청구법인이 청구주장에 대한 입증책임을 다하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점매입거래를 통해 구입하였다는 물품을 판매한 다른 거래처가 확인되지 않는바, 그렇다면 결국 쟁점매입거래는 가공거래에 해당한다고 볼 수밖에 없는 점, 한편 쟁점매입거래가 실물거래 없이 이루어진 가공거래로 인정된 상황에서 최종적으로 쟁점매입거래의 대금이 귀속된 자를 확인할 수 있는 자료도 달리 나타나지 않는바, 이 경우 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라, 익금에 산입한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점매입거래처로부터 실제로 물건을 구입하여 쟁점매입세금계산서를 수취하였고 이러한 사실이 거래명세표, 세금계산서 및 대금지급증빙자료 등을 통해 확인될 뿐만 아니라, 쟁점매입거래를 통해 구입한 물건을 판매(매출)한 사실 또한 거래명세서 등의 증빙자료를 통해 확인되므로, 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없이 수취한 세금계산서로 보아 이루어진 이 건 과세처분은 위법하다. (가) 쟁점매입거래는 진성거래이다.
1. 쟁점매입거래처의 대표자 C이 청구법인의 사업장으로 찾아와 영업을 하였고 청구법인은 물품의 시세를 고려하여 쟁점매입거래처로부터 물품을 구입하기로 결정하여 2020.7.10.부터 쟁점매입거래를 하였다. 청구법인은 실물이 청구법인의 사업장에 입고된 것을 확인하고 전자세금계산서를 발급받은 후 그 거래대금을 쟁점매입거래처의 대표자 C의 사업용 계좌로 송금하였다.
2. 청구법인은 쟁점매입거래를 통해 쟁점매입거래처부터 HIV 2.5 전선 합계 1,160타를 구입하였고 2020년 7∼9월 기간 동안 같은 품목 1,069타를 판매하였으며 이와 같은 내용이 거래명세서와 거래처확인서 등을 통해 확인되는데 HIV 2.5 전선의 매입거래는 쟁점매입거래의 70%를 차지하는바, 이는 쟁점매입거래가 진성거래임을 뒷받침하는 강력한 근거이다. 그 밖에도 재고수불원장, 거래명세서 및 거래처 확인서에 의하면 쟁점매입거래와 관련된 물품의 입고 및 매출내역이 건별로 확인되고, 청구법인의 매출구조상 물품이 단일 품목으로 판매되기보다는 여러 가지 품목을 한 번에 판매하고 있어 한 가지 품목만 가공거래를 하기 어려운 점을 고려하면 청구법인이 쟁점매입거래처로부터 이를 구입하여 여러 거래처에 판매하였음을 알 수 있다.
3. 특히 청구법인은 2013.2.1. 개업하여 현재까지 계속 사업 중인데 물품의 매출과 회전율 등을 고려할 때 실물 매입 없이는 정상적인 사업활동을 할 수 없는바, 쟁점매입거래를 통한 물품의 매입이 실제로 이루어졌다고 추론하는 것이 타당하다.
4. 조사청은 진성거래와 가공거래를 구분할 수 있는 뚜렷한 기준이나 증거자료 없이 쟁점매입거래처의 매입자료 등이 파악되지 않는다고 보아 해당 과세기간 동안 쟁점매입거래처가 행한 모든 거래를 일률적으로 가공거래로 보고 관련 사업자들 전체에 대하여 자료파생을 하였다. 그러나 쟁점매입거래처에게 자료상 혐의가 있다 하더라도 일부 거래는 실물거래가 있는 진성거래일 가능성을 배제할 수 없으므로, 과세당국에게는 여전히 쟁점매입거래가 가공인지에 대하여 입증할 책임이 있다. 즉 조사청이 쟁점매입거래처를 자료상 혐의자로 보았으나 쟁점매입거래처가 청구법인과 통모하여 허위로 가공세금계산서인 쟁점매입세금계산서를 수수하였는지 여부에 대한 객관적인 증빙자료는 확인되지 않으므로, 쟁점매입거래가 진성거래인지 아니면 가공거래인지에 대한 입증책임이 청구법인에게 전환된다고 보기 어렵다. 실제로 쟁점매입거래처가 동일 과세기간(2020년 제2기) 동안 매출한 다른 거래처(청구법인의 직원으로 근무하던 D이 청구법인과 동일한 상호로 유사한 업태를 계속 운영 중인 곳임)의 거래에 대해서는 과세전적부심사에서 쟁점매입거래처와의 거래가 진성거래인 것으로 인정되어 과세처분이 이뤄지지 않았다.
