쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

[사건번호] 조심2023서9269 (2024.06.04) [세 목] 부가 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부 [결정요지] 청구주장과 관련하여 채권 존재 여부, 채권액 등을 알 수 있는 계약서 등이 제출되지 아니하였고 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점거래처로부터 바스켓매매 프로그램, 주식 AI 프로그램을 공급받아 실제로 사용하였다는 주장에 대하여 청구법인이 그 입증책임을 다하였다고 보기는 어렵다 할 것임 [관련법령] 부가가치세법 제39조 [참조결정] [따른결정] 조심2023서10010 --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.5.13. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제101조 에서 정한 유사투자자문업을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 주식회사 A(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 주식 매매용 소프트웨어개발 용역 등을 제공받기로 하는 내용으로 2017.6.5. 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서a”라 한다) 및 2018.12.28. 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서b”라 하고 쟁점세금계산서a와 합하여, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 각 신고하였다.
• 나. AAA세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처의 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 거래질서조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서a를 실물거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 확정한 후 쟁점거래처를 관계기관에 고발하고 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2022.5.24.부터 2022.9.20.까지 청구법인에 대해 법인통합조사를 실시하여 쟁점세금계산서a뿐만 아니라 쟁점세금계산서b도 쟁점거래처로부터 실물거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2022.12.13. 및 2022.12.15. 청구법인에게 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.9. 이의신청을 거쳐 2023.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서a는 정당한 세금계산서이다. 청구법인은 2017.6.5. 쟁점세금계산서a를 발급받기에 앞서 2017.4.3. 쟁점거래처와 소프트웨어(바스켓매매 프로그램) 개발용역을 제공받기로 하는 내용으로 소프트웨어개발 위탁계약(이하 “쟁점세금계산서a 관련 계약”이라 하고, 관련 계약서를 이하 “쟁점세금계산서a 관련 계약서”라 한다)을 체결하였다. “바스켓매매 프로그램”은 기관투자자들이 포트폴리오를 새로 구성하거나 해소하는 데에 도움을 주는 주식매매시스템이고, 당시 쟁점거래처는 위 프로그램을 기관투자자들뿐만 아니라 일반투자자들에게도 공급하는 등 동 프로그램은 큰 인기를 끌었다. 청구법인은 쟁점세금계산서a 관련 계약에 따라 2017.6.5. 