조세심판원 심판청구 법인세

당 업종이 법령개정으로 감면대상업종에 추가되기 전에 청구법인이 창업하였다는 이유로 창업벤처중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부

사건번호 조심 2023서7442 선고일 2023-10-12 조세심판원

[요지] 청구법인은 창업 당시 쟁점감면대상업종을 영위하지 아니한 점, 청구법인이 ‘통신판매업’을 부업종에 추가하여 사업을 영위한 것으로 보이나, 통신판매업은 조특법이 2018.5.29. 개정되면서 감면대상업종에 추가되었고, 그 부칙에 의하면 법 시행 전에 창업중소기업을 창업한 경우에는 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 창업할 당시에 감면대상업종을 영위하지 않아 쟁점감면을 적용할 수 없다고 보아 이를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2015.12.3. 설립된 법인으로, 2021사업연도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법(2018.5.29. 법률 제15623호로 개정된 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제2항에 따라 창업벤처중소기업 세액감면(50%, 이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 창업할 당시에 조특법 제6조 제3항의 감면대상업종을 영위하지 않아 쟁점감면을 적용할 수 없다고 보아, 이를 배제하고 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면(10%)을 적용하여 2023.1.6. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2015년 12월 설립되었으나, 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받았고, 그 당시 감면대상업종을 영위하고 있었으므로 쟁점감면을 적용받을 수 있다. (가) 조특법 제6조 제2항에 의하면 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우에는 그 확인받은 날 이후 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 50%를 감면한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2015.12.3. 설립되어 OOO 관련 기술․디자인을 개발하고 이를 제조․판매하는 법인으로, 2016.4.16.부터 통신판매업을 영위하였고, 신발 관련 3D 디자인 개발 등에서 기술력을 인정받아 창업 후 3년 이내인 2018년 7월경 벤처기업으로 확인받았으며, 당시 통신판매업은 조특법 제6조 제3항의 감면대상업종에 해당하므로 쟁점감면이 적용되어야 한다. (다) 처분청은 청구법인이 창업한 이후에 조특법 제6조 제3항이 2018.5.29. 개정되면서 ‘통신판매업’이 감면대상업종에 추가되었고 그 부칙의 경과규정에 의하면 법 개정 시행일 전에 설립된 청구법인의 경우에는 개정규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 아래와 같은 이유에서 타당하지 아니하다.

1. 부칙은 ‘창업벤처중소기업’의 경우가 아닌, ‘창업중소기업’의 경우에 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 정하고 있고, 조특법 제6조는 제1항에서 창업중소기업에 대하여, 제2항에서 창업벤처중소기업에 대하여 구분하여 감면내용을 정하고 있는바, 창업벤처중소기업의 경우에는 부칙규정과 달리 개정규정시행일 전에 창업하였더라도 감면적용이 가능하다고 해석하여야 한다.

2. 감면적용기간을 보더라도 창업중소기업 감면은 사업개시일로부터 5년간 적용받을 수 있는 반면, 쟁점감면은 벤처기업 확인을 받은 날로부터 5년간 적용받을 수 있는바, 부칙규정을 동일하게 적용할 필요가 없다.

3. 쟁점감면 규정의 취지는 벤처인증을 받은 기업에 대하여 세제상 혜택을 부여하는 것이므로 창업시점이 아닌 벤처인증시점을 기준으로 하여야 하고, 청구법인의 벤처기업 확인은 개정 이후인 2018년 7월에 있었으므로 감면혜택을 부여하여야 한다.

(2) 상표권 매각금액도 감면금액에 포함되어야 한다. (가) 청구법인은 2021년 1월경 AAA(이하 “AAA”라 한다)에 상표권 및 영업활동권(이하 “쟁점상표권”이라 한다)을 OOO원에 매각하였는바, 쟁점상표권은 청구법인이 개발한 디자인 리소스, 3D 컨텐츠, OOO 브랜드 상품판매 사업권 전체를 포함하는 것으로, 벤처기업으로 인증받은 기술사업의 성과물이므로 감면대상소득에 해당한다. (나) 청구법인은 쟁점상표권을 매각하기 전에도 AAA로부터 상표권, 기술, 디자인 등과 관련한 사용료를 수령하였는바, 쟁점상표권 매각금액은 단순히 무형고정자산 매각에 따른 이익이 아닌, 매출을 일시에 발생시킨 경우로 볼 수 있다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 창업 당시에 감면대상업종을 영위하지 않았으므로 쟁점감면을 적용할 수 없다. (가) 청구법인은 2015.12.3. 법인설립등기되었고, 2015.12.8. 사업자등록을 신청하면서 주업태는 도소매, 주종목은 무역으로 하여 사업을 개시하였으며, 2016.4.16. 통신판매업을 부업종으로 추가하였다. (나) 청구법인은 벤처기업확인 당시에 감면대상업종인 통신판매업을 영위하였으므로 쟁점감면을 적용하여야 한다고 주장하나, ‘통신판매업’은 조특법 제6조 제3항이 2018.5.29. 개정되면서 추가되었고, 그 부칙에 의하면 이 법 시행 전에 창업중소기업을 창업한 경우에는 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 따른다고 정하고 있는바, 통신판매업에 대하여 쟁점감면을 적용받으려면 2018.5.29. 이후에 통신판매업으로 창업하고 벤처기업으로 확인받은 경우여야 하므로 청구법인의 경우 쟁점감면을 적용받을 수 없다.