5. 처분청은 청구법인이 3차례에 걸쳐 제출한 재고수불원장의 내용이 서로 불일치하여 쟁점매입거래를 통한 물품의 구입 및 판매 사실에 대하여 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 이는 당초 청구법인의 직원이 쟁점매입거래처와의 거래분에 관한 내용만 제출하는 것으로 이해하여 쟁점매입거래 관련분만 정리하는 과정에서 발생한 단순한 오류에 불과하다. 그 결과 1차 재고수불원장 상 숫자가 잘못되었는데, 처분청이 쟁점매입거래 외의 거래분까지 포함하여 자료를 재요청하자 2차 재고수불원장을 제출한 후 과세전적부심사 과정에서 최종적으로 정리된 3차 재고수불원장 자료를 제출한 것이다. 즉 1ㆍ2차 장부상 숫자의 차이는 쟁점매입거래처 이외의 매입내역에 기인한 것이고, 2ㆍ3차 장부는 거래일자의 오류에 불과한데, 이를 이유로 실물거래 사실을 부인하는 것은 부당하다.
6. 청구법인은 쟁점매입거래 당시 쟁점매입거래처가 실물거래 없이 세금계산서만 수수하는 자료상으로서의 혐의가 있는지 알지 못했고, 물품 입고 및 세금계산서 발급을 확인한 후 실제 거래대금을 지급하였으므로 쟁점매입거래 당시 선량한 거래자로서의 주의의무를 충분히 다한 선의의 거래자에 해당한다. 쟁점매입거래의 경우 건별로 거래금액은 약 OOO원 수준인데, 이를 위하여 청구인이 거래를 할 때마다 쟁점매입거래처의 창고를 방문하여 실질사업자 여부를 파악하였어야 한다고 요구하는 것은 과도하다.
7. 참고로 청구법인은 2020년 제2기 과세기간 이후에는 쟁점매입거래처와 거래하지 않았다. (나) 쟁점매입거래와 관련된 자금이 사외유출된 것으로 확인되므로, 이 건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 취소되어야 한다. 청구법인은 쟁점매입거래 당시 선량한 거래자로서 충분한 주의의무를 다했음에도 쟁점매입거래처에게 자료상 혐의가 있는지 알지 못하였고 그 결과 쟁점매입거래의 매매대금을 모두 이체하였는데 이러한 사실이 금융증빙자료를 통해 확인되는 반면, 해당 거래대금이 청구법인에게 다시 입금되었다는 사정은 확인되지 않으므로, 설령 쟁점매입거래가 가공거래에 해당한다 하더라도 거래대금이 사외로 유출된 것이 명백한 이상, 이를 법인세법령상 손금으로 인정하여야 하고 그에 따라 대표자 B에 대하여 이루어진 소득처분(인정상여) 또한 취소되어야 한다. 만약 청구법인이 지급한 쟁점매입거래의 대금이 쟁점매입거래처에서 E 등에게 송금된 내역이 있다면 귀속을 확인하여 그 귀속자에게 소득처분하여야 하는 것이지, 이를 이유로 청구법인의 비용을 부인하고 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하는 것은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 쟁점매입거래과정에서 선량한 거래자로서의 주의의무를 다하였으므로, 이 건 부당과소신고가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받거나 세액을 환급받은 경우, 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따른 “사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우”에 해당한다고 보아 부당과소신고가산세를 부과하기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 것에 대하여 인식하였어야 한다(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결 등). 즉 납세자가 결과적으로 국가의 조세수입이 감소될 것을 인식하고 매출자와 통모하여 세금계산서를 수취한 후 매입세액을 공제받은 경우에 한하여 부당과소신고가산세가 부과될 수 있다 할 것인데, 이 건의 경우 청구법인이 조세수입을 감소시킬 의도를 가졌고 이에 대하여 인식하고 있었음을 입증할만한 객관적ㆍ구체적인 증빙자료가 없고 단순히 자료상 혐의자와 거래한 사실만 있을 뿐이므로, 부당과소신고가산세 적용대상에 해당하지 않는다. 참고로 청구법인은 앞서 살펴보았듯이 선량한 거래자로서의 충분한 주의의무도 다하였다.
