조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 PFV와의 약정에 따라 쟁점토지를 PFV에 매도하면서 동시에 그 중 일부를 건물 신축과 함께 재매입하기로 한 거래는 수익 인식이 가능한 실질적 매각거래에 해당하지 않음

사건번호 조심-2023-서-7139 선고일 2025.12.19

요 지

청구법인은 쟁점토지를 매도와 동시에 대응한 계약을 체결하였고 그 사유는 사옥신축으로 실질상 쟁점토지 위에 사옥을 신축하여 계속 보유한 것으로 볼 수 있으므로 공사기간 중 토지의 형식적 소유권 이동에 불구하고 쟁점토지는 계속 청구법인의 소유였다고 봄이 타당함

상세내용

[주 문] OOO세무서장이 2022.12.5. 청구법인에게 한 이월결손금 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원의 각 감액경정처분 및 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 부가가치세 2018년 제1기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은 OOO원(장기차입금) 및 OOO원(토지)을 2019사업연도 익금 및 손금에서 각각 제외하고, 2017～2021사업연도에 재단법인 OOO에 지급한 기부금 합계 OOO원을 익금에서 제외하며, 주식회사 a에 OOO을 재판매한 것에 대하여 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 아래와 같은 거래 등을 하고 2017～2021사업연도 법인세 등을 신고하였다. (1) 청구법인은 OOO 서울특별시 OOO 대 OOO㎡(이하 “OOO토지”라 한다)에서 같은 시 OOO소재 OOO으로 본사를 이전하고, OOO 주식회사 b(이하 “이 건 c”라 한다)에 OOO토지를 OOO원에 매각하는 토지매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)과 OOO토지 위에 신축되는 건물 중 연면적 OOO㎡(이하 “재매입건물”이라 한다) 및 그 ㅇㅇ권 면적 OOO㎡(이하 “쟁점ㅇㅇ권”이라 하고, OOO토지 중 쟁점ㅇㅇ권에 대응되는 OOO㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 이 건 c로부터 OOO원(건물 OOO + 토지 OOO원)에 매수하기로 하는 업무시설 선매매계약(이하 “쟁점선매매계약”이라 한다)을 각각 체결한 후, OOO OOO토지에 대한 잔금청산(쟁점토지의 매각 및 쟁점ㅇㅇ권의 선매입 약정을 이하 “쟁점거래”라 한다)을 하면서 쟁점거래를 차입거래로 보아 쟁점토지에 대한 유형자산처 분이익 OOO원(이하 “쟁점처분이익”이라 한다)을 2019사업연도 익금에 산입하지 아니하였다. (2) 청구법인의 지분은 OOO(OOO%, 이하 “OOO”이라 한다)와 재단법인 OOO(OOO%, 이하 “쟁점ㅇㅇㅇ”라 한다)가 소유하고 있고, 청구법인은 2017～2021사업연도에 쟁점ㅇㅇㅇ에 합계 OOO원의 기부금(이하 “쟁점기부금”이라 한다)을 지급하고 이를 지정기부금으로 계상하였다. (3) 청구법인은 OOO(이하 “OOO”라 한다)과 체결한 ‘OOO 합의서’에 의거하여 OOO에 2019.5.2. OOO원, 2020.7.31. OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점후생사업금액”라 한다)을 지급한 후, 이를 OOO/기타 계정과목 으로 계상하여 각각 2019사업연도 및 2020사업연도 손금에 산입하였다. (4) 청구법인은 OOO에 따라 납부하는 OOO 분담금(이하 “ㅇㅇㅇㅇ분담금”이라 한다)을 금액 산정의 기준(전년도 OOO 매출액)이 되는 사업연도의 비용으로 계상하고, 다음 사업연도에 납부고지서를 고지받은 후 기 계상한 비용과 실제 고지된 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 차액을 다음 사업연도의 이익 또는 손실로 계상하였다. (5) 청구법인은 2016년 3월 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 2016.3.1.～2019.12.31. OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 연간 OOO원씩 총 OOO원에 매입하고, 이 중 OOO(이하 “쟁점ㅇㅇㅇ”이라 한다)을 특수관계인인 주식회사 a(이하 “OOO”라 한다)에 연간 OOO원씩 총 OOO원에 재판매하였다. (1) OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.8.31.부터 2021.10.26.까지 청구법인에 대한 2018～2020사업연도 법인세에 대한 통합조사를 실시한 결과, (1) 쟁점거래가 차입거래가 아닌 매각거래에 해당한다고 보아 쟁점토지에 대한 쟁점처분이익을 익금산입하는 것으로, (2) 쟁점기부금은 특수관계자에게 경제적 합리성이 결여된 사실상 배당금을 지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 손금불산입하는 것으로, (3) 쟁점후생사업금액은 비지정기부금 또는 접대비로 보아 손금불산입하는 것으로, (4) ㅇㅇㅇㅇ분담금은 미확정비용인 상태에서 손금에 산입된 것으로 보아 각 ㅇㅇㅇㅇ분담금 납부의 고지일이 속한 각 사업연도를 손금의 귀속시기로 재조정하는 것으로, (5) 청구법인이 쟁점ㅇㅇㅇ를 시가보다 낮은 가액으로 특수관계인에게 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 익금을 재계산하는 등 그 세무조사 결과를 청구법인에게 통지하고, 이에 따라 경정하도록 처분청에 통보하였다.
나. 처분청은 이에 따라 2022.12.5. 이월결손금 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원을 감액경정하고, 청구법인에 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 부가가치세 2018년 제1기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원을 각각 경정‧고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.28. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지가 매각되었지만 쟁점토지에 대한 사용‧수익‧처분 권한 모두 청구법인에게 유보되어 쟁점토지에 대한 지배권리(실질적 통제권)가 이 건 c에게 이전된 바 없고, 위험‧보상이 구매자에게 실질적으로 이전되지 않아 기업회계기준에 따라서도 차입거래로 취급함이 타당하며, 국세청장의 ‘세법해석 사전답변’에 대한 신뢰를 바탕으로 쟁점거래를 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 차입거래로 인식하였는바, 쟁점거래를 매각거래로 보아 과세한 처분은 부당하다. (가) 청구법인이 쟁점토지를 실질적으로 양도한 것으로 볼 수 없으므로, 법인세법상 청구법인은 쟁점토지에 대한 양도손익을 인식할 수 없다. 1) ｢국세기본법｣ 제14조 제2항 은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고 하여 거래 등의 형식 또는 외관과 그 실질이 일치하지 않는 경우 거래의 ‘실질’에 따라 세법을 적용해야 한다는 실질과세의 원칙을 규정하고 있다. 2) 관련하여 청구법인은 OOO토지 개발사업 진행과정에서 OOO토지(OOO㎡) 전체를 이 건 c에 매각하는 형식을 취하여 쟁점토지의 소유권이 개발과정에서 일시적으로 이 건 c에 이전되었지만, 이는 일반 상업지역에 속하는 OOO토지에 주거복합건축물의 개발이라는 사업목적을 이루기 위한 관련 법령을 충족하기 위해서 불가피하게 선택된 거래 형식에 불과하며(사업목적상 OOO토지 전체를 이 건 c에 매각하는 형식의 토지매매계약을 체결함에 따라 청구법인은 계산서를 수취하고 지체상금을 수령함),