쟁점거래처에 용역대금을 지급하였어야 하나 청구법인의 내부 자금사정으로 인해 용역대금을 4회(① 2017.10.13. OOO원, ② 2017.10.31. OOO원, ③ 2017.11.3. OOO원, ④ 2018.5.28. OOO원)에 걸쳐 나누어 총 OOO원(공급대가)을 지급하였는데 계약상 공급대가(OOO원)보다 OOO원 더 지급한 것은 대금지급이 지연된 점을 감안한 것이다. 처분청은 계약상 대금 지급시기와 실제 지급시기가 다른 점을 과세근거로 삼은 것으로 보이나, 청구법인과 쟁점거래처 간 채무불이행 문제 발생은 별론으로 하더라도 계약내용의 위반과 계약체결 및 존재 여부는 별도로 분리해 보아야 한다. 쟁점세금계산서a 관련 계약서에는 계약당사자, 수행 기간, 목적물 소프트웨어, 용역 대금, 비밀 유지 등 구체적 내용이 명시되어 작성되었고 동 계약서를 작성할 당시 청구법인은 주식 자동매매 프로그램을 사용하고자 하는 목적으로 관련 계약을 체결한 것이며 이에 따라 쟁점거래처로부터 동 프로그램을 공급받아 사용하여 왔다. 다만, 청구법인은 2020년경부터 사실상 유사투자자문업을 더 이상 영위하지 않고 있는 상태로 이 건 심판청구일 현재는 휴면회사와 다름없는 실정이어서 관련 프로그램과 자료는 남아 있지 않으므로 이를 가지고 과세 근거로 삼아서는 아니된다. 동일 사안에 대하여 서울수서경찰서는 쟁점세금계산서a 관련 계약서가 존재하고, 세금계산서상의 용역대금(OOO원)이 실제 지급되었으며, 쟁점거래처에서 “바스켓매매 프로그램”을 공급해 주어 증권방송사인 여의도TV에서 해당 프로그램을 홍보하였다는 점을 들어 쟁점세금계산서a를 사실과 다른 세금계산서로 보지 않았다. 특히, 쟁점거래처는 2018년 7월경 주식회사 B(1986.11.24. 설립되었으며, 이하 “B”이라 한다)에 매각된 후 2020.1.30. 파산하였는데 이러한 사실로 보아 쟁점세금계산서a 관련 계약서는 사후에 작성된 것으로 볼 수도 없다. 법원과 조세심판원은 가공거래에 대하여 특정시기에 집중적으로 자금흐름이 일어나고 있는지 여부, 장기간 거래를 지속하였는지 여부, 관련 대금이 입금 즉시 출금되었는지 여부 등을 주요 판단 근거로 보고 있는바, 청구법인은 쟁점세금계산서a 관련 거래와 관련하여 4회 분할방식으로 대금을 지급하였는데 만약 가공거래를 위한 목적이었다면 굳이 대금을 분할하여 지급할 필요가 없었을 뿐만 아니라 가장납입의 외관, 장기적 거래, 신고 기간에 집중적인 결제 등 가공거래의 전형적인 외관이 이 건에서는 전혀 나타나지 않는다. 처분청은 조사청의 조사과정에서 청구법인의 직원 b가 쟁점세금계산서a 관련 거래에 대하여 알지 못한다고 진술한 점을 과세근거로 삼고 있으나, b는 청구법인의 IT 관리업무 담당자로서 바스켓매매 프로그램개발 업무를 담당하지 않았으므로 관련 거래를 모르는 것은 당연한 것이다.

(2) 쟁점세금계산서b는 정당한 세금계산서이다. 청구법인은 쟁점세금계산서a 관련 거래 외에도 2018.12.28. 쟁점거래처로부터 “주식 AI 프로그램”을 공급받고 쟁점세금계산서b를 수취하였다. 쟁점세금계산서b 관련 거래의 대상이 된 주식 AI 프로그램은 쟁점거래처가 주식회사 C(2015.4.1. 설립되었으며, 이하 “C”이라 한다)에 위탁하여 개발한 프로그램이다. 청구법인은 일단 주식 AI 프로그램을 월 OOO원(공급가액, 후불)에 공급받아 3개월만 사용해 보기로 하였고, 그 무렵 청구법인에 입사한 a 차장은 주식 AI 프로그램의 수익률이 기대 이하인 것을 의아하게 여겨 2019.3.4.부터 쟁점거래처와 C에게 주식 AI 프로그램의 사용료가 적정한지 여부 등을 확인하였는데, 그 결과 타사의 추천주 자동매매 프로그램에 비해 사용료가 과다하다는 것을 알게 되었고, 또한 청구법인은 쟁점거래처와 C이 특수관계가 있다는 사실도 알게 되어 2019년 3월을 끝으로 주식 AI 프로그램 사용을 중단하였다. 이와 같이 청구법인은 쟁점거래처로부터 사실상 기만당하였다고 판단하였기에 주식 AI 프로그램 사용료 지급을 미루어 오다가, 2019.9.30. 