(1) 쟁점매입거래는 가공거래이고 이 경우 쟁점매입세금계산서는 실물거래 없이 수수된 가공세금계산서이므로, 그 공급대가를 법인세에서 손금불산입하고 관련 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다. (가) 세금계산서 발급자가 자료상으로 판명된 경우, 그 세금계산서에 기재된 금액 상당의 실물거래가 있었다는 점에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있으므로(대법원 2006.9.14. 선고 2006두10771 판결 등), 쟁점매입거래가 진성거래라는 것에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있다. 그런데 청구법인이 처분청의 과세자료 해명안내문에 대한 회신으로 제출한 1차 재고수불원장, 과세사실판단에 대한 심리과정에서 제출한 2차 재고수불원장 그리고 과세전적부심사청구 과정에서 추가 요청을 받아 제출한 3차 재고수불원장의 내용이 서로 상이할 뿐만 아니라, 제출된 판매원장에 기재된 내용이 재고수불원장에는 누락되어 있으므로, 재고수불원장의 내용은 신뢰할 수 없다. 청구주장과 같이 1∼3차 재고수불원장에 기재된 숫자의 차이가 단순 오류에 불과하다면 청구법인이 최종적으로 제출한 3차 원장과 판매원장은 그 내용이 서로 일치하여야 하나, 두 자료도 그 내용이 서로 상이하고, 나아가 청구법인은 거래명세서, 재고수불원장, 판매원장, 확인서 등과 같은 서면 자료만 제출하였을 뿐, 상품의 이동 등을 확인할 수 있는 물류업체의 송장 내지 실물 사진 등은 제출하지 않았는바, 쟁점매입거래가 실물거래를 동반한 진성거래라는 청구주장은 신뢰할 수 없고, 따라서 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점매입거래가 실물거래를 동반한 진성거래라는 점에 대한 입증책임을 다하였다고 볼 수 없으므로, 이 건 과세처분은 적법하다. (나) 한편, 상품 등을 매입하고 실제 거래처가 아닌 곳으로부터 세금계산서 등을 수취한 경우에는 증빙자료 등에 의하여 실제 지출(매입)한 사실이 확인되는 때 그 원가에 한하여 필요경비로 인정할 수 있으나, 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우에는 관련 대금을 전액 필요경비에 산입할 수 없다. 그런데, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점매입거래가 진성거래임이 입증되었다고 보기 어렵고, 나아가 조사청의 세무조사 결과 쟁점매입거래의 거래대금 중 대부분이 쟁점매입거래처의 대표자에게 입금된 직후 바로 E 등에게 송금된 것으로 나타나 그 대금이 매입처로 귀속되었다고 보기 어려우므로, 쟁점매입거래는 가공거래이고 대금의 귀속이 불분명한 경우에 해당(쟁점매입거래의 대금이 쟁점매입거래처에 귀속되었는지 아니면 크리스 케이블에 귀속되었는지 아니면 리베이트 등의 명목으로 다시 청구법인에게 귀속되었는지 여부가 불분명함)한다고 봄이 타당하다. 따라서 쟁점매입거래 관련 대금을 손금불산입하면서 법인세법 시행령 제106조 제1항 단서에 따라 대표자에 대한 상여로 소득처분한 이 건 처분은 적법하다.
