출액을 기준으로 하여야 한다. (1) 조특법 제7조는 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’에 관하여 규정하고 있는데, 이는 중소기업이 대기업에 비하여 그 자본이나 규모가 영세하여 조세감면이라는 지원(支援)방법을 통하여 국가가 성장을 돕고자 하는 것이다. 그 중에서도 소기업은 성장이 더욱 더 절실하므로 동 법 시행령 제6조에 소규모의 요건을 따로 마련하여 중소기업기본법 시행령 제8조 의 별표3을 준용 산정한 규모에 의하여 소기업으로 본다고 하였으며, 별표3의2를 보면 3년간 평균매출액이 50억원 이하인 경우를 소기업으로 본다고 명문화하였는바, 소기업의 감면을 배제하는 처분은 소기업의 감면취지에 반한다.

(2) ‘중소기업에 대한 특별세액감면’ 관련 규정에서는 매출액만을 기준으로 기업규모를 측정하고 있는데, 매출액은 경기변동과 정치․경제적 영향을 받으므로 최소한 일정기간(3년간)의 평균매출액을 기준으로 소기업을 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(3) 처분청 의견과 같이 당해 과세연연도 매출액을 기준으로 소기업 여부를 판단한다면 조특법에서 중소기업기본법 시행령의 규정(별표3)을 인용하여 소규모 기업규모를 규정할 필요도 없다 할 것이고, 그러한 규정이라면 이는 모 법인 법률 및 시행령에서 위임되지 않은 사항을 독자적으로 규정한 것이 되어 무효라 할 것이다.

(4) 세법해석이 불분명하여 애매한 경우에는 사회적 약자인 납세자 편에서 해석하여야 하는바, 소기업의 성장을 위하여 이 건 감면을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인의 사업장(‘ AAA’)이 소기업인지 여부는 당해 과세연도의 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 기준으로 하여야 한다.

(1) 조특법 시행령 제6조 제5항은 ‘법 제7조 제1항 제2호 가목에서 대통령령으로 정하는 소기업이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 평균매출액등은 매출액으로 본다’라고 규정하고 있고, 조특법 시행규칙 제5조 및 제2조 제4항은 ‘소기업의 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다’라고 규정하고 있는바, 여기서 매출액은 당해 과세연도의 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 하는 것(사전-2018-법령해석법인-95, 2018.6.25. 외)이다.

(2) 청구인이 운영하는 ‘AAA’은 수도권(OOO)에서 의약품 및 의료기기 도매업을 주업으로 하는 사업장으로서, 당해 과세연도의 매출액이 중소기업기본법 시행령별표3의 규모기준(50억원)을 초과하므로 소기업이 아닌 ‘중기업’에 해당하므로 중소기업세액감면을 배제하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인(AAA)이 중소기업특별세액감면 대상인 소기업에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호 개정되기 전의 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 아. 도매 및 소매업

2. 감면 비율. 다만, 제1호 무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다.

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 (2) 조세특례제한법 시행령 제2조(중소기업의 범위) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조(중소기업의 범위) ④ 조세특례제한법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. 제5조(소기업의 매출액) 영 제6조 제5항에 따른 매출액은 제2조 제4항에 따른 매출액으로 한다. (4) 중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

• 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 “평균매출액등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것 제7조(평균매출액등의 산정) ① 제3조 제1항 제1호 가목 및 제8조 제1항에 따른 평균매출액등을 산정하는 경우 매출액은 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 회계관행(이하 “회계관행”이라 한다)에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다.

② 평균매출액등은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.

1. 직전 3개 사업연도의 총 사업기간이 36개월인 경우: 직전 3개 사업연도의 총 매출액을 3으로 나눈 금액

2. 직전 사업연도 말일 현재 총 사업기간이 12개월 이상이면서 36개월 미만인 경우(직전 사업연도에 창업하거나 합병 또는 분할한 경우로서 창업일, 합병일 또는 분할일부터 12개월 이상이 지난 경우는 제외한다): 사업기간이 12개월인 사업연도의 총 매출액을 사업기간이 12개월인 사업연도 수로 나눈 금액 제8조(소기업과 중기업의 구분) ① 법 제2조 제2항에 따른 소기업(小企業)은 중소기업 중 해당 기업이 영위하는 주된 업종별 평균매출액등이 별표 3의 기준에 맞는 기업으로 한다.

② 법 제2조 제2항에 따른 중기업(中企業)은 중소기업 중 제1항에 따른 소기업을 제외한 기업으로 한다. [별표 3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

G 평균매출액등 50억원 이하

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업자등록 및 매출 내역 등에 의하면, 청구인은 2018.11.9.부터 수도권인 OOO 소재지에서 ‘AAA’이라는 상호로 의약품·의료기기 도매업을 영위하고 있고, 아래 <표>와 같이 매출액이 발생된 것으로 확인되는바, 2021년 과세연도의 매출액이 50억원을 초과하고, 3년간 평균매출액이 50억원 이하에 해당된다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. <표> 청 구인의 연도별 매출액 신고 내역 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 ‘AAA’이 소기업인지 여부는 3년간의 평균매출액을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, ‘중소기업에 대한 특별세액감면’을 규정한 조특법 제7조 제1항 제2 호에서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이 도매 및 소매업, 의료업을 경영하는 사업장에 대하여는 산출된 소득세의 10%를 감면한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조특법 시행령 제6조 제5항에서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다고 하면서, 후단에 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다고 규정하고 있으며, 조특법 시행규칙 제2조 제4항 및 제5조에서 영 제6조 제5항에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다고 규정하고 있는바, 이와 같이 중소기업기본법 시행령 별표 3에서 ‘도매 및 소매업’의 소기업 규모기준을 ‘평균매출액등 50억원 이하’로 규정하고 있다 하더라도 조특법령에서 소기업 기준이 되는 매출액 기준과 관련하여, 중소기업기본법 시행령의 평균매출액등을 매출액으로 보고, 그 매출액의 범위를 명시적으로 ‘해당 과세연도 매출액’으로 규정하고 있는 이상 소기업을 판단하기 위한 매출액은 ‘해당 과세연도 손익계산서상의 매출액’을 기준으로 하여야 할 것이다. 또한 중소기업기본법은 해당 기업이 중소기업으로 판단된 경우 그 기업을 지원․육성하는 데 목적이 있는 반면, 조특법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 것에 목적이 있으므로, 두 법령의 입법취지가 달라 중소기업기본법령의 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세감면을 위한 중소기업 범위의 확정에는 차이가 발생할 수 있는 것인바, 조세감면을 위한 경우에는 조특법령에서 규정한 바와 같이 해당 사업연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이 그 입법취지에 비추어도 합리적이라 할 것이다. 그렇다면 2021년 과세연도에 수도권 소재 청구인의 사업장(‘AAA’)에서 발생한 매출액이 50억원을 초과하여 조특법령상 소기업에 해당하지 않는다 할 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.