[요지] 이 사건 매매계약서상 매매대상 부동산으로 이 사건 토지뿐만 아니라 쟁점건물도 같이 기재되어 있으며 이 사건 부동산의 양수인들은 쟁점건물에 대한 소유권 이전등기도 경료한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 이 사건 매매계약서상 매매대상 부동산으로 이 사건 토지뿐만 아니라 쟁점건물도 같이 기재되어 있으며 이 사건 부동산의 양수인들은 쟁점건물에 대한 소유권 이전등기도 경료한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 부가가치세법제29조 제9항은 “토지와 건물을 함께 공급하는 경우 공급가액은 건물의 실지 거래가액으로 한다”고 하면서 실지거래가액이 불분명한 경우 기준시가로 안분하는 규정을 둔 것인데, 청구인들과 다른 공동소유자들(이하 “청구인들등”이라 한다)의 이 사건 부동산 양도에는 ‘쟁점건물이 공급된 재화에 포함되어 있지 않았기 때문’에 기준시가에 의한 토지ㆍ건물 안분계산 대상이 될 수 없다. 청구인들등이 이 사건 부동산을 공급할 때 애초부터 매수인이 취득하여 곧바로 쟁점건물을 철거할 예정이었으므로 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 표시하여 토지만을 공급했을 뿐만 아니라 실제로도 매수인은 쟁점건물을 곧바로 철거한 사실이 확인되는 이상 이 사건 부동산의 양도는 이 사건 토지만을 공급한 경우에 해당한다.
(2) 2019.1.1. 시행된 부가가치세법제29조 제9항의 개정취지를 보면 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것이라고 적시하고 있는데, 청구인들은 자산별 가액의 구분을 통한 조세회피를 의도한 사실이 없다. 당초 이 사건 부동산의 양수인이 쟁점건물을 철거하고 아파트신축공사를 시행할 예정이라면서 건물가액을 OOO원으로 하자는 제안을 하였고, 청구인들의 입장에서는 부가가치세는 거래징수하여 납부하면 그만이었기 때문에 위 제안을 거절하였으나, 결국 추후 부가가치세 문제가 발생하면 매수인이 책임지기로 하는 선에서 거래가 성사된 것이다. 당시 청구인들등은 이 사건 부동산의 양도 당시 토지와 건물가액의 구분을 통하여 절세가 되는지조차 인지하지 못하였고, 이 사건 부동산을 양도하고 OOO원이나 되는 거액의 양도소득세를 납부하면서 OOO원(이마저도 처분청의 무리한 세법적용으로 장기보유특별공제액의 재계산으로 파생된 것에 불과함)의 절세를 도모할 목적으로 이러한 계약을 체결했다는 처분청의 주장은 어불성설이다.
(3) 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 그동안 판례와 예규에서 일관되게 건물의 공급가액을 “OOO원”으로 인정해주었고, 2022.2.15. 개정ㆍ시행된 부가가치세법 시행령제64조 제2항은 이를 명확히 하였다(처분청은 이를 신설된 규정이라고 하나 이는 개정취지를 잘못해석한 것임). 2019.1.1. 시행된 부가가치세법제29조 제9항 제2호는 토지ㆍ건물의 실지거래가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 기준시가를 기준으로 안분계산한다고 하고 있으나, 동 규정의 취지가 실제 건물을 매수인이 사용하는 경우 건물의 공급가액이 실질과 다르게 과소평가되는 것을 방지하고자 하는 것임을 감안하면, 이 사건 부동산의 매수인이 쟁점건물을 즉시 철거할 예정이었고, 실제로 철거하였다는 점에서도 동 조항을 그대로 적용할 수는 없다. 더구나, 2019.1.1.∼2021.12.31. 사이에도 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물가액을 “OOO원”으로 인정’하는 국세청 예규(서면2014-부가-22025, 2015.6.28.)가 폐지되지 않은 채 국세법령정보시스템에 엄연히 존재하고 있었다. 즉, 2019.1.1. 시행된 부가가치세법제29조 제9항 단서규정의 신설은 그동안 인정되어 오던 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물가액을 “OOO”원으로 인정’하는 내용을 폐지한 것이 아니라 실질적으로 건축물을 공급하면서 자산별 임의구분을 통하여 이루어지는 조세회피를 방지할 목적으로 안분계산기준을 보완한 것으로 해석하는 것이 타당하다.