(2) 자료상으로 고발된 거래처들의 금융형태가 전형적인 자료상의 형태에 해당하고 청구법인이 거래처를 직접 방문하여 확인한 사실이 없는 경우 해당 거래를 정상거래로 인정할 수는 없고(수원지방법원 2014.9.24. 선고 2013구합5754 판결), 세금계산서의 발행ㆍ교부 경위, 공급받은 재화ㆍ용역의 가격, 당해 재화ㆍ용역이 공급된 구체적인 경로 및 과정 등에 비추어 수급자로서는 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서의 명의자가 자료상인지 여부 등을 확인하여야 할 의무가 있으므로 이를 게을리한 경우 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다(부산고등법원 2014.7.18. 선고 2013누3085 판결). 그런데, 쟁점매입거래처 대표자의 동종업종에서의 경력이 전무함에도 불구하고 청구법인은 해당 거래처의 사업장 및 물품보관창고의 실존 여부를 확인하는 등의 절차를 전혀 진행하지 않았고, 청구주장과 같이 쟁점매입거래처의 대표자가 자신의 사업장에 찾아와 영업을 하였다는 사정만으로는 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어려우므로, 이 건 부당과소신고가산세 부과처분은 정당하다.
① 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과하고 소득금액변동통지(대표자 상여) 후 원천징수분 종합(근로)소득세를 부과한 처분의 당부
② 이 건 부당과소신고가산세 부과처분의 당부
(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 결의서에 의하여 확인되는 이 건 과세처분 내역은 <별지2>와 같은데, 이에 의하면 가공거래로 간주된 쟁점매입거래의 매입가(세)액은 부가가치세 신고 당시 매입가(세)액의 약 OOO%인 것으로 나타난다. (나) 청구법인, 쟁점매입거래처 및 각 대표자의 사업현황은 각각 아래 <표1>∼<표4>와 같다. <표1> 청구법인의 주주현황 주주명 대표자와의 관계 주식수 지분율 F 어머니 OOO 60.0 B 본인 OOO 20.0 G 아버지 OOO 20.0 합 계 OOO 100.0 (단위: 주, %) <표2> 청구법인의 대표자 B의 사업이력 사업자등록번호 상호명 업태/업종 개업일 폐업일 108-06-9****
• 부동산/부동산임대 2001.3.20. (계속) 108-86-0** 청구법인 도매 및 상품중개업 / 전기자재 2013.2.1. (계속) <표3> 쟁점매입거래처의 사업자등록현황 상호명 대표자 사업장소재지 업태/업종 개업일 폐업일 쟁점매입거래처 OOO 인천광역시 계양구 OOO 도소매업 / 전선 및 전기용품 2020.6.27. 2021.5.6. <표4> 쟁점매입거래처의 대표자 사업이력 사업자등록번호 상호명 업태/업종 개업일 폐업일 210-03-1 OOO 음식 / 카페 1999.11.16. 1999.12.16. 418-13-6** 쟁점매입거래처 도소매업 / 전선 및 전기용품 2020.6.27. 2021.5.6. (다) 쟁점매입거래처는 세무조사에 따라 2020년 제2기 부가가치세를 부과받았으나 이를 체납한 채 위 <표3>과 같이 2021.5.6. 폐업하였고, 해당 과세처분에 대하여 별도로 불복을 제기한 사실은 확인되지 않는다. (라) 청구법인의 2019∼2020년 기간 동안의 부가가치세 및 법인세 신고내역은 각각 OOO과 같다. (마) 처분청은 조사청의 이 건 조사종결보고서 중 청구법인과 관련된 내용을 발췌하여 제출하였는데, 그 내용을 요약하면 아래와 같다.
