임차인이 청구인에게 부과된 ‘쟁점추징세액등’을 임대료로 대납한 것으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함시킬수 있는지 여부

[주 문] OO세무서장이 2023.2.15. 청구인에게 한 2020년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 ‘A’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2014.12.29. 그 배우자가 대표이사로 있는 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)과 청구인 소유의 ‘서울특별시 OO구 OO동 OOO 토지 2,131.7㎡(이하 “임대토지”라 한다)를 보증금 OOO원(임대료 없음)에 임대’하는 내용의 임대차계약을 체결한 후, 2016.1.1. ‘계약일 이후 임대토지와 관련된 제세공과금, 재산세, 종합부동산세 및 간주임대료 등(이하 “제세공과금등”이라 한다)을 임차인인 B이 대신 부담’하는 내용의 특약을 체결하였다.
• 나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.11.12.부터 2020.5.22.까지 청구인에 대한 2015년∼2018년 과세연도(이하 “쟁점과세연도”라 한다) 개인제세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 임대토지와 관련하여 B이 대납한 제세공과금등을 부가가치세 과세표준에 포함하지 않은 사실을 확인한 후, 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이를 반영하여 2020년 6월∼8월에 쟁점과세연도의 부가가치세 및 종합소득세를 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 2020년 7월부터 2020년 12월까지 쟁점과세연도 추징세액(부가가치세, 종합소득세 및 지방소득세)을 납부하고, 제세공과금등이 반영된 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세․2019년 귀속 종합소득세를 수정신고․납부하였다.
• 라. 청구인은 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 ‘위 세무조사결과 납부한 추징세액․수정신고납부액 등(총 OOO원으로, 이하 “쟁점추징세액등”이라 한다)’과 ‘2020년 제2기 과세기간의 간주임대료, 재산세 및 종합부동산세(총 OOO원)’의 합계액 OOO원(이하 “당초공급가액”이라 한다)’을 임차인이 대납한 금액으로 보아 과세표준에 포함하여 신고․납부하였다가, 2022.6.27. 당초공급가액 중 ‘쟁점추징세액등’은 2020.1.31. 임차인과의 임대차계약 보완합의에 따라 청구인이 납부하였고, 2020년 제2기 과세기간의 간주임대료 등(OOO원, 이하 “수정공급가액”이라 한다)만을 B이 대납한 것이므로 2020년 제2기 과세기간의 과세표준액을 수정공급가액으로 하여야 한다며 경정청구를 제기하였다.
• 마. 처분청은 2023.2.15. 청구인이 ‘쟁점추징세액등’을 납부하였다는 객관적인 증빙이 없는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.20. 이의신청을 거쳐 2023.6.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 임차인인 B은 2020년 제2기 부가가치세 과세기간에 수정공급가액(OOO원)만을 임차료로 지급하였으므로 해당 금액을 부가가치세 과세표준에 포함하여야 한다.

(1) 청구인(임대인)은 2020.1.31. B(임차인)과 ‘임차인은 임대인의 종합소득세 등 직접세를 제외하고 재산세, 종합부동산세, 도로사용분담금 등 본 임대차부동산과 관련된 제세공과를 임대(임차)료로 지급한다’는 내용의 임대토지에 대한 임대차계약 보완합의가 이루어졌고 그에 따라 수정공급가액만 임차인이 지급하였다(2020.1.31.자 보완합의서는 경정청구 조사기간 중 2022년 10월 처분청에 제출). 임대료에 대한 매출세금계산서 발행 및 수취는 ‘부동산 임대차계약서’상의 조건대로 이루어지는 것이고, 계약서상의 지급임대료 조항 등의 해석 권한은 계약자 쌍방에 있으며, 계약당사자 간 의견불일치로 쟁송할 경우, 사법부에 판단을 구하는 것인바, 이 건 계약은 계약당사자 간에 전혀 이견이 없는 것이므로 처분청이 이를 변경해석할 권한이 없다.

(2) 더욱이 외부회계감사를 받는 임차인인 B의 2020년 과세기간 손익계산서에 의하면, 임차인이 수정공급가액만을 임차료로 지급하였음이 객관적으로 확인된다.

