[요지] 해당 원천징수분 법인세는 gross-up된 부가가치세 대리납부 과세표준에서 제외하는 것이 합리적이라 판단된다. 다만, 청구법인이 제시하는 증빙은 일부에 불과하고, 추가로 증빙을 확보해서 제시하겠다는 입장이므로 처분청이 청구주장과 관련된 증빙을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[요지] 해당 원천징수분 법인세는 gross-up된 부가가치세 대리납부 과세표준에서 제외하는 것이 합리적이라 판단된다. 다만, 청구법인이 제시하는 증빙은 일부에 불과하고, 추가로 증빙을 확보해서 제시하겠다는 입장이므로 처분청이 청구주장과 관련된 증빙을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[참조결정] 조심2022서0062 / 조심2022서0072
[주 문] OOO세무서장이 2022.12.2. 청구법인에 한 2017년 제1기～2021년 제2기 부가가치세(대리납부분) 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 OOO로부터 부가가치세 과세기간별로 환급받은 원천징수 법인세액이 얼마인지 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 해외카드사가 제공한 역무는 해외에서 공급된 것으로서 부가가치세 대리납부 대상이 아니다. (가) 해외카드사가 제공하는 용역의 가장 중요하고 본질적인 부분은 해외에서 제공되었다. 해외카드사가 청구법인에게 제공하는 용역의 핵심은 청구법인을 비롯한 국내 회원사들의 고객인 신용카드 소지자들의 신용카드 해외 결제를 가능하게 하는 것으로 해외 결제 서비스(이하 “이 건 용역”이라 한다)의 제공으로 요약할 수 있는바, 해외 신용카드 결제 과정에서의 중요하고 본질적인 용역의 공급은 해외에서 이루어지는 것이 명백하다. 해외카드사가 제공하는 용역의 각 부분은 해외카드사의 결제 네트워크 시스템을 통해 제공되는바, 용역 제공에 필수불가결한 동 시스템은 전 세계에 걸쳐 소재하고 있고(그 중 국내 영토에 소재하는 부분은 무시해도 될 정도로 미미하다고 할 것이다), 나아가 해외 결제에 개입하는 당사자들 중 신용카드 이용자, 가맹점, 매입사, 해외카드사 역시 모두 해외에 있으며, 국내에 소재하는 당사자는 오로지 카드 발급사뿐이고, 이와 같이 해외 결제의 핵심인 시스템 및 주요 당사자들이 엄연히 해외에 소재하며, 모든 해외 결제 거래가 위 시스템을 활용하여 이루어지는 이상 해외 결제 서비스의 제공 장소는 해외로 볼 수밖에 없다. (나) 설령, 용역의 공급장소를 ‘용역이 사용된 장소’로 보더라도, 신용카드 사업의 목적 및 해외 신용카드 결제의 본질에 비추어 볼 때 이 건 용역의 사용장소는 해외라고 보아야 한다. 부가가치세법(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 역무형 용역의 공급장소에 관하여 명시적으로 ‘역무가 제공된 장소’라고 규정하고 있는 이상 이 건 용역의 공급장소는 해외 결제 서비스가 제공된(이루어진) 곳으로 보아야 하고, 달리 용역이 ‘사용된 장소’를 용역의 공급장소로 볼 여지는 없으며, 대법원도 마찬가지 입장이고, 나아가 설령 우리 부가가치세법이 소비지주의를 택하고 있다고 보더라도 이 사건 용역은 해외에서 공급(소비)되었다고 보아야 한다. 신용카드 해외 결제에 관한 일련의 프로세스는 신용카드 소지자가 해외에서 직접 신용카드를 제시함으로써 개시되고, 이 건 용역은 이러한 결제를 가능하게 하기 위하여 제공되며, 즉 이 건 용역의 제공으로 인해 직접적인 혜택을 보는 자들은 신용카드 소지자들이라는 점에서 이 건 용역이 사용되는 장소도 당연히 신용카드가 실제 제시 및 사용된 해외라고 보아야 한다.
