쟁점신탁계약의 납세의무자가 청구법인이 아닌 것으로 보아 당초 부가가치세 신고시 공제받은 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1981.

1.

10. 설립하여 건설업, 부동산매매 및 임대업을 영위하고 있는 법인사업자로 2014～2015년경 OOO등 신축사업을 위해 OOO등 신탁회사 5곳과 신탁회사를 수탁자로, 청구법인을 위탁자로 하는 관리형토지신탁계약(이하 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 체결하였고, 2015년 제2기 부가가치세 신고시 관련 사업의 매출․매입세액에 대하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

• 나. 한편, 대법원이 전원합의체 판결(2017.5.18. 선고 2012두22485 판결)로 신탁재산 처분시 부가가치세 납세의무자가 위탁자가 아닌 수탁자인 것으로 결정함에 따라 청구법인은 2021.1.25. 처분청에 신고․납부한 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2021.

3.

25. 이를 거부하였는바, 청구법인은 위 경정청구 거부처분에 대해 2021.6.17. 심판청구를 제기하여 우리 원으로부터 2021.12.8. 경정청구 거부처분을 취소한다는 결정(조심 2021서5109)을 받았다.

• 다. 처분청은 위 심판결정에 따라 2021.12.24. 청구법인에게 부가가치세 OOO원을 환급ㆍ결정하였고, 이와 별도로 청구법인이 2015년 제2기 부가가치세 신고시 공제받은 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세법에 따른 공제하는 매입세액에 해당하지 않는 것으로 보아 2022.11.28. 청구법인에게 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 대법원은 전원합의체 판결을 통하여 신탁재산 처분시 부가가치세 납세의무자를 기존의 위탁자에서 수탁자로 변경한 것일 뿐, 신탁재산과 관련하여 재화 등을 공급받는 자까지도 위탁자에서 수탁자로 변경한 것은 아니다. (가) 대법원은 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다고 판단하며 기존 입장을 변경하였고, 청구법인의 경정청구 및 기존 심판청구의 근거가 된 대법원 2012두22485 판결에서는 “세금계산서 등의 발급·교부가 필수적인 우리나라 부가가치세법의 특성(다단계 거래세)을 고려하여 납세의무자 여부는 수익 등의 귀속이 아니라 거래 행위를 기준으로 판단해야 하며, 신탁재산 처분에 따른 공급의 주체를 위탁자가 아닌 재화의 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보는 것이 타당하다”고 판단하였다. (나) 즉, 대법원은 거래 형식을 부가가치세 납세의무자 판단에 중요한 요소로 보고 있기에 신탁재산이 수분양자 등에게 매각되는 경우 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자를 납세의무자로 보아 과세하는 것이 타당하다고 판단하고 있을 뿐, 신탁재산과 관련하여 재화 등을 공급받는 자까지도 위탁자에서 수탁자로 변경한 것은 아니다. (다) 대법원 판례 이후에도 신탁재산과 관련하여 재화 등을 공급받는 자를 위탁자에서 수탁자로 변경한다는 새로운 판례 등이 나오지 않은 한 기존의 해석에 따라 위탁자를 재화 등을 공급받는 자로 보는 것이 타당하다. 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 변경한 대법원 판례 이후, 신탁계약 하에서 신탁재산과 관련하여 재화 등을 공급받는 자를 누구로 볼 것인지에 대한 어떠한 판례나 유권해석이 나오지 않았다는 점을 고려할 때, 기존의 해석에 따라 위탁자를 재화 등을 공급받는 자로 보는 것이 타당하며, 단지 신탁재산을 매각하는 경우 공급자에 대한 판단을 변경한 대법원 판례에 대해서 처분청이 자의적으로 확대 해석하여 신탁재산 관련 재화 등을 공급받는 자까지 수탁자로 변경하는 것은 잘못된 판단이다. (2) 신탁계약의 특성을 고려할 때 위탁자의 매입세액을 불공제하는 것은 부가가치세법의 근간이 훼손되는 것이며, 처분청은 대법원 판례에 따라 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 과세하면 해결될 사안이다. (가) 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 것에 대하여 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않는 신탁계약의 특성을 고려할 때, 신탁재산과 관련하여 위탁자가 매입세액을 공제받는 것은 정상적인 거래행위이다. 기획재정부는 대법원 전원합의체 판결(대법원 2012두22485 판결)과 관련하여 수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 신탁유형에 관계없이 부가가치세 납세의무자는 수탁자인 것으로 유권해석을 하면서 신탁계약에 따라 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 관련 세금계산서를 발급하지 아니한다는 점(즉, 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않음)을 확인하고 있다(기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.

