청구법인은 피합병법인으로부터 합병으로 승계받은 사업을 같은 사업연도에 물적분할하여 폐지하였으므로 쟁점결손금은 법인세 과세표준 계산시 공제할 수 있는 결손금에 해당하지 않는 것으로 보아 미환류소득 계산시 차감하지 아니한 처분에 잘못이 없음
청구법인은 피합병법인으로부터 합병으로 승계받은 사업을 같은 사업연도에 물적분할하여 폐지하였으므로 쟁점결손금은 법인세 과세표준 계산시 공제할 수 있는 결손금에 해당하지 않는 것으로 보아 미환류소득 계산시 차감하지 아니한 처분에 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 해당 법인이 보유하고 있는 결손금 전액을 의미하는바, 쟁점피합병법인으로부터 승계한 쟁점결손금도 청구법인의 미환류소득 계산 시 차감되어야 한다. (가) 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 해당 사업연도에 법인이 보유하고 있는 결손금 전액을 의미한다.
1. ‘미환류소득에 대한 법인세’는 2015.1.1. 시행된 법인세법에서 도입된 제도로, “우리 경제에서 기업의 소득이 투자, 임금 또는 배당을 통하여 가계의 소득으로 원활하게 흘러들어가는 선순환 구조를 정착시키기 위하여” 도입되었고, “회사의 소득을 유보하지 말고 투자, 배당 등 환류를 유도하기 위한 것으로 해당 연도에 실질적인 미환류소득 범위 내에서 법인세를 납부하게 하는 것”이 근본 취지인바, 어떤 법인이 이월결손금을 보유하고 있다면 해당 이월결손금은 미환류소득 계산 시 전액 차감되어야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령의 개정내용을 보더라도 미환류소득 계산 시 해당 법인이 보유하고 있는 이월결손금 전액을 차감하여야 함을 알 수 있다. 2022.2.15. 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(이하 “쟁점규정”이라 한다)은 미환류소득 계산 시 기업이 “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”을 차감하도록 규정하고 있었으나, 미환류소득에서 차감하는 이월결손금이 실제 공제한 이월결손금만을 의미하는 것인지, 아니면 법인이 보유하고 있는 누적 결손금 전액을 의미하는 것인지가 불분명하였다. 쟁점규정이 2022.2.15. 개정되면서, “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금”으로 변경되었고, 같은 법 제13조 제1항 제1호 단서의 한도적용을 배제한다는 내용이 추가되었는바, 과세표준 계산 시 이월결손금 공제 한도의 적용 없이 누적 결손금 전부를 차감할 수 있음이 명확해졌다.
3. ‘ 조세특례제한법 집행기준’, 과세관청의 예규에서도 위와 같은 입장이 확인된다. ‘ 조세특례제한법 집행기준’은 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 “해당 사업연도에 공제한 결손금”이란 법인세법 제13조 제1호 의 “각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 하였고, 기획재정부 및 국세청도 같은 내용으로 회신한 바 있다(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30., 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7. 등). 그간 쟁점규정의 문언이 명확하지 않았음에도 기획재정부 및 국세청 등이 일관되게 미환류소득 계산 시 기업이 보유하고 있는 누적 결손금 전액을 차감하도록 한 것은 기업이 해당 연도에 보유하고 있는 ‘실질적인 미환류소득’의 범위 내에서 법인세를 납부하도록 하는 ‘미환류소득에 대한 법인세’의 취지와 그 결을 같이 하는 것으로서 기업이 해당 사업연도에 사내에 유보하고 있는 이월결손금을 미환류소득 계산 시 전액 차감하도록 하는 것이다. (나) 처분청이 제시한 기획재정부 예규는 법적 근거가 부족한 해석사례이다.
1. 최근 기획재정부는 별다른 근거를 제시하지 아니한 채 “미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 차감할 수 없다”고 회신하였다(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24., 이하 “쟁점예규”라 한다).
2. 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제한도가 적용되지 아니하는바(조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목 단서), 해당 규정에 따라 법인세 과세표준 계산 시 공제가 제한되어 이후 사업연도로 다시 이월되는 결손금도 미환류소득에서 재차 차감이 허용된다고 보아야 한다.
3. 쟁점예규와 같이 과거 미환류소득의 계산 시 이미 차감된 금액을 재차 차감할 수 없다면 미환류소득에서 차감되는 이월결손금은 법인이 실제로 보유하고 있는 이월결손금 중 일부로 한정되어 결국 어떠한 기업이 특정 사업연도의 소득금액보다 큰 이월결손금을 보유하고 있음에도 해당 기업에게 ‘미환류소득에 대한 법인세’가 추가로 부과되는 불합리한 결과에 이르게 된다.