① 앞서 언급한 바와 같이 쟁점매매계약과 동시에 동일가격으로 업무시설 쟁점선매매계약을 체결하여 ‘쟁점토지 거래와 관련하여 청구법인이 실제 얻는 차익’이 없어 쟁점토지의 가격변동에 대한 위험과 보상을 청구법인이 그대로 보유한 점, ② 청구법인은 설계도서 확정 등을 포함하여 업무시설 건축에 깊이 관여하며, 매매대금을 건물의 일부 또는 전부가 완성되는 각 시점에 지급하고, 완공 즉시 그 소유권을 이전받기로 하는 등 실제 자신이 이미 소유하고 있는 쟁점토지 위에 자기 책임하에 업무시설을 건축하는 것과 사실상 동일한 점을 고려할 때, 법인세법상 쟁점토지를 실질적으로 양도하여 양도차익을 실현한 것으로 볼 수 없으므로, 쟁점거래는 매각거래에 해당하지 않는다. 3) 실제로 ① 기획재정부(재법인-47, 2011.1.20.), ② 조세심판원(조심 2009부4118, 2010.11.23.) 및 ③ 법원(울산지방법원 2013.1.23. 선고 2011구합314 판결)도 ‘미분양된 주택에 대한 환매조건부 매매거래’에 대해서 매매계약에 따른 매매목적물의 위험과 효익이 양도인으로부터 양수인에게 이전되지 않은 것으로 보아 차입거래로 판단한 바 있고, 조세심판원(조심 2006서1320, 2010.7.8.)은 양수자가 양도채권에 대한 처분권이 없고 양도자가 상환청구권(Put option)을 갖는 등 양도자가 여전히 양도채권에 대한 통제권을 갖고 있는 경우, 당해 매출채권 양도거래는 형식적인 매각거래일 뿐 그 실질은 담보부 차입거래에 해당된다고 판단한 바 있다. 마찬가지로 쟁점거래의 경우, 쟁점토지에 대한 지배권리는 청구법인에게 그대로 유보되어 이 건 c에게 사실상 이전된 바가 없으므로, 쟁점거래는 법인세법상 양도에 의한 매각거래로서의 요건을 충족하지 않는 것이다. 4) 또한, ｢법인세법 시행령｣(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개 정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제4항은 ｢자산유동화에 관한 법률｣ 제13조에 따른 방법에 의하여 보유자산을 양도하는 경우 및 매출채권 또는 받을어음을 배서양도하는 경우에는 (납세자의 회계처리와 무관하게 일률적으로) “해당 자산이 매각된 것으로 보아 관련 손익의 귀속사업연도를 정한다”고 규정되어 있었으나, 2012년 세법개정 시, “기업회계기준에 의한 손익인식방법에 따라 관련 손익의 귀속사업연도를 정한다”로 변경된 바 있다. 당시 기획재정부의 보도자료에 따르면, 동 개정이유는 2011년 말 국제회계기준이 도입되면서 일반기업회계기준에서 매각거래로 회계처리되던 자산유동화 거래 중 일부가 한국채택국제회계기준에 따라(위험과 보상의 이전 여부에 따라) 차입거래로 회계처리됨으로 인하여 기업회계기준을 그대로 인정하여 세무조정의 부담을 줄여주는 취지였는데, 동 개정의 배경과 취지를 살펴보면, 거래에 의한 위험과 보상의 대부분이 양수인에게 이전되는 ｢자산유동화에 관한 법률｣ 제13조 에 따른 유동화거래의 경우에도 한국채택국제회계준을 적용하는 법인이 그 경제적 실질에 따라 차입거래로 회계처리하면 법인세법상 그 ‘실질’을 존중하여 차입거래로 인정하겠다는 것이 핵심이다. 5) 이렇듯, 기존의 유권해석, 조세심판원 사례 및 상기 법인세법 개정사항을 고려할 때, 실질과세의 원칙과 법인세법 제43조 에 의거해 쟁점거래는 차입거래에 해당한다. (나) 법인세법상 쟁점거래가 매각거래 혹은 차입거래인지 판단할 수 있는 근거 규정이 없으므로 쟁점거래의 구분은 기업회계기준에 따라 판단해야 한다. 1) 법인세법 제43조 는 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 법인세법 및 ｢조세특례제한법｣에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계기준 또는 관행에 따르도록 하는바, 세법에서 정해지지 않은 내용에 대해서는 기업회계기준 및 관행을 따르는 것이다. 쟁점거래는 쟁점토지를 이 건 c에 매도하는 동시에 동일한 가액으로 쟁점ㅇㅇ권을 선매입한 것으로 일반적인 매매거래와 다른데, 이를 법인세법상 매각거래로 구분할지, 혹은 차입거래로 구분할지에 대한 별도의 규정이 없는 상황이다. 이러한 경우, 법인세법 제43조 에 따라 쟁점거래의 성격에 대한 판단은 기업회계기준에 따라야 하는 것이며, 청구법인이 신청한 ‘세법해석 사전답변’에서도 과세관청 역시 쟁점거래는 기업회계기준에 따라 판단하는 것으로 해석하였다. 2) 쟁점토지의 법적 소유권은 이전되었지만 청구법인이 쟁점토지의 위험과 보상을 여전히 보유하며 쟁점토지를 실질적으로 지배하므로, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래이고 따라서 법인세법상으로도 차입거래에 해당한다. 일반기업회계기준 제16장 및 <적용사례 5>는 소유권이 이전되었더라도 위험·보상이 구매자에게 실질적으로 이전되지 않으면 차입거래로 판단한다. 즉, 일반기업회계기준은 거래의 법적 형식보다는 거래의 경제적 실질에 따라야 한다는 입장으로, 재화판매거래의 수익인식에서 중요한 것은 위험과 보상의 이전 여부라는 입장이다. 관련하여 쟁점거래의 경우 ① 쟁점매매계약과 동시에 쟁점선매매계약을 통해 쟁점ㅇㅇ권을 양도가액과 동일하게 확정된 가액으로 같은 날 매수하기로 하였기 때문에 쟁점토지의 가액 변동을 포함한 어떠한 위험도 이 건 c에게 이전된 바 없고, ② 이 건 c는 쟁점토지로 인해 추가적인 보상도 기대할 수 없어 쟁점토지와 관련된 보상 역시 이 건 c에 이전된 바 없다. 또한, 쟁점매매계약 및 쟁점선매매계약을 통해 ③ 쟁점토지에 대한 실질적인 사용(청구법인이 선매수한 업무시설 건축용으로 배타적 사용), 수익(쟁점토지 및 업무시설 관련 주식회사 k과의 책임임대차 계약에 따른 임대료 및 자본이득 모두 청구법인 귀속), 처분(쟁점토지는 청구법인에 선매입되어 이 건 c의 임의 처분 불가) 권한을 청구법인이 모두 보유하고 있어 쟁점토지에 대한 지배권리(실질적인 통제권)가 이 건 c에 이전된 바 없다. 따라서, 쟁점토지에 대한 위험과 보상은 이 건 c에 이전된바 없고, 청구법인이 쟁점토지에 대한 실질적인 지배권을 보유하므로, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래에 해당한다. 3) 실제로 ① 청구법인의 외부감사인OOO 및 이 건 c의 외부감사인OOO은 쟁점거래에 대한 회계처리를 포함하여 청구법인 및 이 건 c가 “일반기업회계기준에 따라, 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다”는 적정의견을 표명하였고, ② 회계기준원은 청구법인이 쟁점거래를 차입거래로 회계처리한 것의 적절성을 확인한 바 있다. 4) 이와 같이, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래에 해당하며, 법인세법 제43조 에 따라 이와 같은 기업회계기준상 취급은 법인세법 목적으로도 인정되므로, 쟁점거래는 법인세법상 차입거래에 해당한다. (다) 청구법인은 사실관계를 정확하고 자세하게 적시하여 국세청장에게 사전답변을 신청하였고, 국세청장은 ‘기업회계기준에 따라 매각거래인지 여부를 판단’하라는 의견을 표명하였는바, 기업회계기준과 국세청 회신내용에 따라 법인세법상 차입거래로 처리한 것이므로 청구법인의 신뢰는 보호받아야 마땅하다. 5) 청구법인은 쟁점거래의 주요 사실관계를 적시하여 국세청장에게 사전답변을 신청하였고, 청구법인의 ‘세법해석 사전답변’ 신청에 대해 국세청장은 ‘내국법인이 토지를 양도하면서 향후 해당 토지 위에 신축될 복합건물 중 업무시설을 선매수하는 매매계약을 동시에 체결한 경우, 쟁점토지(전체 양도토지 중 업무시설에 상당하는 토지)에 대한 효율적인 통제권이 내국법인과 분리되어 양수인에게 실질적으로 이전되는 등 기업회계기준에 따른 매각거래에 해당하면 양도손 익을 인식한다’고 답하였다. 동 사전답변의 핵심은 쟁점거래의 경우 법인세법상 매각거래인지 차입거래인지를 판단할 수 있는 기준이 없으므로, 쟁점거래에 대해 법인세법상 양도손익을 인식하려면 기업회계기준상 매각거래에 해당하여야 한다는 것이었다. 청구법인은 이와 같은 국세청장의 사전답변을 신뢰하여 쟁점거래를 기업회계기준에 따라 검토하여 차입거래로 처리한 후 외부감사인의 검토 및 확인을 거쳤으며, 이를 바탕으로 쟁점거래를 법인세법상 양도손익을 인식할 대상이 아닌 것으로 처리하였다. 6) ‘세법해석 사전답변’ 제도는 납세자가 실명으로 본인과 관련된 특정 거래의 세무 질의사항에 대해 구체적인 사실관계를 명시하여 질의할 경우 이에 대해 답변해 주는 제도로서, ‘국세청 법령사무처리규정’ 제25조에 따르면 이러한 국세청의 답변에는 구속력이 있다. 청구법인은 쟁점거래의 중요성을 고려하여 사실관계를 상세히 적시하여 질의하였고, 이에 대하여 국세청은 답변의 형식으로 공적인 견해를 표명한바, 이와 같은 국세청의 답변을 믿고 쟁점거래를 기업회계기준에 따라 검토하여 차입거래로 판단하고, 법인세법상으로도 차입거래로 처리한 청구법인의 신뢰는 신뢰보호의 원칙 및 ‘국세청 법령사무처리규정’ 제25조에 의거해 보호되어야 마땅하다. (라) 처분청은 ① 쟁점선매매계약에서 거래된 것은 ｢집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률｣(이하 “집합건물법”이라 한다)상 전유부분과 분리하여 처분이 불가한 ㅇㅇ권이므로 원칙적으로 매매의 목적이 될 수 없고, ② 쟁점토지와 쟁점ㅇㅇ권은 동일한 자산이 아니며, ③ 쟁점거래는 공정가액으로 매입하는 것과 같으므로 재매입약정은 없는 것이라는 의견이다. 7) 그러나 청구법인은 쟁점선매매계약을 통해 업무시설(건물)과 업무시설에 상응하는 쟁점ㅇㅇ권을 ‘본건 매매대상 토지(OOO㎡)’로 특정하여 매매목적물로서 기재하면서 쟁점ㅇㅇ권의 가액도 규정하여 이를 취득하였으며, 집합건물법의 특성상 동 ㅇㅇ권의 위치가 쟁점선매매계약으로 특정되지 않고 ㅇㅇ권이 건물의 연면적에 따라 결정되는 공유지분의 의미를 갖는다 하더라도, 청구법인은 집합건물법에 따른 ㅇㅇ권의 형식으로 쟁점토지에 대한 소유권을 취득한 것이므로, 청구법인이 업무시설에 상응하는 쟁점ㅇㅇ권의 소유권을 쟁점선매매계약의 계약목적물로서 재취득한 것은 분명하다. <표1> 쟁점선매매계약의 매매목적물 8) 실제로 집합건물의 등기부에 ㅇㅇ권의 종류가 