쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세과세표준계산시 해당사업연도에 공제되지 아니한 결손금에 해당하고 미환류소득산정시 이월결손금은 재차 공제가 가능하다는 명시적 규정이 존재하지 아니하는 등 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세과세표준계산시 해당사업연도에 공제되지 아니한 결손금에 해당하고 미환류소득산정시 이월결손금은 재차 공제가 가능하다는 명시적 규정이 존재하지 아니하는 등 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 합병으로 승계한 피합병법인의 이월결손금이 각 사업연도 과세표준에서 공제되지 않은 경우 해당 이월결손금은 조세특례제한법 시행령제100조의32 제4항 제2호 라목(이하 “쟁점조항”이라 한다)의 “법인세법제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금”에 해당하는바, 이를 법령 및 기존 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30. 등)과 달리 “ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금 중 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 차감되지 않은 결손금”으로 해석한 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24, 이하 “쟁점 유권해석”이라 한다)은 자의적인 유추해석에 근거하여 납세자에게 불리한 과세요건을 창출한 것으로서 이에 근거한 이 건 경정청구 거부처분은 조세법률주의 원칙에 비추어 타당하지 않다. 쟁점 유권해석은 쟁점조항의 의미가 문언 그 자체로 명확함에도 불구하고, 자의적인 유추해석을 통해 납세자에게 불리한 과세요건을 창출하였다는 점에서 위법한 해석이라 판단되고, 이에 근거한 이 건 경정청구 거부처분 또한 위법한 처분이라 판단되므로 취소됨이 타당하다.
(2) 또한 다수의 심판례(조심 2010지784, 2011.3.22., 2015지353, 2015.10.27., 2008중3467, 2010.10.11. 등)에서는 수년간 종전 유권해석이 납세자에게 받아들여진 후에 새로운 유권해석에 따라 과세처분을 하는 것은 새로운 유권해석 회신일 이후 납세의무 성립분부터 적용하는 것이 타당하다고 해석하고 있으며, 이러한 사례들은 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 침해하는 과세처분은 소급과세 금지 원칙에 비추어 타당하지 않음을 시사하고 있는바, 처분청의 경정청구 거부처분 대상은 2018 ～ 2021사업연도의 미환류소득에 대한 법인세로, 그 납세의무가 쟁점 유권해석일(2022.8.24.) 이전에 성립된 것인바, 납세의무 성립일 이후의 새로운 해석을 적용하여 경정청구 거부처분을 한 것은 소급과세 금지 원칙에 비추어 타당하지 않으며 납세자의 신뢰이익 보호 및 법적 안정성과 예측가능성을 고려할 때 취소됨이 타당하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 2017.4.1 지분을 100% 보유하고 있는 자회사인 피합병법인1과 피합병법인2를 흡수합병하였고, 적격합병에 따라 피합병법인들의 쟁점이월결손금 OOO원을 승계하였다. <표4> 피합병법인1의 합병전 결손금 발생현황 (단위: 원) OOO <표5> 피합병법인2의 합병전 결손금 발생현황 (단위: 원) OOO 청구법인의 각 사업연도의 결손금은 위 <표1>과 같으며, 적격합병에 대하여는 청구법인과 처분청 간의 다툼은 없다. (나) 청구법인은 2017∼2021사업연도의 법인세 신고 시 위 피합병법인들의 이월결손금을 미환류소득에서 공제하지 아니하였다가, 2022.8.17. 합병으로 승계한 피합병법인들의 이월결손금을 2017∼2021사업연도 미환류소득 산정 시 매 사업연도마다 이월결손금 잔액을 중복하여 차감하여 줄 것을 주장하면서 위 <표2>와 같이 OOO원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. (다) 처분청은 2023.3.9. 청구법인의 경정청구에 대하여 미환류소득 계산 시 과거 차감하지 아니한 이월결손금을 한 차례만 차감하여 2017∼2018사업연도 법인세 OOO원을 감액ㆍ환급하였으나, 위 <표3>과 같이 기획재정부의 쟁점 유권해석에 따라 피합병법인들로부터 승계받은 이월결손금은 이후 사업연도에 재차 차감이 불가능하다고 보아 위 인용ㆍ환급한 세액을 제외하고 이 건 경정청구 거부처분을 하였다.