쟁점거래처에게 지급하여야 할 주식 AI 프로그램 사용료(쟁점세금계산서b의 공급가액 상당액)를 청구법인이 쟁점거래처에게 빌려주었던 대여금 채권과 상계하였다. 청구법인이 쟁점거래처로부터 주식 AI 프로그램을 공급받은 것은 틀림없는 사실이므로 쟁점세금계산서b 또한 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서a는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 청구법인이 제출한 쟁점세금계산서a 관련 계약서에는 위탁하는 프로그램의 내용, 수행 기간, 위탁료 지급 방법 및 지급 기한 등이 기재되어 있지 않을 뿐만 아니라 조사청의 조사과정에서 청구법인의 직원 b는 동 계약에 대하여 알지 못하는 것으로 진술하였다. 또한, 계약서만 있을 뿐 실질적으로 계약 협상 및 거래금액의 산정 근거를 확인할 수 있는 견적서와 계약대로 공급을 받았는지, 검수를 하였는지 등 실거래를 알 수 있는 객관적인 증거자료가 제시되지 않은 것으로 보아 쟁점세금계산서a 관련 거래는 형식적으로 이행된 것으로 보아야 한다. 청구법인은 서울수서경찰서가 쟁점거래처에 대하여 무혐의 처분하였으므로 이 건 처분도 취소되어야 한다고 주장하나, 세무조사 및 과세처분은 과세관청이 독립적으로 조사한 내용에 따라 조세를 부과ㆍ징수하기 위한 것이며, 조세범죄 고발은 수사 개시를 위한 직무상 조치이지 이미 과세관청 고유권한으로 조사된 사실관계에 대한 법적 판단을 받은 것이 아니므로 조세행정절차가 수사기관의 기소 여부에 기속된다고 볼 근거가 없다. 청구법인은 쟁점세금계산서a 관련 계약에 따라 대금을 4회에 걸쳐 분할 지급한 것으로 보아 정상거래라고 주장하나, 청구법인은 각 분할 지급에 대하여 개발비 계정이 아닌 단기대여금 계정(차변)으로 계상하였고, 그 대금지급일(1차 2017.10.13., 2차 2017.10.31., 3차 2017.11.3., 4차 2018.5.28.)도 세금계산서 발급시기(2017.6.5.)와 상당한 차이가 있는 것으로 확인된다. 청구법인이 실제 바스켓매매 프로그램을 공급받았다면 개발비 계정으로 계상 후 감가상각하여 비용처리하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 쟁점세금계산서a 관련 금융거래자료는 청구법인이 쟁점거래처에 제공한 단기대여금에 대한 금융거래자료로 보는 것이 타당하다. 청구법인은 b가 바스켓매매 프로그램 개발업무를 담당하지 않았으므로 b의 진술 내용이 증거자료가 될 수 없다고 주장하나, b는 명의상에 불과하더라도 쟁점거래처 대표이사의 직위에 있었던 자로서 청구법인에서도 근무한 경력이 있고, b의 담당업무인 IT 관리업무가 시스템을 안정적이고 효율적으로 운영하기 위하여 하드웨어 및 소프트웨어를 관리하는 업무인 점에 비추어 b가 바스켓매매 프로그램에 대해 알기 힘든 지위에 있었다는 청구주장을 신뢰하기 어렵다. 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 처분청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분청 처분의 위법성을 다투는 납세의무자도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다할 것(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 참조)이다. 조사청에서 쟁점거래처가 발급한 쟁점세금계산서a를 가공거래에 의한 세금계산서로 확정하여 통보한 점, 쟁점세금계산서a 관련 대금은 단기대여금으로 회계처리된 점, 실제 대금 지불에 대한 증빙이 없는 점 등으로 보아 처분청은 쟁점세금계산서a가 사실과 다른 허위의 것이라는 사실에 대해 상당한 정도의 입증을 하였다고 볼 수 있는 반면, 청구법인은 계약서 외에 실거래를 확인할 수 객관적인 증빙을 제출하고 못하고 있다.