소유권(즉, 소유권ㅇㅇ권)으로 표시된다는 점에서 청구법인은 집합건물법에 따른 ‘ㅇㅇ권의 형식’으로 쟁점ㅇㅇ권에 대한 소유권을 취득한 것이고, 동 ㅇㅇ권의 실질은 ‘업무시설에 상응하는 쟁점토지’이다. 9) 또한, 처분청도 인용하고 있는 ‘재무보고에 관한 실무의견서 2006-6’의 1호에서는 부동산을 정의하면서 ‘부동산 등’에 토지 및 기타 이와 유사한 것을 포함하는 것으로 규정하고 있는바, 동 실무의견서에 따르면 회계처리목적상 청구법인이 쟁점선매매계약에 따라 취득하는 것이 집합건물법상 ㅇㅇ권이더라도 OOO토지 중 쟁점토지와 쟁점ㅇㅇ권을 같은 부동산 자산으로 취급하는 것은 너무나 당연하고 자명한 것이다. 10) 더욱이 기업회계기준상 재매입약정의 대상이 되는 자산은 당초 판매했던 자산뿐 아니라 그 자산과 실질적으로 같은 자산도 포함하는 것으로 규정하고 있는바, 기업회계기준 검토 목적상 매매목적물의 법적 형식(즉, 토지인지 ㅇㅇ권인지)이 중요한 것이 아니고 그 실질의 동일성을 기준으로 판단해야 하는 것이다. 11) 한편, 처분청은 재무보고에 관한 실무의견서 2006-6 <관여I> ①의 단서조항에 근거하여 청구법인은 쟁점ㅇㅇ권을 계약체결일의 공정가액으로 매입하였으므로 재매입약정이 없는 것이라는 의견이나, 청구법인은 개발이 시작되기도 전에 청구법인이 매각한 쟁점토지와 동일한 가격(즉, 개발이익이 반영되기 전 가액)으로 쟁점ㅇㅇ권을 재매입한 것이므로, 단순히 쟁점토지 거래가액이 계약체결일의 감정평가액으로 기재되었다 하더라도 동 단서조항을 적용할 수는 없다. 또한 쟁점거래는 청구법인과 이 건 c 간에 발생한 거래로서 토지매매계약 및 선매매계약 모두에 있어 독립된 제3자가 존재하지 않아, 실무의견서 2006-6 <관여I>①의 단서조항을 적용할 수 있는 ‘쟁점ㅇㅇ권을 매입할 의도와 능력이 있는 독립된 제3자’의 존재 자체가 성립되지 않으며, 동 단서조항은 자산 및 거래의 성격상 동일한 자산을 시장에서 재매입할 수 있는 경우 적용 가능한 것으로, 쟁점거래와 같이 부동산을 특정하여 매각한 이후 동시에 재매입하는 거래의 경우 그 성격상 단서조항이 적용되지 않는 것이다. (2) 쟁점기부금은 ① ㅇㅇㅇㅇㅇ로서 공익목적의 장학사업 지원이라는 합리적인 이유로 지급되었고, 그 목적에 맞게 사용된 점, 청구법인은 ② 쟁점기부금을 통해 과세소득을 부당히 감소시킬 의도도 없었고 실제 경감된 조세부담도 없다는 점을 종합적으로 고려할 때, 쟁점기부금은 부당행위계산 부인 규정을 적용할 성질의 것이 아니다. (가) 법인세법상 기부금은 사업과 관련 없이 무상으로 지출하는 금액으로, 법인이 지정기부금단체에 지출하는 기부금은 그 지정기부금단체가 특수관계에 있는 단체라 하더라도 손금에 산입하는 것이 원칙이며 (법인세법 기본통칙 24-39…4) 법인세법상 특수관계에 있는 단체에 지출한 지정기부금이라고 달리 취급할 것이 아니다. 쟁점기부금은 청구법인의 사업과 직접적인 관련 없이 지정기부금단체(쟁점ㅇㅇㅇ)에 지급되었다. 쟁점ㅇㅇㅇ는 주무관청에 등록된 장학재단(공익법인)으로 공익목적사업과 기타사업을 구분경리하며, 쟁점기부금은 공익목적사업으로 수입 계상되어 주무관청의 관리·감독하에 오로지 장학사업을 위해 사용된바, 이 자체로 법인세법상 지정기부금 요건을 만족한다. (나) 대법원은 카지노업을 영위하는 OOO가 특수관계에 있는 ‘OOO의 경영 정상화 유도를 통한 지역 경제 활성화 기여’를 위한 운영자금 명목으로 OOO에 지정기탁한 기부금과 관련하여, “OOO의 이 사건 기부행위는 ｢기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률｣의 규정에 따라 공익적 목적을 달성하기 위하여 그 상대방 및 수혜자를 OOO로 하여 이루어진 것으로서 거기에 별다른 조세회피의 목적이 있었다고 보기 어려우며, 그 최종적인 결과만을 내세워 이 사건 기부행위와 OOO의 자금지원행위를 하나의 행위 또는 거래라고 섣불리 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다.”고 하며 이 사건 기부금을 법정기부금으로 인정한 바 있다. 즉, 법인세법상 특수관계에 있는 단체에 지출하였다고 하여 법인세법상 기부금으로서의 성격을 부인할 수 있는 것이 아니다. (다) ｢상법｣상 배당은 실질적 요건(배당가능이익이 있을 것) 및 형식적 요건(주주총회의 승인결의에 의할 것)을 갖춰 지분율에 비례하여 지급하는 것이 원칙이며, 청구법인의 경우 쟁점기부금과는 전혀 별개로 ｢상법｣상 절차에 따라 주주에 지분율에 따라 지급한 배당금이 별도로 존재한다. 처분청은 쟁점기부금이 ‘사실상 배당’이라는 의견인데, 쟁점기부금을 배당으로 취급하는 경우 쟁점ㅇㅇㅇ에 지급된 금액의 비율은 지분율과 전혀 상관없으며(14.32%～97.74%), 쟁점기부금 지급 시 배당의 형식 내지 절차를 따르지도 않은바, 쟁점기부금의 법적 형식 및 경제적 실질 모두 배당으로 볼 여지가 없다. 처분청은 우연히 지분율과 유사한 비율이 도출되게끔 계산 기간이나 대상을 임의로 조정하는 우를 범하는 과정에서 여러 가지 모순된 행동을 보이고 있는데, 예를 들어 청구법인이 OOO에 지급하는 출연금은 배당으로 취급하지 않으면서 배당금 산정 비율 계산 시에는 포함한 것이 대표적이다. (라) 한편, 처분청은 청구법인이 기부 여력이나 기부금액 산정 근거에 대한 검토 없이 영업손실이 발생하면서도 기부금을 지급하였으므로 이는 경제적 합리성을 무시한 것이며, 쟁점ㅇㅇㅇ는 장학단체라기보다는 ‘사조직’이므로 쟁점ㅇㅇㅇ에 기부한 것은 곧 쟁점ㅇㅇㅇ와 운영자들에게 이익을 분여한 것이라는 의견이다. 1) 하지만 쟁점기부금은 이사회 결의를 통해 지급되고, 기부금 지급 사실은 감사보고서로 외부 공시되며 ｢OOO｣에 따라 OOO의 감독하에 관리되고 있고, 심지어 청구법인의 지분을 30%만 보유한 쟁점ㅇㅇㅇ는 쟁점기부금 지급안건을 비롯하여 당사의 경영에 관한 영향력이 없는바 이러한 의견은 타당하지 않다. 또한, 영업성과에 연동하여 특정 연도에 갑자기 기부액을 줄일 때, 장학사업에 상당한 차질이 생길 수 있음을 고려하여, 청구법인은 영업 성과와의 연동 없이 중장기적 관점에서 금액상 큰 변동 없이 기부를 실행해온 것뿐이다. 다음의 사례에서 볼 수 있듯이, 기부금은 그 본질적 성격상 영업이익(손실)과 연동되지 않는 다수의 사례가 존재한다. 2) 더욱이 청구법인은 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇㅇ로서 매 4년마다 OOO의 재허가 심의 시 회사의 사회공헌활동 등의 실적지표가 검토되고, 실제 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ ㅇㅇㅇ인 OOO는 2004년 사회환원 약속을 지키지 않아 재허가 시 세전이익 15% 기부조건부로 재허가를 받았으며, 2017년에는 ‘세전이익이 발생하지 않은 해에도 사회공헌을 지속할 수 있는 다양한 방안을 강구하고 이를 이행할 것’을 권고받은 바도 있다. 이처럼 청구법인은 ㅇㅇㅇㅇㅇ로서 높은 수준의 사회적 공헌을 요구받고 있으며, 그에 부응하고자 영업실적의 부침에도 불구하고 일정 수준 이상의 기부를 하고자 노력한 행위의 일환으로 쟁점기부금을 지급하였다. 3) 또한, 쟁점기부금 지급 건을 결정한 주체는 ‘청구법인의 이사회’임에도 불구하고 처분청은 쟁점기부금이 주주들의 의사결정에 따라 지급되었다고 주장하며 사실관계를 왜곡하고 있으며, OOO 이사회 속기록 내용은 청구법인의 주주인 OOO 이사회 구성원들이 쟁점기부금에 대해 다양한 의견을 개진하고 토론한 것임에도 불구하고 일부 언급된 이사회 구성원의 의견을 이유로 쟁점기부금의 경제적 합리성이 없다는 의견은 타당하지 않다. (1) 쟁점후생사업금액은 손금의 요건을 충족한다. (가) 법인세법은 손금에 관한 일반적 정의 규정인 제19조 이외에 달리 손금의 범위에 관하여 구체적인 규정을 두지 아니하고 있는바, 같은 법 시행령 제19조(손비의 범위)에 예시적으로 열거되지 않은 것이라 하더라도, 사업관련성, 통상성 및 수익관련성이 인정되는 한 원칙적으로 청구법인에 귀속되는 경제적 손실은 손금으로 취급함이 타당하다. (나) 쟁점후생사업금액은 OOO의 OOO 대가의 일부가 OOO를 ‘통해’ 지급되는 것으로 쟁점후생사업금액의 궁극적인 ‘귀속주체’는 OOO이다. 쟁점후생사업금액은 청구법인의 ㅇㅇㅇ업에 필수적인 OOO을 공급받는 대가로서 조합원을 대표하여 ㅇㅇㅇ업자와 OOO 협상을 하는 OOO와의 ‘단체협약, OOO 합의서’에 의해 반드시 지급해야 하는 비용으로 ① 사업관련성(OOO의 반대급부로 지급되는 비용임), ② 통상성(ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ업자들이 지급하는 비용이며, 사회질서에 위반되는 비용이 아님) 및 ③ 수익관 련성(ㅇㅇㅇ업을 통한 수익창출을 위해 지출된 경비)이 인정되므로 법인세법상 손금의 요건을 만족한다. (다) 청구법인이 OOO들의 단체와 체결한 단체협약에 따라 노무 대가의 구성을 ‘OOO 및 복지기금’으로 협의하고 이에 따라 쟁점후생사업금액을 지급하고 손금으로 취급한 것은 하역노무자로부터 노무를 제공받는 자가 OOO에 지급하는 퇴직기금을 손금으로 인 정한 유권해석(법인 46012-2554, 1996.8.11.)에 비추어도 일응 타당하다. <표2> 쟁점후생사업금액과 철도ㅇㅇ기금 비교 (라) 한편, 법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용을 섣불리 접대비로 단정해서는 안 된다는 것이 대법원의 입장인바, 쟁점후생사업금액은 청구법인이 ㅇㅇㅇ업을 영위하는데 필요한 OOO의 OOO을 공급받는 대가로 대법원에 의해 OOO들의 노동조합 지위가 인정된 OOO와 체결한 ‘단체협약, OOO 합의서’에 따라 OOO와 함께 반드시 지출해야 하는 비용이며, OOO 소속 OOO가 출연하여 제작된 OOO프로그램에서 창출되는 광고수익, 재판매수익 등을 주된 수입원으로 하는 청구법인에게 있어서 쟁점후생사업금액은 ㅇㅇㅇ업을 통한 수익창출을 위해 직접적으로 지출할 수밖에 없는 수익과 직접 관련된 비용에 해당하는바, 처분청의 의견처럼 접대비에 해당할 수 없는 것이다(실제 OOO와의 단체협약 협상파행으로 OOO 소속 OOO의 OOO을 공급받지 못했던 사례도 있는바, 청구법인의 수익과 직접 관련된 지출인 쟁점후생사업금액을 접대비로 취급할 수는 없다). (마) 또한, 쟁점후생사업금액은 사업관련성이 충분히 인정되는바, 명확한 법령상의 근거 내지 합리적인 이유 없이, OOO의 OOO이 필수적인 ㅇㅇㅇ업의 특성을 무시하고 쟁점후생사업금액을 비지정기부금으로 취급할 수도 없는 것이다. (바) 청구법인은 법인세법 규정에 따라 합목적적으로 쟁점후생사업금액을 처리했음에도, 단순히 과세에 유리한 세무처리를 하고 있는 일부 다른 ㅇㅇㅇ업자OOO의 방식을 따르지 않았으므로 청구법인의 세무처리는 잘못된 것이고, 과세의 형평에 반한다는 처분청의 의견 역시 납득하기 어렵다. (2) 청구법인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자로서 지급해야 하는 ㅇㅇㅇㅇ분담금은 당해 사업연도의 OOO 매출액 결산시점에 납부의무가 성립하고 그 금액의 합리적인 계산이 가능하므로, 법인세법상 권리의무확정주의에 따라 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 귀속시기는 청구법인이 이를 미지급비용으로 계상한 사업연도로 봄이 타당하다. 