9. 1.). (나) 즉, 과세관청 역시 신탁재산을 매각할 때 재화를 공급하는 계약관계의 주체가 되는 수탁자를 부가가치세 납세의무자에 해당하는 것으로 기존 입장을 변경하면서 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우는 부가가치세법상 재화의 공급이 아니라는 유권해석을 통하여 수탁자는 단지 신탁계약을 통해 금융기관 등 채권자를 보호하고 수분양자 또는 임차인들이 안정적으로 부동산을 분양받거나 사용·수익할 수 있도록 보장하는 역할을 수행할 뿐, 수탁자에게 그 부동산의 소유권을 실질적으로 귀속시키려는 것은 아니라는 점을 알 수 있다. (다) 따라서 변경된 대법원 판례에서도 수탁자는 신탁계약의 범위 내에서 제한적으로 계약을 승계하는 것일 뿐, 실제로 부동산신탁사업의 위험을 부담하며 자기 책임과 계산의 주체가 되는 것은 여전히 위탁자이며, 신탁계약에서의 부가가치세 납부 방식의 특성을 고려할 때, 수탁자가 매출세액을 납부하고 위탁자가 매입세액 공제를 받는 것은 정상적인 거래행위이다. (3) 신탁계약의 특성을 고려할 때 위탁자의 매입세액을 불공제한다면 결국 전단계세액공제법을 채택하는 부가가치세법의 근간이 훼손되는 결과가 초래되는바, 처분청은 청구법인의 매입세액을 불공제할 것이 아니라 수탁자에게 부가가치세를 과세하여야 한다. (가) 처분청의 과세예고 통지의 결과로 수탁자에게 매출세액을 부담시키는 것이 아니라 위탁자인 청구법인의 매입세액을 불공제한다면 매입세금계산서를 수취하지 아니한 수탁자와 위탁자 모두 매입세액 공제를 받을 수 없는 결과가 초래되는바, 결국 신탁재산 처분으로 인하여 창출된 부가가치뿐만 아니라, 신탁계약 이전에 창출된 부가가치에 대해서도 과세를 하게 되므로 이는 부가가치세법의 대원칙인 전단계세액공제법의 근간이 훼손된다. (나) 따라서, 처분청은 청구법인의 매입세액을 불공제하는 방식으로 과세하려는 행위는 타당하지 않으며, 대법원 판례에 따라 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 과세하면 해결될 사안이다. (4) 쟁점매입세액은 청구법인의 책임과 계산에 따라 목적사업인 건설업과 부동산매매업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액이며, 또한 부가가치세법에 열거된 매입세액 불공제 대상에도 해당되지 아니한다. (가) 부동산신탁계약에서 수탁자는 단순히 분양 및 관리·운용 업무를 대행하고 그에 따른 수수료를 수취할 뿐이며, 건설업 등이 수탁자 본인의 사업이라고 할 수 없다. 부가가치세법 제38조 에서는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 대해서 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액이라고 규정하고 있다. 여기서 “자기의 사업”이란 자기 계산에 의해 부가가치를 창출하는 사업으로 권리·의무의 귀속 주체를 의미하는 “자기명의”와는 구별되는 개념으로서 “자기의 계산”이라는 것은 자기가 손익귀속의 주체가 된다는 의미이다. (나) 위탁자는 부동산개발사업의 원활한 진행을 위해서 수탁자와 신탁계약을 체결하는 것이며, 수탁자는 신탁계약에 따라 신탁재산을 분양 및 관리·운용하는 업무를 수행하고 이에 대한 대가를 수수료로 받을 뿐이다. 즉, 수탁자는 부동산개발사업의 손익귀속 주체가 아니므로 건설업 등이 수탁자 본인의 사업이라고 할 수 없다. (다) 위탁자인 청구법인의 매출구조, 사업내용 등 제반 사정을 고려할 때 쟁점매입세액의 사업 관련성을 부인할 수 없으며, 이는 매출세액 환급에 관한 심판청구 전후로 달리 볼 것이 아니다. 대법원은 사업 관련성 유무에 관하여 지출목적, 사업내용 등에 비추어 사업수행이 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단해야 한다고 판시하고 있다(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결). 청구법인의 감사보고서 및 법인등기부등본에 따르면 청구법인은 건설업, 부동산매매 및 임대업을 주요사업으로 영위하고 있고, 청구법인의 2015년 매출액은 전부 분양수익에서 발생하고 있으며, 쟁점매입세액과 관련하여 청구법인이 제공받은 재화 등도 전부 청구법인의 재고자산(건설중인 자산)으로 계상되어 있음을 알 수 있다. 