(2) 설령, 쟁점분담금을 부가가치세 과세대상으로 보는 경우에도 청구법인이 OOO에 지급한 분담금의 경우 그 대리납부 부가가치세 과세표준이 과다하게 산정된 명백한 오류가 존재한다. (가) 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점분담금을 부가가치세 과세대상으로 본다고 하더라도, 그 대리납부세액을 산정함에 있어서는 청구법인이 실제로 지급한 쟁점분담금의 액수에 10%를 곱하는 방식이 되어야 함에도 처분청은 2007년 OOO 분담금에 대한 최초 과세(OOO에 대한 원천징수분 법인세 과세 및 청구법인에 대한 부가가치세 과세) 당시, 실질적인 원천징수분 법인세 부담이 OOO가 아닌 청구법인에게 있다고 잘못 판단한 나머지 원천징수분 법인세의 과세표준을 ‘(실제 지급금) / (1-15%)’로 계산하여 과세하였고, 그러한 과세표준 산정방식을 부가가치세에도 그대로 적용하였다. 부연하자면, 처분청은 OOO가 부담하여야 할 원천징수분 법인세를 경제적으로 청구법인이 대신 부담한다고 오해하여, 그러한 원천징수분 법인세액만큼 분담금을 추가로 지급한 것으로 보았는데, 즉 원천세 과세표준 계산 시 ‘그러한 과세표준에서 원천징수분 법인세 부담을 제외하였을 때 남는 금액이 청구법인이 이 사건 해외카드사들에게 지급한 금액이 되도록’ 과세표준 자체를 상향조정(gross-up)시킨 것이다. 그런데, 실제로는 청구법인이 OOO로부터 원천징수 법인세를 전액 환급받고 있으므로 원천세 부담이 청구법인에게 있다는 처분청의 전제는 전혀 사실과 다르며, 따라서 위 과세표준 산정방식도 잘못되었다 할 것인바, 이는 청구법인이 OOO사에게 지급하는 분담금의 경우 ‘실제 지급금’을 과세표준으로 하여 과세가 이루어졌다는 점을 보더라도 분명히 알 수 있고, 즉 OOO와 OOO 모두 청구법인이 지급하는 분담금에 대한 원천징수 법인세를 직접 부담하고 있음에도, OOO 분담금만 그 과세표준이 과다하게 산정되었으므로 이러한 과세표준 산정방식이 위법함은 명백하다. 위와 같은 사유로 청구법인이 과다납부한 부가가치세액은 다음과 같은바, OOO에 지급한 분담금에 대응되는 부가가치세 중 과다하게 산정된 부분에 대한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다. <표2> 청구법인이 주장하는 과다납부한 부가가치세 내역 OOO 분담금 Gross-up 전 (A,실제지급금) Gross-up 후 (B=A/(1-15%)) 부가가치세 납부액 (C=B10%) 초과 납부세액 (D=C-A10%) 2017년 제1기 OOO OOO OOO OOO 2017년 제2기 OOO OOO OOO OOO 2018년 제1기 OOO OOO OOO OOO 2018년 제2기 OOO OOO OOO OOO 2019년 제1기 OOO OOO OOO OOO 2019년 제2기 OOO OOO OOO OOO 2020년 제1기 OOO OOO OOO OOO 2020년 제2기 OOO OOO OOO OOO 2021년 제1기 OOO OOO OOO OOO 2021년 제2기 OOO OOO OOO OOO 합계 OOO OOO OOO OOO (단위: 원) 일부 단수 차이 발생, 2020년 제1기부터 5%로 변경 (나) 처분청은 청구법인과 OOO 간의 라이선스계약(이하 “쟁점라이선스계약”이라 한다)에 따라 원천징수세액을 차감하지 않고 지급하여 법인세 원천징수 과세표준을 계산하였고, 해당 과세표준 산정방식을 부가가치세 대리납부 신고에도 그대로 적용하였는데, OOO가 부담하여야 할 원천세를 청구법인이 대신 부담하므로 청구법인이 납부한 원천세만큼은 OOO가 제공한 용역에 대한 대가를 추가로 지급한 것으로 보는 것이 거래당사자의 의사에 부합하여 부가가치세 과세표준에는 잘못이 없다는 의견이다. 