쟁점거래에 대해 법인세법령에 따른 부당행위계산부인규정을 적용하여 종합(기타)소득세로 원천징수한 것은 부당하므로 전액 환급되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인 AAA 및 BBB(이하 “청구인들”이라 한다)은 게임소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 주식회사 AAA(이하 “주-AAA”라 한다)의 공동대표이사로 재직한 자들로서 2021.8.4. 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”라 한다)에게 주-AAA가 발행한 주식을 각각 OOO원[각 16,824주(이하 “쟁점주식”이라 한다), 1주당 거래가액 OOO원]에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 이를 종합소득세 과세표준에 포함하여 2021년 귀속 종합소득세를 각각 신고․납부하였으며, 주-BBB는 쟁점거래를 법인세법령에 따른 특수관계자 간의 주식거래로 판단하여 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 주식평가액(OOO)을 쟁점주식의 시가로 보아 위의 양도가액(OOO원)과 시가(OOO)와의 차액을 기타소득으로 하여 원천징수하고 이를 납부하였다.
• 나. 청구인들은 기납부한 2021년 귀속 종합소득금액에 포함된 기타소득금액(각 OOO원)을 양도소득세로 경정하여 기 납부한 종합소득세(각 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 2023.1.13. 제기하였으나, 처분청은 2023.3.9. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2023.4.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인들 주장 이 건의 쟁점은 청구인들이 쟁점주식을 양도하면서 양도대가로 각 OOO원을 수령한 쟁점거래가 실질적인 독립된 당사자 사이의 협상에 의하여 이루어지고 경제적 합리성을 갖춘 정상적인 거래인지 여부로서 구체적으로 OOO원이라는 거래가액이 쟁점주식의 시가에 해당하는지 여부이다. 청구인들과 매수자 간에 성립한 특수관계는 관련 주식의 매도와 함께 소멸된 형식적인 특수관계에 불과하다. 청구인들은 장기간 주-AAA의 공동대표이사로 재직하였으므로 매수법인과는 동일기업집단에 속하는 계열회사의 임원에 해당하는바 법인세법령에 따른 특수관계자로 판단되나, 쟁점주식의 매도와 동시에 대표이사직에서 사임하는 조건이었으므로 쟁점주식의 매도시점에서 특수관계가 해소되었으므로 법인세법령에 따른 부당행위계산부인 규정의 입법 취지 등을 고려하면 경제적 연관관계나 경영지배관계에 해당하지 않는 독립적인 당사자로 보는 것이 경제적 실질에 더욱 부합한다. 처분청은 매수법인 주-BBB가 상증법상 보충적 평가방법에 따른 평가가액(OOO) 보다 높은 가격으로 청구인들로부터 쟁점주식을 양수하였는데 이는 매수법인의 세부담을 감소시키기 위한 것으로 보았으나, 매수법인이 납부할 세금을 감소할 목적으로 쟁점주식의 실제 양도가액과 평가액과의 차액(각 OOO원)을 더 지급하였다고 하는 것은 사리에 맞지 않고 거래의 실질을 파악하지 못한 사안이다. 쟁점주식은 다른 매입대상자들을 찾기 어려워 매수법인에게 양도하는 것이 유일한 방안이고, 청구인들이 잔여 소수지분을 보유한 관계로 쟁점주식 매매거래에 불리한 입장에 있었는바, 청구인들은 매수법인이 제시한 양도가액(각 OOO원)은 최대가격으로 수용할 수밖에 없었다. 즉, 쟁점주식 거래가액(양도대가)은 조세부담을 줄이기 위한 거래와는 무관하고, 거래금액은 잔여지분의 소유자가 매수법인과의 협상을 통하여 정해진 독립적인 결과이며, 경제적 가치의 최소금액으로 보는 것이 합리적이다. 청구인들이 매수법인에게 쟁점주식을 양도하기 이전에 주-AAA의 사내이사였다는 이유로 부당행위계산부인 규정의 입법취지나 과세의 형평과 합목적성을 무시하고 쟁점주식 양도거래를 조세 부담을 부당하게 회피한 것으로 보아 양도금액과 세법상 시가와의 차액을 기타소득으로 하여 원천징수 및 납부한 것은 국세기본법 제14조 에 따른 실질과세의 원칙에 위배된다. 쟁점거래는 청구인들이 잔여주식의 사후 정산조건 없이 전량 매도하는 시점에 임원 직위에서 퇴사한다는 점을 고려하면 당사자들 간의 협상에 의하여 합리적인 공정가액으로 결정되었다고 보아야 한다. 그러나, 독립적으로 결정된 거래가액을 무시하고 매수법인의 소득처분 및 원천징수는 형식적인 특수관계자 규정에만 근거하여 해당 거래의 경제적 실질을 무시한 결과이다. 이 건은 주식매매계약서상 정해진 거래가액을 매매당사자가 스스로 부인하고 소득처분과 원천징수를 한 사안으로서 공정가액에 근접한 거래가액을 매매당사자(주-BBB) 스스로 부인하고 소득처분과 원천징수를 한 사안으로서 공정가액에 근접한 거래금액을 무시하고 세법 규정에 대한 형식적인 해석에 따른 결과로 보인다. 주-AAA 주식이 최초로 양도된 이후 최종 양도(쟁점주식의 양도) 이전에 반기 매출액이 증가하고 당기순이익이 실현되는 점을 고려하면 쟁점주식의 시가를 세법상 보충적 평가방법에 따라 산출된 가액(OOO)으로 보기 어렵고 거래 당시 당사자 간의 거래가액이 경제적 합리성을 무시하여 정해진 가액으로 볼 수 없다. 또한, 청구인들은 쟁점주식의 양도와 관련하여 거래금액을 비상장주식의 양도대가로 보아 증권거래세도 성실하게 신고․납부하였다. 쟁점주식의 양도차익은 기타소득이 아닌 양도소득에 해당하므로 이와 같은 소득구분의 차이에 따라 발생된 세액(이 건 경정청구세액)은 전액 환급되어야 하고, 청구인들은 이 건 심판청구가 인용될 경우 비상장주식의 양도에 따른 양도소득세를 별도로 신고할 예정이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 주-BBB는 쟁점거래에 대해 부당행위계산부인 규정 적용대상으로 판단하여 양도가액(OOO원)에 대해 기타소득으로 소득처분하여 원천징수(20%)하였고, 청구인들은 주-BBB의 소득처분 및 원천징수에 따라 종합소득세를 확정신고하였다. 쟁점거래가 법인세법령에 따른 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 아니라 할지라도 이에 대한 적법한 환급청구권자는 청구인들이 아닌 당초 소득처분 및 원천징수를 한 주-BBB이므로 청구인들의 이 건 경정청구는 받아들이기 어렵다.