이는 건설업 등이 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 있음을 보여주는 것으로서 도급공사와 설계용역, 감리용역 등에 따른 매입세액 역시 당연히 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 있음을 알 수 있다. (라) 따라서, 비록 신탁계약에 의하여 신탁재산이 이전된 이후에 신탁재산을 공급하고 관련 매출세액을 납부하는 자는 수탁자이지만 부동산 신탁사업의 위험을 부담하며 자기 책임과 계산의 주체가 되는 것은 시행사인 위탁자이므로 매입세액을 공제받아야 할 당사자는 신탁재산과 관련하여 도급공사 등의 계약상 용역 등을 공급받는 자인 위탁자라 봄이 타당하다. (마) 쟁점매입세액은 부가가치세법에서 열거하고 있는 공제하지 아니하는 매입세액에도 해당하지 아니한다. 부가가치세법 제39조 에서는 공제하지 아니하는 매입세액을 ① 매입처별세금계산서합계표 미제출·부실기재분, ② 세금계산서 미수령·부실 기재분, ③ 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액, ④ 영업외 용도로 사용되는 개별소비세 과세대상 자동차의 구입·임차·유지에 관한 매입세액, ⑤ 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액, ⑥ 토지에 관련된 매입세액, ⑦ 면세사업 등 관련 매입세액, ⑧ 사업자등록 전 매입세액으로 열거하고 있으며, 대법원에서는 동 규정이 예시적 규정이 아닌 열거 규정인 것으로 판단하고 있다(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 판결). 따라서 쟁점매입세액이 부가가치세법 제39조 에 열거된 공제하지 아니하는 매입세액에 해당되지 않는 한 매출세액 환급에 관한 심판청구가 있었다는 사실만으로 쟁점매입세액을 불공제할 수는 없다. (5) 부가가치세법상 매출세액과 매입세액은 별개의 규정이며, 신탁을 포함한 부가가치세법을 고려할 때 매출세액을 납부하는 자 와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 일치하여야만 하는 것은 아니다. (가) 부가가치세법은 매출세액과 매입세액을 별도로 규정하고 있으므로 과세사업과의 관련성이 있는 것으로 충분하며, 매출세액과 매입세액의 대응을 조건으로 하고 있지 않다. 법인세법상 과세표준은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액에서 결손금, 비과세소득, 소득공제액을 차감하여 산정하는 반면, 부가가치세법은 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합산하여 과세표준을 산정한 뒤 세율을 곱하여 계산한 금액을 매출세액으로 하고, 납부세액은 매출세액에서 부가가치세법 제38조 에 따른 매입세액 등을 차감하여 계산하는 것으로 명시하고 있다. 또한, 부가가치세법 제38조 에 따라 사업에 관련된 재화ㆍ용역의 구입에 따른 부가가치세액은 매입세액 공제대상에 해당하며, 사업에 관련된 사용이라면 직접 사용 여부를 불문하고 있다. 즉, 수익ㆍ비용을 대응시켜 손익을 계산하는 회계와는 달리 매출세액에서 매입세액을 공제하는 경우에는 과세사업과의 관련성이 있는 것으로 충분하며, 매출세액과 매입세액의 대응을 조건으로 하고 있지 않다. (나) 위 내용과 같이 부가가치세법상 매출세액과 매입세액 규정은 별도로 규정하고 있으므로, 청구법인이 심판청구를 통해 매출세액을 환급받았다하더라도 그에 대응하여 무조건으로 쟁점매입세액을 불공제할 수는 없다. 따라서 신탁 관련 매출세액이 환급되면 그에 대응되는 신탁 관련 매입세액도 불공제하여야 한다는 처분청의 주장은 타당하지 않다. (다) 부가가치세법상 매출세액을 납부하는 자와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 일치하여야만 하는 것은 아니다. 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 에서는 사업의 포괄적 양도를 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 부가가치세법상 사업의 포괄적 양도는 재화의 공급으로 보지 아니하므로 해당 사업과 관련한 매입세액의 공제는 사업양도자가 받되, 사업 양도 이후 양도한 사업에서 발생한 매출세액은 사업양수자가 부담하게 된다. 