조세심판원 심판청구 소득세

청구인이 쟁점주식의 포괄적교환 후 2년 이내 교환받은 주식을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2023서7397 선고일 2023-11-23 조세심판원

[요지] 쟁점양해각서 제6조에서 ‘본 양해각서는 쟁점주식교환을 위한 쟁점교환계약(1차계약, 18.10.10.)이 체결되면 효력이 소멸된 것으로 한다.’고 명시하고 있으므로 쟁점교환계약 이후 발생한 쟁점양수도계약(2차계약, 20.11.18.)은 쟁점양해각서에 근거한 계약해제라고 보기는 어려운 점, 쟁점교환계약서상 주식교환 이후의 해제조건에 대해서는 언급이 없고 쟁점교환주식과 쟁점양수도계약은 약 2년의 간격도 있으므로 쟁점양수도계약은 쟁점계약의 합의해제라기 보다는 새로운 별도의 계약으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2016.1.7. 설립되어 OOO에서 소프트웨어 등 개발 자문 및 공급업을 영위하는 주식회사 AAA(이하 “쟁점자회사”라 한다)의 대표이사이며, 2018년 10월 현재 쟁점자회사의 비상장주식 54,000주(지분율 80.0%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있었다.
  • 나. 청구인은 자회사와 주식회사 BBB(2007.1.11.설립, 이하 “쟁점모회사”라 한다)가 2018.10.10. 체결한 ‘포괄적 주식교환 계약’(이하 “쟁점계약” 또는 “1차계약”이라 한다)에 따라 2018.12.21. 쟁점주식을 모회사가 발행한 신주 11,272주(2019.4.23. 액면분할로 112,720주로 증가, 이하 “쟁점모회사주식”이라 한다)와 교환(이하 “쟁점주식교환”이라 한다)하고 이로 인해 발생한 양도차익(OOO원)에 상당하는 양도소득세(OOO원, 이하 “쟁점세액”이라 한다)에 대하여 조세특례제한법(이하 “조세특례법”이라 한다) 제38조의 ‘주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례’에 해당한다고 보아 2019.2.27. 처분청에 2018년 귀속 양도소득세 신고시 과세이연을 신청하였다.
  • 다. 국세청장은 2022.2.7.부터 2022.2.25.까지 실시한 “과세이연 사후관리 실태점검”에서 청구인이 쟁점주식교환일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내인 2020년 중 쟁점주식교환으로 취득한 위 쟁점모회사주식 중 105,954주를 양도하여 과세이연 중단사유가 발생하였다고 보고 쟁점세액을 추징하도록 시정처분하였으며, 이에 따라 처분청은 2023.1.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지(이후 가산세 OOO원을 감액경정하여 남은 세액은 OOO원임)하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 쟁점주식교환 이후 쟁점모회사와 쟁점자회사가 체결한 쟁점계약이 해제됨에 따라 쟁점주식을 모두 돌려받고, 쟁점모회사주식은 모두 반환하였는바, 이는 쟁점주식교환으로 취득한 쟁점모회사주식을 양도한 것이 아니라 주식교환계약의 해제로 원상회복한 것에 불과하여 당초부터 쟁점주식의 양도가 있었다고 볼 수 없으므로 양도소득세 납세의무도 없다. 따라서 처분청이 쟁점주식을 포괄적교환으로 양도하였다고 보고 이후 과세이연 중단사유가 발생하였다고 하여 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다.