(2) 청구인들과 주-BBB간 성립한 특수관계는 쟁점거래와 함께 소멸한 형식적인 특수관계에 불과하다고 주장하나, 법인세법령에 따른 부당행위계산부인 규정은 그 행위 당시를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는바, 쟁점거래의 매매계약일(2021.7.30.) 현재 청구인들은 주-BBB와 특수관계자에 해당하므로 법령에 규정된 사항에 대해 다른 해석은 불가하다. 청구인들은 주-BBB의 조세부담을 부당하게 감소시키기 위하여 쟁점거래를 한 것이 아니라 주장하나, 거래 당사자인 주-BBB는 세법의 규정에 따라 특수관계자로부터 고가매입한 것으로 판단하였다. 주-BBB는 쟁점거래와 관련하여 쟁점주식의 적정 시가를 상증법에 정한 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용하여 평가하였다(평가금액: OOO). 주-BBB는 특수관계자인 CCC과 주-AAA 주식을 OOO에 거래하였는데 이는 상증법령에 따른 비상장주식 평가규정을 적용하여 산정한 거래가액으로 판단된다. 만약 청구주장을 받아들여 쟁점주식의 시가를 결정할 경우 주-BBB와 CCC에게 추가적인 과세문제가 발생하게 되고, 이는 세법에 따라 납세자가 적정하게 행한 원천징수 및 소득처분에 대해 과세관청이 부인하게 되는 모순된 결과가 발생하게 된다. 청구인들은 쟁점거래와 관련한 양도가액과 세법상의 시가와의 차이를 기타소득으로 소득처분하고 원천징수한 것은 실질과세의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이는 앞서 설명한 바와 같이 청구인들과 주-BBB는 특수관계자에 해당함이 명확하고 거래당사자인 주-BBB가 쟁점주식의 시가를 OOO으로 판단하여 CCC과의 양도가액을 결정하였으며, 청구인들에게 기타소득 소득처분하여 원천징수(기타소득)한 것이므로 이는 실질과세의 원칙에 위배되지 않는다. 청구인들은 세법상 보충적 평가방법에 따른 OOO을 시가로 보는 것에 무리가 있어 거래당사자 간의 거래가액이 시가에 적합하다고 주장하나, 시가가 불분명한 경우에는 상증법령에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라야 한다. 다른 법률 또는 객관적 주식평가에 따라 거래가액을 결정한 경우 이를 시가로 인정한 경우는 있으나, 이에 대한 입증책임은 납세자에게 있다 할 것이고, 청구인들은 쟁점거래의 양도가액 결정과 관련하여 정상적인 거래임을 입증할 증빙을 제출하지 못하였다.

