쟁점금액이 근로소득세 비과세 대상 연구활동비에 해당하는지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2023.3.2. 청구법인에게 한 근로소득(원천)세 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO, 2022년 귀속분 OOO원 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다 [이 유]

• 가. 청구법인은 정부출연연구기관 등의 설립․운영에 관한 법률에 따라 설립된 정부출연연구기관으로서 2018년∼2022년의 기간 동안 임직원 중 연구활동에 종사하는 자와 직접적으로 연구활동을 지원하는 자에게 연구활동비 명목으로 지급한 1인당 매월 OOO원 이내의 금액 합계 OOO원(아래 <표1> 참조, 이하 “쟁점금액”이라 한다)이 소득세법제12조 및 같은 법 시행령 제12조 제12호 나목에 따른 비과세 근로소득에 해당하는 것으로 보아 근로소득세를 원천징수하지 아니하였다. <표1> 비과세 신고금액 및 경정고지 내역 OOO
• 나. 처분청은 청구법인이 1999년 연봉제를 도입하면서 연구활동비를 기본연봉에 포함한 후 연구회 및 연구기관 예산운용지침(이하 “쟁점지침”이라 한다)에 따라 기타수당 등으로 연구활동비를 신설하거나 편성하지 아니하였고, 연봉계약서에 포함된 연봉 외 별도로 실제 연구활동비를 지급하지 아니하고 있으므로 쟁점금액을 비과세대상으로 신고하여서는 아니된다는 취지의 감사원의 감사결과통보에 따라 쟁점금액을 근로소득세 과세대상으로 보아 2023.3.2. 청구법인에게 위 <표1>과 같이 2018∼2022년 귀속 근로소득(원천)세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 출연연구기관 연구자와 연구지원인력이 수령하는 연구활동비는 출연연구기관에 소속되어 있고, 소득세법 시행규칙제6조의4에서 정한 연구활동비 비과세가 적용되지 않는 인력 이외의 자에게 지급하는 경우 소득세법상 근로소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 하며, 청구법인을 제외한 타 정부출연연구기관들의 경우에도 청구법인과 같이 연구활동비 비과세 정책을 오랫동안 유지하고 있어, 연구활동비 비과세 처리는 청구법인만의 특수한 정책이 아니므로 쟁점금액을 비과세 대상이 아닌 것으로 보아 근로소득세를 부과한 처분은 부당하다. (1) 소득세법 시행령제12조 제12호에서 규정하고 있는 연구활동비 비과세 적용은 학교의 교원, 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관의 연구활동에 직접 종사하는 자와 직접적으로 연구활동을 지원하는 자, 관련 법률에서 정한 중소기업 또는 벤처기업의 기업부설연구소(연구개발전담부서 포함)의 연구활동에 직접 종사하는 자로서 엄격하게 적용대상이 제한되어 있고, 특히 정부출연연구기관에 한해서는 연구활동을 직접 지원하는 자까지 연구활동비를 비과세하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 소득세법 시행령제12조 제12호 나목의 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관이고, 같은 규정에서 정한 "연구활동에 직접 종사하는 자"와 직접적으로 연구활동을 지원하는 자(같은 법 시행규칙 제6조의4에서 정한 제외자에게는 미지급)를 대상으로 적법하게 지급하였다.

(2) 한편, 세무당국을 포함한 감독기관의 정부출연연구기관 연구활동비 감사 시 기준이 되고 있는 2002년도 재정경제부고시(2002-7호, 2002.3.22.)의 내용과 해당 고시가 반영된 소득세법 시행령에 대한 개정 연혁을 살펴보면, 소득세법 시행령제38조 제1항 제8호 가목에서 정하고 있는 연구기관 구성원들이 받는 연구활동비 비과세 요건을 2002년도 3월에 재정경제부가 고시하였고, 고시에서는 연구활동비 비과세 한도와 관할세무서장에게 제출할 증빙서류를 규정하고 있었으며, 해당 고시 내용은 2003년 소득세법 시행령제38조 제3항에 반영되었다가, 2007.2.28. 소득세법 시행령개정시에 삭제되었고, 현행 소득세법 규정상 연구활동비 비과세 요건을 충족하기 위한 증빙 제출 의무는 없다. 이와 같이 2002년도 재정경제부 고시가 반영된 소득세법 시행령제38조 제3항은 2007년도에 폐지되어 연구활동비 비과세 요건은 같은 법 시행령 제12조에 따라 판단하여야 하고, 제12조에서 연구활동비의 비과세 요건은 월 OOO원 이내의 금액에 해당하며, 정부출연연구기관에서 연구활동에 직접 종사하거나 직접적으로 연구활동을 지원하는 자인 경우 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.