하지만, 처분청의 전제와 달리 청구법인은 OOO가 부담하여야 할 원천세를 대신하여 부담하지 않고, 납부한 원천세를 OOO로부터 보전받고 있는 상황에서 부가가치세 과세표준을 상향 조정하는 것은 위법하다. 가령 외국법인에게 원천세를 제외한 100을 지급하면서 이와 별도로 내국법인이 원천세를 부담한다고 가정하면 실질적으로 외국법인은 내국법인으로부터 원천세만큼의 대가를 추가로 지급받는 것과 동일하다. 따라서 이에 대한 원천세의 과세표준은 ‘100/(1-0.15)’로 계산된 118이 되는 것이고, 부가가치세 과세표준 역시 이를 기준으로 산정하여 11.8만큼은 부가가치세로 대리납부를 하고, 18만큼은 원천세로 납부하여야 한다. 그런데 이 건의 경우는 내국법인이 원천세를 부담하는 경우가 아니다. 이 건의 경우 청구법인은 원천세를 제외한 100을 지급하고 일단 청구법인이 절차상 OOO를 대신하여 원천세 15를 납부하지만(미수금), 이를 전액 OOO로부터 돌려받기 때문에 청구법인이 실질적으로 지급하는 대가는 위 사례(=100+18)와는 달리 100에 불과하다. 따라서 이에 대한 원천세의 과세표준은 100이 되는 것이고, 부가가치세 과세표준 역시 이를 기준으로 산정되어야 하는 것이다. (다) 아울러, 부가가치세법 제29조 제1항에서는 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 하고 있으며, 제3항에서 공급가액이란 각 호의 가액(금전 대가 등)으로서, 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니하는 것으로 명시하고 있다. 즉, 용역을 공급받는 자인 청구법인이 지급하는 대가가 용역대가로 산정되어야 하며, 원천세는 용역을 공급받는 자인 청구법인이 용역을 공급받는 반대급부로 지급하는 대가가 아닌 것이다. 더욱이, 원천세를 해외카드사로부터 반환받고 있는 사실이 명확함에도 이 건 거래를 재해석하여 원천세 부분을 용역에 대한 대가를 추가로 지급하는 것으로 의제한 처분청의 의견은 명백히 부당하다. (라) 처분청은 OOO가 청구법인이 납부한 원천세를 환급하기로 동의한다는 내용으로 청구법인에게 보낸 OOO 공문(이하 “쟁점공문”이라 한다)이 쟁점라이선스계약의 내용을 변경하는 효과가 있다고 볼 수 없다는 의견이나, 그 근거를 전혀 제시하지 못하고 있다. 쟁점라이선스계약 제17조에서는 라이선스 계약은 서면에 의하여 수정될 수 있다고 정하고 있으며, 쟁점공문은 ‘서면’의 정의를 만족한다. 대법원 역시 ‘서면’이란 일정한 내용을 적은 문서를 의미하고, 출력이 즉시 가능한 상태의 전자문서는 사실상 종이 형태의 서면과 다를 바 없어 전자문서 역시 서면으로 판단할 수 있다고 판시한 바 있다(대법원 2015.9.10. 선고 2015두41401 판결). 즉, 쟁점공문은 단순히 우월적 지위에 근거하여 OOO가 단독적으로 내린 시혜적인 조치가 아니라, 적절히 기명날인된 ‘서면’에 따라 계약관계를 변경하고자 청구법인을 비롯한 각 카드사에게 발급한바, 처분청의 의견은 타당하지 않다.