권리의무확정주의 하에서 손금의 확정은 통상 (i) 채무가 성립되고 (ii) 동 채무의 성립으로 구체적인 급부를 계상할 원인이 되는 사실이 발생하며 (iii) 채무의 금액을 합리적으로 산정할 수 있는 경우인데, ㅇㅇㅇㅇ분담금은 (i) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자가 OOO 매출액이 있는 경우 반드시 부담해야 하며, (ii) 전년도 OOO 매출액에 최종징수율을 곱하여 계산되는데, 청구법인의 경우는 감경대상이 아니어서 결국 전년도 OOO 매출액에 기본징수율을 곱하여 계산되어 OOO 매출액이 결산으로 확정된 경우 ㅇㅇㅇㅇ 지급의무를 계상할 수 있는 원인 사실이 발생한 것이며 (iii) 기본징수율은 사실상 예측이 가능한 상황이므로 OOO 매출액이 확정된 이상, 청구법인은 당해 사업연도 OOO 매출액에 대응하여 익년 9월에 지급할 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 금액을 합리적으로 산정할 수 있으므로, OOO 매출액(익금)이 귀속된 사업연도에 이에 대응되는 ㅇㅇㅇㅇ분담금(손금) 역시 귀속됨이 타당하다. (3) 청구법인이 OOO에게 쟁점ㅇㅇㅇ를 판매한 거래는 거래 당시의 특별한 사정 등을 고려할 때, ① 경제적 합리성이 결여되지 않고, 처분청이 ② 시가에 대한 입증을 하지 못하고 있는바, 부당행위계산의 부인 대상에 해당하지 않는다. (가) 청구법인을 포함한 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 2016년 3월경 ㅇㅇ와 OOO을 체결(이하 “쟁점ㅇㅇ계약”이라 한다)하였고, 청구법인은 쟁점ㅇㅇ계약에 따라, 다른 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자OOO와 공동으로 2016～2019년 기간 동안 OOO을 독점적으로 보유하게 되었다. 청구법인은 그 대가로 ㅇㅇ에게 2016∼2019년 동안 총 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)의 OOO를 지급하기로 하였고, ㅇㅇ로부터 ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇ지원금 총 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)을 지급받기로 하였다. 이와 동시에 청구법인 등 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 주식회사 d 및 주식회사 e로 구성된 컨소시엄(이하 “이 건 컨소시엄”이라 한다)에 OOOㅇㅇㅇ등(ㅇㅇㅇ ㅇㅇ의 각 자사ㅇㅇㅇ, OOO제외)을 부여하고, 이 건 컨소시엄이 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)의 ㅇㅇㅇㅇㅇ료 및 OOO원(ㅇㅇㅇ ㅇㅇ 각 OOO원, 년)의 ㅇㅇㅇㅇ비를 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ에 지급하는 계약을 체결하였다. 또한, 청구법인은 특수관계인인 OOO에게 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 재판매하기로 하면서, OOO로 연간 OOO원씩, 4년간 총 OOO원을 지급받고, ㅇㅇㅇㅇ료로 연간 OOO원씩, 4년간 총 OOO원을 지급하는 계약을 체결하였다. (가) 특수관계인과의 거래가 ‘경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것’인지 여부는 판단할 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였는지 여부로 판단한다(대법원 2000.11.14. 선고 2000두5494 판결 등, 참조). (나) 청구법인은 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ가 체결한 ‘ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇ 발전협의회 운영규정’에 따라 OOOㅇㅇㅇ를 공동구매해야 했고, 위반 시 각 ㅇㅇㅇ에 OOO원의 위약금을 지급하여야 하는데, 통상 ㅇㅇ가 OOO(이하 “ㅇㅇ”라 한다)의 회원단체로서 ㅇㅇ와 함께 OOO와 쟁점ㅇㅇㅇ 협상을 같이 추진하고 있어 OOOㅇㅇㅇ 취득을 위해서는 OOOㅇㅇㅇ등을 반드시 구매해야만 했다. OOOㅇㅇㅇ등 구매비용(OOO원)과 위약금 규모(OOO원)를 단순하게 비교해 봐도 OOOㅇㅇㅇ등을 구매하는 것이 경제적으로 합리적인 행동이었다. 또한, OOO이 낮은 OOO를 직접 OOO할 계획이 없던 상황에서, OOO OOO로서의 입지를 공고히 하기 위해 거래를 타진해온 OOO에 쟁점ㅇㅇㅇ를 재판매한 것은 청구법인에 발생한 손실을 최소화할 수 있는 매우 합리적인 경영상의 선택이었다. (다) 처분청은 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가를 입증하지 못하고 있다. 1) 처분청은 이 건 컨소시엄이 정상적인 거래를 통해서 주식회사 f(現 g, 이하 “h”라 한다)에 OOOㅇㅇㅇ를 OOO원에 판매하였으므로 동 가격은 청구법인이 OOO에 재판매한 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가로 인정될 수 있다는 의견인데, 처분청이 당초 과세처분하면서 당시에는 OOO원을 시가로 산정한 것이 아니라 ‘① 실매입금액 (-) ② OOO금액 (-) ③ 컨소시엄이 f에 이전한 가액’을 시가로 산정한바, 처분청은 어떤 금액을 시가로 볼 것인지에 대해 일관성 없는 주장을 하고 있다. 2) 이 건 컨소시엄이 h에게 판매한 ㅇㅇㅇ의 내용과 청구법인이 OOO에게 판매한 ㅇㅇㅇ의 범위는 동일하지 않으며, 더욱이 청구법인으로서는 OOO와 거래 당시에는 해당 정보를 전혀 알 수 없었다는 점을 비롯해 청구법인은 앞서 처분청의 시가 산정 방식의 부당성을 여러 번 피력한 바 있다. 만약 처분청의 상기 시가 산정 방식을 2016년에도 적용할 경우, 당시에는 이 건 컨소시엄이 OOO와 OOO에 OOO 권리를 OOO원에 매각하였으므로, ㅇㅇㅇ OOO의 시가는 OOO에 불과하여 OOO가 오히려 고가 매수한 결과가 된다. 이에 따르면, 청구법인은 2016년 내지 2019년에 걸쳐 OOO와 동일한 거래를 했음에도, ㅇㅇㅇ 권리를 재유통하는 이 건 컨소시엄의 실적에 따라 2016년은 고가 양도, 2017년 내지 2019년은 저가 양도를 한 결과가 되는 것이다. 3) 처분청이 과세를 위한 시가 산정에 대한 입증을 하지 못하는 상황에서 무엇이 시가인지도 모른 채 단순히 청구법인이 특수관계인과 쟁점ㅇㅇㅇ 거래를 했다는 이유만으로 과세처분을 받을 수는 없다. (라) 부당행위계산의 부인은 조세 정의 및 조세 형평의 취지에서 납세의무자가 신고한 거래내용과 다르게 과세관청에 이를 재구성할 수 있는 권리를 부여하는 것인만큼 무분별하게 남용되어서는 안 되고, ‘거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것인지’에 대한 신중한 검토가 필요하다. 4) 청구법인이 엄연히 별개의 법인인 OOO를 위해 굳이 쟁점ㅇㅇㅇ를 선취득하여 OOO에 재판매할 이유는 전무하며, OOO와 이러한 비상식적인 거래구조를 사전 협의하거나 계획하였다는 점에 대한 아무런 근거도 없다. 오히려 청구법인에 OOOㅇㅇㅇ 구매 의사를 보인 업체는 OOO가 유일했으며, 재판매를 하지 않았다면 OOOㅇㅇㅇ 구매비용은 전액 매몰비용이 될 상황에서 일부 비용을 회수할 수 있었던 것이다. 처분청은 구체적인 근거 없이 단정적으로 마치 청구법인과 OOO 간에 부정한 거래가 있었던 것처럼 사실관계를 왜곡하고 있는바, 이런 의견은 도저히 납득할 수 없는 것이다. 5) 처분청은 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 자회사인 ㅇㅇㅇ OOO 중 OOO 이 ㅇㅇ로부터 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매하였으므로, OOO가 직접 ㅇㅇ로부터 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득할 수 있었다고 주장하나, OOO은 ㅇㅇ가 아닌 h로부터 재구매한 것이며, ㅇㅇ는 ㅇㅇ와 함께 OOO통합 ㅇㅇㅇ를 판매하였기 때문에, OOO를 포함한 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 자회사들은 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 ㅇㅇ로부터 직접 구매할 수 없었기에, 처분청의 의견은 사실과 다르다. 6) 또한, 처분청이 계약서상 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ 구매계약의 당사자는 ㅇㅇ 1인이며, OOOㅇㅇㅇㅇㅇ에 대한 내용은 전혀 없다는 의견이나, 이는 OOOㅇㅇㅇ 계약은 각 계약당사자와 체결함에 따라 보이는 것일 뿐, 실제 OOOㅇㅇㅇ와 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ는 입찰 제안 요청부터 협상까지의 전 과정을 ㅇㅇ와 ㅇㅇ가 함께 진행하였다.

