조세심판원 심판청구 소득세

쟁점조합원 입주권 양도와 관련하여 처분청이 양도소득세 및 가산세 산정이 잘못되었다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023서8227 선고일 2023-12-14 조세심판원

[요지] 처분청의 산정방식에 따라 계산한 이건 양도소득세 등은 관련 법령에 따라 적정하게 산정된 것으로 보이므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 1994.10.21. OOO외 1필지 소재 토지 및 연립주택(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하였고, 쟁점부동산은 2018.9.3. 재건축정비사업 관리처분계획인가로 재건축아파트를 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점조합입주권”이라 한다)로 변경되었으며, 청구인은 2020.12.7. 쟁점조합입주권을 OOO원에 양도한 후 2020.12.11. 양도가액 OOO원 초과분의 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내역을 검토한 결과, 청구인의 쟁점조합입주권 양도와 관련하여 관리처분계획인가일 이후의 보유기간에 대해서는 장기보유특별공제 대상이 아닌 것으로 보아 장기보유특별공제를 일부 배제하고, 청구인의 쟁점조합입주권 양도소득금액의 산정에 오류가 있는 것으로 보아 이를 경정하여 2022.10.31. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.20. 이의신청을 거쳐 2023.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점조합입주권 취득가액은 OOO원이고, 양도가액은 OOO원이며, 필요경비로 소요된 금액은 OOO원이고, 보유기간은 25년 이상이므로 장기보유특별공제 80%를 적용하면 양도소득세는 OOO원이다. 따라서 청구인은 정당한 세액을 신고ㆍ납부한 것인바 처분청이 추가로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하다.

(2) 처분청은 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 산정하였으나, 취득가액은 OOO원이므로 쟁점조합입주권의 양도차익은 OOO원으로 보는 것이 타당하다. 또한 쟁점부동산의 감정평가금액은 OOO원이므로 관리처분계획인가일 이전 부분에 대한 양도차익은 OOO원으로 산정되어야 하며, 여기에 장기보유특별공제 80%를 적용하면 OOO원이 장기보유특별공제액이 되는바, 처분청이 장기보유특별공제액을 OOO원으로 산정한 것은 잘못된 것이다.

(3) 처분청의 산정방법과 같이 관리처분계획인가일 이후의 장기보유특별공제를 배제하더라도 산출세액은 OOO원으로 계산되는데, 청구인의 기납부세액은 OOO원이므로 미납액을 OOO원으로 하여 가산세를 산정하여야 하나, 처분청은 미납액을 OOO원으로 하여 가산세를 산정하였으므로 가산세 산정에 오류가 있다 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 소득세법 제95조 제2항은 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용은 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 명시하고 있고, 같은 법 제100조 및 같은 법 시행령 제166조에서 조합원입주권에 대한 양도차익을 계산할 때 관리처분계획인가 전·후의 양도차익으로 구분하도록 규정하고 있는 점 등으로 보아 쟁점조합입주권의 양도소득을 계산함에 있어서 장기보유특별공제의 적용은 관리처분계획인가 전의 양도차익으로만 그 대상금액을 산정하여야 한다. 반면 청구인은 쟁점조합입주권의 양도차익에 대하여 관리처분계획인가 전·후로 구분하지 않고 전체의 양도차익에 장기보유특별공제 적용하여 양도소득세를 과소 신고ㆍ납부하였으므로 처분청에서 관리처분계획인가일 이후 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 경정·고지한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 계산하여 양도소득세를 산정하였으나, 쟁점부동산의 취득가액은 OOO원이므로 양도차익은 OOO원이 아니라 OOO원으로 산정되어야 한다고 주장하고 있다. 소득세법 제100조 및 같은 법 시행령 제166조에 따르면 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모 재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익 계산 방법에 대하여 규정하고 있다. 청구인의 경우와 같이 청산금을 납부 한 조합원 입주권의 양도차익은 아래와 같다. 단, 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 가액에 따르도록 규정하고 있다. 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 취득가액이 OOO원이 되어야 한다는 주장은 관리처분계획인가일이 아닌 조합원 입주권 양도일 현재 기준시가를 잘못 적용하여 계산한 환산가액이므로 이는 처분청이 적용한 취득가액 OOO원을 적용하는 것이 타당하다. 또한 청구인은 관리계획처분계획 인가일 전 양도차익과 관련하여, 아래와 같이 계산한 양도차익 OOO원의 80%인 OOO원이 쟁점조합입주권의 장기보유특별공제액이나, 처분청은 OOO원으로 계산하는 오류를 범했다고 주장하고 있다. 하지만 소득세법 시행령 제166조에 규정한 인가일전 양도차익 계산은 아래와 같다. 기존 건물과 그 부수토지의 평가액은 “관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격”으로 이는 조합원의 권리가액에 해당한다. 따라서 기존 건물과 그 부수토지의 평가액은 OOO원으로 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액인 OOO원과 필요경비 OOO원을 차감하면 관리처분계획인가전 양도차익은 OOO원이고, 고가주택의 과세대상 양도차익을 계산하면 OOO원으로 이 금액의 80%인 OOO원이 공제대상 장기보유특별공제액에 해당한다. 따라서 처분청은 관리처분인가전 양도차익 OOO원에 장기보유특별공제를 적용하여 계산한 양도소득금액 OOO원에 관리처분인가 후 양도차익 OOO원을 더하여 과세대상 양도소득금액을 OOO원으로 계산한바 양도소득기본공제 OOO원을 차감하여 과세표준 OOO원에 세율 42%(누진공제액 OOO원)을 적용하여 산출세액 OOO원으로 결정한 과세 처분에는 하자가 없다.