(2) 쟁점세금계산서b는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 청구법인은 쟁점거래처가 C에 위탁하여 개발한 주식 AI 프로그램을 공급받아 사용하는 등 쟁점세금계산서b 관련 거래가 정상거래라고 주장하나, 쟁점세금계산서b와 관련된 계약서는 확인되지 않고, 월 사용료 OOO원에 대한 산정근거 등 실거래가 있었음을 확인할 수 있는 증거자료도 제출되지 않았다. 청구법인은 쟁점거래처가 청구법인에게 공급한 주식 AI 프로그램은 쟁점거래처가 C에 위탁하여 개발한 것이라고 주장하면서 쟁점거래처와 C 간의 소프트웨어 사용계약서(2018.9.17. 작성)를 제출하였는데, 동 계약서에는 쟁점거래처가 주식 AI 프로그램의 독점사용권을 가지고 있는 것으로 되어 있는 것으로 보아 쟁점거래처가 재차 청구법인에게 공급하였다고 보기 어렵고, 쟁점세금계산서b의 발급일자는 2018.12.28.이나 이때는 이미 쟁점거래처가 B에 매각(2018.7.12.)된 후이고, 청구법인은 쟁점거래처가 아닌 C의 c에게 계약 조건을 문의하였으며, 청구법인의 직원이라 주장한 a은 청구법인의 근로소득명세서 등에서 직원으로 확인되지 않는다. 청구법인은 프로그램의 사용 중단 후 후불하기로 하였던 사용료에 대한 미지급금은 쟁점거래처에 대한 청구법인의 대여금 채권과 상계하였다고 주장하나, 쟁점거래처는 2019사업연도 매출이 없는 것으로 확인되고 조사청은 실제 사업을 영위하지 않는 것으로 보아 2019.8.20. 직권 폐업하였다. 쟁점세금계산서b와 관련하여 청구법인은 2019.9.30. 쟁점거래처에 지급해야 할 부채를 단기차입금으로 계정명만 변경한 것으로 보아 쟁점세금계산서b에 대한 대금 지급은 이루어졌다고 보기 어렵다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제101조(유사투자자문업의 신고) ① 불특정 다수인을 대상으로 하여 발행되는 간행물, 전자우편 등에 의하여 금융투자상품에 대한 투자판단 또는 금융투자상품의 가치에 관한 조언으로서 대통령령으로 정하는 것을 업(이하 이 조에서 “유사투자자문업”이라 한다)으로 영위하고자 하는 자는 금융위원회가 정하여 고시하는 서식에 따라 금융위원회에 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.5.13. 설립된 후 서울특별시 서대문구 OOO에서 유사투자자문업을 영위하다 2023.3.31. 폐업하였으며, 쟁점거래처는 유사투자전문업 등을 목적사업으로 하여 2017.2.8. 설립되었다가 2019.8.20. 직권 폐업되었다. (나) 조사청은 2022.1.26.부터 2022.3.5.까지 쟁점거래처에 대한 2017년 제1기 부가가치세 세목별 조사를 실시하여 매출세금계산서 총 230백만원 중 OOO원(100%, 청구법인에게만 매출), 매입세금계산서 OOO원 중 OOO원(72%)을 가공세금계산서로 확정하여 2022.12.15. 쟁점거래처, 실행위자 d, 명의상 대표이사 b를 조세범 처벌법 제10조 제3항 위반 혐의로 서울서부지방검찰청에 고발하였다. (다) 위 조세범 처벌법 사건을 이첩받은 서울수서경찰서는 2023.3.22. 쟁점세금계산서a의 품목에 맞는 공급계약서가 존재하고 관련 매매프로그램을 공급받은 후 금원을 지급한 것이 확인되는 등 허위의 세금계산서를 발급한 것이 아니라는 피의자 d의 주장을 달리 반박할 근거가 없음을 이유로 무혐의 처분하였다. (라) 조사청은 2022.2.15. b를 상대로 조사하였으며, 그 심문조서 내용은 아래와 같다. <쟁점거래처의 대표이사 직위를 부여받은 경위 등>

• 문) (쟁점거래처의 등기사항일부증명서를 보여주며 말미에 첨부함) 귀하가 2017.2.8.∼2018.7.12. 기간 동안 쟁점거래처의 대표이사로 취임한 경위에 대해 말씀해 주세요.
• 답) 초창기부터 청구법인에 근무하면서 고객관리시스템 개발업무를 하였는데 당시 청구법인의 대표이사로 생각되었던 d씨를 만나게 되었습니다. 당시 d씨와 불화로 본인을 포함하여 직원들이 회사를 그만둔다고 하자 d씨가 본인(b) 명의의 새로운 법인을 설립하고 도장과 통장도 제가 관리하게 하며 사업하는 것을 지원해주겠다고 말하며 제안했고 쟁점 거래처를 잘 키워서 수익을 잘 만들면 좋겠다고 생각되어 대표이사로 취임하게 되었습니다. 하지만 퇴사 시까지 도장과 통장은 소유하지 못했습니다.