(4) 2022.1.1. 시행된 부가가치세법제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제2항은 토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화조치의 일환으로 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 기준시가에 의한 안분계산을 하지 않는 것으로 명문화했는데, 처분청은 이 사건 조사를 실시하면서 위 개정규정, 국세청 예규 등을 무시하고 기계적으로 기준시가로 토지 및 건물가액을 안분하여 이 사건 처분을 하였다. 부가가치세법제29조 제9항은 결국 납세자의 부당한 행위나 계산을 부인하여 합리적 과세를 하기 위한 목적으로 도입된 조항이라는 점에 비추어 보면 처분청은 청구인이 처해져 있던 상황이나 이러한 매매계약을 체결한 경위 등에 대하여 면밀한 검토를 했어야 하는데 이를 생략하고 이 사건 처분을 하였다. 위 규정은 거래당사자간 부당한 행위 또는 계산(거래)이 없는 경우에조차 기계적이고 일률적으로 적용하여 실지거래가액을 무시하라는 취지는 아닐 것이다. 2022.1.1. 시행된 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 관한 개정세법해석에서는 종전 단서규정이 가진 불합리함을 분명하게 인정하고 있다.
(1) 청구인들등이 2021.2.9.자로 체결한 이 사건 매매계약서를 보면 매매대상 목적물은 이 사건 토지와 쟁점건물로 되어 있고, 매매대금은 OOO원(청구인들 각자 지분 매매가액은 각 OOO원)으로 되어 있는 등 위 계약서에는 이 사건 토지 및 건물의 전체 매매가액만 표시되어 있을 뿐 각각의 매매가액이 구분되거나 안분되어 있지 않다. 이와 같이 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결할 당시 매매대상 목적물은 이 사건 토지 및 쟁점건물 전체이고, 그 매매대금이 총액으로만 기재되어 있을 뿐이므로 이 사건 부동산의 거래는 토지 및 건물에 대한 일괄양도 거래에 해당한다.
(2) 청구인들은 이 사건 부동산의 양도에 관한 양도소득세 신고를 하면서 이 사건 부동산 지분의 매매가액을 OOO원, 쟁점건물 지분의 매매가액을 OOO원으로 안분하여 신고하였는데, 이는 객관적이고 명백한 계산근거나 안분근거 없이 청구인들이 임의로 안분한 가액이다. 세법 및 심판례에서 말하는 객관적이고 합리적인 안분근거란 공신력 있는 감정평가기관에서 평가한 감정가액에 의한 안분, 계약당사자 간의 합의를 통해 안분한 가액으로서 해당 안분가액이 거래 관행을 벗어나지 않는 합리적이고 공정한 가액에 의한 안분, 장부를 비치ㆍ기장한 경우 해당 장부가액에 의한 안분 등을 말하는데, 청구인들은 아무런 객관적인 근거 및 합리적 사유 없이 단지 쟁점건물이 철거예정이었으므로 실질적으로 재산가치가 OOO원이라는 주장만 되풀이하고 있다. 처분청은 청구인들이 임의로 안분한 이 사건 토지의 지분 및 쟁점건물의 지분 가액이 소득세법제100조에 의해 기준시가로 안분계산한 토지 및 건물의 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 토지 및 건물 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보았고, 이에 따라 기준시가에 따라 안분계산하여 양도소득세를 부과하였으므로 이 사건 처분은 정당하다.
(3) 청구인들은 쟁점건물이 철거예정이었으므로 사실상 재산적 가치가 없어 매도가액이 OOO원이라고 주장하나, 부동산 매매거래시 매수인이 취득한 부동산에 대한 향후 사용계획에 따라 매매계약 당시 거래조건(일괄양도)이나 객관적 교환가치(매매대금)가 소급하여 달라지지 않는 것이다. 청구인들등은 매수인과 사이에 이 사건 토지 및 쟁점건물을 거래대상 목적물로 삼고 계약을 진행하였고, 이 사건 부동산에 대한 총매매가액을 구체적으로 명기하였으므로 여기에는 이 사건 토지 및 쟁점건물의 재산가치가 모두 반영된 것으로 보는 것이 통상의 상식에 부합한다고 할 것이다. 더구나, 이 사건 부동산의 매수자는 일괄 취득한 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대해 각각 소유권이전등기를 하였는데, 이는 이 사건 부동산 거래가 재산적 가치가 있는 토지 및 건물의 유상 매매거래였다는 사실을 반증하는 것이다.
(4) 청구인들은 이 사건 부동산으로 부동산임대업을 영위하면서 사업용 고정자산인 쟁점건물에 대해 감가상각비를 공제받았고, 청구인들이 2020년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상 쟁점건물이 OOO원으로 계상되어 있는 등 쟁점건물이 장부에 가치가 있는 것으로 계상되어 있었음에도 단지 이 사건 부동산의 매수자가 쟁점건물을 철거하고 신축할 예정이라는 이유만으로 쟁점건물의 매매가액을 임의로 OOO원이라고 할 수는 없다.
