16.7.14. 재건축사업의 관리처분계획인가 고시에 따라 종전 주택이 조합원입주권으로 변환되었고 쟁점입주권 양도 당시 위 주택재건축사업의 관리처분계획인가 처분이 무효로 확정되거나 취소된 사실이 없어 단순히 관리처분계획인가 변경 절차가 진행 중이라는 사정만으로 최초 관리처분계획인가 및 이로 인한 조합원입주권 취득의 효력이 소멸되었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
16.7.14. 재건축사업의 관리처분계획인가 고시에 따라 종전 주택이 조합원입주권으로 변환되었고 쟁점입주권 양도 당시 위 주택재건축사업의 관리처분계획인가 처분이 무효로 확정되거나 취소된 사실이 없어 단순히 관리처분계획인가 변경 절차가 진행 중이라는 사정만으로 최초 관리처분계획인가 및 이로 인한 조합원입주권 취득의 효력이 소멸되었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 관리처분계획인가일 이후에도 종전주택을 철거하지 않고 계속 거주(2019.1.14.까지 거주)하다가 주택 상태에서 종전주택을 양도하였으므로 실질적으로 주택을 양도한 것으로 볼 수 있고, 따라서 처분청에서 쟁점입주권의 양도를 조합원입주권의 양도로 보아 한 이 건 부과처분은 부당하다. 소득세법제95조 제4항에서 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다”고 규정하고 있고, “관리처분계획의 인가일 이후에도 기존주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에는 해당기간을 1세대1주택 비과세 특례적용을 위한 보유기간 및 거주기간에 합산하는 것”(국세청 사전법령해석재산 2019-739, 2021.7.23.)인 점 등을 고려할 때, 관리처분계획의 인가일 이후에도 기존주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에는 해당 기간을 1세대1주택 비과세 특례적용을 위한 보유기간 및 거주기간에 합산하여야 하는 것임에도 처분청은 종전주택을 단순히 조합원입주권으로만 보고 이 건 양도소득세를 부과한 잘못이 있다.
(2) 소득세법제89조 제1항 및 제2항에서 1주택 또는 1조합원입주권에 대해 1세대1주택 비과세 규정을 적용하는 한, 1세대1주택 비과세 요건을 이미 충족한 1주택이 도시 및 주거환경정비법 등에 따른 공익사업의 목적을 위해 주택정비조합에 신탁되고 관리처분계획인가일 이후 기존주택을 철거, 신축하는 기간 동안 발생한 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제한 것은 거주이전의 자유 등을 보장하려는 1세대1주택 비과세의 입법 취지에 위배되고, 1조합원입주권 소유자를 1주택 소유자에 비하여 현저히 차별하는 공평성을 침해한 위법적 규정이다.
(3) OOO주택재건축정비사업에 대한 1차 관리처분계획은 2016.7.14. 인가 및 고시되었으나, 그 후 사정변경으로 2023.2.18. 임시총회를 거쳐 2차 관리처분계획 인가 절차가 진행되고 있고, 이 경우 어떤 관리처분계획인가일을 선택할 지에 대한 세법상 명확한 규정이 없는바, 관리처분계획인가일은 조합원들이 신탁한 당초 토지 등에 관한 변경된 권리면적과 분담금 등의 권리·의무가 최종 확정되는 시점인 최종 인가일을 기준으로 적용해야 하므로, 처분청이 1차 관리처분계획인가일인 2016.7.14. 기준으로 장기보유특별공제액 등을 산정한 것은 잘못이다.
(4) 쟁점입주권을 양도한 청구인과 매수인 사이에 청구인이 지급받을 청산금(환급액) 750,793,500원(이하 “쟁점분담금”이라 한다)을 양도한 이상 청구인의 양도가액은 매매가액 2,800,000,000원에서 쟁점분담금을 공제하여야 하고, 매수인의 취득가액 역시 2,800,000,000원에서 환급받을 쟁점분담금을 차감한 금액이 되어야 하는 것인바, 청구인의 쟁점입주권 양도가액은 청구인이 당초 신고한 총 매매가액 2,800,000,000원에서 환급받을 쟁점분담금(750,793,500원)을 차감한 금액으로 경정되어야 한다.
(2) 청구인은 최초 양도소득세 신고 시 양도가액을 매매가액인 2,800,000,000원으로 산정하였고, 쟁점주택(입주권) 매매계약서를 살펴보면 청산금에 대한 내용은 직접 언급이 되어있지 않으나 제3조에 ‘권리의 하자 및 부담을 제거하여 완전한 소유권을 매수인에게 이전하며, 승계하기로 합의하는 권리 및 금액은 그러하지 아니한다’고 기재되어 있고, 특약사항에 ‘OOO내 물건으로 조합원지위승계에 하자 없음을 확인’한다고 되어있으므로, 청산금을 지급받을 권리 또한 매수자에게 인계된 것으로 보는 것이 타당하며, 쟁점주택(입주권) 매매가액 2,800,000,000원에는 해당 청산금을 지급받을 권리에 대한 금액도 포함되어 있는 것으로 보는 것이 합리적이므로, 쟁점주택(입주권)의 양도가액을 청구인이 신고한 양도가액인 2,800,000,000원으로 본 처분은 잘못이 없다.