(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 기획재정부의 유권해석은 아래와 같다. <표6> 기획재정부 및 국세청의 유권해석
○ 기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.
• 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 법인세법 시행령 제93조 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 법인세법 제13조 제1호 의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액임
○ 국세청 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020.12.7.
• 기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제100조의32 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 ｢법인세법｣ 제13조 제1항 제1호 에 따른 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”을 의미하는 것임
○ 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.
• (질의내용) 조세특례제한법 제100조의32 의 미환류소득 계산시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 제1안: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 제2안: 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액
• 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.
○ 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.
• 조세특례제한법 제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 (1안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 가능 (2안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능 질의의 경우 2안이 타당합니다. (3) 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 의 개정취지 및 개정내용은 아래와 같다. (가) 쟁점규정은 2022.2.15. 대통령령 제32413호에서 아래와 같은 내용으로 개정되었다. <개정 전후 조문 내용> 개정 전 개정 후 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금 (합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) ⇒ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (나) 간추린 개정세법(기획재정부)의 주요 내용은 아래와 같다.
- 가. 개정취지
○ 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고
- 나. 개정내용 종전 개정
□ 투자ㆍ상생협력촉진세제
○ 투자ㆍ임금증가ㆍ상생 금액이 기업소득의 일정액에 미달 시 20% 세율로 추가과세 기업소득: 각 사업연도 소득+국세환급금 이자 등–법인세액, 법인지방소득세 상당액, 이월결손금 등
○ 기업소득 차감항목
• (이월결손금) 해당 사업연도에 공제한 결손금 60% 한도적용(법인세법 제13조 제1항)
• (법인세액) 해당 사업연도의 법인세액
• (법인지방소득세 상당액)
□ 기업소득 차감항목 명확화 (좌 동)
○ 기업소득 차감항목
• (이월결손금) 해당 사업연도에 공제가능한 결손금 60% 한도 미적용
• (법인세액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액에서 공제감면세액을 차감하고 가산세를 가산한 금액
• (법인지방소득세 상당액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액의 10%
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 피합병법인으로부터 승계한 쟁점이월결손금을 이후 사업연도에 매년 차감할 수 있다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제100조의32 제4항 제2호 라목에 따르면, 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’ 등을 빼도록 규정하고 있고, 쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세 과세표준 계산 시 해당 사업연도의 소득에서 공제되지 아니한 결손금에 해당하며, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 존재하지 아니하는 점, 2022.2.15. 개정된 조세특례제한법 시행령제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었으나, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것으로서 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 취지는 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2023서7744, 2024.4.11. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부 개정된 것) 제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(법인세법 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 법률 제28636호로 일부 개정된 것) 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.
② 법 제100조의32 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말한다.
③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법인세법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 보고, 3천억원을 초과하는 경우 3천억원으로 본다)으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
(5) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 일부 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제14조(각 사업연도의 소득) ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.
④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제46조의4(분할 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 분할합병의 상대방법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제4항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제46조의3 제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 결손금은 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 분할신설법인등의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
③ 제46조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 분할합병(이하 “적격분할합병”이라 한다)을 한 분할신설법인등은 분할법인과 분할합병의 상대방법인이 분할합병 전 보유하던 자산의 처분손실(분할등기일 현재 해당 자산의 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 분할등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 분할합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 분할합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.
④ 제46조의3 제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 감면 또는 세액공제는 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제56조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (6) 법인세법 시행령(2017.2.3. 법률 제27828호로 일부개정된 것) 제93조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 법 제56조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.
② 법 제56조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 조세특례제한법 시행령 제2조 에 따른 기업을 말한다.
③ 법 제56조 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 법 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제56조 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액
결정 내용은 붙임과 같습니다.