청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 거주자로 신고한 쟁점토지의 양도소득을 법인령§4①‧②에 따라 청구법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 아래의 <표1>과 같이 2021.12.1. 경기도 파주시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를, 2022.4.6. 및 2022.9.7. 경기도 파주시 OOO2(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 추가로 양도하고, 1거주자 지위로 양도가액에 대해 양도소득세를 신고 및 납부하였다. <표1> 청구법인의 토지 양도 내역 (단위: 원) 양도일자 양도물건 신고일자 납부세액 비고 2021.12.1. 경기도 파주시 탄현면 OOO 2022.8.29. 기한후 신고 OOO 쟁점토지 (2021년 귀속) 2022.4.6. 경기도 파주시 탄현면 OOO 2022.6.30. OOO 쟁점외토지 (2022년 귀속) 2022.9.7. 경기도 파주시 탄현면 OOO 2022.11.29. OOO 합 계 OOO
• 나. 청구법인은 2022.9.27. 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 처분청에 제출하여 2022.10.6. 승인받은 후, 2023.1.12. 쟁점토지 및 쟁점외토지의 양도소득을 법인으로 보는 단체(비영리 법인)의 최초 사업연도의 손익에 산입하여, 법인으로 보는 단체로 승인받기 전에 1거주자로 신고․납부한 양도소득세 총 OOO원(2021년 귀속 OOO원 및 2022년 귀속 OOO원)의 환급을 경정청구 하였다.
• 다. 처분청은 쟁점외토지의 양도소득은 법인세법 시행령제4조 제1항 및 제2항에 따라 청구법인의 최초 사업연도 손익에 귀속시키더라도 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니한다 하여 경정청구를 인용하였으나, 쟁점토지의 양도소득을 최초 사업연도에 귀속시킬 경우 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과한다하여 2023.3.10. 청구법인에게 2021년 귀속 양도소득세는 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) AAA은 2012.3.9. 처분청으로부터 고유번호증을 발급받았고, 고유번호증 상단에 ‘수익사업을 하지 않는 비영리 법인 및 국가기관 등’이라는 표기가 있었다. 이에 법인으로 알고 있었으나, 최근 처분청으로부터 발급받은 고유번호증은 거주자에 해당하므로 새로운 고유번호증을 발급받아야 비영리 내국법인의 적용을 받을 수 있다는 사실을 구두로 통보받아, 2022.10.21. 처분청으로부터 국세기본법제13조 제2항에 따라 비영리 내국법인으로 승인받아 고유번호증을 새로 발급받았다. 당초 고유번호증 발급당시 처분청이 ‘수익사업을 하지 않는 비영리 법인 및 국가기관 등’이라는 문구를 표기하지 않았다면, 비영리 내국법인으로 승인 신청을 바로 하였을 것이나, 처분청의 표기 잘못으로 법인 적용의 기회이익을 박탈당하는 피해를 보았다.

(2) 청구법인은 1992.6.8. 최초 창립총회 결의 후 현재까지 선조의 덕업을 경모․헌향하며, 종중의 번영과 종중재산의 관리 및 종인간의 친목도모를 위하여 변함없이 종중을 운영하고 있으며, 비영리 내국법인으로 승인을 받기 전은 물론 받은 후에도 동일한 실체의 종중이므로 비영리 내국법인으로 승인받은 이후의 기간뿐만 아니라 2022.10.21. 승인받기 이전의 기간도 거주자가 아닌 실질적인 비영리 내국법인으로 보아야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 법인으로 보는 단체의 요건을 갖추었다고 하더라도 세무서장의 승인을 받지 않으면 법인으로 볼 수 없다. 국세기본법제13조 제1항 및 제2항에서 법인격 없는 사단·재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다고 규정하고 있고, 국세기본법제13조 제2항의 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정하고 있다. 청구법인은 비영리 내국법인으로 승인받기 전은 물론 받은 후에도 동일한 실체의 종중이므로 승인을 받기 이전기간도 거주자가 아닌 실질적인 비영리 내국법인으로 보아야한다고 주장하나, 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 단체는 법인으로 볼 수 없으므로(서울고등법원 1996.1.11. 선고 2019누30654 판결, 참조) 청구종중이 법인의 일정한 요건을 갖춘 종중단체였다 하더라도, 승인을 받지 않았으므로 법인으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점토지의 양도소득을 최초사업연도의 기간에 산입하게 되면 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하므로 법인세법 시행령제4조 제2항에서 규정하는 요건을 충족하지 못한다. 법인세법 시행령제4조 제1항에서 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 경우에는 그 승인일을 법인의 최초 사업연도의 개시일로 보고 있고, 제2항에서는 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속 시킨 것이 있고, 최초 사업연도의 기간에 해당 손익을 귀속시키는 것이 조세 포탈의 우려가 없으며, 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 법인의 최초사업연도의 손익에 양도손익을 산입한다고 규정하고 있다. 이는 자산의 처분일을 최초사업연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않아야하고, 역수 상 1년을 초과하지 않는 것을 말한다. 하지만 청구법인의 쟁점토지의 양도일은 2021.12.1.이고, 이 처분일을 최초사업연도 개시일로 본다면 법인의 최초사업연도 기간이 2021.12.1.〜2022.12.31.까지가 되는 것이고, 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하게 되어 법인세법 시행령제4조 제1항 및 제2항에서 규정하는 요건을 충족하지 못하므로 쟁점토지의 양도소득은 최초사업연도의 기간에 산입할 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 거주자로 신고한 쟁점토지의 양도소득을 법인세법 시행령제4조 제1항 및 제2항에 따라 청구법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】① 법인(법인세법제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2) 법인세법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 다. 국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) (3) 법인세법 시행령 제4조【사업연도의 개시일】① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조 제2호 다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