① 최초 관리처분계획인가일 이후 조합원 입주권의 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용을 배제한 처분의 당부
② 양도차익 산정시 조합원 입주권의 양도가액은 매매가액에서 청구인(매수인)이 환급받을 청산금을 차감한 금액이 되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.
7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
[양도가액
• (기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)
• 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액
• 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)
• 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
• (기존건물과 그 부수토지의 평가액
• 지급받은 청산금)
• 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액
• 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지의 평가액
• 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 2001.7.7. 종전주택을 취득하여 거주하던 중 종전주택이 OOO주택재건축정비사업 사업부지에 포함되고, 2016.7.14. 아래 <표1>과 같이 관리처분계획이 인가되었고, 청 구인은 동 관리처분계획에 따라 쟁점입주권과 쟁점분담금을 받게 되었다. <표1> 종전주택 관련 관리처분계획 (단위: 원) 구분 가액 비고 종전 권리 내역 1,366,062,460 종전주택 감정평가액 평균액 관리처분계획 내역서 비례율 133.01% (총수입-총지출)/종전평가총액 정비사업비의 추산액(총지출) 1,187,846,519,342 분양기준가액 1,816,999,678 종전자산 산술평균금액 × 비례율 처분내역: 공동주택분양 (배정평형: 126) 1,066,206,178 쟁점입주권 분담금 -750,793,500 평균분양금액-분양기준가액 (양수: 부과금, 음수: 환급금) (나) 청구인의 쟁점입주권 양도 및 양도소득세 신고내역은 아래와 같다.
1. 청구인은 2001.11.12.부터 2019.1.14.까지 종전주택에서 계속 거주하였고, 2019.8.30. AAA(매수인)에게 쟁점입주권을 2,800,000,000원(잔금일: 2019.12.10.) 양도하는 계약을 체결하였고, 쟁점입주권 매매계약의 주요내용은 아래와 같다. <표2> 쟁점입주권 매매계약서 주요내용 ㅇㅇㅇ
2. 청구인은 2020.3.2. 처분청에 쟁점입주권의 양도에 대하여 1세대1주택 고가주택의 양도로 하여 양도소득세 OOO원을 신고하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다.
• 아 래 - ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내역 중 관리처분계획인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제하여 2023.1.10. 청구인에게 아래와 같이 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 아 래 - ㅇㅇㅇ (라) 종전주택 관련 관리처분계획인가는 사정변경으로 2023.2.18. 조합의 임시총회를 거쳐 심리일 현재 2차 관리처분계획 관련 관계기관의 인가 절차가 진행 중이고, 관리처분계획인가 변경(안)은 아래 <표3>과 같다. <표3> 관리처분계획인가 변경(안) (단위: 원) 구분 가액 비고 종전토지 및 건축물 1,151,128,857,437 종전주택 감정평가액 평균액 관리처분계획 내역서 비례율 245.0% (총수입-총지출)/종전평가총액 사업완료 후의 대지 및 건축물의 총수입 4,648,288,248,877 조합원 분양수입, 일반분양수입 등 정비사업비의 추산액(총지출) 2,127,116,184,813 설계감리비, 공사비, 각종 보상비·부담금 등
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 관리처분계획인가일 이후에도 종전주택을 철거하지 않고 계속 거주한 점, 최초 관리처분계획 인가 이후 관리처분계획의 변경인가 절차가 진행 중인 점 등을 들어 쟁점입주권의 양도를 조합원 입주권이 아닌 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 주장하나, 2016.7.14. ‘OOO주택재건축사업’의 관리처분계획인가 고시에 따라 종전주택이 조합원입주권으로 변환되었고, 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유특별공제에 대해 규정하면서 “조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다”고 명확히 규정하고 있는바, 관리처분계획인가일 이후 보유기간 중 발생한 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하는 것이 타당한 점, 2019.12.10. 쟁점입주권 양도일 현재 위 주택재건축사업의 관리처분계획인가 처분이 무효로 확정되거나 취소된 사실이 없이 단순히 관리처분계획인가 변경 절차가 진행 중이라는 사정만으로 최초 관리처분계획인가 및 이로 인한 조합원입주권 취득의 효력이 소멸하였다고 볼 수 없는 점, 장기보유특별공제액은 양도소득금액 산정 시 물가상승분을 공제하기 위한 제도임을 감안한다면 재건축이나 재개발로 인하여 발생하는 양도차익에 대해서 장기보유특별공제를 배제하여 관리처분계획인가일 이후의 양도차익분을 장기보유특별공제에서 제외하는 것이 장기보유특별공제 제도의 취지에도 부합하는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점입주권의 양도와 관련하여 관리처분계획인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점입주권의 양도차익을 산정할 때 조합원 입주권의 양도가액은 매매가액에서 매수인이 환급받을 청산금을 차감한 금액이 되어야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제166조 제1항 제2호에서 청산금을 지급받은 경우의 조합원 입주권 양도에 대한 양도차익은 “양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비”의 방법으로 산정하도록 규정하고 있는바, 청산금을 양도가액에 포함하여 양도차익을 산정하는 것이 타당한 점, 청구인은 쟁점입주권을 양도하면서 쟁점분담금(750,793,500원)을 환급받을 권리를 함께 양도한 후 그 대가로 매수자로부터 2,800,000,000원을 지급받은 것이므로 매매가액 전액을 쟁점입주권 양도의 대가로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.