(1) 쟁점계약 체결에 관한 중대한 목적과 이후 체결한 2차계약(쟁점모회사와 청구인이 2020.11.18. 체결한 ‘주식 양수도 계약’으로 이하 “2차계약” 또는 “쟁점양수도계약”이라 한다)으로 쟁점주식을 반환받게 된 일련의 과정을 종합하여 볼 때, 2차계약은 독립된 별개의 계약으로 볼 수 없고 쟁점계약 목적 및 이행약정의 이행에 따라 양사간 계열분리 과정에서 이루어진 약정해제 내지 합의해제 성격의 계약이다. (가) 쟁점계약을 체결하게 된 중대한 목적이 해당 주식교환을 통해 쟁점자회사와 쟁점모회사의 전략적 협력을 통한 코스닥 동반 상장에 있었고 그 목적달성이 어려울 경우 양사 계열분리를 이행하기로 약정(이하 “이행약정”이라 한다)한 사실은 양해각서(쟁점모회사와 쟁점자회사가 2018.8.24. 체결한 것으로, 이하 “쟁점양해각서”라 한다)를 통해 충분히 확인할 수 있는 사실이다. (나) 그러나, 처분청은 쟁점양해각서 제6조 ‘주식교환을 위한 본 계약이 체결되면 효력이 소멸되는 것으로 한다’라는 문구만을 터잡아 쟁점계약 체결로 인해 효력을 이미 상실한 문서이며 이에 이행약정(코스닥 상장이 안될 경우 원상태로 분리) 또한 해제사유로 삼을 수 없다고 하였다. (다) 비록, 쟁점계약서 문언 상 명시적으로 나타나지는 않지만 그 목적을 담은 쟁점양해각서에 기해 쟁점계약이 체결된 것이며, 이후에도 그 각서는 계속하여 효력을 계속하여 유지하고 있었다고 봄이 상당하다 할 것이다. (라) 구체적으로, 쟁점자회사는 2020년 코로나발 위기로 매출감소 및 당기순손실이 예상되었고 이로 인해 모회사 연결 연결재무제표에 미치는 영향을 우려하여 쟁점모회사의 적극적인 주도 하에 급박하게 계열분리가 이루어진 점, 그 후 쟁점모회사는 2022년에 코스닥 시장에 상장된 일련의 사실로 미루어 볼 때, 쟁점양해각서는 쟁점계약 목적(코스닥 사장)과 이행약정(목적달성이 어려울 경우 계열분리)을 담은 중대한 문서로서 쟁점계약에 흡수되어 그 효력을 계속하여 유지하고 있었다고 봄이 합당하다. (마) 그럼에도 불구하고, 처분청은 쟁점양해각서를 단순히 쟁점계약 체결로 효력이 상실된 형식적 문서로 간주하고 그 각서에 따른 해제사유를 간과한 점을 청구인으로서는 지적하지 않을 수 없다.

(2) 쟁점모회사주식 중 일부(112,720주 중 11,052주로 이하 “쟁점잔여주식”이라 한다)가 반환되지 않아 원상회복이 이루어진 것으로 볼 수 없다는 것은 약정해제 내지 합의해제로 인한 원상회복에 대한 법리를 오인한 해석이다. (가) 처분청은 합의해제 등에 따른 주식반환은 원상회복을 전제로 두어야 한다고 하면서, 청구인이 쟁점주식을 전부 반환받은 점은 인정하면서 교환으로 받은 쟁점모회 사주식 중 일부가 반환되지 않은 점을 들어 원상회복을 전제로 둔 계약해제 등에는 해당되지 않는다고 하였다. (나) 그러나, 2차계약을 쟁점양해각서에 기한 약정해제로 보든지 계약목적 및 이행약정 등에 따른 합의해제로 보든지 상관없이 계약의 일종이므로 당사자의 이해관계 및 쟁점계약 이후의 상황 변화 등을 반영하여 그 반환 방법 등이 결정되는 것이 합리적인 경제인의 상식에 보다 부합한다 할 것이다. (다) 합의해제 등에 관한 원상회복을 문구 그대로 원계약 이전 상태로의 회귀로 해석될 수도 있겠지만 종전 계약관계를 청산한다는 의미 또한 내포하고 있으므로 단순히 쟁점계약 이전과 완전히 동일한 상태로 돌려놓는다는 뜻으로 해석될 수는 없다. (라) 이는 계약목적물이 일부 처분되거나 제3자에게 이미 처분되어 그 원상회복이 어려워 손해배상청구권을 취득한다 하더라도, 해제권 행사 등으로 인한 계약해제를 그대로 인정하고 있는 민사 판례취지(대법원 1989.7.11. 선고 88누8609 판결 외 같은 뜻)에도 반하고, 계약금이 위약금으로 대체되는 경우 등 완전한 원상회복의 상황은 현실적으로 찾아보기 힘들다고 할 것이다. (마) 그렇다면, 해제사유 등 발생으로 2차계약을 통해 청구인이 쟁점주식을 전부 돌려받은 이상 쟁점모회사주식 중 일부가 반환에서 제외되었다 하여 이를 원상회복이 아니라고 볼 근거는 없으며 이는 계약해제 등에 따른 원상회복에 대한 법리를 잘못 해석한 것이다.