• 라. 국세기본법제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010.5.6. 처분청에 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청’을 제출하였고, 처분청은 2020.5.11. 고유번호증을 발급하였다. (나) 청구법인은 2022.9.27. 처분청에 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청’을 제출하였고, 처분청은 2022.10.6. 수익사업을 하지 않는 비영리 내국법인으로 승인하고 2022.10.21. 고유번호증을 교부하였다. (다) 고유번호 신청 및 정정 업무지침에 따르면, 고유번호는 소득세법을 적용받는 ‘개인’과 법인세법을 적용받는 ‘법인’으로 구분하고, 사업자등록 부여 체계에 따라 10자리(OOO)중 2자리에 승인법인은 82, 개인은 80, 89가 부여된다. (라) 청구법인이 2022.9.27. 법인으로 보는 단체의 승인신청서와 함께 제출한 ‘OOO’에서는 1사업연도 기간을 따로 명시하고 있지 않다. (마) 청구법인이 제출한 회의록에는 종토양도와 관련된 회의내용이 기록되어 있고, 쟁점토지의 매매관련 내용을 확인할 수 있다. (바) 청구법인은 2023.3.7. 2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였고, 2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서는 제출되지 않았다.

(2) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은 양도소득세 2021년 귀속분은 거부하고, 2022년 귀속분은 인용하였는바, 당초 신고 및 경정청구 내역은 아래의 <표2>와 같다. (단위: 원) 세목 과세기간 경정청구 세액(①—②) 당초 신고 납부세액① 경정청구 납부할 세액② 처리결과 양도소득세 2021년 OOO OOO 0 거부 2022년 OOO OOO 0 인용 <표2> 당초 신고 및 경정청구 처리내역

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 비영리 내국법인으로 승인받은 이후의 기간뿐만 아니라 2022.10.21. 승인받기 이전의 기간도 거주자가 아닌 실질적인 비영리 내국법인이므로 쟁점토지의 양도소득을 최초사업연도의 손익에 포함하여야 한다고 주장하나, 국세기본법제13조 제2항에서 세무서장의 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정하고 있어, 비록 청구법인이 처분청의 승인을 받기 전부터 법인으로 보는 단체의 일정한 실체적 요건을 갖춘 종중이었다고 하더라도 법인으로 보는 단체의 승인일인 2022.10.6.이 청구법인의 최초사업연도 개시일이 된다 할 것이고, 최초사업연도는 청구법인의 정관에서 특별히 규정하고 있지 않아 2022.10.6.〜2022.12.31.이라고 할 것인데, 청구법인이 최초사업연도 개시일 전인 2021.12.1. 쟁점토지를 양도하였는 바, 쟁점토지의 양도일인 2021.12.1.은 2022.12.31.로부터 역산하여 1년을 초과하므로 쟁점토지의 양도소득은 청구법인의 최초사업연도의 손익으로 귀속시킬 수 없는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.