즉, 부가가치세법상 매출세액을 부담하는 자와 매입세액을 부담하는 자가 반드시 일치하는 것은 아니다. 신탁계약의 경우도 사업의 포괄적 양도와 같이 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 것은 재화의 공급이 아니므로, 위탁자가 매입세액 공제를 받고 수탁자가 매출세액을 납부하는 구조가 되는 것이다. 따라서 수탁자가 매출세액을 납부하고, 위탁자가 매입세액을 공제받는 것이 비정상적인 거래 형태라는 처분청의 주장은 매출세액과 매입세액이 별개의 규정이라는 점과 부가가치세법상 매출세액을 부담하는 자와 매입세액을 공제받는 자가 일치하지 않을 수 있다는 점을 간과한 것이다. (6) 한편, 청구법인은 심리기일에 출석하여 이 건 부과처분이 5년의 부과제척기간을 경과한 부당한 처분이라고 주장한바 있다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점매입세액이 자신의 신탁사업을 위한 것이므로 당연히 공제되어야 하고, 이는 대법원 전원합의체 판결과는 무관하다고 주장하나, 이 건 심판청구와 연관된 조세심판결정(조심 2021서1193, 2021.9.7.)에서 “수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다”하여 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아닌 수탁자임을 명확히 하고 있다. (가) 처분청은 부가가치세법령 및 쟁점신탁계약을 근거로 사실판단을 함에 있어 쟁점신탁계약의 책임 주체가 되는 납세의무자는 위탁자임을 주장하였으나, 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체가 되는 납세의무자를 수탁자(신탁사)로 본 조세심판원의 결정으로 신탁재산 처분시 부가가치세 납세의무자가 수탁자로 변경된 이상 위탁자는 이 사업과 관련한 사업자가 아니므로 쟁점매입세액 또한 공제받을 수 없다. (나) 쟁점신탁계약서에서 수탁자가 신탁계약 이후 사업부지의 소유권뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 인허가, 공사도급, 설계 및 감리계약 등 신탁사업에 관련된 모든 계약 명의를 수탁자에게 이전한다는 조항이 확인되므로 수탁자가 명의상 개발사업의 주체가 되고, 이에 따라 도급공사, 설계용역, 감리용역 등의 매입세액은 수탁자가 사업의 주체인 계약당사자로서 재화 또는 용역을 공급받은 것으로 청구법인이 공제받은 매입세액은 사업과 관련 없는 매입세액에 해당된다. (2) 청 구법인은 신탁계약의 특성을 고려할 때 위탁자의 매입세액을 불공제하는 것은 부가가치세법 의 근간을 훼손하는 것이며, 처분청은 대법원 판례에 따라 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 과세하면 해결될 사안이라고 주장하나, 부가가치세법 제38조에 따라 사업자는 자기의 사업을 위해 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 것으로, 수탁자가 신탁재산을 관리·처분하면서 매입세액을 공제받는 것은 부가가치세법 의 근간을 훼손하는 것이 아니라 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체이자 계약의 당사자로서 당연히 공제받아야 하는 것이며, 오히려 사업과 무관한 위탁자인 청구법인이 부당하게 매입세액을 공제받는 것이 부가가치세법 의 근간을 훼손하는 것이다. (가) 청구법인의 주장과 같이 수탁자에게 부가가치세를 부과하려 하여도 청구법인이 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 규정하고 있는 경정청구 기한의 마지막 날이자 부과제척기간인 2021.1.25.에 경정청구를 접수하여 부과제척기간의 경과로 수탁자에게 2015년 제2기 부가가치세를 부과할 수 없는 상황이다. (나) 청구법인은 2020.7.27. 