4. 쟁점규정과 법인세법 제13조 제1항 제1호 의 규정을 고려할 때, 미환류소득의 계산 시 차감할 수 있는 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때에 공제되지 아니한 금액으로 법인은 해당 사업연도에 실제로 보유하고 있는 이월결손금 전액을 미환류소득의 계산 시 차감할 수 있음이 문언상 명백하고, 그 중 일부가 과거 사업연도의 미환류소득 계산 시 차감된 바 있다 하더라도 해당 이월결손금을 계산에서 제외하여야 한다는 의견을 뒷받침할 만한 어떠한 근거도 존재하지 아니한다.
5. 결국 쟁점예규는 법적 근거 없이 단순히 결과만 제시한 것이며 조세특례제한법 명문규정에도 반하는 해석사례이다. (다) 처분청은 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금에 대하여, “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”만 공제가능하다는 의견이나, 이는 타당하지 아니하다.
1. 과세관청의 과거 예규와 같이 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”을 차감할 수 있다고 보아야 한다(사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7.).
2. 따라서 쟁점결손금도 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 아니하고 남아 있는 한 미환류소득 계산 시 차감할 수 있다고 해석함이 타당하다.
(2) 설령 쟁점결손금을 미환류소득 계산 시 차감할 수 없다고 하더라도, 청구법인의 사업으로부터 발생한 이월결손금은 재차 차감할 수 있다고 보아야 한다. (가) 미환류세제의 취지상 청구법인의 사업으로부터 발생한 결손금은 그 전액이 미환류소득 계산 시 차감되는 것으로 보아야 한다.
1. 법인이 사업에서 발생한 결손금을 보유하고 있다면 해당 사업연도에 소득이 존재하더라도 과거 발생한 결손금으로 인해 ‘실질적인 소득’이 발생하지 않은 것에 해당하고, 이 경우 미환류소득에 대한 법인세가 발생하지 않는다고 봄이 타당하다.
2. 쟁점규정의 개정뿐 아니라, 기획재정부 등의 예규에서 미환류소득 계산 시 차감하는 결손금에 대하여, “해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금”, 즉 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”으로 해석하고 있는바, 법인이 사업을 영위하면서 발생한 결손금이 해당 사업연도 이전에 공제되지 아니하였다면 해당 이월결손금 전액이 미환류소득 계산 시 차감되는 결손금에 해당한다(법인, 기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.). (나) 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 제시하고 있는 쟁점예규는 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금에 한정된다.
1. 쟁점예규는 피합병법인으로터 승계받은 이월결손금에 대해서만 회신이 이루어졌다.
2. 해당 법인의 사업에서 발생한 이월결손금에 대해서는 별도의 명문규정이 없고, 사업에서 발생한 결손금을 재차 차감하지 못한다면 누적된 이월결손금이 남아 있어 환류여력이 없는 기업임에도 미환류소득에 대한 법인세를 부담하게 되는 불합리한 결과가 초래된다. (다) 조세특례제한법 시행령의 문언상 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금은 ‘미환류소득을 계산할 때’가 아닌 ‘법인세 과세표준을 계산할 때’ 공제되지 아니한 이월결손금을 의미하므로 이월결손금의 재차 차감이 허용된다고 보아야 한다.
1. 즉 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 법인세법상 과세표준 산정 시 공제되었는지 여부로 결정되어야 한다.
2. 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금의 경우 중복 공제가 되지 않도록 하기 위해 신고서식에서 기 공제액 등을 기재하여 관리하고 있으나, ‘미환류소득에 대한 법인세’ 신고서식에서는 이와 같은 내용을 기재하도록 정하고 있지 아니하는바, 과거 미환류소득 계산 시 차감한 이월결손금이라 하더라도 법인세 과세표준에서 공제되지 아니한 이월결손금에 해당하는 이상 이후 사업연도에서 재차 차감할 수 있다고 보아야 한다.
(1) 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금을 의미하고, 공제가 불가능한 결손금은 차감할 수 없다. (가) 쟁점규정에서는 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금에 대하여 “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”이라고 규정하고 있다.
1. 관련 예규에서도, 미환류소득 계산 시 공제하는 이월결손금에 대하여 법인세법 제13조 제1항 을 그대로 인용하고 있는바(사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7.), 법인세법 제13조 제1항 에서는 과세표준 계산 시 이월결손금을 공제하여 계산한다고 규정하고 있다.
2. 따라서 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금을 의미하며 공제가 불가능한 결손금은 이에 해당하지 아니한다. (나) 쟁점결손금은 법인세법에 따른 과세표준 계산 시 공제할 수 없는 것이므로 미환류소득 계산 시에도 공제할 수 없다. 1) 법인세법 제45조 제2항 에 의하면 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다고 규정하고 있다.
