쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액으로, 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문]

1. 서초세무서장이 2023.3.21. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경기도 평택시 OOO소재 건물의 취득가액을 소득세법 제114조 제7항 에 의한 환산취득가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1988.3.7. 취득한 경기도 평택시 OOO(대지 800㎡), 같은 동 OOO(답 327㎡), 같은 동 OOO(답 434㎡, 위 토지를 모두 합하여, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 2006.11.9. 쟁점토지에 신축한 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 2021.3.2. 주식회사 a에게 OOO원에 양도하고, 토지의 취득가액은 실질거래가액으로, 건물은 환산취득가액으로 하여 2021.5.31. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 신고서에 대하여 청구인이 제출한 부동산거래사실확인서와 양도인의 인감증명서가 쟁점토지의 실지거래가액을 입증하기 위한 증빙으로 부적절하다고 보아, 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 처분청에 자료통보를 하였고, 처분청은 2022.10.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 이후 처분청은 청구인이 제출한 쟁점건물의 공사도급계약서 및 견적서를 확인하고, 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액이 아닌 실지거래가액으로 하여, 2023.3.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 추가 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.23.과 2023.5.26. 각 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 실질취득가액이 매매계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)에 의해 확인되므로, 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 과세한 처분은 부당하다. (가) 청구인은 1998.3.7. 쟁점부동산을 전 소유자 b로부터 평당 OOO원, 총 OOO원(722평)에 취득하였다.

1. 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 평택시에서 소아과병원을 개업하여 쟁점토지에 대한 취득계약을 청구인의 아버지가 하였고, 관련 서류들을 아버지가 보관하였으나, 1991년에 아버지가 돌아가셔서 쟁점토지의 계약서 원본이 분실되었으므로, 청구인은 증빙서류로 b의 부동산 거래사실확인서와 인감증명서를 제출한 것이다.

2. 청구인은 처분청으로부터 과세예고통지서를 수령한 후, 집에서 관련 서류를 찾는 도중 쟁점토지의 원본이 아닌 복사한 쟁점계약서를 찾았으며, 이를 추가 증빙서류로 제출하였다.

(2) 쟁점건물의 실지거래가액이 확인되지 않고, 이를 증빙할 수 있는 서류 등이 없으므로 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액으로 하여야 한다. (가) 처분청은 쟁점건물의 공사도급계약서 및 견적서에 기재된 금액인 OOO원이 실지거래가액이라는 의견이나, 환산취득가액으로 하는 것이 타당하다. (나) 쟁점건물의 견적서에는 기초공사, 판넬공사, 계량기(5개), 폐기물의 합계가 OOO원으로 기재되어 있으나, 하단의 비고란에는 ‘부가세별도, 내역 외 공사별도, 전기수전공사별도’라고 기재되어 있다. (다) 처분청은 쟁점건물을 신축한 OOO건업이 신고한 부가가치세 과세자료 등을 보관하고 있기 때문에 청구인보다 우월한 지위에 있고, 이러한 처분청이 확인하지 못한 증빙을 청구인에게 요구하는 것은 과도하다. 이는 쟁점건물의 실지거래가액이 확인되지 않는 것이기 때문에 쟁점건물의 취득가액은 소득세법 시행령 제176조 의 2 제7항에 따라 환산취득가액을 적용하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 추가로 제출한 쟁점토지의 쟁점계약서는 실제계약서가 아닌 허위계약서이다. (가) 청구인은 양도소득세 신고 시 제출한 서류는 b의 거래사실확인서 및 인감증명서였으나, 이후 이의신청 제기 시 쟁점계약서를 제출하였다. (나) 청구인은 이의신청서에 ‘청구인이 평택시에서 OOO병원을 개원하여 선친이 대리로 계약하였다’고 진술하였으나, 쟁점계약서에는 청구인의 도장만 찍혀있고 선친이 대리 계약한 도장은 확인되지 않는다. (다) 쟁점계약서는 부동산 중개인 없이 일반 A4용지에 작성한 것으로 취득 당시(1988년)의 정형화된 매매계약서가 아니고, 이를 통상적인 계약서로 보기 어려우며 계약서의 작성일을 1988.2.1. 이라고 볼 만한 근거도 없다. (라) 처분청은 쟁점계약서의 진위 여부에 대해 문서감정을 요청하였으나, 청구인은 문서감정 신청을 거부하였다. (마) 또한, 쟁점계약서에서 쟁점토지의 소재지가 ‘경기도 평택시 OOO’가 아닌 OOO로 기재되어 있는데, 이에 대해 청구인은 잘못 기재된 것이라고 주장하나, 취득당시 이 쟁점계약서를 등기소에 제출하였다면, 쟁점토지의 등기이전은 되지 않았을 것이다. (바) 청구인은 평당 취득가액이 OOO원에서 양도가액이 OOO원인 것으로 평당 취득가액 대비 양도가액 상승률이 37.22배 상승하여 그 당시 실지거래가액을 정당하게 반영한 가격이라는 주장이나, 1988년 취득가액 대비 2021년 양도가액을 비교할 것이 아니라 1988년 공시지가 대비 취득가액을 비교해야 하는 것이다. 따라서 1988년 환산개별공시지가는 OOO원이고, 쟁점토지의 취득가액은 평당 OOO원으로 5배 이상 높아, 이를 실지거래가액으로 보기 어렵다.

