종부세 계산시 공제되는 재산세액을 종부세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2017년 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 별도합산토지 81건에 대하여, 2017.12.15. 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였으며, 종합부동산세액 계산시 공제하는 재산세액을 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제2항 (2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “쟁점시행령규정”이라 한다)에 따라, “(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율” 산식을 적용해서 산정하였다.
• 나. 청구법인은 2022.12.13. 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액은 “(공시가격–과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율” 산식에 따라 산정하여야 하고, 이 경우 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원이 환급되어야 한다며 경정청구하였으나, 처분청은 2023.2.14. 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법 제14조 제1항 및 제2항 각 본문 후단에서 재산세를 종합부동산세에서 공제하도록 규정한 취지는 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하여 줌으로써 이중과세로 인한 실질적 조세법률주의에 대한 위배외 그에 따른 위헌성 시비를 차단하는데 있다고 하겠다.

(2) 기획재정부는 2015년 6월 이후 대법원이 종합부동산세와 재산세가 중복으로 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하는 것이 종합부동산세법과 그 시행령의 취지에 부합한다고 판결하자, 시행규칙에 규정되어 있던 산식을 시행령에 규정하였으나, 이에 의하면 여전히 재산세가 중복으로 과세된다. 따라서 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결과 같이 (공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율의 산식에 따라 계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면 종합부동산세 과세표준은 아래 <표>와 같이 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 산정하도록 하고 있다. <표> 종합부동산세 과세표준

(2) 또한, 잼점시행령규정에서 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산을 명확히 하고 있는데, 이는 납세자로 하여금 법집행의 안정성과 예측가능성을 통한 재산권 침해의 소지를 제거한 것으로 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준금액에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 기납부 재산세액으로 공제하여 줌으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다 공제방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 쟁점시행령규정에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 당초 신고는 적법하다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세액 계산시 공제하는 재산세액은 “(공시가격–과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율” 산식에 따라 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제13조(과세표준) ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4(공정시장가액비율) ② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 [(법 제13조제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액-80억원) 제2조의4제2항에 따른 공정시장가액비율 지방세법 시행령제109조제1호에 따른 공정시장가액비율] 지방세법제111조제1항제1호나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 정부(기획재정부)는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후인 2015.11.30. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세액 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 계산식을 다음과 같이 개정하였다. 종전 개정 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액

(2) 2017년 귀속 종합부동산세 과세표준 계산명세서 등에 의하면 청구법인은 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액을 쟁점시행령규정 산식에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용해서 OOO원으로 산정하여 신고하였다가, 재산세 공정시장가액비율만 적용한 OOO원으로 재산정하여 경정청구하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 재산세 중복과세 문제를 해소하기 위해서는 종합부동산세액 계산시 공제하는 재산세액을 쟁점시행령규정의 산식이 아닌, 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결과 같이 “(공시가격–과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율”의 산식에 따라 산정하여야 한다고 주장하나, 종합부동산세법은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여, 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있는바, 이에 따라 “(공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 – 공정시장가액비율)”에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지, 쟁점시행령규정의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니며, 법률 조항이 유효한 이상, 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 쟁점시행령규정을 위법하다고 할 수는 없는 점, 정부는 대법원 판결 이후에 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정 이유가 ‘법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것’이라고 밝힘으로써, ‘공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것’임을 분명히 하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.