(3) 쟁점주식을 전부 반환함에 따라 양도를 통해 얻은 소득이 없는 이상 청구인이 양도소득을 얻었음을 전제한 이 건 부과처분은 소득과세 원칙에 위배된다. (가) 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 그 매매계약이 약정해제권에 기하여 해제된 것이 아니라고 하더라도 합의해제 되었다면 매매계약의 효력이 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 않는 것이 되므로 양도소득세 과세요건인 자산의 양도가 있었다고 볼 수 없다 할 것이다(부산고등법원 2016.9.2. 선고 2015누21759 판결, 같은 뜻임) (나) 합의해제 등으로 양도소득세 과세대상 목적물 반환이 이루어진 이상 이를 과세에서 제외하는 것은 소득과세나 실질과세원칙 상 당연하다고 할 것인데, 다만, 세법에서는 당사자간 통정을 통해 조세회피 목적으로 이용되는 합의해제를 막기 위해 이를 제한하는 규정을 두고 있을 뿐이다. (라) 더욱이, 양도소득세는 당사자간 이해관계가 대립되는 유상거래의 특성상 조세회피를 목적으로 한 통정행위가 발생될 가능성이 적어 증여와 비교하여 합의해제로 인해 양도소득세 과세대상 소득이 없어진 경우라면 이를 폭넓게 과세에서 제외하여 주고 있는데, 이는 실질과세원칙 구현과 소득과세 원칙의 발로라고 할 것이다. (마) 이 건은 합의해제로 본다고 하더라도 이를 세법상 제한 규정에도 해당되지 아니하며 나아가 양도소득세 과세대상 목적물인 쟁점주식이 합의해제 등을 통해 전부 반환됨에 따라 양도를 통해 얻은 소득이 없는 이상 이에 대한 과세는 소득과세 대원칙에 반한다고 할 것이다.

(4) 처분청은 이 건 과세전적부심사청구에 대한 결정(이하 “적부심결정”이라 한다)에서 이 건과 사실관계에 유사성이 없는 대법원 판례를 근거 삼아 2차 계약을 새로운 계약으로 판단한 잘못을 저질렀다. (가) 적부심결정은 사실관계와 논리에 유사성이 없는 다른 사건의 대법원 판례(2015.8.27. 선고 2013두12652 판결)를 구체적인 비교검토 없이 단순히 특정 문구만 차용하여 본건에 유추적용함으로써 잘못된 결정에 이르렀다. (나) 구체적으로, “투자자인 양수인에게 회사 주식을 양도하면서 그 양도 이후에 주식발행법인의 수익 감소 내지 주식의 가치가 하락 등의 사유가 발생할 경우 약정에 따라 당초의 양도대금에 약정된 수익금을 가산한 금액을 매매대금으로 하여 지급의무를 이행한 경우 별개의 매매에 해당된다”라는 내용인데, 위 경우는 해제사유에 기해 당초 자산을 반환한다기 보다는 약정된 수익금을 지급하여 주기 위한 거래의 성격이 강하다고 할 것이며, 본질적으로 환매거래를 통해 당초 계약거래와는 별개로 새로운 소득이 발생되므로 과세되어야 한다는 다른 논리 또한 내재되어 있는 판결로 보인다. 그러나, 이 건 2차계약은 위와 달리 약정받은 수익금을 지급하기 위한 환매거래와는 근본적으로 다르며 쟁점계약을 통한 궁극적인 목적 달성이 어렵게되자 이행약정에 따라 양 회사의 계열분리를 위해 비롯된 부득이한 거래이므로 2차계약을 쟁점계약과 분리지어서 새로운 계약으로 볼 여지는 없다 할 것이다. (다) 실질과세원칙 및 과세당국과의 형평성에 비추어보더라도 쟁점계약과 2차계약을 합리적인 근거없이 분리하여 별개의 계약들로 판단한 적부심결정은 부당한 결정이다.

1. 실질과세원칙은 납세자가 “둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용”하는 등 조세회피목적으로 이루어진 일련의 거래를 하나로 보아 과세여부를 판단하는 데, 이를 역으로 납세자 입장에서 본다면 일련의 거래들을 통해 과세대상 목적물이 전부 반환된 이상 이를 하나로 보아 전체적인 사실관계를 판단하는 것이 마땅함에도 불구하고, 처분청은 형식적이고 청구인의 세법무지에서 비롯된 경미한 사항 등을 터잡아 별개의 새로운 계약으로 단정하였다.