(3) 청구인은 2020.12.11. OOO원을 납부하였으므로, 처분청이 미납액을 OOO원으로 가정하여 가산세를 OOO원으로 산정한 것은 오류가 있다고 주장하나, 산출세액 OOO원에서 청구인이 자진 납부한 세액을 차감하면 OOO원이므로 가산세 산정에 오류는 없으며 당초 과세 처분 또한 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점조합입주권 양도와 관련하여 처분청의 양도소득세 및 가산세 산정이 잘못되었다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

  • 라. 주택 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 제100조(양도차익의 산정) ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 제164조(토지·건물의 기준시가 산정) ⑦ 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획등 인가일 전후"로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점조합입주권은 2020.12.7.을 잔금일로 하여 OOO원에 양도되었고, 쟁점부동산의 평가액은 OOO원, 권리가액은 OOO원이며, 청구인의 청산금 납부금액은 OOO원이다. <그림1> 쟁점부동산의 평가액 및 권리가액 (나) 쟁점부동산의 관리처분계획인가일 현재 고시된 기준시가는 OOO원이고, 청구인의 쟁점부동산 취득일 현재 기준시가(환산)는 OOO원이다. <그림2> 쟁점부동산의 공동주택가격 <그림3> 취득일 현재 기준시가 (다) 청구인의 양도소득금액 산정근거는 <그림4>와 같고, 청구인의 양도소득금액 산정과정은 일반적인 고가주택 양도시의 양도소득금액 산정과정에 따라 산출한 것으로 보인다. <그림4> 청구인의 양도소득금액 산정과정 (라) 처분청의 양도소득금액 산정과정은 <표>와 같고, <표>의 산식에 따르면 청구인의 쟁점조합입주권 양도가액은 OOO원, 관리처분계획인가 전 양도차익은 OOO원, 관리처분계획인가 후 양도차익은 OOO원, 필요경비는 OOO원인데, 처분청이 쟁점입주권의 취득가액으로 기재한 OOO원은 위 금액으로부터 역산하여 산정된 금액인 것으로 보인다OOO. <표> 처분청의 양도소득금액 산정과정 (단위: 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 정당한 세액을 신고ㆍ납부하였음에도 처분청이 추가로 양도소득세를 부과하였고, 처분청이 쟁점주택의 취득가액을 OOO원이 아닌 OOO원으로 하는 등의 오류가 있으므로 이 건 양도소득세 및 가산세 부과처분은 위법하다고 주장하나, 소득세법 시행령 제166조 제1항은 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익을 계산할 때 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익으로 구분하여 계산하도록 명시하고 있고, 소득세법 제95조 제2항은 조합원 입주권의 양도 시 관리처분계획인가 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 청구인은 이 건 양도소득세 신고 시 관리처분계획인가 전․후의 양도차익을 구분하여 계산하지 않고 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용한 오류가 있는 것으로 보이므로 소득세법 제80조에 따라 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 것이고, 관련 법령 및 제출된 증빙 등에 비추어볼 때 관리처분계획인가 전․후의 양도차익을 구분하여 관리처분계획인가 이전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한 후 양도소득세 과세표준 및 세액을 산정한 처분청의 계산 과정에 달리 잘못이 없는 것으로 보이는 점, 처분청의 산정방식에 따라 계산한 이 건 양도소득세의 산출세액은 OOO원이고, 위 금액에서 청구인의 기납부세액인 OOO원을 차감한 OOO원을 미납액으로 보아 가산세를 산정한 것은 적정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 양도소득세 및 가산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)