(2) 설령 청구법인이 쟁점감면을 적용받을 수 있다고 하더라도 쟁점상표권 매각대금은 감면대상에서 제외되어야 한다. (가) 쟁점상표권의 매출은 상품매출이 아닌 기타매출로, 무형자산처분이익은 법원에서도 감면대상 소득이 아니라고 하였다(광주지방법원 2020.10.22. 선고 2020구합12148 판결). (나) 조특법 제6조 제2항에 의하면 해당 사업에서 발생한 소득을 감면대상소득으로 정하고 있으나, 쟁점상표권의 매출은 해당 사업에서 발생한 소득이 아닌 일시적 소득에 해당하므로 쟁점감면의 대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 해당 업종이 법령개정으로 감면대상업종에 추가되기 전에 청구법인이 창업하였다는 이유로 창업벤처중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부

② 쟁점상표권 매각대금이 창업벤처중소기업 세액감면 대상소득인지 여부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 기본현황은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2015.12.3. 법인설립등기되었고, OOO과 같은 내용으로 2015.12.8. 사업자등록 신청하였으며, 2016.4.16. 부업종에 ‘통신판매업’을 추가하여 사업자등록 정정신고한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2018.7.9. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 규정에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 확인받은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2021사업연도 법인세 신고 및 경정내역은 OOO와 같은바, 청구법인은 조특법 제6조 제2항의 쟁점감면을 적용하여 법인세를 신고하였고, 처분청은 쟁점감면의 적용을 배제하였다.

(3) 2021사업연도 법인세 신고자료(조정후수입금액명세서)에서 확인되는 수입금액은 OOO과 같다.

(4) 쟁점상표권과 관련하여 제시된 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2021.1.5. AAA에 쟁점상표권 공급에 관한 세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급하였고, 법인세를 신고할 당시의 손익계산서에 의하면 기타매출로 인식한 것으로 확인된다. (나) AAA는 쟁점상표권의 매수에 관하여 OOO와 같이 공시하였는바, 청구법인은 청구법인의 사업과 관련한 소득임을 알 수 있다고 주장한다. (다) 청구법인은 쟁점상표권 매각대금도 해당 사업에서 발생한 소득에 해당한다고 주장하며, 과거 상표권 사용료의 거래내용이 확인되는 거래처별 원장을 제시하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받았고 벤처기업으로 확인받을 당시에 감면대상업종을 영위하였으므로 쟁점감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점감면 및 창업중소기업 감면 규정은 구 조세감면규제법 제6조 제1항에서 창업한 중소기업과 벤처기업 등을 ‘창업중소기업’으로 통칭하면서 동일한 세액감면을 적용하던 것을 1998.12.28. 법률 제5584호의 조특법으로 전부개정되면서 항을 달리하여 창업중소기업과 창업벤처중소기업 등에 대한 세액감면규정으로 구분되었는바, 개정경위를 고려할 때 두 감면제도 모두 창업 당시에 감면대상업종을 영위하는 기업을 지원하기 위함에 감면취지가 있는 것으로 보이는 점, 조특법 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면 규정은 창업 당시를 기준으로 판단하여야 할 것이나, 청구법인은 2015년 12월경 창업하면서 당시 조특법 제6조 제3항에서 정하는 감면대상업종을 영위하지 아니한 점, 청구법인이 2016.4.16. ‘통신판매업’을 부업종에 추가하여 사업을 영위한 것으로 보이나, 통신판매업은 조특법이 2018.5.29. 개정되면서 감면대상업종에 추가되었고, 그 부칙에 의하면 법 시행 전에 창업중소기업을 창업한 경우에는 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 창업할 당시에 감면대상업종을 영위하지 않아 조특법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면을 적용할 수 없다고 보아 이를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 기각되어 심리의 필요성이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2018.5.29. 법률 제15623호로 개정된 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  • 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 “청년창업중소기업”이라 한다)의 경우: 100분의 100
  • 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

2. 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)

14. 전문디자인업

29. 통신판매업 부 칙 <법률 제15623호, 2018.5.29.> 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제4조(창업중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 창업중소기업을 창업한 경우에는 제6조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것) 제6조 (창업중소기업등에 대한 세액감면) ① 2003년 12월 31일이전에 다음 각호의 1에 해당하는 중소기업(이하 “創業中小企業”이라 한다)을 창업하거나 중소기업창업지원법 제16조의2의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 농어촌지역(이하 이 條에서 “農漁村地域”이라 한다)에서 창업한 중소기업

2. 농어촌지역외의 지역(首都圈整備計劃法에 의한 過密抑制圈域 및 成長管理圈域으로서 大統領令이 정하는 地域을 제외한다)에서 창업한 중소기업으로서 특허받은 국내기술의 개발성과를 기업화하는 사업등 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 기술집약형중소기업

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업하는 중소기업으로서 대통령령이 정하는 벤처기업

② 창업중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(綜合有線放送法에 의한 綜合有線放送局 및 프로그램供給業과 放送프로그램製作業에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 “엔지니어링사업”이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 “情報處理 및 컴퓨터運用關聯業”이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “物流産業”이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

(3) 중소기업창원 지원법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “창업”이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

(4) 중소기업창원 지원법 시행령 제2조(창업의 범위) ① 중소기업창업 지원법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것

2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것

  • 가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것
  • 나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는 중소기업기본법 시행령에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다) 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것

3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

4. 법인인 중소기업자가 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50(법인과 그 법인의 임원이 소유하고 있는 주식을 합산한다)을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것

5. 법인의 과점주주(국세기본법 제39조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것

6. 상법에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것

(5) 중소기업기본법 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업일”이란 다음 각 목의 구분에 따른 날을 말한다.

  • 가. 법인인 기업: 법인설립등기일
  • 나. 소득세법 제168조나 부가가치세법 제8조에 따라 사업자등록을 한 사업자인 기업(법인이 아닌 사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다): 사업자등록을 한 날

(6) 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다

2. 자산의 양도금액

원본 출처 (국세법령정보시스템)