(1) 청구법인이 해외카드사에 지급한 쟁점분담금은, 해외카드사가 제공한 용역이 본질적으로 제공되는 장소가 국내이므로 부가가치세 대리납부 대상에 해당한다. 해외카드사가 제공하는 역무의 주된 내용은 해외카드사가 구축한 결제시스템을 통해 청구법인이 발급한 신용카드 소지자들이 해외가맹점에서 결제가 가능하도록 서비스와 관련 정보를 청구법인에 제공하는 것인데, 이러한 역무는 해외카드사가 청구법인의 국내사업장에 해당 시스템을 이용할 수 있도록 결제 네트워크장비와 소프트웨어를 설치함으로써 이용가능해지고, 신용카드 소지자가 해외가맹점에서 결제하면 청구법인이 국내사업장에서 결제시스템에 접속함으로써 역무를 제공받으므로 본질적인 역무가 제공되는 장소는 국내이다.
(2) 청구법인은 당초 대리납부 과세표준 산정 시 원천징수 법인세를 OOO로부터 전액 환급받음에도 원천세 부담액을 포함한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점라이선스계약에 따르면, 원천세는 카드사들이 부담하는 것이 원칙이고, OOO가 원천세를 보전하여 준다는 취지로 보낸 문서 등은 위 기본 약정을 변경하는 효력이 없으며, OOO가 원천세를 종국적으로 부담하기로 하는 의사가 인정되지도 않으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다(서울고등법원 2024.1.16. 선고 2019누32049 판결 참조). (가) 쟁점라이선스계약에 따르면, 영업활동과 관련된 모든 세금을 청구법인이 부담하고, OOO가 제공한 용역의 대가를 지급할 때 청구법인이 납부한 세금을 공제하지 않는다고 규정하고 있다. 위와 같이 OOO가 부담하여야 할 원천세를 청구법인이 대신 부담하므로, 청구법인이 납부한 원천세만큼은 OOO가 제공한 용역에 대한 대가를 추가로 지급한 것으로 보는 것이 거래당사자의 의사에 부합하고, 이를 전제하고 있는 청구법인이 종전에 납부한 부가가치세 과세표준에는 아무런 잘못이 없다. (나) 청구법인에 제출한 자료만으로는 원천세의 종국적인 부담 주체가 OOO로 변경된 것으로 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점공문에 기재된 ‘reimburse’를 ‘환급’이라고 해석하고, 청구법인이 납부한 원천세를 OOO로부터 전액 돌려받고 그 금액만큼 부가가치세 과세표준이 과다하게 산정되었다고 주장한다. 그런데 ‘reimburse’의 통상적인 의미는 ‘배상’이고, 원천세액 부담에 관한 계약 내용을 변경하지 않고 그와 별개의 조치로 청구법인이 납부한 원천세액을 OOO가 보전하여 준다는 의미일 뿐, 쟁점공문을 이유로 쟁점라이선스계약에 따라 청구법인이 원천징수세액을 부담한다는 기본적인 계약관계를 달리 볼 수는 없다. 또한, 쟁점라이선스계약 제17조는 계약의 수정은 명시적인 서면에 따를 것을 요구하고 있는바, OOO가 청구법인에게 보낸 공문이 위 조항에 따라 쟁점라이선스계약의 내용을 변경하는 효과가 있다고 볼 수 없다. (다) 아울러, 쟁점공문은 2017.3.9.자로 작성되었는데, 원천세 부담에 관한 기본적인 계약관계를 그대로 유지하면서, 피상적으로 OOO가 청구법인에게 원천징수세액을 변상한 것은 우월적 지위에 있는 OOO의 일시적인 시혜적 조치이고, 언제라도 본래의 계약을 근거로 반환을 요구할 수 있다는 점에서도 쟁점공문만을 근거로 원천세 부담에 관한 법률관계가 변경되었다고 볼 수는 없다.