• 가. 쟁점

① 본안심리대상인지 여부

② 쟁점거래에 대해 법인세법령에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 종합(기타)소득세로 원천징수한 것은 부당하므로 전액 환급되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.(중략)

⑤ 소득세법 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 소득세법 제119조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 법인세법 제93조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 소득세법 제164조, 제164조의2 및 법인세법 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(소득세법 제1조의2 제1항 제2호 에 따른 비거주자 및 법인세법 제2조 제3호 에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다. (2) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령 제2조(정의) ⑧ 법 제2조제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항 에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주 등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

• 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)
• 나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 해당 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4 에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다.

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우
• 나. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우
• 다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다. 7의2. 기획재정부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

• 가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4 에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.
• 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제7항 에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
• 다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식등을 소각하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항 에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다 제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 직원인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 주-BBB는 쟁점주식이 양도될 당시 상증법령에 따른 보충적 평가방법을 적용하여 주-AAA 주식을 OOO으로 평가하였다.

(2) 청구인들이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청의 심리자료 등에 따르면 2021사업연도 주-AAA의 주식거래내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 주-AAA 주식거래내역 ㅇㅇㅇ (나) 처분청의 제시자료 등에 따르면 쟁점거래와 관련하여 양도가액의 산정은 특수관계자인 청구인들과 주-BBB 간의 단순합의에 의해 이루어졌고, 전문기관의 감정평가 등 주식평가와 관련한 근거는 없으며, 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격은 없는 것으로 나타난다. (다) 주-BBB는 청구인들과의 쟁점거래와 관련하여 쟁점주식 양도가액과 상증법령에 따른 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 주식평가액(OOO)과의 차액(OOO원)을 기타소득으로 소득처분하고 원천징수신고․납부한 것으로 나타난다. (라) 청구인들이 제출한 쟁점주식 매매계약서에 따르면, 주-BBB는 2021.7.30. 청구인들로부터 쟁점주식을 각각 OOO원에 매입하기로 계약한 것으로 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 원천징수의무자 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 과세관청과 직접적인 법률관계가 있는 원천징수의무자(주식회사 BBB)이므로 이 건 경정청구는 부적법하다는 의견이나, 국세기본법령에 따르면 원천징수신고 및 납부와 관련한 경정청구권자는 원천징수의무자 또는 원천징수대상자로 되어 있고, 원천징수의무자와 원천징수대상자 사이의 이해관계가 서로 다를 수 있어 납세자권익보호의 측면에서도 양자의 경정청구권은 상호 병존하는 것으로 보아야 하며, 원천징수세액에 대한 최종적인 귀속 주체는 청구인들인 점 등을 고려한다면 이 건의 경우에도 청구인들에게 경정청구권이 있다고 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2013광3822, 2013.11.21., 참조). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것(대법원 2019.5.30. 선고 2016두54213 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인들은 이 건은 쟁점주식의 양도거래이므로 법인세법령에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원천징수(기타소득)한 것은 부당하므로 기 납부한 종합(기타)소득세는 전액 환급되어야 한다고 주장하나, 쟁점거래는 청구인들과 특수관계 있는 주-BBB 간의 거래로서 해당 거래가 발생할 당시 쟁점주식은 비상장주식으로서 그 시가가 불분명하므로 상증법령에 따른 보충적 평가방법에 따라 쟁점주식가액을 산정하여야 하고, 상증법령에 따른 보충적 평가방법을 적용한 쟁점주식의 평가금액이 OOO임에도 청구인들은 쟁점주식을 OOO원으로 하여 주-BBB에게 쟁점주식을 양도한 반면, 같은 해에 거래된 CCC이 특수관계에 있는 주-BBB에게 주-AAA 주식을 양도할 당시 CCC과 주-BBB는 주-AAA 주식의 거래가액을 OOO으로 산정하였으며, 청구인들이 제출한 증빙 등만으로는 청구인들이 특수관계법인에게 쟁점주식을 고가로 양도하여야 할 특별한 사정 등은 확인되지 아니하므로 쟁점거래를 경제적 합리성을 갖춘 정상적인 양도거래라 하기는 어려워 보이고, 법인세법 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제1호와 법인세법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 각 목 등에 따르면 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금에 산입된 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득 등으로 소득처분하도록 규정하고 있으며 주-BBB가 위 규정에 의하여 쟁점거래에 따른 고가양수 금액을 익금산입하여 기타소득으로 소득처분함에 따라 청구인들에게 종합(기타)소득세가 부과되어야 하는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.