가. 처분청 의견 (1) 쟁점거래는 매각거래에 해당한다. (가) 쟁점토지에 대한 사용‧수익‧처분권은 모두 이 건 c에 이전되었다. 1) 청구법인은 OOO 이 건 c와 쟁점매매계약을 체결하였는데, 쟁점매매계약서에 따르면, 거래종결일 당시 쟁점선매매계약이 유효하게 존재하면 거래가 종결되며, 거래종결일에 이 건 c가 OOO토지 매각대금 잔금을 지급하면 청구법인은 어떠한 담보나 제한없이 OOO토지(쟁점토지 포함)에 대한 ‘적법하고 유효한 소유권’을 이 건 c에게 이전하여야 한다(쟁점매매계약서 제6조, 제7조). 2) 청구법인은 OOO 이 건 c로부터 OOO토지에 대한 지체상금 OOO원과 함께 OOO토지 매각대금 잔금을 수령하는 것과 동시에, 이 건 c에게 OOO토지에 대하여 제한 없는 적법하고 유효하며 완전한 소유권을 이전하였다. 3) 청구법인은 OOO토지를 양도한 후 쟁점선매매계약에 따라 쟁점ㅇㅇ권과 업무시설을 취득하면서, 취득가액을 쟁점ㅇㅇ권과 건물분으로 안분하여 쟁점ㅇㅇ권에 대해서는 계산서를 수취하였고 건물분에 대해서는 세금계산서를 수취하였다. 이는 쟁점토지가 이 건 c에 적법하게 이전되었기 때문에 청구법인이 쟁점ㅇㅇ권을 ㅇㅇ권 형태로 취득하면서 토지분 계산서를 수취한 것이다. 쟁점거래가 매각거래가 아닌 차입거래였다면 쟁점선매매계약에 따른 쟁점ㅇㅇ권 취득에 대해서는 계산서를 수취하지 말았어야 했다. 청구주장대로 쟁점거래가 차입거래라면 쟁점ㅇㅇ권 취득에 따라 수취한 계산서는 사실과 다른 계산서가 되는 것이다. 4) 또한, 청구법인은 OOO토지에 대한 거래종결(잔금청산)이 지연되자 쟁점토지에 대하여서도 거래종결의 지연으로 인한 지체상금을 수령하였다. 지체상금은 채무자가 이행기에 채무를 이행하지 않을 경우 이에 관하여 채권자에게 지급할 것을 정해두는 금품을 의미한다. 쟁점토지에 관한 거래가 차입거래라면 채무자는 청구법인이라고 할 것인데, 채권자가 채무자에게 자금을 대여하면서, 자금대여 예정일보다 늦게 자금을 대여하였다는 이유로 지체상금을 지급하는 것은 상식에도 맞지 않는다. 즉, 쟁점토지와 관련한 거래가 차입거래라면 쟁점토지에 대한 지체상금을 수령할 이유가 없다. 5) 쟁점선매매계약상 매매목적물로 기재된 토지는 쟁점토지 그 자체가 아니라 OOO토지 전체에 대한 공유지분(권리)이다. 청구법인은 쟁점선매매계약에서 쟁점ㅇㅇ권은 업무시설의 종물이므로, 독립된 매매목적물이 될 수 있다고 주장하나, 쟁점선매매계약에 의하면 매매목적물은 신축될 업무시설과 그 업무시설에 따른 ㅇㅇ권이다. ㅇㅇ권은 부동산 그 자체가 아니라 부동산에 대한 공유지분권을 의미한다. 쟁점선매매계약의 매매목적물 중 매매대상 토지는 부동산인 물건이 아니라 업무시설 취득에 따른 종된 권리이며, 이는 OOO토지에 신축되는 건물들의 각 소유자가 공유하게 될 OOO토지 OOO㎡ 중 OOO㎡ 상당의 OOO권(지분권)을 토지 면적으로 표시한 것에 불과하다. 즉, 이 건에서 문제되는 쟁점ㅇㅇ권은 청구법인이 취득하게 될 업무시설에 대한 ㅇㅇ권(OOO권)으로 집합건물의 취득에 따른 종된 권리에 해당하며, 쟁점선매매계약에서 ㅇㅇ권을 토지 면적으로 표기하였다고 하더라도 이는 OOO토지 전체에 대한 공유지분을 토지 면적으로 표시한 것에 불과하다. <쟁점선매매계약 매매목적물 중 매매대상 토지> 나아가 청구법인이 ㅇㅇ권(OOO권)을 취득한다고 하더라도, OOO토지 전체에 대한 지분(권리)을 취득할 뿐, 업무시설이 위치하는 부분의 토지(부동산)를 특정하여 취득하는 것도 아니다. <청구법인의 ㅇㅇ권(OOO권) 취득에 따른 효과 범위> 청구주장은 집합건물의 ㅇㅇ권이 물건이라는 전제에서나 가능한 것인데, 집합건물의 ㅇㅇ권은 집합건물의 취득에 따라 취득하게 되는 종된 권리에 해당하므로, 청구법인의 주장은 허용될 수 없다. 6) 대법원 2017.12.27. 선고 2017두59666 판결 및 조심 2015중5381, 2016.5.18. 등에서도 토지 또는 토지 지분을 양도하고 ㅇㅇ권을 재매입한 것에 대하여 두 자산의 법적 성격이 다르므로 양도에 해당한다고 보았다. (나) 쟁점매매계약의 거래종결 이후 OOO토지에 관한 위험은 모두 이 건 c에 이전되는 등 청구법인은 쟁점토지에 관한 실질적인 통제권을 가지지 못하므로, 일반기업회계기준에 따르더라도 쟁점거래는 매각거래에 해당한다. 1) 쟁점매매계약에는 청구법인의 쟁점토지에 대한 반환청구권을 유보한다는 내용의 조항이 존재하지 않는 점, 이 건 c는 OOO토지 개발사업에 대하여 이 건 c의 책임과 비용으로 사업시행계획승인을 얻고, 그 개발사업을 진행하여야 하는 점(제9조 (7)항), 이 건 c는 쟁점매매계약에서 확인한 사항이 아닌 법률상·사실상 하자에 대하여 청구법인에게 이의제기를 하지 못하는 점(제6조 (3)항), 쟁점토지와 관련하여서는 청구법인에 어떠한 책임이 없음을 확인하고 있는 점(제9조 (8)항, (11)항), 매수인인 이 건 c가 자기의 책임과 비용으로 쟁점토지에 대한 토지정화조치를 하여야 하는 점(제9조 (9)항) 등을 고려하면, 이 건 c는 쟁점매매계약에 따라 쟁점토지에 관한 위험을 모두 인수하였다. 즉, 청구법인과 이 건 c사이에 체결된 사법적으로 유효한 매매계약에 따라, 청구법인은 OOO 이 건 c에 OOO토지에 관한 실질적인 소유권(사용, 수익, 처분권)을 이전함으로써 쟁점토지에 관한 실질적인 통제권도 함께 이전하여 쟁점토지를 매각하였으며, 이후 청구법인은 쟁점토지에 대한 실질적인 소유권과 실질적인 통제권을 가지지 않는다. 나아가 쟁점매매계약이 거래 종결된 이후에는 이 건 c가 자기의 책임과 비용으로 OOO토지의 개발사업을 시행하며(쟁점매매계약 제9조 (7)항), OOO토지를 배타적으로 사용․수익하게 된다. 이에 따라, 이 건 c는 OOO토지를 직접 사용하면서 청구법인이 쟁점선매매계약에 따라 취득하게 될 업무시설을 신축하게 된다. 2) 이에 청구법인은 쟁점선매매계약을 통하여 업무시설을 취득하는데, 업무시설의 신축공사에 상당한 관여를 했으므로, 업무시설 공사가 이루어지는 부분의 토지(쟁점토지)에 대하여 통제를 하고 있다고 주장하나, 청구법인이 업무시설의 설계에 의견을 표명하고 관여하는 것은 건물을 신축하여 청구법인에게 판매하는 이 건 c가 구매자인 청구법인의 요구사항을 반영한 건물을 신축하기 위한 것일 뿐, 건물 신축에 있어 청구법인에게 실질적인 통제권을 부여하는 것도 아니며, 이를 이유로 청구법인이 쟁점토지를 실질적으로 통제하며 사용하고 있다고 할 수도 없다. 또한, 건물과 토지는 별개의 물건이다. 건물에 대하여 통제를 하고 있다는 이유로 건물이 소재하는 지역의 토지에 대하여 통제를 하고 있다고 할 수는 없다. 청구법인은 쟁점선매매계약에 따라 업무시설을 취득하면서 업무시설에 대한 OOO권(ㅇㅇ권)을 취득하게 되 는데, OOO권은 업무시설이 있는 대지를 사용할 수 있는 권리이다. 토지에 대한 유효한 통제를 가진다고 하려면, 토지에 대한 사용‧수익‧처분권을 사실상 보유하고 있어야 한다. 업무시설이 있는 대지를 사용할 수 있는 권리만을 가지는 자가 해당 대지를 사실상 보유하며 유효하게 통제하고 있다고 할 수는 없다. 3) 쟁점토지 자체에 대한 재매입약정은 존재하지 않는다. 청구법인은 쟁점매매계약 및 쟁점선매매계약에 따라 쟁점토지에 대한 재매입약정이 성립하였으므로, 기업회계기준에 따라 쟁점거래가 차입거래라고 주장하나, 청구법인이 채택하고 있는 일반기업회계기준에 따르면, 부동산을 양도한 경우 회계처리를 하면서 매각거래로 회계처리할 수 있는 요건으로 양도자가 양도 후 부동산을 다시 사용하지 않는 경우에는 “양도자가 양도한 부동산의 재매입을 약정할 것”을 들고 있다. 즉, 부동산을 양도하고 차입거래로 회계처리 하려면, 양도한 부동산 그 자체에 대한 재매입을 약정하여야 한다. <부동산 양도에 대한 회계처리실무의견서 주요 내용 요약> 그러나, 앞서 본 바와 같이 쟁점선매매계약에서 업무시설과 그에 따른 ㅇㅇ권(OOO권)을 매매목적물로 할 뿐 업무시설이 신축되는 위치의 토지 부분을 특정하여 따로 취득한다는 내용의 약정은 존재하지 않는다. 4) 청구법인은 판매한 물건이 다른 물건의 구성요소가 되는 경우(부합되는 경우)에 판매한 물건을 구성요소로 하여 완성된 물건을 구매하기로 하는 약정은 재매입약정에 해당하는 것이므로, 청구법인이 취득하게 될 업무시설이 위치하는 OOO토지 부분은 재매입에 해당한다고 주장한다. 물건이 다른 물건의 구성요소가 되는 경우란, 물건이 다른 물건의 일부가 되어 함께 기능하게 되는 경우를 의미한다. 예를 들어, A물건이 어떠한 공정을 거쳐 B물건의 일부가 되는 경우에 A물건은 다른 물건의 구성요소가 된다. 쟁점토지가 업무시설의 구성요소에 해당한다는 청구법인의 주장은, 토지 위에 건물이 존재하는 경우, 그 토지가 건물의 일부로서 기능한다는 것을 전제로 한다. 그러나 토지 위에 건물이 존재하더라도, 토지는 건물과 별개의 부동산인 물건으로서 건물과 함께 기능하지 않는다. 즉, 청구주장은 토지 위에 건물이 존재하는 경우 토지가 건물의 일부분이 되어 건물과 함께 기능하는 것이라는 전제에서나 가능한 것인데, 토지는 건물의 일부분이 아니며, 지상 건물과 함께 기능하는 것이 아니라는 점은 명백하다. 따라서 쟁점선매매계약에 따라 취득하게 될 업무시설이 위치하는 토지가 그 업무시설에 부합된 구성요소라는 청구법인의 주장은 그 자체로 이유가 없다. 5) 나아가 청구주장이 모두 이유 없는 부당한 주장임에도 백번 양보하여, 청구주장과 같이 쟁점토지가 업무시설에 부합된 구성요소에 해당하여 쟁점매매계약과 쟁점선매매계약이 쟁점토지에 대한 재매입약정에 해당할 수 있다고 보더라도, 청구법인은 쟁점ㅇㅇ권을 제3자가 제시하는 구매조건과 동일한 조건으로 매입하였으므로, 재매입약정은 없는 것으로 보아야 한다. 금융감독원은 부동산 양도거래에 대한 회계처리에 대한 실무의견서(재무보고에 관한 실무의견서 2006-6)를 제정하였는데, 이에 따르면 제3자가 제시하는 구매조건과 동일한 조건으로 재매입하는 것은 공정가치로 재매입하는 것과 같으므로 재매입약정이 없는 것으로 보아 회계처리 하라는 의견을 제시하고 있다. <‘재무보고에 관한 실무의견서 2006-6’ 중> 청구법인은 쟁점선매매계약에서 업무시설과 그 ㅇㅇ권을 OOO원에 매수하기로 하였는데, OOO원은 쟁점선매매계약이 체결된 날의 감정평가액으로서, 재매입약정 당시 업무시설과 그 ㅇㅇ권(OOO권으로 쟁점토지)의 공정가치에 해당한다. 즉, 청구법인은 쟁점선매매계약일 당시의 공정가치인 감정가액으로 ㅇㅇ권을 매입하기로 한 것이며, ‘재무보고에 관한 실무의견서 2006-6’에 따르면 재매입약정이 없는 것과 같다. (다) 청구법인에게 보호해야 할 신뢰는 존재하지 않는다. 6) 조세심판원은 국세청장의 세법해석 사전답변 회신을 받고 행위 하였다고 하더라도, 그 사전답변이 단순한 문언적 해석에 불과하고, 사실관계에 관한 판단이 없는 질의회신은 일반적인 견해표명에 불과하며, 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 공적견해의 표명에 해당하지 않는다고 판단하고 있다(조심 2020중8250, 2022.4.12.). 7) 국세청장은 청구법인이 토지 양도인에게 토지의 효율적인 통제권이 유보되어 있다는 사실관계를 전제로 한 사전답변 신청에 대하여, 토지의 효율적인 통제권이 양수인에게 이전되는 등 기업회계기준에 따른 매각거래에 해당하는 경우에는 법인세법상 자산의 양도에 해당하는 것이라는 일반적인 견해를 회신하면서, 토지의 효율적인 통제권이 양수인에게 이전되는지 여부는 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이라고 회신하였다. 8) 사전답변 회신은 청구법인이 전제한 사실관계(토지에 관한 유효한 통제권이 양도인에게 유보)와 다른 사실관계(토지에 관한 유효한 통제권이 양수인에게 이전)를 기초로 판단하면서 사실판단할 사항이라고 하여 일반적인 견해를 표명한 것에 불과하고, 청구법인에게 정당한 기대를 가지게 할 만한 공적 견해를 표명한 사실이 없다. (2) 청구법인의 ㅇㅇ 주주인 쟁점ㅇㅇㅇ에 지급한 고액의 기부금은 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 경영악화에도 불구하고 경제적 합리성을 무시한 채, 쟁점기부금을 특수관계인에게 지급하였다. 1) 판례는, 기부금의 경우에도 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 감경시킬 의도로 기부한 것은 부당행위계산 부인 대상이라는 취지로 판단하고 있다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결, 대법원 1990.11.27. 선고 90누5504 판결 등 참조). 2) 청구법인은 매년 기부 여력이나 기부금액 산정 근거에 대한 검토 없이, 쟁점ㅇㅇㅇ가 청구법인의 지분 100%를 소유하던 1964년부터 형성된 기부 관행에 따라 고액의 기부금액을 지급하고 있다. 청구법인은 2017～2019사업연도 기간 동안 약 OOO원의 영업손실이 발생하면서, 같은 기간 동안 OOO 주주인 OOO에 출연해야 할 출연금도 지급하지 못하였음에도, 쟁점ㅇㅇㅇ에 대하여는 OOO원의 기부금을 지급하였는데, 이는 경영악화를 겪고 있어 기부 여력이 없음에도 이를 무시한 행위로서 경제적 합리성을 무시한 경우에 해당한다. <표3> 청구법인 영업손실 및 쟁점ㅇㅇㅇ 기부금액 (단위: 원) 실제, 청구법인이 영업손실이 OOO원을 상회한 2018사업연도와 영업손실이 OOO원에 가까운 2019사업연도에 지출한 기부금의 총액 중 쟁점기부금 외의 기부금 지출은 2017사업연도에 비하여 반액에 가깝게 줄었음에도, 쟁점기부금은 그 수준을 유지하고 있다. <표4> 청구법인의 연도별 기부금 지급내역 (단위: 백만원, %) 3) 나아가 쟁점ㅇㅇㅇ는 OOO 등을 중심으로 운영되고 있으며, OOO의 이해관계에 따라 이용되고 있다. 쟁점ㅇㅇㅇ는 형식상 공공의 목적을 위하여 학술‧장학사업을 영위하는 장학단체이지만, 실질은 공공의 목적을 위하여 운영되는 장학단체라기보다는 미래 엘리트를 선발하여 인적네트워크를 구성하고 운영진들의 이익을 위해 활동하도록 결성된 사조직이라 할 수 있다. 청구법인은 경제적 합리성이 결여된 판단을 통하여 사실상 운영자들의 사조직에 해당하는 쟁점ㅇㅇㅇ에 고액의 기부금을 지급하였는데, 이는 청구법인의 법인세 부담을 줄이려는 등의 목적으로 사실상 쟁점ㅇㅇㅇ와 그 운영자들에게 이익을 분여한 것에 해당한다. 경제적 합리성을 무시하고, 경영악화로 인한 기부 여력 감소를 무시하는 등 합리적인 경영 판단에 의하지 아니하고, 구체적인 목적 없이 영업손실이 지속되는 동안에도 사실상 사조직에 해당하는 쟁점ㅇㅇㅇ에 거액의 기부금을 지급하는 행위는 건전한 사회통념 및 상거래 관행에 어긋나는 동시에, 특수관계인에게 이익을 분여하고 조세를 부당히 감소시킨 경우로서 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. 또한, 기부금 감액 등이 이루어지는 경우 쟁점ㅇㅇㅇ가 경영참여 요구나 감사권을 요구할 것을 우려하여 계속하여 쟁점기부금을 관례적으로 지급하였다는 점에서, 쟁점ㅇㅇㅇ가 청구법인의 OOO 주주로서 특수관계인이 아니었다면, 쟁점ㅇㅇㅇ에 대한 쟁점기부금은 지급되지 않았을 것을 합리적으로 추론할 수 있다. (가) 청구법인은 쟁점ㅇㅇㅇ에 대한 기부금은 배당금과는 별개로 지급된 것으로 쟁점ㅇㅇㅇ의 지분 비율을 크게 상회하는 금액을 지급하였으므로 사실상 배당이 아니라고 주장한다. 1) 그러나 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부는 그 행위가 경제적 합리성이 있는지 여부를 가지고 판단하는 것이며, 그 부당행위계산 부인 규정을 적용하기 위한 요건으로 특수관계인에 대한 이익의 분여를 통해 조세부담을 경감할 것이 요구된다. 