(3) 처분청은 1999년도 연봉제 시행으로 연구활동비가 연봉에 포함되어 연구활동비를 지급하지 아니한 것으로 보고 있는 바, 이에 대하여 청구법인의 상급기관인 경제인문사회연구회(국무조정실 산하 출연연구기관 상급기관)의 쟁점지침과 상위 규정에 해당하는 “기획재정부 예산안 편성지침 및 기금운용계획 작성지침”을 살펴보면 다음과 같다. (가) 정부출연연구기관은 “기획재정부 예산안 편성지침 및 기금운용계획 작성지침”에 따라 총액인건비 제도를 따르고 있고, 총액인건비 제도는 아래와 같이 정부가 정한 총액인건비 예산의 범위 내에서 조직이 자율성을 갖고 운영하는 제도로, 총액인건비는 전년도 총액인건비 대비 정부 고시 인상률을 적용하여 당해연도 총액인건비를 산정하고, 정부가 정한 인건비 인상률을 초과할 수 없으며, 총액인건비에 포함되지 않는 수당은 정부가 정하고, 공공기관(청구법인은 기타공공기관임)은 임의로 해당 수당을 계상할 수 없다. OOO (나) 정부의 방침은 총액인건비를 통해 공공기관의 전체 인건비 상승을 통제하되, 총액인건비 내에서는 기관의 자율성을 부여하고 있어 청구법인은 총액인건비 제도를 준수하고 기본연봉 내에서 연구활동비를 지급하고 있으므로 정부 방침에 위배되지 아니한다. (다) 처분청은 쟁점지침에서 연봉은 기본연봉, 성과연봉, 기타수당으로 구분하고, 기타수당으로 연구책임자수당, 연구수당, 연구활동비, 연구업무활동정보비 등 급여성 수당을 지급할 수 없으므로 연구활동비가 비과세 근로소득에 해당하지 않는 것으로 판단하였으나, 경제인문사회연구회의 연봉제 도입에 따라 청구법인은 연봉제 전환을 위한 노사합의를 하였으며, 해당 합의서에는 연구활동비를 폐지하지 아니하고 연봉급에 포함하였고, 연봉제 인건비 현황표에 연구활동비가 연봉급을 구성하면서 그대로 유지되고 있으며, 2010.12.31. 경제인문사회연구회 “성과연봉제 표준지침 시달”에서는 연구활동비를 연봉재원으로 활용하도록 하고 있는바, 쟁점지침의 기본수당 신설 금지 내용은 수당을 신설하여 급여 이외의 비용(예: 인건비가 아닌 사업원가로 지급)으로 지급하여 총액인건비 제도를 위배하지 않도록 하는 취지로 판단되고, 청구법인은 연봉제 시행 이후에도 종전 연구활동비를 기본 연봉에 포함하여 지급하였으며, 연도별 인상률을 준수한 총액인건비 내에서 인건비를 지급하였는바, 연봉제를 시행하고 있더라도 종전과 같이 연구활동비를 지급한 것으로 봄이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 1999년 연봉제 도입에 따라 기존 기본연봉, 성과연봉, 연봉 외 급여(수당), 능률성과급으로 구성된 급여 체계를 기본연봉, 성과연봉, 기타수당으로 단순화하였고, 연구활동비 등의 수당은 기본연봉에 통합하였고, 쟁점지침 ‘제2장 주요 항목별 편성·집행지침, 제1절 인건비’에 따르면, 연봉은 기본연봉, 성과연봉, 기타수당으로 구분하여 운영하도록 되어 있으며, 기본연봉은 근로의 대가로 지급하는 기본적 보수이고 기타수당은 근로의 대가로 지급하는 연봉을 제외한 기타보수로 중식보조비, 교통보조비 등으로 되어 있다. 그리고 인건비 중 기타수당으로 연구책임자수당, 연구수당, 프로젝트 추진비, 연구활동비, 연구업무활동정보비 등 법령과 쟁점지침에 지급근거가 명시되지 않은 급여성 수당(성과급 포함)을 편성·지급할 수 없고, 수당 신설을 금지하고 연봉급 중심으로 단순화하도록 되어 있다. 청구법인은 1999년 연봉제를 도입하면서 연구활동비를 기본연봉에 포함한 후 쟁점지침에 따라 기타수당 등으로 연구활동비를 신설하거나 편성하지 아니하였고, 연봉계약서에 포함된 연봉 외 별도로 실제 연구활동비를 지급하지 않고 있다. 또한, 재정경제부고시 제2003-9호에 따르면 ‘소득세 과세대상 급여에서 제외되는 연구활동비는 연구기관의 연구원이 당해 연구기관으로부터 연구활동비 지급규정에 따라 받는 연구활동비로 한다’고 규정하고 있다. 위 내용을 종합하면, 청구법인이 연봉제를 도입한 이후 지급한 연구활동비는 별도의 지급근거를 마련하지 않고 지급한 연구활동비로 보아야 하고, 지급근거 없이 지급한 연구활동비는 실제로 연구활동비를 지급한 것으로 보기 어려우므로, 이는 소득세법제12조 및 같은 법 시행령 제12조 제12호 나목에 해당하는 비과세 근로소득이 아닌 과세대상 근로소득으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액이 근로소득세 비과세 대상 연구활동비에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 자. 대통령령으로 정하는 실비변상적(실비변상적) 성질의 급여 (2) 소득세법 시행령 제12조(실비변상적 급여의 범위) 법 제12조 제3호 자목에서 "대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여"란 다음 각 호의 것을 말한다.

12. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 OOO원 이내의 금액

• 나. 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관, 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연연구원에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다) 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 기획재정부령으로 정하는 자 (3) 소득세법 시행규칙 제6조의4(연구활동을 지원하는 자의 범위) 영 제12조 제12호 나목에서 "직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 기획재정부령으로 정하는 자"라 함은 특정연구기관 육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관, 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률에 따라 설립된 지방자치단체출연연구원의 종사자 중 다음 각 호의 자를 제외한 자를 말한다.

1. 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다)

2. 건물의 방호ㆍ유지ㆍ보수ㆍ청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자

3. 식사제공 및 차량의 운전에 종사하는 자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 감사원의 기관정기 감사보고서의 주요 내용은 아래와 같다. <기관정기 감사보고서 주요 내용> OOO (나) 2022년도 쟁점지침 제2장 제1절(인건비)에 의하면 총인건비는 기본연봉, 성과연봉, 기타수당, 법정부담금 등으로 구성되고, 이중 기타수당으로는 가족수당, 교통보조비, 중식보조비, 학자금보조비, 맞춤형복지경비, 연차수당, 초과근무수당, 이주지원비, 파견수당, 해외근무수당 등이 열거되어 있으며, 세부지침에 연구책임자수당, 연구수당, 프로젝트 추진비, 연구활동비, 연구업무활동 정보비, 혁신 마일리지, 수탁과제 인센티브 등 법령, 예산운용지침에 지급 근거가 명시되지 않은 급여성 수당(성과급 포함)은 편성할 수 없다고 명시되어 있는 것으로 나타나고, 2023년도 쟁점지침에서는 기타수당의 항목으로 연구활동비(소득세법 시행령 제12조 12호 에 따른 연구활동비, 연봉 등에 연구활동비를 포함하여 지급하고 있는 경우, 추가 지급 불가)를 추가하는 한편, 세부지침을 ‘연구수당, 프로젝트 인센티브 등 법령 또는 예산운용지침에 지급 근거가 명시되지 않은 급여성 수당(성과급 포함)을 편성하여 연구자에게 지급할 수 없다’고 변경하였으며, 주요 질문모음에 성과연봉제 도입시 연구활동비를 기본연봉에 통합하였더라도 ① 연구활동비지급규정 마련, ② 연봉계약서 내 연구활동비 내역 명시 등 요건을 갖춘 경우 비과세 근로소득으로 신고가 가능하다는 내용을 추가하였다. (다) 소득세법 시행령제38조 제1항 제8호 가목에서 정하고 있는 연구기관 구성원들이 받는 연구활동비 비과세 요건을 2002년도 3월에 재정경제부가 고시하였고, 고시에서는 연구활동비 비과세 한도와 관할세무서장에게 제출할 증빙서류를 규정하고 있었으며, 해당 고시 내용은 2003년 소득세법 시행령제38조 제3항에 반영되었다가, 2007.2.28. 소득세법 시행령개정시에 삭제된 것으로 나타난다. <재정경제부고시 제2002-7호> OOO < 소득세법 시행령제38조 개정 연혁> OOO (라) 청구법인이 제출한 2021∼2022년 급여대장에 의하면, 청구법인은 기본연봉, 성과연봉, 중식보조비, 가족수당, 교통보조비, 연구활동비, 제수당 등으로 항목을 구분하여 급여를 지급한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 연구활동비에 대한 별도의 지급근거를 마련한 사실이 없으므로 실제로 비과세 대상 연구활동비를 지급한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 소득세법 시행령제12조 제12호 나목에서 규정한 특별법에 따라 설립한 정부출연연구기관이고, 같은 규정에서 정한 연구활동에 직접 종사하는 자와 직접적으로 연구활동을 지원하는 자를 대상으로 급여지급시 월 OOO원 이내의 금액을 연구활동비의 명목으로 구분하여 지급한 것으로 확인되는 점, 인건비 지급에 있어 당사자인 청구법인과 임직원 간의 합의에 따라 월 OOO원 이내의 금액이 연구활동비로서 지급된 사실이 급여대장에 의하여 확인되는 이상, 소득세법 시행령제12조 제12호 소정의 근로소득 비과세 요건을 모두 갖춘 것으로 봄이 타당하고, 달리 예산운용지침에 대한 준수 여부나 별도의 지급근거 규정의 유무 등이 근로소득 비과세 요건에 해당한다고 볼 법령상 근거가 없는 점 등에 비추어 쟁점금액이 근로소득 비과세 대상 연구활동비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 근로소득(원천)세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.