2. 쟁점결손금은 청구법인이 2012년 1월경 쟁점피합병법인을 흡수합병할 때 승계한 것으로, 승계받은 사업의 소득금액의 범위에서 공제할 수 있으나, 청구법인은 해당 사업을 2012년 6월경 적격물적분할로 폐지하였으므로 이를 공제할 수 없다 할 것이다. (다) 청구법인은 해당 법인이 보유하고 있는 이월결손금 전액을 미환류소득 계산 시 차감할 수 있다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 계산 시 공제가 불가능한 이월결손금은 미환류소득 계산 시 차감할 수 없는 것이다. (라) 쟁점규정의 개정내용을 보더라도, ‘공제한 결손금’에서 ‘공제할 수 있는 결손금’으로 개정되었는바, 각 사업연도 소득에 대한 과세표준에서 공제가 가능함을 전제하고 있는 것이다. (마) 청구법인은 미환류소득 계산 시 이월결손금 공제한도 규정을 적용하지 않는다는 기획재정부의 유권해석을 제시하면서 해당 법인의 누적 결손금 전부를 미환류소득 계산 시 차감할 수 있다고 주장하나(기획재정부 법인세제과-312, 2016.6.30.), 위 예규는 2015년 미환류세제가 도입된 후 2015.12.15. 법인세법이 개정되면서 제13조에서 이월결손금 공제한도가 신설됨에 따라, 이를 그대로 미환류세제에도 적용하는 경우에는 기업에 지나친 부담을 줄 수 있다는 측면을 고려하여 미환류소득 계산 시에는 이월결손금 공제한도를 적용하지 않는다고 해석한 것일 뿐, 쟁점결손금과 같이 법인세 과세표준 계산 시 공제할 수 없는 이월결손금까지 미환류소득 계산 시 차감할 수 있다는 것은 아니다.
(2) 미환류소득 계산 시 이월결손금은 재차 차감할 수 없다. (가) 이 건 귀속 과세기간(2016～2020사업연도)에 적용되는 구 조세특례제한법 시행령상 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금은 “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”이므로 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 않은 이월결손금은 미환류소득 계산 시 공제할 수 없다.
1. 청구법인이 제시하고 있는 기획재정부 예규(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.)는 2016년 시행된 ‘법인세 과세표준 계산 시 이월결손금의 공제한도’에 대한 해석일 뿐, 미환류소득 계산 시 재차 차감을 허용하겠다는 의미가 아니다. 2016년 시행된 ‘법인세 과세표준 계산 시 이월결손금의 공제한도’ 제도의 도입으로 인해, 공제되지 못한 이월결손금이 그대로 미환류소득 계산에도 적용되어, 공제되지 못한 이월결손금이 남아 있음에도 미환류소득 법인세를 납부하게 되는 문제가 발생하게 됨에 따라 기획재정부가 예규를 통해 미환류세제에서는 이월결손금 공제한도규정을 적용하지 않겠다고 해석한 것이다.
2. 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 공제제도에서도 한 번 공제한 이월결손금은 이후 사업연도에 재차 공제하지 아니한다.
3. 미환류소득 계산 시 이월결손금을 차감하도록 한 것은 이월결손금으로 인해 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해주기 위한 것이지 재차 차감을 허용하는 것은 아니다. (나) 기획재정부도 쟁점예규를 통해 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 각 사업연도마다 재차 차감하는 것은 불가능하다고 회신하였다 (기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.). (다) 미환류세제와 관련한 법령에서 재차 차감이 허용된다고 명시적으로 규정하고 있지 아니함에도, 이를 허용되는 것으로 해석하기 위해서는 그 의미가 명확해야 할 것이나, 청구법인이 제시한 유권해석은 ‘각 사업연도의 과세표준을 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 하고 있을 뿐, 재차 차감이 가능하다고 해석한 것으로 볼 수 없다(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.). (라) 예를 들면, xx00년에 100의 이월결손금이 발생하였고, xx01년과 xx02년에 각 100의 소득이 발생한 경우를 가정할 때(법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 공제한도 60% 적용), 3년 간 총 100의 소득이 발생하였음에도 청구주장대로 미환류소득을 계산하면 xx01년에 이월결손금 100이 차감되고(공제한도 미적용), xx02년에 공제한도에 따른 40이 재차 차감되어 결국 140이 차감되고 미환류소득(기업소득)은 60이 되는 불합리한 결과가 초래되는바, 청구주장은 타당하지 아니하다.