주주에게 기부금을 지급하여 이익을 분여함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되려면, 청구법인도 인정하고 있듯이 주주들에게 배당으 로 지급하여야 했을 것을 기부금으로 지급했을 때에 해당하여야 한다. 청구주장처럼 기부금으로 지출된 전체 금액 중 쟁점ㅇㅇㅇ에 지급된 쟁점기부금의 비율에 의하면 마치 쟁점기부금 지급행위는 쟁점ㅇㅇㅇ의 주식비율과 전혀 상관없는 비율이 산정되어 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는 것처럼 보일 수 있다. 그러나 배당 외에 기부금 명목이든 출연금 명목이든 그 명목에 불구하고 주주들에게 지급되는 금액 총액 중 각 주주에 귀속되는 금액이 차지하는 비율이 주식비율을 따른다면 주주들에게 지급된 금액은 사실상 배당으로 지급되는 것이고, 그 지급을 위한 경영판단에 합리성이 결여되어 있다는 등의 사정이 있다면, 이는 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 2) 청구법인이 OOO부터 매년 OOO에 OOO원, 쟁점ㅇㅇㅇ에 OOO원의 배당금과 기부금을 지급하다가, ｢OOO｣의 개정으로 청구법인이 OOO에게 영업이익의 OOO를 출연금으로 지급하기 시작한 이후 OOO에게는 배당금과 출연금을, 쟁점ㅇㅇㅇ에게는 배당금과 기부금을 지급하고 있다. 청구법인이 OOO 주주인 OOO과 쟁점ㅇㅇㅇ에 지급한 배당금, 기부금, 출연금의 누계액 중 OOO%는 OOO에게, 나머지 OOO%는 쟁점ㅇㅇㅇ에게 귀속되었다. OOO과 쟁점ㅇㅇㅇ가 청구법인으로부터 수령한 금액의 비율은 청구법인에 대하여 각 주주가 가지는 지분비율(OOO OOO, 쟁점ㅇㅇㅇ OOO)에 수렴한다. 즉, 청구법인은 OOO년부터 계속하여 주주들에게 배당금, 기부금, 출연금을 지급하면서 그 귀속 비율을 각 주주의 지분 비율에 수렴하도록 조정하고 있다. 청구법인은 최종적으로 각 주주에게 지급되는 돈의 비율이 각 주주의 지분 비율에 수렴하도록 쟁점ㅇㅇㅇ에 대한 쟁점기부금 지급을 통하여 이익을 분여함으로써 법인세 부담을 부당히 감소시켜왔다. (나) 청구법인은 사회공헌이라는 공익적 목적을 위한 합리적인 경영판단을 하여 기부금을 지급하였고, 청구법인의 기부금 지급은 OOO 주주인 OOO의 감독하에 관리되므로 부당행위계산 부인 대상이 아니라는 취지로 주장한다. 그러나 OOO의 2018년 제12차 정기이사회 속기록의 기재에 따르면, 청구법인이 쟁점ㅇㅇㅇ에 지급하는 쟁점기부금의 지급이 과연 합리적인 경영판단을 통하여 이루어지는 것인지에 관한 문제 제기가 있었으며, 이에 대하여 과거 청구법인의 지분을 OOO% 가지고 있다가 현재는 OOO%에 해당하는 지분을 보유하며 청구법인의 OOO 주주인 쟁점ㅇㅇㅇ의 특수한 지위를 고려할 때, 쟁점ㅇㅇㅇ의 경영참여나 감사권 요구 등을 방지하기 위하여 관례적으로 사실상 배당으로 지급하는 것이라는 설명을 하고 있다. 또한, 2019년 제14차 정기이사회 속기록의 기재에 따르면, OOO은 청구법인의 OOO토지 매각에 따른 토지처분이익 발생을 이유로 특별배당 결의를 논의하였는데, 이 과정에서 쟁점ㅇㅇㅇ가 쟁점기부금으로서 사실상 배당을 받고 있는 상황에서 쟁점ㅇㅇㅇ에 추가로 배당을 지급할 수 없다는 이유로 특별배당은 부결되었다. (다) 법인의 주주가 비영리 내국법인인 경우, 배당으로 지급하여야 할 것을 기부금으로 지급하게 되면, 기부금을 지급하는 법인과 지급받는 비영리 내국법인 모두 법인세의 회피라는 효과가 발생한다. 청구법인은 주주인 쟁점ㅇㅇㅇ가 비영리 내국법인이라는 점을 이용하여, 합리적인 기준 없이 기부금을 지급하는 방식으로 주주인 쟁점ㅇㅇㅇ에게 이익을 분여하였고, 동일한 금액을 배당으로 지급하였을 때와 비교하여 법인세 부담을 부당히 감소시켰다. OOO에 대한 출연금과 쟁점기부금은 모두 주주에 대한 이익의 분여에 해당하지만, OOO 출연금은 법적인 의무를 이행하는 것이며, 법적인 의무가 없음에도 주주의 결정에 따라 지급된 쟁점기부금은 부당행위계산 부인의 대상이 되어 사실상 배당에 해당한다. (3) 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점후생사업금액은 비지정기부금에 해당하므로, 손금불산입 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 OOO와 OOO의 OOO 제공에 대한 대가인 OOO를 결정하였고, 단체협약의 부속합의로서 후생사업경비지원금을 지급하기로 하는 ‘단체협약, OOO합의서’를 체결하였다. 즉, OOO가 제공하는 OOO에 대한 대가로서 OOO를 지급하였고, OOO의 OOO 제공에 대한 대가인 OOO와 별개로 쟁점후생사업금액을 지급하였다. 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점후생사업금액은 청구법인의 OOO사업과 직접적인 관계없이 지급된 것으로 기부금에 해당한다. (나) 청구법인은 다른 구체적인 이유 없이 단지 OOO와 OOO 협상을 하면서 후생사업경비의 지급을 결정하였기 때문에, 쟁점후생사업금액은 OOO의 OOO에 대한 대가로 주장한다. 쟁점후생사업금액이 OOO의 OOO에 대한 대가라면, 쟁점후생사업금액을 지급함으로써 어떠한 OOO을 제공한다거나 쟁점후생사업금액이 OOO의 선급이라는 등에 관한 합의가 존재하여야 한다. 그러나 청구법인이 OOO와 체결한 ‘단체협약, OOO합의서’에는 쟁점후생사업금액을 지급함으로써 어떠한 OOO을 제공받는지는 물론 OOO의 선급이라는 등의 내용은 존재하지 않음이 명백하다. (다) 청구법인은 하역노무자의 노무대가로 노무자에게는 노임을, 노무자단체인 OOO에게는 퇴직기금을 지급한 경우, 퇴직기금은 손금에 산입된다는 유권해석 사례(법인 46012-2554, 1996.9.11.)를 이 사건에 원용하여, 쟁점후생사업금액이 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점후생사업금액은 OOO의 OOO의 대가로 지급된 것이 아니므로, 위 유권해석 사례를 이 사건에 원용할 수 없다. (라) 동일한 사실관계에 대하여 다른 처분을 하는 것은 과세의 형평에 반하는 것이다. 청구법인과 같이 OOO와 ‘단체협약, OOO 합의’를 하는 OOO는 OOO에 지급하는 후생사업경비를 비지정기부금으로 처리하여 법인세를 신고하고 있다. OOO에 지급한 후생사업경비에 대하여, 청구법인에 대하여는 전액 손금 인정하고, OOO에 대하여는 비지정기부금이므로 전액 손금부인하는 경우, 같은 것을 다르게 취급하는 것에 해당한다. 이 경우 청구법인과 OOO를 다르게 취급하는 합리적인 이유가 존재하여야 하는데, 청구법인에게 합리적인 이유가 존재하지 않는다. 따라서 청구법인에 대하여만 OOO에 지급한 후생사업경비를 손금으로 인정할 수 없다. (마) 백번 양보하여 간접적으로나마 쟁점후생사업금액이 사업관련성이 인정된다고 하더라도, 쟁점후생사업금액은 OOO에 대하여 소속 OOO의 원활한 섭외 등 거래관계 유지를 위하여 지급하는 것으로 사실상 접대비에 해당한다고 할 것이다. 이 역시 법인세법에 따라 손금불산입 세무조정을 하여야 하며, 전액 손금으로 인정될 수 없다. (4) ㅇㅇㅇㅇ분담금의 손금 귀속시기는 OOO 매출액이 확정된 사업연도가 아니라 ㅇㅇㅇㅇ분담금에 대한 납부고지서를 수령한 사업연도이다. (바) 법인세법 제40조 제1항 에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 법원은 ｢방사성폐기물 관리법｣에 따라 원자력발전사업자가 부담하는 관리부담금의 손금 귀속시기는 관리부담금 고지일을 기준으로 하여야 한다고 판단하였으며(대법원 2018.6.28. 선고 2018두37823 판결 참조), 조세심판원도 원자력발전사 업자가 부담하는 관리부담금과 같이 부보금융회사들이 ｢예금자보호법｣ 에 의하여 전년 말 예금 등의 잔액에 따라 납부하는 예금보험료의 손익 귀속시기를 전년 말 예금 등의 잔액이 확정된 날이 아니라 예금보험료를 납부한 날이 속하는 사업연도라고 판단하고 있다(조심 2019서2335, 2020.6.10. 참조). (사) 청구법인이 부담하는 ㅇㅇㅇㅇ분담금에 대한 납부의무는 전년도 말에 성립하지만, 그 납부통지를 받은 때에 확정된다. 즉, ㅇㅇㅇㅇ분담금은 OOO이 납부통지를 하지 않으면, 납부할 의무가 확정되지 않는다. 권리의무확정주의에 따라 의무가 확정된 때가 손금의 귀속시기이므로, ㅇㅇㅇㅇ분담금의 손금 귀속시기는 금액 산정의 기준이 되는 OOO 매출액 발생 사업연도 말이 아니라, ㅇㅇㅇㅇ분담금 납부통지를 받아 그 납부의무가 확정된 날이 속하는 사업연도이다. (5) 청구법인이 특수관계법인인 OOO에게 쟁 점ㅇㅇㅇ를 저가로 양도하였으므로 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. 이 과정에서 청구법인은 내부적 의사결정기관인 투자심의위원회의 심의를 받았는데, 투자심의위원회는 청구법인이 편성하여 OOO하지도 않는 OOO의 ㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하는 것은 합리적인 이유와 타당성이 부족하며, 청구법인이 OOO에 재판매하는 금액 역시 불합리하므로, OOOㅇㅇㅇㅇㅇ 투자는 부적합하다는 결정을 하였다. 투자심의위원회의 투자 부적합 결정에도 불구하고, 청구법인은 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득한 후, 이를 불리한 조건에 OOO에 재판매하였다. 즉, 청구법인이 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하고, OOO에 재판매한 거래는 경제적 합리성이 결여된 거래에 해당하며, 청구법인은 특수관계인인 OOO가 직접 취득해야 하는 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 대신 취득하고 취득금액보다 저가에 OOO에 재판매함으로써 이익을 분여하여 조세부담을 감소시켰다. 이러한 거래를 통하여, 청구법인은 OOO가 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하기 위하여 지출해야 했던 OOO을 대신 부담함으로써 OOO에 위 금액의 이익을 분여하여 조세부담을 감소시켰다. (아) 청구법인은 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ의 시가를 알 수 없으므로, 처분청의 이 부분 처분이 위법하다고 주장하나, 처분청은 조사 당시 청구법인이 OOO에 판매한 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ의 시가가 2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원이라는 점을 설명하면서, 세무조사 후 과세처분을 하는 당시 이 건 컨소시엄과 h 사이의 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ 거래 가액을 시가로 인정하고, 청구법인의 자회사인 OOO가 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하기 위하여 실제로 부담한 금액인 OOO원을 공제한 금액을 부당행위계산 부인 적용에 따라 손금불산입하였어야 하지만, 위 다른 쟁점들에 대하여 과세처분이 이루어지는 상황에서, 청구법인의 납세의무 이행을 촉진하기 위한 차원에서 본래 처분하여야 할 세액보다 적은 금액을 익금산입하는 처분을 하였다. 익금산입 처분을 하는 과정에서 본래 익금산입하여야 하는 금액보다 적은 금액을 익금산입하는 처분을 하였지만, 동일한 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ에 대하여 제3자간 거래 가격(시가)이 존재함에도 불구하고 시가에 대한 입증이 없다고 할 수는 없다. (자) 청구법인은 ㅇㅇ가 ㅇㅇ의 회원이고, ㅇㅇ가 ㅇㅇ의 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매할 것을 조건으로 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 판매하였기에 청구법인으로서는 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매할 수밖에 없었다고 주장하나, 투자심의위원회의 회의록 기재에 따르면, ㅇㅇ는 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ, OOO에 판매하였고, ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 자회사인 ㅇㅇㅇ OOO 중 OOO은 OOO ㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매하였다. 즉, OOO가 직접 ㅇㅇ로부터 직접 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득할 수 있었다. 청구법인은 협상 과정에서 청구법인의 자회사인 OOO가 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하게 하고, ㅇㅇㅇ ㅇㅇ와 함께 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ만을 취득할 수 있었다. <투자심의위원회 결과 및 회의록 3쪽 발췌> 또한, 청구법인이 ㅇㅇ와 ㅇㅇ가 OOO통합 ㅇㅇㅇ 협상을 추진하였다고 하는 2020∼2023년 사업 기간에도, OOOㅇㅇㅇㅇㅇ만 한정하여 OOO를 우선협상자로 선정하였던 점에 비추어 보면, 협상을 통하여 충분히 청구법인의 자회사인 OOO가 ㅇㅇ로부터 직접 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득할 수 있었음은 더욱 명확하다. (차) 백번 양보하여 청구주장대로 ‘OOO ㅇㅇㅇㅇ 발전협의회 운영규정’에 따른 위약금을 부담하지 않기 위해서는 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매할 수밖에 없었다고 하더라도, 이는 청구법인의 자회사인 OOO에 재판매할 목적으로 취득한 것에 해당한다. 청구법인의 투자심의위원회 회의록 기재에 의하면, 청구법인이 편성도 하지 않지만, 자회사인 OOO가 필요해서 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매하는 것이라고 밝히고 있다. <청구법인의 투자심의위원회 결과 및 회의록 중 발췌> 나아가 청구법인은 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득하여 OOO에 판매하는 거래를 통하여 OOO가 부담해야 할 대가를 대신 부담함으로써 경제적 손실까지 발생하였다. <청구법인의 투자심의위원회 결과 및 회의록 중 발췌> 결국, 청구법인은 자회사인 OOO가 ㅇㅇ로부터 직접 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득할 수도 있었음에도, OOO에 재판매하기 위하여 OOOㅇㅇㅇ등을 취득한 것이며, 그 과정에서 OOOㅇㅇㅇ를 통해 경제적 손실을 입었다.