□ 청구법인 – 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 OOO원 가공확정
○ 청구법인에게 거래사실조회 안내문을 발송한 결과 청구법인은 거래사실확인서, 거래명세표, 계좌거래내역을 제출하면서 쟁점매입거래를 쟁점매입거래처와의 정상거래로 소명하였음. 그러나 금융거래내역을 검토한 결과, J 명의의 예금계좌OOO에 총 OOO원이 입금되었고 해당 금액은 입금 즉시 대부분이 E에게, 일부는 OOO에게 이체된 것으로 확인됨
○ J은 심문조서 진술과정에서 청구법인으로부터 입금된 금액 중 대부분이 E에게, 일부는 HㆍI 명의의 예금계좌로 이체된 이유에 대하여 E의 소개로 HㆍI를 알게 되었는데 이체금액 중 일부는 그들로부터 차용한 돈(E OOO원, H 1억 OOO원, I OOO원)을 갚은 것이고, 나머지 금액은 E에게 전선을 빌려서 팔았기 때문에 판매 이후 전선대금을 보내준 것이라고 진술함
• J에게 E의 전선을 대신 판매한 것인지 아니면 E에게 전선을 매입하여 쟁점매입거래처가 판매하였다는 것인지에 대하여 묻자, J은 E에게 전선대금을 보낸 것은 맞지만 자신은 E로부터 전선을 매입한 적이 없고, 본인의 전선을 본인이 팔았다고 하는 등 모순되고 일관성 없는 답변을 하였음
• 뿐만 아니라, J은 청구법인에게 판매한 전선 매입과 관련한 질문에 대하여 현장에서 사온 것으로 전액 현금으로 매입하였는데 어느 현장에서 얼마를 매입한 것인지 등은 기억나지 않는다고 답변하였고, 관련 증빙자료를 찾아보고 제출하겠다고 하였으나 매입세금계산서를 수취한 OOO원 이외에 매입거래로 추정할만한 금융거래내역이나 현금출금은 확인되지 않았으며, 매입에 대한 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하였음
○ 쟁점매입거래처가 청구법인에게 발급한 쟁점매입세금계산서 상 공급가액 OOO원 전액에 대하여 가공(매출)거래로 확정함 (바) 쟁점매입거래와 관련하여 양측이 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.
1. 청구법인이 제출한 쟁점매입세금계산서의 주요내용은 OOO과 같다.
2. 청구법인은 쟁점매입거래와 관련하여 거래명세표 8매와 청구법인의 대표이사 B 명의의 예금계좌(OOO은행, 100-028)의 거래내역을 제출하였는데, 이들과 쟁점매입세금계산서 상 품목 등을 비교ㆍ정리하면 OOO과 같다. 이에 의하면 공급대가 기준으로 거래명세표ㆍ세금계산서 및 금융거래내역의 총 합계는 OOO원으로 동일하나, 거래명세표와 세금계산서 상 품목의 기재방식이 서로 상이한 것으로 나타난다.
3. 청구법인이 이 건 심판청구과정에서 우리 원에 제출한 세금계산서OOO와 청구법인이 과세자료 해명안내에 대한 회신으로 1차 재고수불원장과 함께 제출한 것이라고 설명하면서 처분청이 우리 원에 제출한 세금계산서 중 2매의 경우 발급번호와 총 공급가액 합계액 및 부가가치세 합계액은 동일하나 품목기재가 서로 상이한 것으로 나타난다.
4. 청구법인은 쟁점매입거래를 통해 구입한 물품의 매출거래가 확인되고 이것이 쟁점매입거래가 진성거래임을 방증한다고 주장하면서, 쟁점매입거래를 통해 구입한 물품 12가지 중 HIV 전선 2.5mm의 매입물량 1,160타에 대한 1,069타 매출거래(2020.7.16.∼2020.9.16.)의 증빙자료로 이를 구입하였다는 거래처들의 매입확인서 44매와 그 거래명세표를 제출하였다. 한편, 청구법인은 HIV 전선 2.5mm 매입과 관련한 재고수불원장도 제출하였는데 이에 의하면 청구법인은 2020년 7∼9월 기간 중 HIV 전선 2.5mm을 쟁점매입거래를 통해 1,160타, 2020.7.22.자 K로부터 300타, 이월분 31타 및 기타 매입분 111타 합계 1,602타만큼을 매입한 것으로 나타난다.
5. 처분청은 청구법인이 일련의 불복과정에서 제출하였다는 1∼3차 재고수불원장을 제출하였는데, 해당 원장들은 다음과 같이 그 내용이 서로 상이하므로 쟁점매입거래를 통해 실물을 매입ㆍ출하였다는 청구주장을 신뢰할 수 없다는 의견이다.