2. 따라서, 이 건 부과처분은 과세당국이 조세회피 목적을 위해 납세자에게 적용하고 있는 실질과세원칙과의 형평성에 비추어 보더라도 지나치게 부당한 처분이라 할 것이다.

(5) 결론적으로 이 건은 쟁점자회사와 쟁점모회사의 동반 코스닥상장 목적을 위하여 쟁점계약 체결 후 코로나 사태로 인한 매출부진 등 그 목적 달성에 어려움이 발생하자 부득이 계열분리 이행약정으로 인하여 주식을 반환받은 것이 사실관계의 전부라고 할 것인바, 2차계약은 쟁점계약과 결코 분리할 수 없는 약정해제 내지 합의해제일 뿐 별개의 계약으로 볼 근거는 전혀 없다. 청구인은 2차계약을 통해 쟁점주식을 전부 돌려받아 양도소득이 없음에도 불구하고 소득을 얻었음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 소득과세 및 실질과세원칙에 반하는 위법․부당한 처분이므로 전부 취소되어야 한다. 현재 청구인은 쟁점주식의 반환으로 인해 거액의 세금을 맞이하게 되었고 쟁점모회사와 심대한 갈등으로 갖은 고통을 겪고 있다. 처분청이 면밀하게 고려하지 못하였던 사실관계를 정확히 파악하여 청구인의 재산권이 부당하게 침해받지 않도록 그 억울함을 풀어주시길 당부드린다.

(6) 청구인은 처분청의 답변에 대하여 아래와 같이 항변한다. (가) 2차계약은 양사간 현저한 주식가치 차이에도 불구하고 1차 계약과 동일한 가격으로 이루어진 종전거래의 반환에 해당한다. 더불어, 쟁점모회사주식 일부(11,052주) 또한 원상회복 후 위약금(손해배상금 등) 명목으로 다시 받은 것이므로 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다. (나) 2차계약은 새로이 주식평가 및 가격 협상에 대한 고려없이 1차계약과 동일한 가격으로 이루어진 1차계약의 반환 거래에 해당한다.

1. 처분청은 2차계약을 별개의 새로운 계약이라고 하면서 이 건과는 사실관계가 전혀 부합되지 않는 당초 약정한 수익금을 보장하기 위해 이루어진 거래사례를 들어 부과처분의 정당성만을 주장하고 있다.

2. 그러나, 청구인은 2차계약을 통해 수익금 보장 등 경제적 이득을 얻은 것이 아니라 쟁점모회사의 필요에 따라 손해를 입고 원래 상태로 회귀한 것이 사실관계의 전부이다.

3. 무릇, 2차계약이 종전거래의 반환거래인지 아니면 별개의 새로운 거래인지 여부는 해당 계약이 이루어지게 된 경위, 거래가액은 어떻게 결정되었는지, 당사자간 이해관계 조정 과정 등을 종합하여 그 실질을 면밀히 파악하여야 비로소 진실에 도달할 수 있다 할 것이다.

4. 우선, 2차계약이 이루어진 경위를 보면, 1차계약의 유일한 목적이 쟁점모회사의 코스닥 상장에 있었고 쟁점자회사가 그 목적에 도움이 될 것이라는 예상과 달리 오히려 매출부진 등 그 목적 달성에 불리해지자 양해각서를 터잡아 쟁점모회사의 주도 하에 계열분리의 일환으로 이루어졌다.

5. 그리고, 2차계약 당시 쟁점모회사와 쟁점자회사 간 세법 상 주식가치가 아래 <표1>과 같이 무려 20배 차이[상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 상 평가금액 기준]에 달하고 있었는데, 그럼에도 불구하고, 쟁점모회사의 주식가액을 1차계약과 동일한 금액으로 재교환이 이루어졌다. <표1> 쟁점자회사와 쟁점모회사의 주식가치 비교 OOO

6. 당시, 현저하게 높은 가치를 가진 쟁점모회사주식을 보유하고 있던 청구인의 입장에서 볼 때, 만약, 새로운 거래라고 하였다면 이에 합당한 가격 협상 없이 종전 거래가액 그대로 계약이 성사될리는 만무하였을 터인데, 이는 당초 약정조건에 따른 반환 거래가 아니고서는 도저히 납득될 수 없는 거래형태라 할 것이다. (다) 쟁점모회사주식 중 11,052주는 반환거래에서 제외된 것이 아니라 전부 돌려주고 위약금(손해배상금 등) 명목으로 다시 받은 것이다.