(5) 청구인들은 국세청 예규(서면-2014-부가-22025, 2015.6.28.)를 근거로 쟁점건물의 공급가액이 OOO원이라고 주장하고 있으나, 위 예규는 건물철거를 전제로 매매계약시 거래당사자 간 건물가액을 OOO원으로 합의하였다고 하더라도 이러한 거래가 정상적인 거래에 해당하는지 등을 사실판단하여 처리할 사항이라는 내용인 반면, 이 건의 경우 이 사건 부동산의 매수인이 이 사건 토지 및 쟁점건물을 유상으로 일괄하여 매수하기로 매매계약을 체결하고 그 내용대로 이행(건물에 대한 소유권이전등기)한 것이 명백한 거래 사실이므로 위 예규를 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정된 것) 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
(3) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되고, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 이전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우
(4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되고, 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
(1) 이 사건 매매계약서, 쟁점건물의 등기사항전부증명서, 청구인들이 쟁점건물의 임대사업과 관련하여 제출한 재무제표 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인들의 부친 CCC는 1985.12.24. 이 사건 토지 및 쟁점건물(쟁점건물의 사용승인일은 1982.11.26.임)을 취득하였고, 2006.11.9. 청구인들에게 이 사건 토지 및 쟁점건물의 지분 1/4씩을 증여하였다. (나) 청구인들은 DDD 및 GGG와 함께 2006.11.9. 쟁점건물을 사업장소재지로 하여 부동산임대업으로 사업자등록(사업자등록번호: OOO)하고 임대업을 영위하였다. (다) 청구인들은 DDD 등과 함께 2021.2.9. FFF 외 3인에게 이 사건 부동산을 OOO원에 양도하는 내용의 계약(이 사건 매매계약)을 체결하였는데, 위 계약서상 이 사건 토지 및 쟁점건물이 매매대상 부동산으로 기재되어 있고, 특약사항으로 아래 ＜표1＞과 같은 내용이 기재되어 있다. ＜표1＞ 이 사건 매매계약의 특약사항 ㅇㅇㅇ (라) 이 사건 부동산의 매수인들은 2021.6.10. 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대하여 소유권이전등기를 경료하였다. (마) 청구인들은 이 사건 부동산의 양도 후 이 사건 부동산에 대한 각자 지분의 양도가액 OOO원을 전부 이 사건 토지에 관한 것으로 하고, 쟁점건물 지분에 대한 양도가액을 OOO원으로 안분하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였고, 처분청은 이 사건 조사를 실시한 결과 쟁점건물의 재산적 가치가 있음에도 불구하고 청구인들이 임의로 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 안분하였다고 보아 소득세법제100조 제2항 및 제3항 등에 따라 기준시가에 비례하여 총 매매대금을 안분하여 청구인들에게 아래 ＜표2＞와 같이 이 사건 처분을 하였다. ＜표2＞ 이 사건 처분의 상세내역 ㅇㅇㅇ (바) 한편, 청구인들이 처분청에 2020년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 표준합계잔액시산표에는 쟁점건물의 가액이 OOO원으로 기재되어 있고, 청구인들이 쟁점건물의 임대사업에 관하여 제출한 부가가치세 신고서에는 2020년 제2기 과세표준이 OOO원(2021년 제1기는 OOO원)으로 되어 있으며, ㈜AAA이 2021년 6월 경 OOO청장에게 쟁점건물의 철거를 위하여 제출한 특정공사 사전신고서에는 공사실시기간이 “2021.6.23.∼2021.7.31.”로 기재되어 있고, 일반건축물대장 상 쟁점건물은 2021.8.30. 말소된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인들은 이 사건 부동산의 매수인이 쟁점건물을 철거할 예정이었고 실제로 매수 후 곧바로 철거하였으므로 이 사건 부동산의 양도는 이 사건 토지만을 양도한 것이라는 취지로 주장하나, 이 사건 부동산의 양도 당시 소득세법제100조 제2항 및 제3항 등은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하고, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위와 같이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있고, 이 사건 매매계약서를 보면 매매대상 부동산으로 이 사건 토지 뿐만 아니라 쟁점건물도 같이 기재되어 있으며, 이 사건 부동산의 매수인들은 쟁점건물에 대한 소유권이전등기도 경료한 것으로 나타날 뿐만 아니라, 청구인들이 과세관청에 제출한 종합소득세 및 부가가가치세 신고서상 2020년 재무제표상에 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 기재하고 2020년 제2기 쟁점건물의 임대사업 관련 부가가치세 과세표준이 OOO원이었던 점 등에 비추어 쟁점건물의 양도 당시 재산적 가치가 없었다고 보이지 아니하는 점 등을 고려할 때 처분청이 소득세법제100조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제166조 제6항과 부가가치세법 시행령제64조 등에 따라 이 사건 토지 및 쟁점건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 그 양도가액을 안분하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.