1. 심리 및 판단

쟁점

① 쟁점토지 거래가 담보제공 후 반환(차입거래)인지, 매도 후 재매입(매각거래)인지 여부

② 청구법인이 OOO인 쟁점ㅇㅇㅇ에 기부금을 지급한 행위를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 쟁점기부금을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

③ 청구법인이 OOO에 지급한 후생사업경비를 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 과세처분의 당부

④ OOO분담금의 귀속시기를 매출액이 확정된 직전 사업연도가 아니라 납부고지서가 송달된 각 사업연도로 조정하여 과세한 처분의 당부

⑤ 청구법인이 특수관계인인 OOO에 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 저가에 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

가. 관련 법령: <별지> 기재
나. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점 1 에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. 1) 청구법인은 OOO 취득한 서울특별시 OOO소재 OOO에서 OOO년 같은 시 OOO소재 OOO으로 이전한 후, OOO토지 복합개발 사업공모를 시행하여 OOO i 주식회사, j 주식회사 및 주식회사 k(이하 “출자예정자들”이라 한다)과 업무협약을 체결하였는바, 출자예정자들은 이 건 c를 설립한 후 OOO토지를 매수하여 복합시설건물을 신축하고, 청구법인은 신축된 건물 중 일부(ㅇㅇ권 포함)를 이 건 c로부터 매수하여 주식회사 k에게 해당 건물을 임대하기로 하였다. 2) 청구법인은 OOO 이 건 c와 쟁점매매계약을 체결하여 OOO토지를 OOO원에 매각하기로 하였고, 같은 날 매도인을 이 건 c, 시공사를 j 주식회사로 하여 쟁점선매매계약 체결하여 OOO토지에 신축되는 건물 및 쟁점토지를 OOO원에 매수하기로 하였는바, 쟁점매매계약 및 쟁점선매매계약의 주요내용은 아래와 같다. <쟁점매매계약서의 주요내용> <쟁점선매매계약서 주요내용> 1) 청구법인이 적용하는 일반기업회계기준은 한국채택국제회계기준(K-IFRS)을 적용하지 않는 기업의 부담을 완화하기 위해 제정된 별도의 간략한 회계기준으로서, 2009.11.27. 제정되어 2011.1.1. 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용되어 왔다. 2) 청구법인이 제출한 이메일 수신 내역에 따르면, 청구법인은 쟁점거래가 매각거래인지, 차입거래인지에 대하여 한국회계기준원에 질의를 하였고, 한국회계기준원의 한 선임연구원은 개인 의견임을 전제 로 2019.1.8. 차입거래에 해당한다는 취지의 답변을 한 것으로 나타난다. <한국회계기준원 선임연구원의 개인 의견 주요내용> 3) 청구법인은 OOO 이 건 c로부터 OOO토지 매각대금의 잔금을 수령하였고, 같은 날 쟁점매매계약에 따라 지체상금 OOO원을 수령하였다. 지체상금은 OOO토지 매매 잔금에서 여의도 신축 업무시설 선매매 계약금을 차감하고 토지측량 면적 감소 정산분을 차감한 금액에서 1일 OOO원에 지체일수 49일을 곱하여 산정되었다. 4) 청구법인은 OOO토지의 매각대금의 잔금을 수령한 후, 쟁점토지에 대하여는 매각거래가 아니라 차입거래로 보아 아래와 같이 회계처리를 하였다. <표5> 쟁점거래 관련 회계처리 내용 (단위: 백만원) 5) 청구법인은 2019사업연도 감사보고서에 위 회계처리를 기재하여 공시하였고, 청구법인의 외부감사인인 OOO이 실시한 청구법인에 대한 2019사업연도 감사보고서에는 토지 장부금액의 변동 내역에 대하여 아래와 같이 기재되어 있다. 6) 청구법인은 2019.4.9. 국세청장에게 쟁점매매계약서, 쟁점선매매계약서 등을 첨부하여 세법해석 사전답변 신청을 하였다. <청구법인의 세법해석 사전답변 신청서 주요내용> 7) 이에 대하여 국세청장은 2019.10.16. 아래와 같이 답변하였다. <국세청장의 세법해석 사전답변 주요내용> 3) 부동산등기사항전부증명서 등에 따르면, OOO토지 지상에 신축된 재매입건물 및 쟁점ㅇㅇ권은 매매(OOO)를 원인으로 청구법인 앞으로 OOO 소유권이전등기가 마쳐진 것으로 나타난다. 4) 집합건물법은 1984.4.10. 제정되어 1985.4.11. 시행되었는바, 국가법령정보센터(www.law.go.kr)에서 확인되는 제정이유의 주요내용은 아래와 같다. < 집합건물법 제정이유 주요내용> (가) 법인세법 제40조 는 제1항에서 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”라고 규정하고, 제2항에서 “제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제68조 내지 제71조는 거래의 유형 내지 대금의 지급방법 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 개별적으로 규정하고 있다. 한편 법인세법 제43조 는 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다”라고 규정하고 있다. 위와 같이 법인세법 제40조 는 제1항, 제2항 등에서 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있다. 그러나 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없으므로, 위 규정들만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법상의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 법인세법 제43조 에서 정하였듯이 일반적으로 공정·타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하며, 이러한 해석이 국세기본법 제20조 의 취지에도 부합한다. 따라서 기업회계기준상의 손익의 귀속에 관한 규정이 세법의 개별 규정에 명시되어 있지 않다는 이유만으로 곧바로 권리의무확정주의에 반한다고 단정할 수는 없고, 특정 기업회계기준의 도입 경위와 성격, 관련된 과세실무 관행과 그 합리성, 수익비용대응 등 일반적인 회계원칙과의 관계, 과세소득의 자의적 조작 가능성, 연관된 세법 규정의 내용과 체계 등을 종합적으로 고려하여, 법인세법 제43조 에 따라 내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 적용될 수 있는 ‘기업회계의 기준이나 관행’에 해당하는지를 판단하여야 한다(대법원 2017.12.22. 선고 2014두44847 판결, 같은 뜻임). (나) 살피건대, 법인세법은 자산의 양도에 대한 정의 규정을 별도로 두고 있지 않은데, 같은 법 시행령 제68조에서 자산의 양도 등에 대한 손익의 귀속시기를 정하고 있으나, 권리의무확정주의에 따른 자산의 양도 여부 및 그 판단기준에 대해서는 별도의 규정을 두고 있지 않다. 따라서, 양도의 거래 형식을 띠고 있다 하더라도, 그 실질이 양도인지를 판단함에 있어서는 기업회계기준이 제시하는 판단 요소가 적절한 기준이 될 수 있는바, 일반기업회계기준 제16장은 수익 인식의 조건으로 재화의 소유에 따른 유의적인 위험과 보상이 구매자에게 이전될 것과 판매자에게 재화에 대한 효과적인 통제권이 없을 것 등을 들고 있는데, 이는 일반기업회계기준이나, 한국채택국제회계기준 도입 이전부터 기업 실무와 회계기준 등에서 일관되게 적용되어 과세실무상 확고한 관행으로 터잡은 판단 기준으로, 판매자가 해당 자산에 관한 위험·보상, 통제권 등을 계속 보유하고 있어 거래의 실질이 처분이 아니라 자금조달에 가까운 경우라면 외관상 양도거래가 있었다 하더라도 해당 자산에 관한 처분이익을 인식하지 아니하도록 하고 있다. 이와 같은 기준은 외관상 양도거래가 있었다 하더라도 위험·보상, 통제권이 이전되지 아니하였다면, 해당 자산에 관한 권리·의무가 확정되었다고 보기 어려우므로, 법인세법상 권리의무확정주의에 반한다고 볼 수도 없다. 위와 같은 이유에서 국세청도 다수의 예규에서 매출채권의 매각거래 시 당해 매출채권을 양도자가 재매입거나 양수자가 양도자에게 재매입을 청구할 수 있는 약정이 있는 등 사실상 매출채권이 완전히 이전되지 않은 것으로 인정되는 경우에는 매출채권의 차입거래로 보았고(법인 46012-198, 2000.1.20. 등), 매각 후 재매입에 대한 권리가 부여되지 않는 등 양도자산에 대한 효율적인 통제권이 양도법인과 분리되어 부동산펀드에 이전되는 등의 경우에는 기업회계기준에 의한 매각거래에 해당한다(법규법인 2010-328, 2010.12.2.)고 해석하였다. (다) 이에 따라 일반기업회계기준, 쟁점거래의 내용 및 아래의 사정 등을 종합적으로 고려하면, 쟁점거래는 차입거래에 해당한다고 봄이 타당하다. 5) 일반기업회계기준 제16장(수익)에 따르면, 재화의 판매로 인한 수익은 재화에 대한 위험과 보상 및 통제권이 실질적으로 이전된 경우에 인식하도록 되어 있고, 특히, 재매입약정이 존재하는 경우에는 법적 소유권이 이전되었다 하더라도, 재매입약정의 구체적인 내용과 판매 후 판매자의 지속적 관여 정도 등을 종합적으로 고려하여, 판매자가 소유에 따른 위험과 보상 및 통제권을 계속하여 보유하고 있는지 여부에 따라 수익의 인식 여부를 판단하도록 되어 있는바, 쟁점선매매계약에 따르면, 거래종결 요건이 완성되는 경우 이 건 c는 쟁점ㅇㅇ권을 청구법인에 이전하여야 할 의무를 부담하는 사실, 쟁점선매매계약에서 재매입하는 쟁점ㅇㅇ권의 매매가액이 확정되어 있는 사실, 청구법인은 일정한 요건 하에 재매입건물 공사의 진행상황을 확인하기 위하여 OOO토지상의 공사 현장을 출입할 수 있는 사실, 이 건 c는 청구법인의 승인 없이는 쟁점토지를 처분할 수 없는 사실, 이 건 c가 쟁점토지 및 재매입건물의 설계와 스펙을 확정하거나 변경을 하기 위해서는 청구법인의 서면동의를 필요로 하는 사실 등에 비추어 볼 때, 쟁점토지의 법적 소유권이 이 건 c에 이전되었다 하더라도, 실질적으로는 처분권, 환매권 등 전반에 걸쳐 청구법인이 쟁점토지에 관한 위험과 보상 및 통제권을 유지하고 있었던 것으로 봄이 상당하다. 6) 청구법인은 쟁점토지를 처분하면서 동시에 그에 상응하는 쟁점ㅇㅇ권을 재매입하는 쟁점선매매계약을 체결하였는데, 쟁점토지는 독립된 물권인 토지 소유권 자체를 의미하지만, 쟁점ㅇㅇ권은 집합건물법에 따라 신축된 집합건물의 전유부분에 부속하여 설정되는 토지 지분권으로서 등기되지 않고 전유부분의 등기부 내에 부속 권리로 표시되며, 각 구분소유자의 ㅇㅇ권 지분비율 역시 건물 전유부분의 면적 비율에 따라 결정되는 점에서 쟁점토지와 법률적 성격 및 권리 행사 방법 등이 구별된다. 따라서 이러한 법률적 형식만을 고려한다면, 쟁점거래에 동일한 자산에 대한 재매입약정이 있다고 보기 어려운 측면은 있다. 그러나, 아래와 같은 사정을 종합하면, 쟁점선매매계약은 쟁점토지에 대한 재매입약정에 해당한다고 보는 것이 보다 타당하다. 가) 쟁점토지와 쟁점ㅇㅇ권은 법적 형식상 별개의 자산이나 경제적 실질에 있어서는 동일한 자산으로 기능하고 있는 점, 쟁점ㅇㅇ권은 OOO토지 위에 신축된 재매입건물의 전유부분과 결합된 토지 지분으로서, 물리적 위치와 범위는 당초 청구법인이 보유하던 쟁점토지와 일치하는 점, 두 자산의 효용과 사용 목적 또한 변동이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점ㅇㅇ권은 단지 집합건물의 등기 및 관리상의 필요에 따라 법률적으로 정형화된 형태에 불과할 뿐, ㅇㅇ권의 형식으로 쟁점토지에 대한 소유권을 취득한 것으로 볼 수 있다. 나) 집합건물법의 입법취지를 보더라도, ㅇㅇ권 소유형태가 신설된 이유는 고층건물 및 공동주택 등의 확산에 따라 구분소유와 대지 공유라는 새로운 부동산 소유 형태를 제도적으로 명확히 하기 위한 것이지, 기존의 토지 소유권을 실질적으로 변경하거나, 경제적 효용을 단절하려는 데 그 목적이 있었던 것은 아닌 것으로 보인다. 즉, 동일한 부지 위에 건물을 신축함으로써 토지 소유권이 전유부분과 결합된 ㅇㅇ권 형태로 전환되더라도, 이는 거래 및 관리의 편의를 위한 형식적 수단일 뿐, 해당 토지의 실질적 경제 가치는 여전히 기존 소유자에게 연속적으로 귀속될 수 있다. 다) 청구법인은 쟁점거래에서 재매입할 쟁점ㅇㅇ권의 면적(OOO㎡), 위치 등을 구체적으로 특정하고 이를 쟁점선매매계약을 통해 확정하였다. 쟁점ㅇㅇ권은 OOO토지의 일부인 쟁점토지를 그대로 반영하고 있고, 그 귀속 비율 역시 재매입건물 전유부분의 면적에 따라 산정된 것으로, OOO토지를 구성하던 요소 중 쟁점토지에 해당하는 면적을 정형화된 방식으로 되돌려 받은 것이라 할 수 있다. 7) 한편, 처분청은 대법원 2017.12.27. 선고 2017두59666 판결, 조심 2015중5381, 2016.5.18. 