1. 처분청은 양도소득세 과세대상 쟁점주식을 전부 반환받았으나 쟁점모회사주식 110,720주 중에 11,052주가 반환에서 제외되었기에 원상회복으로 볼 수 없다는 취지로 주장하고 있다.

2. 그러나, 청구인은 1차계약 목적(코스닥 상장)을 위하여 쟁점모회사의 임원으로 선임된 이후 줄곧 동 회사의 업무에 치중하여 왔고 그로 인해 쟁점자회사의 경영실적 부진에 영향이 미쳤던 점, 쟁점자회사가 자신들의 코스닥 상장에 걸림돌이 되자 무리하게 계열분리를 단행함에 따라 1차계약을 지속하지 못한 쟁점모회사의 책임, 위에서 언급한 2차계약으로 인한 청구인의 손해 등을 종합하여 볼 때, 쟁점잔여주식은 손해배상금 등 위약금 성격을 가진다 할 것이다

3. 그렇다면 양도소득세 과세대상 쟁점주식을 전부 돌려받고 그 반대급부로써 쟁점모회사주식을 전부 돌려주고 나서 위약금조로 다시 그 일부인 쟁점잔여주식을 받은 것으로 봄이 실질에 부합된다 할 것이다.

4. 따라서, 처분청의 주장대로 원상회복이 이루어졌으며 더욱이 양도소득세 과세대상 거래가 소멸되었기에 이 건 양도소득세 부과처분은 당연히 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주식교환으로 취득한 쟁점모회사주식을 2년 이내 양도하여 과세이연 중단사유가 발생하였으므로 이 건 처분은 잘못이 없다.

(1) 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 그 매매계약이 해제되었다면 매매계약의 효력은 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 아니한 것이 되므로 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있다고 할 수 없으나(대법원 1992.12.22. 선고 92누9944 판결 등 참조), 유효한 매매계약을 토대로 자산의 양도가 이루어진 후 환매약정에 따른 환매가 이루어지더라도 이는 원칙적으로 새로운 매매에 해당하므로 양도소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 매매계약에 따른 자산의 양도에 영향을 미칠 수는 없다. 따라서 주식 양도인이 투자자인 양수인에게 주식을 양도하면서 투자금 회수 및 투자수익 보장을 약정하였다가 그 양도 이후 주식 발행법인의 수익 감소 내지 주식의 가치 하락 등의 사유가 발생함에 따라 당초의 양도대금에 약정된 수익금을 가산한 금액을 매매대금으로 하여 주식을 환매하는 방법으로 투자금 및 투자수익금 지급의무를 이행한 경우라면, 이러한 환매는 당초 매매계약의 해제 또는 해제조건의 성취 등에 따른 원상회복의무의 이행으로 볼 수 없고 약정된 투자수익금 등의 지급을 위한 별개의 매매에 해당하므로, 양도소득세의 과세요건인 당초 매매계약이 소멸된다거나 그에 따른 주식의 양도가 없어졌다고 할 수 없다(대법원 2015.8.27. 선고 2013두12652 판결 등 참조).

