청구인이 구분한 쟁점토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO 소재 건축물(연면적 502.69㎡, 근린생활시설, 지층, 1∼3층 및 옥탑층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 OOO이라는 상호로 부동산임대업을 영위하던 중, 2019.3.15. AAA와 BBB(이하 “매수인들”이라 한다)에게 매매가액을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하였고, 2019.6.28. 쟁점부동산의 소유권이전등기를 완료하였으나, 관련하여 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 부동산임대업을 영위한 청구인이 주택신축판매업을 영위한 매수인들에게 쟁점부동산을 양도한 것은 업종이 유지되지 아니하여 사업의 포괄양도로 볼 수 없고, 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 따라 쟁점부동산의 매매계약서상 건물가액 OOO원은 같은 법 시행령 제64조에 따라 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로 기준시가로 안분계산한 건물가액을 재화의 공급가액으로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세하도록 처분지시를 하였으며, 이에 따라 처분청은 2022.10.5. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.20. 이의신청을 거쳐 2023.6.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구 건축물의 철거를 전제로 토지와 건물을 일괄양도하는 경우 건물의 가액은 OOO원으로 보는 것이 오랜 기간 과세관행으로 받아들여졌고, 2019년 개정된 부가가치세법제29조 규정(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)은 그간의 과세관행과 국세기본법상 실질과세 원칙을 무시한 입법오류에 불과하며, 이를 인정하여 2022년에 재개정된 사실에 비추어 볼 때, 재개정된 법률 시행 이전의 거래분에 대하여도 종전의 과세관행과 실질과세원칙에 따라 철거예정인 건물의 가액을 OOO원으로 봄이 타당하므로, 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 건물가액을 OOO원으로 하여 양도하였다고 주장하나, 매수인들이 제출한 매매계약서(2019.1.30. 작성)에는 건물의 가액은 OOO원이고 부가가치세 OOO원을 추가로 지불하기로 한다는 내용이 기재되어 있어 청구인이 제출한 매매계약서(2019.3.15. 작성)상 특약사항(건물가액을 OOO원으로 한다는 내용)을 그대로 신뢰하기 어렵고, 양자간 상호합의에 의해 최종적으로 건물가액을 OOO원으로 결정하는 계약서를 다시 작성하였다고 하더라도, 쟁점부동산에서 양도 전 계속하여 임대료 매출이 발생한 것을 감안하면 청구인과 매수인들은 쟁점부동산 중 건물에 재산적 가치가 있다는 것을 상호간에 인지하고 있었을 것으로 판단되며, 2019년 개정 전 법률 또는 2022년 개정 후 법률에 따라 건물가액을 OOO원으로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 조세법률주의와 조세평등주의를 무시한 것으로 인정하기 어려운바, 청구주장은 이유 없다.

청구인이 구분한 쟁점토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구인이 제출한 2019.3.15.자 매매계약서 특약사항에는 ‘본 계약은 건물신축을 위한 계약이고, 건물매수와 동시에 멸실함으로 쌍방 합의하에 건물가격을 OOO원으로 한다’고 기재되어 있다. (나) 매수인들이 사업자등록신청시 제출한 2019.1.30.자 매매계약서의 특약사항에는 ‘본 부동산은 토지부분 금OOO원, 건물분 금OOO원이고, 부가가치세 별도이며 잔금시에 매도인은 매수인에게 세금계산서를 교부하고 매수인은 건물분 부가세(OOO원)을 추가로 지불하기로 한다.’고 기재되어 있다. (다) 쟁점부동산 건물부분의 폐쇄등기사항전부증명서에 의하면 쟁점부동산은 2019.7.17. 멸실된 것으로 확인된다. (라) 청구인이 제출한 집합건축물대장에 의하면 ‘OOO’ 의 건축허가일은 2019.5.23., 착공일은 2019.6.28., 사용승인일은 2020.2.19. 로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 구분한 쟁점토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구인과 매수인들이 쟁점부동산 매매계약시 건물이 철거될 것을 감안하여 토지만을 이전하기로 계약하였다 하더라도 건물의 양도당시 재산가치가 없었다고 단정하기 어려운 이상, 일괄양도가액에는 토지는 물론 건물의 가액까지 포함된 것으로 볼 수 있는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조에 의하면 자산의 가액을 자의적으로 구분하는 것을 방지하기 위하여 납세자가 구분한 실지거래가액이 기준시가로 안분한 가액보다 30% 이상 차이가 발생하는 경우에는 기준시가로 안분하도록 규정하고 있는바, 청구인이 주장하는 토지와 건물의 양도가액이 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산한 것과 30% 이상 차이가 있는 이상 부가가치세법제29조 제9항 제2호(2021.12.8. 법률 제18577호로 단서가 신설되기 전의 것)를 적용하여 기준시가로 안분ㆍ계산한 가액을 건물의 공급가액으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵고, 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 따라 기준시가로 안분계산한 건물가액을 재화의 공급가액으로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

(3) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙<법률 제18577호, 2021.12.8.> 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (5) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

(6) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.