3. 심리 및 판단
① 해외카드사에게 지급한 쟁점분담금은 국외에서 제공된 용역의 대가로서 부가가치세 대리납부대상이 아니라는 청구주장의 당부
② OOO에 지급한 분담금의 경우 부가가치세 대리납부 과세표준이 과다하게 산정되었다는 청구주장의 당부
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
2. 재화의 수입 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조(용역의 공급장소) ① 용역이 공급되는 장소는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 곳으로 한다. 1.역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소 2.국내 및 국외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우 사업자가 비거주자 또는 외국법인이면 여객이 탑승하거나 화물이 적재되는 장소
② 제1항에서 규정한 사항 외의 용역이 공급되는 장소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조(대리납부) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조, 제53조 및 제53조의2에서 "국외사업자"라 한다)로부터 국내에서 용역 또는 권리(이하 이 조 및 제53조에서 "용역등"이라 한다)를 공급(국내에 반입하는 것으로서 제50조에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고·납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제53조에서 같다)받는 자(공급받은 그 용역등을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되, 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역등을 공급받는 경우는 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다. 1.소득세법 제120조 또는 법인세법 제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인 2.국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역등을 공급하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 여신전문금융업법 제3조에 따라 신용카드업을 영위하는 사업자로, 국내외 거래에서 해외카드사와 고객서비스 및 상표권 사용계약 등을 체결하고 아래와 같이 쟁점분담금을 지급하고 있다.
1. 청구법인은 2008.4.1. OOO와 고객서비스 및 상표권 사용계약(Client Services and Trademark License Agreement, 이하 “CSTLA”라 한다)을 체결한 후, 계약에 따라 분담금 및 기타수수료, 상표사용대가를 지급하고 있고, 분담금 명목으로 발급사 카드서비스 수수료, 매입사 가맹점 서비스 수수료, 기타수수료로 승인ㆍ정산서비스관련 데이터 처리 수수료, 국제결제수수료, 공항서비스 등 각종 프리미엄 서비스에 대한 대가수수료 등을 지급하고 있으며, 그 외 상표권료(License Fee)와 장비사용료를 지급하고 있다.
2. 청구법인은 OOO에게 쟁점라이선스계약에 따라 분담금 및 기타수수료를 지급하고 있고, 분담금 명목으로 발급사분담금, 발급사일일분담금, 매입사일일분담금, 승인개발수수료를, 기타수수료로 승인·정산·결제 서비스 관련, 프리미엄 서비스(Platinum Card Fee 등)에 대한 대가수수료 등을 지급하고 있다.
3. 청구법인은 OOO, OOO 외에 JCB카드, 디스커버(DFS)카드, 유니온페이(CUP)로부터 서비스를 제공받고 분담금 및 수수료를 지급하고 있고, OOO 및 OOO와 유사한 명목의 분담금을 지급하고 있다. (나) 청구법인은 과거 해외카드사에 지급한 분담금 등과 관련하여 당초 부가가치세 대리납부를 하여 왔고, 2016년 제2기까지의 부가가치세에 대하여 상표사용료가 아닌 국외에서 제공하는 용역의 대가로서 대리납부 대상이 아니라는 취지로 경정청구를 제기하였으며, 이에 대한 처분청의 거부처분에 대하여 심판청구 후 행정소송이 진행되거나 판결이 확정되었다. (다) 청구법인은 2017년 제1기～2021년 제2기 부가가치세 과세기간 중 해외카드사에 지급한 쟁점분담금과 관련하여 당초 부가가치세 대리납부를 하였으나, 국외에서 제공하는 용역의 대가이므로 대리납부 대상이 아니고, 적어도 OOO에 지급한 분담금 등의 경우 부가가치세 과세표준에 포함된 원천세액이 제외되어야 한다고 주장하며 2022.7.25. 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.12.2. 이를 거부하였다. (라) 처분청은 아래와 같이 쟁점라이선스계약서의 일부 내용 및 그 번역본을 제시하며 청구법인이 지급한 원천세가 용역에 대한 대가이고, 쟁점공문에 의하여 쟁점라이선스계약의 내용이 변경되지 아니하였다는 의견이다. ＜쟁점라이선스계약 제15조＞ ㅇㅇㅇ ＜쟁점라이선스계약 제17조＞ ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 쟁점분담금을 부가가치세 과세대상으로 보는 경우에도 청구법인이 OOO에 지급한 분담금의 경우 그 대리납부 부가가치세 과세표준이 과다하게 산정된 명백한 오류가 존재한다고 주장하며 다음의 증빙 등을 제출하였다.