• 문) d씨가 귀하를 붙잡은 이유가 무엇인가요? 답) 개발자를 찾는 일이 쉽지 않았기 때문이고 저의 실력 덕분이라고 생 각합니다.
• 문) 당시 d씨는 청구법인에서 어떤 위치였나요? 답) 청구법인의 대표이사는 e씨였는데 d씨의 배우자로 처음에는 d 씨가 대표자인줄 알았습니다. 후에 일하면서 법인등기부등본을 보고 대표자가 아니라는 사실을 알게 되었습니다.
• 문) d씨가 실제 아무런 직위가 없다는 사실을 언제 알게 되었습니까? 답) 언제라고 특정하기 힘들고 일을 하다가 법인의 등기사항을 보게 되어 알게 되었습니다. 하지만 모든 직원이 이미 대표라고 지시받고 있었기 때문에 크게 개의치 않았습니다.
• 문) 쟁점거래처의 법인통장 관리는 누가 하셨나요?
• 답) 쟁점거래처 설립 전에는 법인통장이나 회사를 운영할 수 있게 해준다는 d씨의 말과는 달리 쟁점거래처 설립 후 법인통장이나 법인인감을 한 번도 본 적이 없습니다. 실무적으로 법인통장을 관리했던 분은 회계를 총괄하셨던 김씨나 박*씨일 거 같은데 잘 모르겠습니다.
• 문) 쟁점거래처에서 맡은 실제 직책과 업무 내용은 무엇입니까?
• 답) 청구법인과의 업무는 확실히 구분되지는 않지만 IT팀 팀장으로 IT 관리 업무가 실질적인 업무였습니다. 문) 귀하는 2017년도 쟁점거래처 이외에도 청구법인에서 사업소득이 발생하였 는데요, 청구법인에서 맡은 실제 직책과 업무내용은 무엇입니까? 답) 청구법인에서 근무를 했기 때문에 회사 구분없이 IT팀장으로 계속 근무한 걸로 알고 있었고 쟁점거래처의 명의상 대표자로 있었습니다. <쟁점세금계산서a의 발급 경위 등>
• 문) 2017년 제1기 부가가치세 신고내용을 보면 매출처인 청구법인에 1매 OOO원을 발행한 것으로 확인됩니다. 거래내역, 품목, 거래방식에 대해 말씀해 주시기 바랍니다.
• 답) 모르겠습니다.
• 문) 매출처인 청구법인에 대한 2017년 제1기 거래와 관련하여 견적서, 계약서 등을 가지고 계신 것이 있나요?
• 답) 직원형태로 일했기 때문에 견적서나 계약서를 쓰는 관계는 아니었습니다.
• 문) 청구법인에 2017년 제1기 동안 공급한 공급가액 1매 OOO원의 매출 세금계산서(품목: 소프트웨어개발용역)는 언제 누구와 어떻게 금액을 산 정했나요? 답) 제가 2017년 당시 청구법인에서 IT업무 관련으로 소득이 발생하고 있었는데 소 프트웨어 개발용역을 쟁점거래처에서 청구법인으로 용역을 제공했다는 사 실이 이상합니다. 청구법인의 IT팀 인력이 충분하여 관련 거래가 이 루어 졌을 것 같지 않습니다.
• 문) 매출처인 청구법인으로부터 대금을 받으셨나요?
• 답) 모릅니다. 문) 쟁점거래처에서 매출처인 청구법인에게 소프트웨어 개발용역을 제공한 직원이 있었습니까?
• 답) 잘 모르겠습니다. 문) 청구법인에서 소프트웨어 개발용역 업무를 쟁점거래처와 같이 수행 직 원은 누구였습니까?
• 답) 당시 본인이 청구법인에서 전산관련 용역을 제공했었습니다.