- 가) HIV 전선 2.5mm와 관련하여, 청구법인이 2020.7.22. K로부터 300타를 매입한 거래의 경우 1차 원장에는 그 내용이 기재되어 있지 않으나 2ㆍ3차 원장에는 기재되어 있고, 청구법인이 2020.7.21. OOO 주식회사에 물품을 판매한 내역이 1ㆍ2차 원장에는 기재되어 있지 않으나 3차 원장에는 8타를 판매한 것으로 되어 있으며, 청구법인이 L에 50타를 판매한 내역이 1차 원장에는 기재되어 있지 않으나 2차 원장에는 판매일자가 2020.7.22.로, 3차 원장에는 2020.7.23.로 기재되어 있다.
- 나) HIV 전선 2.5mm와 관련하여, 1∼3차 원장상 재고수량이 OOO 현저하게 차이가 나고, 특히 청구법인이 K로부터 물품을 매입한 것의 경우 앞서 살펴보았듯이 1차 원장에는 매입사실 자체가 기재되어 있지 않다가 2차 원장에는 매입개수가 300개로 기재되어 있으며, 2차 원장상 재고수량의 경우 628(= 328 + 300)개로 기재되어 있어야 하나 “212”으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 그 산정방식이 확인되지 않는다.
- 다) HIV 전선 2.5mm 이외의 품목의 경우에도 원장들에 기재된 일부 거래처명이 서로 상이하다[예: OOO vs OOO].
6. 처분청은 청구법인이 제출한 판매원장에는 청구법인이 2020.7.30. 주식회사 OOO에 HFIX 1.5 전선 10개를 판매한 것으로 기재되어 있으나 2ㆍ3차 원장에는 해당 판매내역이 기재되어 있지 않는 등 판매원장과 2ㆍ3차 재고수불원장상 기재사항이 불일치하는 건들이 다수 있는데, 판매원장과 2ㆍ3차 원장을 대사하여 판매원장을 기준으로 2ㆍ3차 원장에 기재되어 있지 않은 것들을 누락으로 표기한 자료를 제출하였다. (사) M(대표자 D)은 청구법인과 같이 2020년 제2기 과세기간 동안 쟁점매입거래처로부터 물품을 구입한 자로, 의정부세무서장이 조사청의 세무조사 결과에 따라 2021.8.9. 2020년 제2기 부가가치세 과세예고통지를 하자 이에 대하여 과세전적부심사청구를 제기하였는데, 해당 과세전적부심사결정서에 의하면 의정부세무서장은 당초에는 거래명세표와 심문조서에 기재된 필체가 다르고, 세금계산서가 K의 컴퓨터를 통해 발행되었으며, 쟁점매입거래처의 계좌로 입금된 거래대금이 즉시 K E의 계좌로 이체된 것을 고려하여 관련 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보았으나, M(대표자: D)이 이와 같은 사실관계를 밝히는 것은 불가능하다고 보이는 점, 반면 M(대표자 D)은 쟁점매입거래처로부터 매입한 전선을 운송받으면서 거래명세표를 받았고 거래명세표에 기재된 대표자 명의의 계좌로 대금을 이체하였으며, 거래 당일자의 운송 관련 영수증과 전선의 사진을 확인하여 제출하였으므로 이러한 거래과정을 살펴볼 때 M(대표자 D)이 쟁점매입거래처와의 거래과정에서 선량한 관리자의 주의의무를 해태하였다고 보기 어려운 점, 거래대금이 청구인에게 반환되었다는 등의 사정이 발견되지 않는 이상 쟁점매입거래처와의 거래과정에서 쟁점매입거래처가 명의위장사업자라고 의심할만한 충분한 사정이 있었다고 보이지 않는 점 등을 이유로 과세예고통지가 잘못되었다고 판단한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 각종 증빙자료 등을 통해 쟁점매입거래가 진성거래임이 확인되고 본인은 실물 반입 등을 확인하고 대금을 결제하는 등 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였을 뿐만 아니라 쟁점매입거래 관련 대금이 사외유출된 것이 확인되므로, 처분청이 쟁점매입거래를 가공거래로 보아 한 이 건 부가가치세ㆍ법인세ㆍ원천징수분 종합(근로)소득세 부과처분 및 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 원칙적으로 세금계산서가 사실과 다르다는 점에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것이나, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관해 상당한 정도의 입증을 하였다면 납세의무자가 관련된 증빙자료를 제시하기 용이한 지위에 있음을 감안할 때 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 납세의무자가 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다 할 것인 점(대법원 2008.8.21. 