등의 사례를 제시하며 쟁점거래가 수익 인식이 가능한 쟁점토지의 실질적 양도에 해당한다는 의견이나, 대법원 2017.12.27. 선고 2017두59666 판결은 다수의 토지 공유자들이 보유 토지를 시행사에 일괄 양도한 후, 그 대가로 분양권을 취득한 사안으로서, 환매 약정이나 특정 지분의 회수에 대한 계약상 조건이 존재하지 않았고, 분양 여부 및 조건도 시공사와의 일반적인 공급계약을 통해 추후 결정되는 구조이며, 조심 2015중5381, 2016.5.18. 역시 매도자가 명시적으로 특정 부동산을 특정 조건으로 재취득할 수 있는 약정이 확정되어 있지 아니하였고, 두 사건 모두 환매가액이 양도 당시 확정되어 있지 아니하여 일반기업회계기준상 차입거래에 해당하는 것으로 보기 어려운 점에서 이 사건에 원용하기는 부적합한 것으로 보인다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점거래를 매각거래로 보아 쟁점처분이익을 2019사업연도 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (1) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (마) 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. 8) 청구법인은 OOO인 OOO에 2000.3.13. 시행된 OOO에 따라 영업이익의 OOO%를 OOO으로 출연한다(영업손실이 발생하는 경우 미출연). 9) 청구법인은 2017～2021사업연도에 지정기부금 단체인 쟁점ㅇㅇㅇ(유형: 학술‧장학, 주무관청: OOO)에 쟁점기부금을 아래와 같이 지급하였다. <표6> 청구법인의 쟁점기부금 등 지급 내역 (단위: 천원) 10) 청구법인의 2018～2020년도 이사회 의사록에 의하면, 청구법인은 OOO년부터 쟁점ㅇㅇㅇ에 기부를 시작하여 2004～2010년에 매년 OOO원, 2011년 OOO원, 2012～2014년 매년 OOO원, 2015～2017년 매년 OOO원을 기부한 것으로 나타나고, 2018～2020년도 각 쟁점ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ 기부안은 이사회 만장일치로 가결된 것으로 나타난다. 11) 처분청은 아래 <표7>의 쟁점ㅇㅇㅇ의 기부금 수령 내역을 제시하며 쟁점ㅇㅇㅇ가 OOO 지분을 보유하고 있는 OOO와 OOO 지분을 보유하고 있는 청구법인 단 OOO으로부터만 기부금을 지급받고 있어 사실상 공익성이 높지 않다는 의견이다. <표7> 쟁점ㅇㅇㅇ의 기부금 수령 내역 (단위: 백만원) (바) 살피건대, 처분청은 쟁점기부금이 경제적 합리성을 결여하여 특수관계인에게 제공한 금전으로 부당행위계산 부인 대상에 해당한다는 의견이나, 쟁점ㅇㅇㅇ는 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인이고, 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 지정기부금단체로, 특별한 사정이 없는 한 내국법인이 쟁점ㅇㅇㅇ에 지출한 기부금은 손금산입한도액 내에서 손금으로 인정될 수 있는 것으로 보이는 점, 일시적인 영업손실이 있다 하더라도 기업의 사회공헌 활동이 영업수익에 비례하여 연동되지 않는다 하여 곧바로 경제적 합리성이 결여되었다고 보기도 어렵고, 처분청이 경영상태에 따른 적절한 기부금액을 입증하고 있지도 아니한 점, 쟁점기부금이 쟁점ㅇㅇㅇ의 고유목적에 사용되지 아니하는 등 사실상 특수관계인에 이익을 분여하였다고 볼 정황도 나타나지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점기부금의 지급에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 이 사건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (2) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (사) 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. 12) 대법원은 OOO 판결을 통하여, OOO에게 ｢노동조합 및 노동관계조정법｣상 노조지위를 인정하는 판결을 하였다. 13) 청구법인은 OOO와의 ‘단체협약, OOO 합의서’에 의거하여 아래 <표8>과 같이 쟁점후생사업금액을 지급하고, 이를 OOO/기타 계정과목으로 비용처리 하였다. <표8> 쟁점후생사업금액 지급 내역 (단위: 원) 14) 처분청 제출자료에 따르면, 청구법인과 동일 업종을 영위하는 OOO는 OOO에게 단체협약에 따른 후생사업경비지원금을 지급하는데, OOO는 OOO에 지급한 후생사업경비지원금을 비지정기부금으로 세무조정하여 법인세를 신고하고 있는 것으로 나타난다. (아) 살피건대, 청구법인은 쟁점후생사업금액의 경우 법률에 의해 강제된 단체교섭 및 단체협약에 따라 청구법인의 업무수행에 필수적으로 요구되는 방송연기자들에게 지급한 복리후생비에 해당할 뿐, 손금불산입 대상인 비지정기부금 또는 접대비에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점후생사업금액의 경우 OOO가 운영하는 후생복지기금의 용도로 지급되기는 하였으나, 실제로 그것이 복리후생비로 사용되었는지, 복리후생비 중에서도 손금산입 항목에 한정하여 사용되었는지 여부를 확인할 수 있는 객관적ㆍ구체적인 증빙자료는 확인되지 않으므로, OOO 소속 연기자가 법인세법령상 청구법인의 직원으로 인정될 수 있는지 여부 등은 별론으로 하더라도 쟁점후생사업금액이 손금에 산입되는 복리후생비의 요건을 갖추었다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 본인의 업무와 관련 있는 연기자들 및 그들이 소속된 OOO와의 원활한 업무진행을 위해 쟁점후생사업금액을 지급하였다고 볼 수 있어 쟁점후생사업금액은 접대비에 해당한다고도 볼 수 있는 점 등에 비추어, 쟁점후생사업금액은 손금불산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2023서10217, 2024.12.17., 같은 뜻임). (3) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다. (자) 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. 15) 청구법인은 ｢OOO｣상 ㅇㅇㅇㅇ분담금을 납부할 의무가 있는데, ㅇㅇㅇㅇ분담금은 전년도 OOO 매출액에 그 OOO의 범위에서 OOO가 정하여 고시하는 징수율을 곱하여 산정된다. 16) 청구법인은 OOO 매출액이 확정된 사업연도에 직전연도 분담률을 곱하여 청구법인이 부담할 ㅇㅇㅇㅇ분담금을 미지급비용(제세공과금)으로 계상하여 당해 사업연도에 손금산입하고, 다음 해 8월경 청구법인이 납부하여야 할 ㅇㅇㅇㅇ분담률을 확정한 고지서를 수령하면, 확정된 ㅇㅇㅇㅇ분담금을 납부하며, 미지급비용 계상액과 실제 익년 납부액의 차액은 납부일이 속하는 사업연도에 손금산입해왔다. <표9> 청구법인의 ㅇㅇㅇㅇ분담금 계상 내역 (단위: 원) 17) 처분청은 OOO는 2019년 정기세무조사 이후 ㅇㅇㅇㅇ분담금을 OOO으로부터 통보받은 날이 속하는 사업연도를 귀속시기로 보고 있다며 세무조정 내역을 제출하였다. (차) 살피건대, 청구법인은 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 귀속시기를 청구법인이 이를 미지급비용으로 계상한 사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고 있는 점, ㅇㅇㅇㅇ분담금은 부과기준이 되는 연도의 다음 해에 OOO가 산정한 금액을 징수하는 것으로 납부고지 후에야 납부할 분담금이 확정되는 점, ㅇㅇㅇㅇ분담금 납부고지서가 청구법인에게 송달되기 전까지는 납부할 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 액수가 특정되었다거나 변경의 여지가 없을 정도로 확정되었다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 처분청이 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 손금 귀속시기를 납부고지서를 송달받은 날이 속하는 사업연도로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2019서2335, 2020.9.15., 같은 뜻임) (4) 마지막으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (카) 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. 18) OOO는 청구법인이 지분의 65%를 보유한 자회사로서 ㅇㅇㅇ OOO인 OOO을 운영하고 있으며 프로그램 제작활동을 수행하고 있다. 19) 청구법인이 제출한 ‘OOO ㅇㅇㅇㅇ 발전협의회 운영규정’에 의하면, ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 2011.7.4. OOO ㅇㅇㅇㅇ 발전협의회를 구성하고 OOO, OOO등 OOO의 ㅇㅇㅇㅇㅇ에 대한 모든 권리와 의무를 균등 분담하기로 하고, 원칙 위반 시 위반 ㅇㅇㅇ가 다른 ㅇㅇㅇ들에게 각 OOO원을 지급하기로 하였다. 20) 청구법인 등 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 2016년 3월 ㅇㅇ 및 주식회사 d과 쟁점ㅇㅇ계약을 체결하였는바, 그 주요내용은 아래 <표10>과 같다. <표10> ㅇㅇㅇ ㅇㅇ의 쟁점ㅇㅇ계약 체결 내용 21) ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 2016년 3월 이 건 컨소시엄과 OOOOOOㅇㅇㅇ업 협약’을 체결하였는바, 그 주요내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> ㅇㅇㅇ ㅇㅇ와 이 건 컨소시엄 간 협약 주요내용 22) 이후 청구법인은 2016년 10월 ㅇㅇ로부터 구매한 쟁점ㅇㅇㅇ를 OOO에 재판매하는 ‘OOOOOO 구매 계약’을 체결하였는바, 그 주요내용은 아래 <표12>와 같다. <표12> 청구법인과 OOO 간 쟁점ㅇㅇㅇ 재판매 계약 23) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인의 내부 투자심사위원회는 2016.6.3. OOO2016～2019년 OOO 계약에 대하여 ‘투자 부적합’ 평가를 내린 것으로 나타난다. 24) 처분청은 청구법인의 OOOㅇㅇㅇ등의 실제 매입 금액 연간 1 OOO원(OOO원 – ㅇㅇ지원금 OOO원 – 이 건 컨소시엄으로부터 받은 재판매금액 등 OOO원)에서 2 청구법인과 OOO 간 재판매 대상이 되지 않은 OOO 가치 OOO원(OOO을 OOO원에 매입한 사례 적용) 및 3 이 건 컨소시엄이 h에게 재판매한 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ의 거래가액을 공제하여 4 OOO가 쟁점ㅇㅇㅇ에 대하여 부담하여야 할 금액을 산정하고, 5 여기에서 OOO가 청구법인에게 실제 지급한 OOO원(OOO원 – ㅇㅇ지원금 OOO원)을 공제함으로써 6 최종적인 익금산입대상 금액을 산정하였다. <표13> 처분청의 익금산입액 계산 내역 (단위: 년, 원) (가) 시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등, 같은 뜻임). (나) 살피건대, 처분청은 이 건 컨소시엄이 재판매한 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ의 거래가액을 시가로 보아 청구법인이 특수관계법인인 OOO에게 쟁점ㅇㅇㅇ를 저가로 양도하였다는 의견이나, 이 건 컨소시엄이 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ로부터 매입한 ㅇㅇㅇㅇㅇ는 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ의 자사ㅇㅇㅇ 등을 제외한 ㅇㅇㅇ, OOO를 통한 독점적 ㅇㅇㅇㅇㅇ으로, 청구법인이 OOO에 재판매한 쟁점ㅇㅇㅇ와 동일한 권리로 볼 수 없어 그 거래가액을 시가로 보기는 어려운 점, 처분청은 이 건 컨소시엄이 재판매한 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ의 거래가액을 시가로 주장하고 있으면서도 위 금액이 아닌 OOO가 부담했어야 할 금액을 별도로 산정한 금액에서 OOO가 실제 부담한 금액을 공제하여 익금산입액을 계산하였는바, 처분청이 어떤 금액을 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가로 보고 있는지도 불분명한 점 등에 비추어, 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가가 입증되었다고 보기 어려우므로 쟁점ㅇㅇㅇ를 시가보다 낮은 가액에 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>