청구인이 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 전환된 쟁점아파트에 대한 장기보유특별공제 적용시, 위 인가일 이후 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 아니한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2000.1.18. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득․보유하다가 2018.10.17. AAA 외 1명에게 OOO원에 양도한 후, 양도가액 9억원 초과분의 양도차익에 대하여 취득일부터 양도일까지의 전체 보유기간에 대한 장기보유특별공제액을 계산․적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2022년 하반기 모니터링 점검결과, 쟁점아파트는 OOO아파트 주택재건축정비사업의 조합원입주권으로 전환되었으므로, 관리처분계획인가일(2018.7.5.)을 기준으로 기존 부동산과 부동산을 취득할 수 있는 권리로 각각 구분하여 그 인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제액을 적용배제하여 2023.1.12. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원[과소신고가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다) 포함]을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점아파트 양도 당시까지 동 아파트에 임차인의 자격으로 실제 거주하였으므로 실질과세의 원칙에 따라 부동산의 양도로 보아 전체 보유기간의 양도차익에 대한 장기보유특별공제액을 적용하여야 한다.

(2) 쟁점아파트가 조합원입주권에 해당한다 하더라도, 청구인은 동 아파트에 대한 관리처분계획인가일(2018.7.5.) 등을 모르고 있다가 2022.12.26. 비로소 재건축조합을 방문하여 인가통지서를 수령하였는바, 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점아파트는 관련 법령상 양도 당시 부동산이 아니라 조합원입주권에 해당하므로 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제액을 적용배제하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다. 소득세법제89조 제2항 등에 따르면 ‘조합원입주권’이란도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말하는 것으로 기존주택의 멸실 여부와 관련 없이 관리처분계획인가일을 기준으로 부동산에서 권리(조합원입주권)로 전환되는 것이다(양도소득세 집행기준 89-156의2-5). 또한소득세법제95조 제2항에 따르면, 조합원입주권에 대하여는 그 자산의 양도차익에 장기보유특별공제율을 적용하나, 관리처분계획인가일 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있다. 따라서 쟁점아파트가 재개발에 따른 조합원입주권으로 전환되는 시점은 관리처분계획인가일(2018.7.5.)이고, 동 아파트 양도일(2018.10. 17.) 현재 부동산이 아니라 조합원입주권에 해당하므로, 그 인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제액을 적용배제하는 것이 타당하다(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결 참조).

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 (대법원 2002.11.13 선고 2001두4689 판결 등 참조). 관련 법령상 청구인은 조합원입주권을 양도한 것이 명백하고, 조합원입주권 양도의 경우 전체 양도차익에서 기존 주택분에 대해서만 장기보유특별공제액을 계산ㆍ적용함이 타당하므로, 쟁점가산세를 포함한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 조합원입주권의 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제액을 계산․적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인과 양수인 AAA 외 1명 사이에 체결된 쟁점아파트에 대한 부동산매매계약서에 의하면, 동 아파트 매매계약일은 2018.8.16., 잔금지급약정일은 2018.10.17.로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (나) 쟁점아파트의 (폐쇄)등기사항전부증명서에 의하면, AAA 외 1명은 2019.3.19. OOO아파트 주택재건축정비사업조합을 수탁자로 하여 동 아파트에 대한 신탁등기(신탁원부 제2019-4213호)를 한 것으로 나타난다. (다) OOO 고시(제2018-84호, 2018.7.12.)내용은 다음과 같다. OOO

(2) 청구인은 쟁점아파트를 양도한 후에도 계속하여 동 아파트에서 거주하였다면서 AAA 외 1명과 체결한 아파트 전세계약서를 제시하였고, 그 계약내용 및 특약사항을 보면 임차보증금은 OOO원, 계약기간은 2018.10.17.부터 2020.10.17.까지이고, 임대인은 AAA 외 1명, 임차인은 청구인이며, OOO아파트 주택재건축정비사업조합에서 재건축 철거를 위한 이주요청이 있을 경우 청구인은 임대인에게 보증금을 받는 즉시 이주한다는 등으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트 양도 시까지 동 아파트에 임차인의 자격으로 실제 거주하였으므로 부동산의 양도에 해당하고, 설령 그렇지 않더라도 조합원입주권의 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제액을 계산 ․적용하여야 한다고 주장하나,소득세법제89조 제2항 등에 따르면 ‘조합원입주권’이란도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말하는 것으로 기존주택의 멸실 여부와 관련 없이 관리처분계획인가일을 기준으로 부동산에서 권리(조합원입주권)로 전환되는 점,소득세법제95조 제2항에 따르면, 조합원입주권에 대하여는 그 자산의 양도차익에 장기보유특별공제율을 적용하나, 관리처분계획인가일 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들기이는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트에 대한 관리처분계획인가일(2018.7.5.)을 모르고 있어 이 건 납세의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었으므로 쟁점가산세를 취소하여야 한다고 주장하나, 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점(대법원 2002.11.13 선고 2001두4689 판결 등 참조),도시 및 주거환경정비법제78조 제1항에 “사업시행자는 제74조에 따른 관리처분계획인가를 신청하기 전에 관계 서류의 사본을 30일 이상 토지등소유자에게 공람하게 하고 의견을 들어야 한다”고 규정되어 있어 청구주장에 신빙성이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 (2) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업,빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업,빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. (3) 도시 및 주거환경정비법 제78조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) ① 사업시행자는 제74조에 따른 관리처분계획인가를 신청하기 전에 관계 서류의 사본을 30일 이상 토지등소유자에게 공람하게 하고 의견을 들어야 한다. 다만, 제74조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 토지등소유자의 공람 및 의견청취 절차를 거치지 아니할 수 있다.