2015년 제1기분 부가가치세를 경정청구 하면서 이 건 과세기간(2015년 제2기)분도 함께 청구할 수 있었으나, 부과제척기간을 고려하여 각 과세기간의 부과제척기간 마지막 날에 경정청구하면서 수탁자에게 부가가치세가 고지되는 것을 원천적으로 차단하였다. (3) 청구법인은 쟁점매입세액은 청구법인의 목적사업인 건설업과 부동산매매업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액이고 부가가치세법 에 열거된 매입세액 불공제 대상에도 해당되지 않는다고 주장하나, 청구법인은 신탁계약에 따라 사업주체의 지위를 수탁자에게 모두 이전하였다고 주장하였고, 이를 수용한 조세심판원의 결정에 따라 신탁재산에 대한 모든 권리와 의무의 귀속주체는 수탁자로 변경되었다. 따라서 신탁재산 처분(분양)과 관련하여 재화를 공급하는 경우의 귀속주체는 수탁자라고 하면서 신탁재산 처분(분양)과 관련하여 재화·용역을 공급받는 경우의 귀속주체는 위탁자라는 청구법인의 주장은 일관성이 없는 모순된 주장인바, 부가가치세법 상 공제하는 매입세액은 부가가치세법 제38조에 따라 매출세액에서 공제하는 매입세액임을 전제로 하고 있고, 청구법인이 쟁점신탁계약의 사업의 주체가 아닌 이상 쟁점매입세액은 당연히 불공제대상 매입세액에 해당한다. (4) 청구법인은 부가가치세법 상 매출세액과 매입세액은 별개의 규정이고, 매출세액의 납세의무자가 누구인지와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 연동되어야 하는 것은 아니라고 주장하나, 위에서 기술한 바와 같이 매출세액에서 공제하는 매입세액은 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 말하므로, 청구법인이 수탁자(신탁사)가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로 계약의 당사자가 되어 신탁업무를 처리하였음을 이유로 부가가치세 납세의무자가 수탁자임을 주장하고 있는 이상 위탁자인 청구법인이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과 별도로 매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 볼 수는 없다. (5) 이 건과 동일한 쟁점(매입세액 불공제 고지 처분)에 대해 청구법인이 제기한 2015년 제1기에 대한 과세전적부심사결정 및 조세심판결정은 청구법인의 청구를 기각(불채택) 결정한바 있다. (가) 과세전적부심사(국세청-2021-0168, 2022.2.16.) 결정에서 “ 부가가치세법 상 공제하는 매입세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액임을 전제로 하여, 위탁자인 청구법인은 조세심판결정에 따라 이 건 신탁사업과 관련한 부가가치세법 상 사업자가 아니므로 신탁사업과 관련하여 매입세액으로 공제받은 쟁점매입세액은 비사업자가 수취한 매입세액 또는 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 봄이 타당하다”는 이유로 청구법인의 주장을 불채택 결정하였다. (나) 조세심판원 결정(조심2022서6443, 2022.10.12.)은 “2015년 제1기 귀속분의 경우 부과제척기간(2020.7.27.까지)의 도과로 신탁회사들에게 대하여 매출세액 관련 과세 또한 추가로 이루어지지도 않아 크게 형평에 반하는 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다”고 판단하여 동 심판청구를 기각하였다. (다) 처분청이 청구법인에게 한 2016년 제2기 경정청구 거부처분에 대하여 청구법인이 제기한 조세심판원 결정(2022서7296, 2022.11.17.)에서도 “부가가치세 납세의무자를 신탁회사들(수탁자)로 판단한 이상, 청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 쟁점매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기는 어려워 매출세액과 매입세액을 모두 감한다”고 결정한바 있다. (라) 따라서, 위 내용을 종합하면 매출세액과 별도로 매입세액만을 인정할 수는 없으므로 매출세액이 감액되었다면 해당 매출세액과 관련된 매입세액 역시 감액되어야 할 것인바, 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 이 건 부과처분이 부과제척기간을 경과하였는지 여부