(3) 세금계산서를 발행하는 실무자의 단순착오로 약정금액과 다른 세금계산서가 발행되었음을 발견하고 계약당사자 쌍방인 청구인(임대인)과 B(임차인)이 착오를 인정하여 상호 동의하에 이를 바로잡아 수정사항에 대한 수정신고를 이행한 후 이 건 경정청구를 한 것임에도 이를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 임차인(B)이 제세공과금등을 대납하기로 하는 2016.1.1.자 특약에 따라 ‘쟁점추징세액등’은 청구인의 2020년 제2기 부가가치세 과세표준에 포함하여야 한다.

(1) 청구인과 임차인 간에 체결한 2016.1.1.자 특약에 의하면, 제세공과금등을 임차인이 납부하도록 하고 있으므로 이를 임차인이 대납한 것이라면 임대용역 제공의 대가가 되어 과세표준에 포함된다.

(2) 청구인은 2020.1.31.자 보완합의서에 ‘종합소득세 등 직접세를 제외하고 재산세, 종합부동산세, 도로사용 분담금 등 본 임대차부동산과 관련된 제세공과를 임대료로 지급한다’고 기재되어 있으므로 임차인의 종합소득세 등 지급의무가 없어 ‘쟁점추징세액등’을 과세표준에 포함하면 안된다고 주장하나, ① 당초 2016.1.1.자 계약서상의 특약란에는 이와 같이 명시되어 있지 않은 점, ② 해당 합의서는 이의신청 당시 제출된 점(청구인은 경정청구 당시 2020.1.31.자 보완합의서를 제출했다고 주장하나 제출한 사실이 확인되지 아니함), ③ 2020.1.31.자 보완합의서 내용대로라면 종합소득세는 개인이 납부하여야 함에도 이를 입증할만한 객관적 증빙(청구인이 납부했다는 금융증빙 등)이 제출되지 아니한 점 등을 종합할 때 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 임차인이 청구인에게 부과된 ‘쟁점추징세액등’을 임대료로 대납한 것으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함시킬수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 제32조(세금계산서 등) ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 B 간의 임대차계약․특약 체결 및 보완합의, 청구인의 2020년 제2기 부가가치세 신고, 경정청구 및 처분청의 거부처분 경위 등은 다음과 같다. (가) 부동산임대업을 영위하는 청구인(A)과 B은 2014.12.29. ‘보증금 OOO원(임차료 없음), 임대차기간 6년(2015.1.1.∼2020.12.31.)’으로 하여 임대토지를 B에 임대하는 내용의 임대차계약을 체결하고, 2016.1.1. 당초계약에 아래 <표1>과 같이 제세공과금등을 임차인이 대신 부담하는 내용의 ‘임차인부담 제세공과금에 관련한 특약’을 체결하였다. <표1> 2016.1.1.자 특약 내용 당초 계약일 이후 갑(청구인)에게 부과되는 임대목적물(임대토지)에 관련된 제세공과금 및 재산세, 종합부동산세, 임대보증금의 간주임대료 등은 을(임차인 B)이 부담하기로 한다. (나) 처분청은 조사청의 세무조사 결과에 따라 쟁점과세연도(2015년∼2018년)에 B이 대납한 제세공과금등을 청구인의 수입금액에 반영하여 청구인에게 2015년∼2018년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2015년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 부과하였다. (다) 청구인은 2020년 7월∼2020년 12월 기간 중에 위 추징세액을 납부하고, 제세공과금등이 반영된 2019년 제1기․제2기 부가가치세와 2019년 귀속 종합소득세를 수정신고․납부하였다. (라) 청구인은 2020년 제2기 과세기간 중에 공급가액을 OOO원(당초공급가액)으로 하여 세금계산서를 발행하고 2020년 제2기 부가가치세를 신고하였다가, ‘쟁점추징세액등’(OOO원)을 감액하는 내용의 수정세금계산서를 발행(OOO원 및 OOO원, OOO원 감액)하고, 2020년 제2기 과세기간의 공급가액은 수정공급가액으로 하여야 한다며 아래 <표2>와 같이 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. <표2> 2020년 제2기 부가가치세 경정청구내역

