처분청이 당초 청구인의 경정청구를 인용하여 양도소득세를 감액 경정·환급한 후 처분청 스스로 이를 부인하고 장특공제를 감액하여 경정한 것으로, 처분청이 당초 청구인의 경정청구를 제대로 검토하였다면 청구인은 추가적인 가산세를 부담하지 아니하여도 되었을 것이어서 처분청의 감액경정 이후에는 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기 어려워 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 납부지연가산세는 제외하여 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2023.3.15. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 납부지연가산세 944,113원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(2) 설령 쟁점상속지분에 대하여 피상속인의 보유ㆍ거주기간을 통산하지 아니한 처분청의 처분이 정당하다고 하더라도, 가산세란 세법상의 질서위반행위에 대한 제재로서 과하는 일종의 행정벌이므로 가산세를 부과하기 위한 전제조건으로 첫째, 납세자에게 부여전 세법상의 의무위반이나 의무불이행이라는 질서위반행위가 존재하여야 하고 둘째, 가산세는 세법상의 의무위반 또는 위무불이행에 대한 제재이기 때문에 납세자에게 귀책사유가 없는 경우까지 획일적으로 제재를 가하는 것은 타당하지 아니한바, 이 건의 경우 납세자가 아무런 의무위반이나 의무불이행을 하지 아니하였을 뿐만 아니라, 처분청이 납세자가 신고한 과세표준 및 세액대로 결정하여 재경정고지 하였음에도 납부지연가산세를 부과한 것은 지극히 상식 밖의 위법한 처분이다.
(1) 청구인은 기획재정부의 유권해석(기획재정부 재산제세과-720, 2021.8.10. 해당 유권해석은 동일세대원으로부터 상속받은 고가주택의 장기보유특별공제)을 근거로 피상속인의 거주․보유기간을 통산하여 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하나, 해당 유권해석은 장기보유특별공제 적용시 표2를 적용받기 위한 2년 이상 거주 여부 판단시 피상속인의 보유․거주기간을 통산하여야 한다는 내용이지 보유기간별․거주기간별 공제율 적용에 있어 피상속인의 거주․보유기간을 통산하라는 취지의 유권해석이 아니다. 따라서 두 번째 단계인 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간과 거주기간은 상속개시일부터 기산하는 것이고, 조세심판원도 동일 사안에 대하여 처분이 적법하다고 판단하고 있다(조심 2023서505, 2023.5.16. 외 다수, 같은 뜻임).
(2) 납부지연가산세의 경우, 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 납세의무자가 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상 제재로서의 성질을 가진다 할 것이므로, 처분청이 납부지연가산세(재경정결정 납부지연가산세 기산일 2022.11.25.)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.
① 장기보유특별공제액의 보유기간 및 거주기간의 공제율 계산 시 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 산정한 처분의 당부
② 경정청구 인용에 따른 환급경정 이후 재경정고지를 하면서 납부지연가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 소득세법 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각 호 생략)
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
(3) 국세기본법 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(괄호 생략)가 법정납부기한까지 국세(괄호 생략)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 장기보유특별공제액의 보유기간 및 거주기간의 공제율 계산 시 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 소득세법제95조 제4항에서 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에서 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 같은 법 제95조 제2항 표2의 ‘장기보유 특별공제의 보유기간 및 거주기간별 공제율’은 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 적용하는 것이 타당한 점, 청구인은 쟁점상속지분 취득 후 양도시까지 기간이 약 1년에 불과한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 장기보유특별공제액을 일부 부인하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면제할 수 있다 할 것인바, 처분청이 당초 청구인의 경정청구를 인용하여 양도소득세를 감액경정․환급한 후, 처분청 스스로 이를 부인하고 장기보유특별공제액을 감액하여 경정한 것으로, 처분청이 당초 청구인의 경정청구를 제대로 검토하였다면 청구인은 추가적인 가산세를 부담하지 아니하여도 되었을 것이어서 처분청의 감액경정 이후에는 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기 어려워, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 납부지연가산세는 제외하여 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.