② 쟁점신탁계약의 납세의무자가 청구법인이 아닌 것으로 보아 당초 부가가치세 신고시 공제받은 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014～2015년경 당시 OOO개발 및 신축사업을 위해 OOO등 신탁회사 5곳을 수탁자로, 청구법인을 위탁자로 하는 관리형 토지신탁 계약을 체결하여 분양사업 등을 진행하였다. (나) 청구법인은 위 신탁계약에 따라 분양(판매)한 신탁부동산의 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 하여 2015년 제2기 부가가치세를 아래 <표1>과 같이 신고·납부하였으나, 대법원 전원합의체 판결(2017.5.18.선고 2012두22485 판결)에 따라 신탁재산 처분시 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자로 봄에 따라 처분청에 위 부가가치세(매출세액) OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하여, 심판청구를 거쳐 2021.12.8. 처분청으로부터 동 부가가치세를 환급 받았다. <표1> 청구법인 2015년 제2기 부가가치세 매출 신고내용 (단위: 원) (다) 처분청은 부가가치세를 환급결정한 후, 청구법인의 경정청구에 따라 신탁재산 관련 매출의 주체(납세의무자)가 변경되어 매입의 주체도 동일하게 변경되므로 청구법인이 관련 매입세액을 공제받을 수 없다는 이유로 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고내용 중 아래 <표2>과 같이 매입세액을 불공제하여 2022.11.28. 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표2> 2015년 제2기 매입세액 불공제 경정 내용 (단위: 원) (2) 한편, 대법원 판결 이후 신탁재산 관련 부가가치세법령은 몇 차례 개정되었는데, 판결 직후 개정시에는 위탁자가 부가가치세의 납세의무자임을 명확하게 하는 것으로 개정되었으나, 최근에는 그 입장을 변경(2022.1.1.부터 적용)하여 원칙적으로 수탁자를 납세의무자로 하되, 예외적으로 신탁재산 관련 재화ㆍ용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우나 위탁자가 실질적으로 신탁재산을 통제ㆍ지배하는 경우는 위탁자를 납세의무자로 하는 것으로 규정하면서, 특례로 일정한 경우에는 수탁자(위탁자)도 위탁자(수탁자)를 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있도록 개정된 사실이 확인된다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분이 국세기본법 제26조의2 제6항 에 따른 특례부과제척기간이 적용될 수 없으므로 5년의 부과제척기간이 경과하여 위법한 처분이라고 주장하나, 우리 원은 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세에 대하여 쟁점신탁계약에 따라 납세의무자가 아닌 것으로 하여 종전 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하는 경정을 하였고, 처분청은 그에 따라 관련 매출세액을 환급한 후 청구법인이 납세의무자라는 전제하에서 환급받은 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부과처분을 하였는바, 종전의 과세(경정청구거부) 처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 결정이 확정된 후 1년 내에 과세관청이 그 잘못을 바로 잡아 다시 과세처분을 한 경우에는 국세기본법 제26조의2 제1항 이 정한 제척기간의 적용이 없고, 과세관청은 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있을 뿐 납세자에게 불리한 재처분을 할 수 없다는 국세행정관행이 존재한다고 볼 수 없다(대법원 2002.7.23. 선고 2000두6237 판결, 같은 뜻임) 할 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액이 자신의 신탁 관련 사업을 위한 것이므로 당연히 공제되어야 하고, 매출세액의 납세의무자와 매입세액 공제대상자가 반드시 연동되어야 하는 것도 아니라고 주장하나, 부가가치세법령에 의하면, 매출세액에서 공제하는 매입세액은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 말하는 것인데, 우리 원은 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세에 대한 매출세액의 납세의무자에 대하여 쟁점신탁계약상 신탁회사(수탁자)가 신탁재산에 대한 권리·의무의 귀속주체로서 계약의 당사자가 되어 신탁업무를 처리하였음을 전제로 부가가치세의 납세의무자를 신탁회사(수탁자)로 판단한 이상, 청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 관련 매출세액과는 별개로 쟁점매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기 어려운 점, 최근 개정된 부가가치세법령의 내용을 보면, 관리형 토지신탁의 경우에는 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 하되, 특례로 수탁자가 위탁자 명의로 발급받은 매입세금계산서를 이용하여 매입세액공제를 받을 수 있도록 하였는바, 이는 수탁자가 납세의무자인 경우에는 위탁자 명의로 발급받은 경우에도 위탁자가 아닌 수탁자가 그 매입세액을 공제받도록 규정한 점, 이 건(2015년 제2기 부가가치세)의 경우에는 부과제척기간(2021.1.25.)의 경과로 신탁회사에 대하여 매출세액 관련 과세가 이루어지지 않아 과세형평에 크게 반한 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2 [국세의 부과제척기간] ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항 제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자