① 쟁점피합병법인으로부터 승계한 쟁점결손금을 청구법인의 미환류소득 계산 시 차감할 수 있는지 여부
② 미환류소득 계산 시 이월결손금을 재차 차감할 수 있는지 여부
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(법인세법 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법
1. 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우
2. 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우: 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액
3. 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 "정규직 전환 근로자"라 한다)가 있는 경우: 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액
2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2018.2.13. 법률 제28636호로 개정된 것 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.
② 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말한다.
③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법인세법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 보고, 3천억원을 초과하는 경우 3천억원으로 본다)으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
(3) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제14조(각 사업연도의 소득) ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. 제56조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.(각 호 생략) (4) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제93조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자기자본”이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.
② 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 조세특례제한법 시행령 제2조 에 따른 기업을 말한다.
③ 법 제56조 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제56조 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2012년 1월경 게임개발사업을 영위하는 쟁점피합병법인을 흡수합병하면서 쟁점피합병법인의 결손금인 쟁점결손금을 승계하였고, 청구법인은 2012년 6월경 게임개발 사업부문을 적격물적분할하여 주식회사 C를 신설하였으며, 이후에는 자회사 주식 보유 및 관리업을 영위하였는바, 청구법인은 이 건 경정청구에서 아래 <표3>과 같이 법인세법 제45조 제2항 에 따라 쟁점결손금을 법인세 과세표준에서 공제하지 아니한 것으로 확인된다. <표3> 청구법인의 결손금 및 법인세 과세표준 계산 시 공제현황 OOO (나) 청구법인은 경정청구 당시 아래 <표4>와 같이 이월결손금을 차감하여 미환류소득에 대한 법인세를 계산하였는바, 쟁점결손금을 차감하는 한편, 청구법인이 이월결손금을 보유하고 있는 이상 다른 사업연도에서도 재차 차감도 가능하다고 보았으나, 처분청은 쟁점결손금의 경우 미환류소득 계산 시 차감대상에 해당하지 아니하고, 재차 차감도 허용되지 않는다며 이 부분 경정청구를 거부하였다. <표4> 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금 공제현황 OOO (다) 쟁점규정은 2022.2.15. 아래와 같이 개정되었다. <개정 전후 조문 내용> 개정 전 개정 후 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금 (합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) ⇒ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. <2021 간추린 개정세법(기획재정부)>
(1) 개정내용 종전 개정
□ 투자ㆍ상생협력촉진세제 ㅇ 투자ㆍ임금증가ㆍ상생 금액이 기업소득 의 일정액에 미달 시 20% 세율로 추가과세 기업소득: 각 사업연도 소득+국세환급금 이자 등–법인세액, 법인지방소득세 상당액, 이월결손금 등 ㅇ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제한 결손금 60% 한도적용(법인세법 제13조 제1항) - (법인세액) 해당 사업연도의 법인세액 - (법인지방소득세 상당액)
□ 기업소득 차감항목 명확화 (좌 동) ㅇ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제가능한 결손금 60% 한도 미적용 - (법인세액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액에서 공제감면세액을 차감하고 가산세를 가산한 금액 - (법인지방소득세 상당액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액의 10% (2) 개정이유 ㅇ 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용 (라) 청구법인 및 처분청이 제시한 행정해석 사례는 아래와 같다.
○ 기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.
• 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 법인세법 시행령 제93조 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 법인세법 제13조 제1호 의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액임
○ 국세청 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.07.
• 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제100조의32 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 ｢법인세법｣ 제13조 제1항 제1호 에 따른 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”을 의미하는 것임
○ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19. 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액
○ 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.
• 조세특례제한법 제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득 계산 시 차감되는 이월결손금은 해당 법인이 보유한 이월결손금 전액이므로 쟁점피합병법인으로부터 승계한 쟁점결손금도 차감할 수 있다고 주장하나, 쟁점규정(2022.2.15. 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목)에 의하면, 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금에 대하여 ‘ 법인세법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이라고 규정하면서, 그 괄호에서 ‘합병법인 등의 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있고, 법인세법 제45조 제2항 에 의하면 “합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다”고 규정하고 있으나, 청구법인은 쟁점피합병법인으로부터 승계받은 사업을 같은 사업연도에 물적분할하여 폐지하였는바, 쟁점결손금의 경우 청구법인의 법인세 과세표준 계산 시 공제할 수 있는 이월결손금에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점결손금을 미환류소득 계산 시 차감할 수 있는 이월결손금에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금을 재차 차감할 수 있다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’ 등을 빼도록 규정하고 있으나, 결손금을 재차 차감(공제)할 수 있다는 명시적인 규정이 존재하지 아니하는 점, 2022.2.15. 개정된 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것에 불과할 뿐 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.