(2) 이 건 처분은 아래와 같은 이유로 적법하다. (가) 청구인은 쟁점양해각서 제2조 제8항의 ‘양사가 합의한 시점까지 코스닥 상장이 안 될 경우 원상태로 분리한다’는 내용에 따라 쟁점계약은 해제조건이 성취되어 그 효력이 소급하여 상실되었다고 주장하나, 청구인은 청구인 또는 쟁점모회사가 위 조항에 따라 해제권을 행사한 것인지에 대하여 객관적으로 입증한 바 없고, 해당 조항의 내용만으로 쟁점양수도계약에 의하여 쟁점계약이 해제되었다고 보기 어려울 뿐만 아니라 쟁점양해각서 제6조에서는 ‘본 양해각서는 쟁점주식교환을 위한 쟁점계약이 체결되면 효력이 소멸되는 것으로 한다’고 명시하고 있어 소급하여 상실되었다고 볼 수 없다. (나) 쟁점계약서 제16조는 ‘쟁점계약 체결일로부터 주식교환일까지 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 본 계약을 해제할 수 있다’고 명시하고 있을 뿐, 쟁점주식교환 이후의 해제조건에 대해서는 별도로 정하고 있지 않으며, 쟁점모회사의 코스닥 상장이 불가능하게 되는 경우를 쟁점계약의 해제사유로 명시하고 있지도 않다. (다) 청구인의 주장대로 쟁점계약이 해제된 것이라면, 청구인은 쟁점주식교환으로 취득한 쟁점모회사주식을 전부 반환함으로써 원상회복하여야 할 것이나, 해당 주식 112,720주 중 101,668주만 쟁점양수도계약에 따라 모회사에게 양도하였고, 나머지 쟁점모회사 주식은 제3자에게 양도(4,286주)하거나 2020년 12월 현재 청구인이 보유(6,766주)하고 있는 것으로 확인된다. (라) 쟁점모회사는 2020년 감사보고서에서 쟁점자회사 지분 전부를 청구인에게 매각함에 따라 쟁점자회사에 대한 지배력을 상실하였고, 그 대가로 청구인이 보유한 쟁점모회사 지분을 자기주식으로 취득하였다고 밝힌 바 있다. (마) 청구인은 쟁점양수도계약에 따라 양도한 쟁점모회사 주식에 대하여 2020.12.22. 양도물건을 쟁점모회사 주식 101,668주로, 양도일자를 2020.11.20.로, 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고(쟁점양수도계약서 등 첨부) 하였고, 청구인이 쟁점모회사 경영진을 상대로 제출한 고소장에서도 청구인이 쟁점모회사 주식을 다시 양도하더라도 세금 관련 문제가 없다는 피고소인의 말에 속아 2020년 11월 보유하던 쟁점모회사 주식 101,668주를 양도하였다고 적시한 것으로 확인된다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구인이 쟁점주식의 포괄적교환 후 2년 이내에 교환받은 주식을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면, 청구인은 아래 <표2>와 같이 쟁점주식교환에 대하여 양도가액과 양도소득금액을 각각 OOO원, OOO원으로, 양도소득세액을 OOO원으로 하여 2019.2.27. 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하면서 동시에 양도소득세를 과세이연 받기 위하여 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출한 것으로 확인된다. <표2> 쟁점주식 양도소득금액 계산명세서 내역 OOO

(2) 쟁점자회사와 쟁점모회사의 사업자 기본사항 및 2016 사업연도 이후 법인세 신고현황은 아래 <표3>, <표4>와 같다. <표3> 사업자 기본사항 OOO <표4> 법인세 신고내역 OOO

(3) 쟁점자회사와 쟁점모회사가 법인세 신고시 제출한 2017년 이후 주식등변동상황명세서상 주주현황은 아래 <표5>와 같다. <표5> OOO

(4) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서 등에 따르면, 2018년 이후 쟁점자회사 및 쟁점모회사 주식 취득․양도내역은 아래 <표6>, <표7>과 같다. <표6> 자회사 주식 취득 및 양도내역 OOO <표7> 모회사 주식 취득 및 양도내역 OOO

