소득세법상 쟁점주식의 시가를 평가하여 청구인이 특수관계법인에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2023.2.22. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2020.3.23.(월) 주식회사 AAA(유가증권시장 상장법인이고 청구인이 최대주주임)의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구인과 특수관계에 있는 주식회사 AAA 및 BBB 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 2020.3.20.(금) 종가인 1주당 OOO원(전체 양도가액 OOO원 = OOO원 × OOO주)에 시간외 대량매매의 방식으로 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 2020.8.25. 관련 양도소득세 등을 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점거래의 경우 거래 당일(2020.3.23.) 종가가 아닌 양도가액[거래 전일(2020.3.20.) 종가로 산정]으로 시간외 대량매매를 통한 방법으로 특수관계인에게 양도한 것으로 양도소득의 부당행위계산부인 적용대상에 해당하여 소득세법제167조 제5항 및상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제63조 제1항, 제3항의 규정에 의하여 평가한 가액을 시가로 보아야 한다는 감사원의 지적에 따라 OOO의 거래일 전·후 2개월간의 최종시세가액의 평균액(1주당 OOO원)에 100분의 20(최대주주 할증률)을 적용한 1주당 OOO원을 쟁점주식의 시가로 산정한 후 청구인이 특수관계인에게 자산(쟁점주식)을 시가보다 낮은 가격으로 양도한 것으로 보아 양도차익 등을 재계산하여 2023.2.22. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 이 건 양도소득세 과세처분이 있기 이전인 2022년 9월 및 10월경 쟁점거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인 적용대상(고가 매입)에 해당하는 것으로 보아 법인세법상 시가[거래 당일(2020.3.23.) 종가 1주당 OOO원] 초과액 OOO원[= (OOO원–OOO원) × OOO주]을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지 등을 한 사실이 있고 이에 청구인과 양수법인은 관련 근로소득세 및 종합소득세 등을 추가로 신고·납부하였는바, 이와 같이 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되어 양도자에게 상여 처분금액이 있는 경우에 그 양도가액은 소득세법제96조 제3항에 따라 법인세법제52조에서 규정하고 있는 시가를 적용(시가 초과분은 소득처분에 의한 소득세로 과세)하는 것이 타당한 점, 소득세법 시행령제167조 제6항에서 소득세법에서 규정하는 시가보다 법인세법에서 규정하는 시가를 우선적으로 적용하도록 규정하고 있는 점, 처분청이 제시하고 있는 대법원 판례(대법원 2021.5.7. 선고 2016두63439 판결)의 경우 법인이 특수관계에 있는 개인으로부터 유가증권을 저가로 매입한 사안으로 저가 매입액만큼 익금산입(유보)하여 과세하였을 뿐 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 없어 본 사안과 사실관계 및 근거 법령 등이 달라 이를 원용하기 어려운 점, 조세심판원 다수 선결정례(국심 2007서3914, 2008.2.14. 참조)에 의하면 개인과 법인간 거래에서 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되는 경우에는 소득세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것이고 법인세법상 부당행위계산부인 적용 요건에 해당하지 않아 소득처분된 금액이 없는 경우에 한하여 소득세법상 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것으로 해석하고 있는 점 등을 볼 때 쟁점주식의 시가를 소득세법상 시가인 상증법상 평가액으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 유가증권시장 장내거래가 아닌 특수관계법인과의 대량매매의 경우 거래 당일 종가로 거래하지 아니한 이상 해당 가액을 시가로 인정할 수 없는바, 청구인의 쟁점주식 양도일은 2020.3.23.(월)이므로 당초 양도소득세 신고가액[2020.3.20.(금) 종가]은 정당한 시가로 보기 어려운 점, 기획재정부 유권해석(재산세제과-874, 2021.10.5.)에 의하면 특수관계인간 시간외 대량매매 방식에 따라 전일 종가 거래시 증여세 과세대상에 해당한다고 해석하고 있는 점, 상장주식의 실지거래가액이 불분명할 경우 특별한 사정이 없는 한 상증법 제60조 제1항 및 제63조 제1항 제1호 가목의 평가방법에 따라 양도일 전후 각 2개월간 공표된 매일의 OOO최종 시세가액의 평균액에 의하되 양도주식이 최대주주 등의 보유 주식인 경우 같은 법 제63조 제3항에 의한 할증률을 가산한 금액으로 산정함이 타당한 점, 개인과 법인간 자산을 양수도하는 경우 그 대가가 법인세법상 시가에 따른 가액으로 부당행위계산부인이 적용되지 아니하면 소득세법상 부당행위계산부인 규정도 적용되지 아니하는 것이나 쟁점주식의 경우 청구인이 거래 당일이 아닌 전일 종가로 거래 신고하였으므로 소득세법상 부당행위계산부인 적용대상에 해당하고, 저가양도로 인한 양도소득의 부당행위계산부인 적용대상 여부는 상장주식의 경우 특별한 사정이 없는 한 상증법 제63조에 의한 평가방법에 따라 평가기준일 전후 2개월의 최종 시세가액의 평균액에 최대주주 할증률을 가산하는 금액으로 판단하는 점 등을 볼 때 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 소득세법상 시가로 쟁점주식(상장주식)의 시가를 평가하여 청구인이 특수관계인(법인)에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 법인세법 제2조 제12호 에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가 제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제167조 (양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지 및 조세특례제한법 제101조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조제1항 본문중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간”으로 보며, 조세특례제한법 제101조 중 “상속받거나 증여받는 경우”는 “양도하는 경우”로 본다.

⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 상속세 및 증여세법 제60조 (평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(제63조 제2항에 해당하는 주식등은 제외한다)의 경우: 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). <단서 생략>

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조제2항 에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 (5) 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. <단서 생략> 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. <단서 생략>

• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구인은 2020.3.23.(월) 쟁점주식(OOO주, 상장주식)을 특수관계에 있는 양수법인에게 양도하고 2020.3.20.(금) 종가인 1주당 OOO원으로 양도가액(OOO원)을 산정하여 2020.8.25. 양도소득세를 예정신고하였다. (나) 처분청은 위 양도소득세 예정신고 등을 검토한 결과 쟁점주식의 시가를 거래 당일(2020.3.23.) 종가인 1주당 OOO원으로 평가하고 양수법인이 특수관계인(청구인)으로부터 쟁점주식을 고가로 매입한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2022년 9월 및 10월경 시가 초과액 OOO원[= (OOO원–OOO원) × OOO주(쟁점주식 수)]을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 양수법인에게 소득금액 등을 변동통지하였고, 이에 양수법인과 청구인은 관련 근로소득(원천)세 및 종합소득세 등을 추가로 신고하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주식을 특수관계에 있는 양수법인에게 양도하면서법인세법상 시가가 아닌 가액으로 거래 신고 등을 하였으므로 소득세법에서 규정하고 있는 양도소득의 부당행위계산부인 적용대상에 해당한다는 의견이나, 소득세법제96조 제3항 제1호에 의하면 특수관계법인에 양도한 경우로서 법인세법 제67조 에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 법인세법 제52조 에 따른 시가를 양도 당시의 실지거래가액으로 보는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점거래의 경우 청구인이 특수관계에 있는 양수법인에게 쟁점주식을 법인세법상 시가보다 높은 가액으로 양도한 것으로 보아 해당 시가 초과액을 청구인에 대한 상여로 소득처분된 금액이 존재하므로 쟁점주식의 양도 당시 실지거래가액은 위 규정에 따라 법인세법상 시가로 보는 것이 법 문언 등에 부합한 해석이라 할 것이고, 그렇다면 소득세법 시행령 제167조 제6항 에서 양도소득의 부당행위계산부인 규정 적용의 예외 사유로 규정하고 있는 “ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액”에 해당한다고 해석함이 타당하므로 쟁점거래에 대하여 양도소득의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.