(2) 처분청은 청구인이 제출한 공사도급계약서 및 견적서에 기재된 OOO원을 쟁점건물의 실지거래가액으로 결정하였다. (가) 평택시 송탄출장소에서 회신한 쟁점건물의 취득세 신고내역 및 자진납부 세액계산서를 살펴보면, 청구인의 아내 c이 과세표준을 OOO원으로 신고하였고, 공사도급계약서상 금액은 OOO원, 견적서에는 OOO원으로 기재되어 있다. (나) 2006년부터 취득세는 과세표준이 실지거래가액으로 하는 것이 원칙이고, 신고한 가액이 시가표준액보다 낮거나 무신고일 경우에는 과세표준을 시가표준액으로 산정하기 때문에, c이 실지거래가액보다 낮은 시가표준액으로 신고한 것이다. (다) 또한, 청구인이 제출한 공사도급계약서 및 견적서의 금액 OOO원이 잘못되었다는 주장만 할 뿐, 이에 대한 객관적·구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액으로, 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (3) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ①법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이의신청결정서 등에 의하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1988.3.7. 쟁점토지를 b로부터 매매로 취득하였고, 2006.11.8. 쟁점건물을 신축[지상1층(159.6㎡), 2007.1.1. 임대사업자등록]하였으며, 2021.3.2. 주식회사 a에 쟁점부동산을 OOO원에 양도하였다. (나) 청구인이 2021.5.31. 신고·납부한 쟁점부동산의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내용은 아래 <표>와 같다. <표> 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 경정내용 (단위: 백만원) (다) 처분청은 청구인이 제출한 쟁점계약서는 1988년의 정형화된 매매계약서가 아니고, 부동산 중개인이 없이 일반A4용지에 작성하였으며 원본이 아닌 복사본에 해당하여 이를 통상적인 계약서로 보기 어려우므로 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액으로 하여야 한다는 의견이다. (라) 청구인은 쟁점건물을 신축한 것으로 금융거래내역 등을 제출하지 않았고, 쟁점건물의 도급계약서, 취득신고 및 자진납부 세액계산서의 금액으로 볼 때, 쟁점건물의 취득가액은 실지거래가액으로 하여야 한다는 의견이다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점부동산의 양도관련 서류 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고 시 쟁점토지를 OOO원에 취득하였다는 증빙으로 b로부터 받은 부동산거래사실확인서와 인감증명서를 첨부하였고, 이후 처분청에 계약일이 1988.2.1., 매매대금이 OOO원으로 기재된 쟁점계약서를 제출하였다. (나) 청구인이 제출한 쟁점건물의 공사도급계약서는 공사도급금액이 OOO원(부가세 별도)으로 기재되어 있고, 견적서에는 금액이 OOO원으로 기재되어 있으며, 비고란에는 “부가세별도, 내역 외 공사별도, 전기수전공사별도” 라고 기재되어 있다. (다) 쟁점건물의 취득 신고 및 자진납부 세액계산서에는 청구인의 배우자 c이 2006.11.28.에 신고한 것으로 되어 있고, 과세표준액은 OOO원이다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점토지의 취득가액에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점계약서가 확인되므로 쟁점토지의 취득가액을 실질취득가액으로 하여야 한다고 주장한다. 그러나 청구인이 제출한 쟁점계약서는 사본형태로 쟁점토지의 양도소득세 신고 시에는 제출되지 아니하였다가 이후 이의신청 단계에서 제출된 것일 뿐만 아니라 통상적인 계약서의 서식을 갖추고 있지 아니한 점, 또한 부동산 중개인 없이 A4용지에 작성되었고, 쟁점토지 소재지의 지번도 잘못 적혀 있는 점, 청구인은 쟁점계약서의 원본과 대금지급 관련 증빙서류를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점건물의 취득가액에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점건물을 건축한 OOO산업의 견적서에 기재된 OOO원이 실지거래가액이라는 의견이나, 청구인이 제출한 쟁점건물의 공사도급계약서 및 계약서의 하단에 기재되어 있는 ‘부가세 별도, 내역 외 공사별도, 전기수전공사별도’에 대한 공사내역이 확인되지 않아 쟁점건물 신축에 실제 소요된 금액을 확인하기 어려운 점, 처분청이 실지취득금액이라고 하는 OOO원과 쟁점건물의 취득세 과세표준액 OOO원과 일치하지 아니할 뿐만 아니라 청구인과 처분청 모두 실지 취득가액을 명확하게 입증하지 못하는 점 등에 비추어, 쟁점건물의 취득가액을 소득세법제114조 제7항에 의한 환산취득가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.