선고 2008두9867 판결 등, 같은 뜻임), 그런데 과세당국이 쟁점매입거래처에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입가액이 포함된 쟁점매입거래처의 2020년 제1기 및 제2기 매출액 전체가 가공거래로 확인되어 쟁점매입거래처가 자료상으로 확정ㆍ고발되었고, 쟁점매입거래처는 이에 대하여 달리 불복을 제기하지 않은 채 2020년 6월말 개업 이후 1년만인 2021년 5월 폐업하였으며, 청구법인과 쟁점매입거래처 간에 2020년 7∼9월의 쟁점매입거래 이외에 다른 거래내역은 없는 것으로 나타나는 등의 일련의 상황을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 쟁점매입거래의 경우 실물거래 없는 가공거래로 봄이 합리적인 반면, 청구법인이 과세당국에 제출한 1∼3차 재고수불원장의 경우, 원장마다 거래건별 거래사실의 기재 여부, 거래수량 및 거래일자 등의 내용이 불일치하고 판매원장과도 그 기재사항이 달라 증빙자료로서의 신빙성을 인정하기 어렵고, 쟁점매입거래의 운송과 관련된 송장ㆍ영수증이나 물품 및 상하차 현장사진 등도 제출되지 아니하였으므로, 청구법인이 청구주장에 대한 입증책임을 다하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점매입거래를 통해 구입하였다는 물품을 판매한 다른 거래처가 확인되지 않는바, 그렇다면 결국 쟁점매입거래는 가공거래에 해당한다고 볼 수밖에 없는 점, 한편, 쟁점매입거래가 실물거래 없이 이루어진 가공거래로 인정된 상황에서 최종적으로 쟁점매입거래의 대금이 귀속된 자를 확인할 수 있는 자료도 달리 나타나지 않는바, 이 경우 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 익금에 산입한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점매입거래과정에서 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였으므로 부당과소신고가산세(40%)를 부과하는 것은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 에 의하면 부정행위로 국세의 과세표준을 과소신고한 경우에는 부정행위로 인한 과소신고납부세액의 40%가 부과되는 것이고, 이 때 부정행위란 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항에 따라 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호를 말하는 것으로, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로서 거짓 증빙의 작성ㆍ수취, 거래의 조작ㆍ은폐 및 세금계산서의 조작 등을 포함하는 점, 그런데 앞선 쟁점①에서 쟁점매입거래가 실물거래 없는 가공거래로 인정되었고, 그러한 쟁점매입거래(가공거래)를 하고 이에 대한 쟁점매입세금계산서를 수수한 것은 특별한 사정이 없는 한, 거짓 증빙의 작성ㆍ수취, 거래의 조작 및 세금계산서의 조작으로서 조세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로서 부정행위에 해당하므로 이 건은 부당과소신고가산세 부과대상에 해당하는 점 등에 비추어, 위 청구주장도 받아들이기 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점매입거래를 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과(부정과소신고가산세 포함)하는 한편, 쟁점매입가액과 그 세액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분한 후 원천징수분 종합(근로)소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정된 것) 제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제57조 [결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
(2) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것) 제19조 [손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제21조 [세금과 공과금의 손금불산입] 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다) 제67조 [소득처분] 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것) 제22조 [부가가치세 매입세액의 손금산입 등] ① 법 제21조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 경우의 세액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 부가가치세법 제39조 제1항 제5호 에 따른 매입세액
2. 부가가치세법 제39조 제1항 제6호 에 따른 매입세액
3. 그 밖에 해당 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제106조 [소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제26조의2 [국세의 부과제척기간] ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.
3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 (5) 국세기본법 시행령(2020.6.2. 대통령령 제30724호로 일부개정된 것) 제12조의2 [부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.
(6) 조세범 처벌법(2018.12.31. 법률 제16108호로 일부개정된 것) 제3조 [조세 포탈 등] ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
심판청구를 기각한다.