• 문) IT팀장 입장에서 쟁점거래처와 청구법인 간의 소프트웨어개발용역 거 래가 행해질 수 있다고 생각을 하시나요? 답) IT팀장으로 잘 이해가 안갑니다. 쟁점거래처와 청구법인 간의 업무 구 분없이 일을 했기 때문입니다. (마) 청구법인 명의의 신한은행 계좌(OOO)에서 쟁점거래처의 계좌에 이체된 금융거래자료는 아래와 같다. (단위: 원) 거래대상 세금계산서 발행일 공급대가 대금지급일 지급액 비고 쟁점세금 계산서a 2017.6.5. OOO 2017.10.13. OOO 2017.4.3. 용역계약 체결 2017.10.31. OOO 2017.11.3. OOO 2018.5.28. OOO 계 OOO 쟁점세금 계산서b 2018.12.28 OOO 2019.9.30. 대여금 채권과 상계 용역계약서 없음 (바) 청구법인은 쟁점거래처에 4회(① 2017.10.13. OOO원, ② 2017.10.31. OOO원, ③ 2017.11.3. OOO원, ④ 2018.5.28. OOO원)에 걸쳐 총 OOO원을 지급하면서 단기대여금 계정으로 계상하였다. (사) 청구법인은 쟁점세금계산서b에 대한 미지급금을 쟁점거래처에 대한 대여금과 상계하는 회계처리를 하였다. (아) 청구법인과 쟁점거래처가 2017.4.3. 작성한 소프트웨어 개발 위탁계약서에는 청구법인이 쟁점거래처에 OOO원을 지급하기로 기재되어 있으나, 과업의 범위, 수행 기간, 위탁료에 대한 지급 방법 및 지급 기한 등이 기재되어 있지 않다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 금융거래내역이 존재하고 사법당국이 쟁점거래처에 대하여 무혐의 처분한 사실 등으로 보아 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서가 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 원칙적으로 세금계산서가 사실과 다르다는 점에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것이지만, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관해 상당한 정도의 입증을 하였다면 납세의무자가 관련된 증빙자료를 제시하기 용이한 지위에 있음을 감안할 때 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 납세의무자가 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다 할 것인바(대법원 2008.8.21. 선고 2008두9867 판결 등, 같은 뜻임), 이 건의 경우, ① 청구법인이 쟁점거래처로부터 소프트웨어개발 용역을 제공받고 세금계산서를 수취하였다면 특별한 사정이 없는 한 세금계산서상 기재내역에 맞게 거래대금을 지급하고 이에 부합하는 회계처리를 하였어야 함에도 불구하고 청구법인은 쟁점세금계산서a에 기재된 공급시기와 달리 그 대금을 4회에 걸쳐 분할하여 지급하였고, 그 계정과목을 통상의 소프트웨어개발 용역에 따른 “개발비”가 아니라 “단기대여금”으로 계상하였으며 관련 비용을 감가상각한 사실이 나타나지 아니한 것으로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서a와 관련한 거래대금을 지급하였다고 단정하기 어려워 보이는 점, ② 이에 더하여 청구법인의 IT 관리업무 담당자인 b가 IT 업무로 수취한 쟁점세금계산서a와 관련된 거래에 대하여 알지 못한다고 진술한 점, ③ 쟁점세금계산서b의 거래대금을 채권과 상계하였다는 청구주장과 관련하여 채권 존재 여부, 채권액 등을 알 수 있는 계약서 등이 제출되지 아니한 점, ④ 비록 서울수서경찰서가 쟁점거래처에 대하여 무혐의 처분하였다고 하더라도 형사사건과 행정사건은 입증의 정도를 달리하고, 형사사건의 무죄추정이 법원의 사실인정을 구속하는 것은 아니며, 수사기관의 수사결과 증거불충분을 이유로 무혐의 처분을 받았다는 사실만으로 실제 거래가 있었음을 입증하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취된 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있음이 상당한 반면, 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점거래처로부터 바스켓매매 프로그램, 주식 AI 프로그램을 공급받아 실제로 사용하였다는 주장에 대하여 청구법인이 그 입증책임을 다하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.