2. 과세의 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 사실이 확인된 경우: 재산의 사실상 귀속자

3. 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에 따른 국내원천소득의 실질귀속자(이하 이 항에서 “국내원천소득의 실질귀속자”라 한다)가 확인된 경우: 국내원천소득의 실질귀속자 또는 소득세법 제156조 및 법인세법 제98조 에 따른 원천징수의무자

(2) 부가가치세법(2014.12.23. 법률 제12851호로 일부개정된 것) 제38조 [공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (3) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(4) 부가가치세법(2020.12.22. 법률 제17653호로 일부개정된 것) 제3조 [납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 “신탁재산”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 신탁법 제2조 에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 “수탁자”라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신탁법 제2조 에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 “위탁자”라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우

2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 제10조 [재화 공급의 특례] ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하 는 것

• 가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
• 나. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
• 다. 수탁자가 변경되어 새로운 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부 칙 제1조 [시행일] 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제36조 제1항ㆍ제4항, 제36조의2, 제46조 제1항ㆍ제3항, 제63조 제1항ㆍ제3항ㆍ제5항, 제65조, 제66조 제1항ㆍ제3항부터 제6항까지, 제67조 제2항ㆍ제3항, 제68조 제2항 및 제68조의2 제1항ㆍ제2항 제1호ㆍ제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제3조, 제3조의2, 제8조 제6항부터 제12항까지, 제10조 제8항, 제50조, 제52조의2 및 제58조의2의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. (5) 부가가치세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

11. 법 제3조 제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

12. 법 제3조 제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우 부 칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

2. 제5조의2, 제5조의3, 제8조 제7항, 제12조 제1항, 제13조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제2항, 제16조, 제21조의2 및 제75조 제11호ㆍ제12호의 개정규정: 2022년 1월 1일 제2조 [일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(6) 신탁법(2014.1.7. 법률 제12193호로 일부개정된 것) 제2조 [신탁의 정의] 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.