1. 청구법인은 OOO에 용역대가를 지급하고 지급금액에 원천세를 합한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 부가가치세를 대리납부하였고, 원천세를 OOO로부터 환급받았다고 주장하며 부가가치세 대리납부 신고 자료 및 원천세를 미수금으로 처리한 전표, OOO로부터 수신한 환급 관련 리포트 등을 제출하였는바, 2017년 제1기 확정분 자료에 의하면, 청구법인은 2017년 4∼6월 기간 동안 용역대가로 합계 OOO원(인바운드 제외)을 OOO에 지급하였고, 지급금액에 원천세 합계 OOO원(소득세 OOO원＋주민세 OOO원)을 합한 OOO원(소액의 차액 발생)을 과세표준으로 하여 이 금액의 10%를 부가가치세로 대리납부하고, 전표에 원천세를 미수금 계정으로 처리하였으며, 2017년 3∼5월 기간에 대한 원천세 합계 OOO원을 환급받은 것으로 나타난다.
2. OOO가 2017.3.9. 청구법인에 보낸 쟁점공문의 일부 내용 및 그 번역본은 아래와 같다. ＜쟁점공문 일부 내용 및 그 번역본＞ ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점분담금이 국내사업장 없는 외국법인이 국외에서 역무를 제공한 것에 대한 대가이므로 부가가치세법 제52조의 대리납부 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 해외카드사가 청구법인에게 제공하는 주된 역무는 해외카드사가 청구법인의 국내사업장에 네트워크 장비와 소프트웨어를 설치·연결해줌으로써 실현되고, 신용카드 소지자들이 해외카드사의 해외가맹점에서 결제를 하면 청구법인이 국내사업장의 시스템에 접속하여 신용카드 거래승인, 정산, 결제 등에 관련된 정보를 수수함으로써 역무의 목적을 달성하게 되므로 중요하고 본질적인 역무가 제공되는 장소를 국내로 보아야 하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2022서62, 2022.12.7. 외 다수, 같은 뜻임).
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO에 지급한 분담금에 대한 원천징수분 법인세의 종국적인 부담 주체를 OOO로 볼 수 없어 이를 대리납부분 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다는 의견이나, 청구법인의 전산시스템 추출 자료, 대리납부 부가가치세 산정내역 및 OOO 원천징수세액 세부내역에 따르면, 청구법인은 OOO를 대신하여 OOO의 원천징수분 법인세를 대신 납부한 사실이 확인되고, 청구법인이 OOO로부터 수령한 쟁점공문, 환급 관련 리포트 등에 따르면, 청구법인이 대신 납부한 원천징수분 법인세를 OOO로부터 반환받고 있는 사실이 나타나므로 처분청이 OOO가 부담하여야 할 원천징수분 법인세를 청구법인이 대신 부담한 것으로 보아 이 부분에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2022서72, 2023.2.16. 외 다수 참조). 다만, 청구법인이 제시하는 증빙은 일부에 불과하고, 원천징수한 법인세 금액이 정확히 확인되지 아니하므로 청구법인이 원천징수한 법인세액을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 대리납부분 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.