(2) 청구인이 2020년 제2기 과세기간의 공급가액은 OOO원(수정공급가액)에 해당한다며 제출한 자료에서 확인된 내용은 다음과 같다. (가) 청구인과 B 간에 체결된 2020.1.31.자 임대차 계약 보완합의서에 의하면, ‘임차인의 제세공과 부담 범위를 임대인의 종합소득세 등 직접세를 제외하고 재산세, 종합부동산세, 도로사용분담금 등 본 임대차 부동산 관련 제세공과 부담을 범위로 한다’는 내용이 기재되어 있다. (나) 당초공급가액(OOO원) 및 수정공급가액(OOO원) 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 당초공급가액 및 수정공급가액 내역 (다) 임차인(B)의 가수금계정 관련 전표(2020.1.1.∼2020.12.31.)에 의하면, 청구인이 주장하는 수정공급가액 상당 금액(OOO원)이 2020.11.30. 가수금 반제처리되면서 그 적요란에 청구인(A)의 재산세 등의 항목이 각 기재되어 있다. (라) B의 2020사업연도 법인세 신고서상 첨부된 손익계산서에 의하면, 지급임차료로 OOO원이, 세금과공과 계정에 OOO원이 계상되어 있는 것으로 확인된다. (마) B 대표이사(OOO)의 확인서에 의하면, ‘B의 임차료 지급대상은 청구인(A) 단 하나로, 2020사업연도 지급임차료는 OOO원이다’라고 기재되어 있다.

(3) 한편, B은 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 당초공급가액을 매입세액 공제대상으로 하여 신고하였다가 ‘쟁점추징세액등’ 상당액을 매입세액 불공제하여 수정신고한 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 ‘쟁점추징세액등’을 납부하였다고 볼 만한 객관적인 증빙이 없으므로 B이 이를 대납한 것으로 보아 청구인의 수입금액에 포함하여야 한다는 의견이나, 임차인(B)의 임대토지와 관련된 부담범위와 관련하여, 당초(2016.1.1.자 임대차특약)에는 ‘임대토지와 관련된 제세공과금, 재산세, 종합부동산세 및 간주임대료’를 B이 부담하도록 하던 것을 2020.1.31.자 임대차계약 보완합의로 ‘청구인의 종합소득세 등 직접세를 제외하고, 재산세, 종합부동산세, 도로사용분담금 등 본 임대토지 관련 제세공과금’으로 변경하였는바, 비록 해당 보완합의가 조사청의 세무조사 기간 중에 작성된 것이라 하더라도 과거에 발생된 부담분에 대한 소급적용이 아닌 향후 발생분에 대한 임차인의 대납범위를 정한 것이므로 합의 이후 임대토지와 관련되어 발생된 부담분에 대하여는 2020.1.31.자 임대차계약 보완합의를 적용할 수 있어 보이는 점, 2020.1.31.자 임대차계약 보완합의를 해석함에 있어 해당 합의는 ‘청구인의 종합소득세 등 직접세를 임차인의 부담 범위에서 제외’하면서 ‘임차인의 부담범위에 포함되는 임대토지 관련 제세공과금 앞에 재산세, 종합부동산세, 도로사용분담금 등을 열거’하였는데, 이는 임차인의 부담범위에 포함되는 제세공과금을 재산세, 종합부동산세 및 도로사용분담금으로 한정하면서, 그 외 임대인의 임대물건 운영으로 발생되어 추징된 종합소득세 등까지 포함하려 했던 것으로 보이지는 않는 점, 이와 같은 해석에도 불구하고 임차인인 B이 청구인을 납세의무자로 하여 부과된 종합소득세 등을 대납한 사실이 확인된다면 이를 청구인의 수입금액에 포함시킬 수 있을 것이나, 이에 대해 처분청은 명확한 근거자료를 제시하지 못하고 있는 점, 반면에 임차인의 2020사업연도 손익계산서에 임차료로 임대토지의 재산세, 종합부동산세 및 간주임대료를 합한 수정공급가액 상당액인 OOO원만이 기재되어 있는 점, 더욱이 B은 ‘쟁점추징세액등’ 상당액을 매입세액 불공제하여 수정신고한 점 등에 비추어 B은 수정공급가액만 대납한 것으로 보이므로 처분청이 청구인에게 부과된(또는 수정신고한) ‘쟁점추징세액등’까지 임차인인 B이 대납한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.