(5) 쟁점양해각서 및 쟁점계약서 등은 아래와 같다. (가) 쟁점양해각서 쟁점모회사와 쟁점자회사는 2018.8.24. 양사의 합병을 전제로 한 주식교환을 추진하기 위하여 쟁점양해각서를 체결하였고, 쟁점양해각서 제2조 제8항에는 ‘양사가 합의한 시점까지 코스닥 상장이 안 될 경우 원상태로 분리한다’고 기재되어 있다. <쟁점양해각서(2018.8.24.) 중 발췌> OOO (나) 쟁점계약서 쟁점모회사와 쟁점자회사가 2018.10.10. 체결한 쟁점계약서에 따르면, 2018.12.21. 주식교환을 통해 모회사와 자회사는 각각 완전모회사 및 완전자회사가 되며, 쟁점모회사가 발행하는 신주의 주당 발행가격은 OOO원으로, 쟁점자회사의 주당 가격은 OOO원으로 산정됨에 따라 쟁점모회사와 쟁점자회사의 주식교환비율은 1:0.2087439572로 정한 것으로 나타난다. <쟁점계약서(2018.10.10.) 중 발췌> OOO (다) 주식재교환합의서 초안 청구인이 제출한 자료에 의하면, 쟁점모회사는 쟁점주식교환 이후 쟁점자회사의 실적이 저조하고 영업권손상평가 리스크 등으로 인해 코스닥시장 상장이 어려울 것으로 예상됨에 따라 2020년 11월말까지 영업권손상 가능성이 있다고 판단되면 2020.12.30.까지 주식을 재교환한다는 내용의 합의서 초안을 작성하여 2020.9.11. 청구인에게 전송한 것으로 나타난다. <이메일(2020.9.11.) 및 주식재교환합의서 초안> OOO (라) 쟁점양수도계약서 청구인은 2020.11.18. 쟁점모회사로부터 쟁점자회사 주식 67,500주를 주당 OOO원(총 매매대금 OOO원)에 양수하기로 하는 주식양수도계약을 체결하고, 양수대금은 쟁점모회사 주식 101,668주(주당 OOO원, 총 OOO원)와 현금 OOO원으로 지급하기로 하였으며, 대금 지급일은 2020.11.20.로 정한 것으로 나타난다. <쟁점양수도계약서(2020.11.18.) 중 발췌> OOO 위 쟁점양수도계약서상의 쟁점모회사 주식 주당 OOO원은 당초 쟁점계약서 체결시 가액 OOO원(액면분할 10배 이전)과 동일한 금액이며 쟁점모회사 이사회 회의록에 나타난 상증세법상 평가액은 쟁점자회사 주식 OOO원 및 쟁점모회사 주식 OOO원으로 나타난다.

(6) 국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면, 청구인은 쟁점양수도계약에 따라 쟁점모회사주식 101,668주를 쟁점모회사에 양도한 후, 아래 <표8>과 같이 2020.12.22. 양도일자를 2020.11.20.로, 양도가액을 OOO원(주당 OOO원)으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다. <표8> 모회사주식 양도소득금액 계산명세서 내역 OOO

(7) 금융감독원 전자공시시스템에 공시된 쟁점모회사의 2020년 감사보고서(2021.4.8.)에 따르면, 쟁점모회사는 전년도까지 종속기업에 해당하던 쟁점자회사의 지분 전부를 당사 주주에게 매각함에 따라 지배력을 상실하였으며, 그 대가로 동 주주가 보유한 당사 지분을 자기주식으로 취득한 것으로 기재되어 있는 내용이 나타난다. <2020년 감사보고서(2021.4.8.) 중 발췌> OOO

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점계약이 쟁점양수도계약의 형식을 통해 합의해제되어 소급하여 취소되었으므로 쟁점주식의 양도가 있다고 보아 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다고 주장하나, 쟁점양해각서 제2조 제8항에는 ‘양사가 합의한 시점까지 코스닥상장이 안 될 경우 원상태로 분리한다’는 내용이 있으나 위 조항이 해제권을 유보한 것인지 불명확하고 계약당사자가 위 조항에 따라 해제권을 행사하였다는 증거도 제시되지 아니한 점, 쟁점양해각서 제6조는 ‘본 양해각서는 쟁점주식교환을 위한 쟁점계약이 체결되면 효력이 소멸된 것으로 한다’고 명시하고 있으므로 쟁점계약 체결 이후 발생한 쟁점양수도계약은 쟁점양해각서에 근거한 계약해제라고 보기는 어려운 점, 쟁점계약서 제16조는 ‘쟁점계약 체결일부터 주식교환일까지’ 발생하는 사유를 계약해제사유로 열거하고 있으나 주식교환 이후의 해제조건에 대해서는 언급이 없는 점, 청구인은 쟁점주식교환으로 취득한 쟁점모회사주식(112,720주) 중 101,668주만 쟁점양수도계약으로 다시 쟁점모회사에 양도하였고 쟁점주식교환으로 양도한 쟁점주식은 54,000주인데 쟁점양수도계약으로 다시 취득한 주식은 67,500주인 것으로 나타나며 쟁점계약(2018년 12월)과 쟁점양수도계약(2020년 11월)은 약 2년의 간격도 있으므로 쟁점양수도계약은 쟁점계약의 합의해제라기 보다는 새로운 별도의 계약으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1)조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부 개정되기 전의 것) 제38조【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “주식의 포괄적 교환등”이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 법인세법 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정되기 전의 것) 제35조의2【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】⑪ 법 제38조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다.

1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조 제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.

⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)