피상속인의 사망으로 인한 상속이 조특법 제38조의2의 양도소득세 과세이연 종료사유에 해당하는지 여부

[주 문] OOO서장이 청구인들의 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 2022.11.30. 경정청구에 대한 부작위 처분은 AAA의 2015.5.18. ㈜AAA에 대한 BBB㈜ 발행주식 OOO주의 현물출자와 관련하여 조세특례제한법제38조의2 제1항에 따라 받은 양도소득세의 과세이연이 계속되는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. AAA(2022.2.3. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다)은 1953.11.28. 설립되어 유가증권 시장에 상장된 법인인 BBB㈜(이하 “BBB”이라 한다)의 창업주이자 지배주주였고, 청구인들은 피상속인의 배우자와 자녀들로 상속인들이다.
• 나. 피상속인이 지배하던 비상장법인인 ㈜CCC(이하 “CCC”라 한다)를 지주회사 체제로 전환하고자 피상속인은 2015.5.18. BBB 주식 OOO주를 CCC에 현물출자한 후 CCC의 신주 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 피상속인은 현물출자한 BBB 주식의 양도소득금액 OOO원에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 규정으로, 이하 “쟁점규정”이라 한다) 제1항 및 같은 법 시행령 제35조의4 제6항에 따라 양도소득세를 과세이연받았다.
• 다. 청구인들은 2022.2.3. 피상속인의 사망으로 상속이 개시되자 쟁점주식의 상속이 과세이연 종료사유에 해당하는 것으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다가, 이후 쟁점규정상 과세이연 종료 사유인 ‘주식의 처분’에는 ‘상속’이 포함되지 아니한다는 취지로 2022.11.30. 처분청에 기신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구 처리기한이 경과할 때까지 아무런 처분을 하지 않았다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2023.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 쟁점규정은 지주회사의 설립 촉진을 통한 기업지배구조의 투명성 확보 및 기업구조조정 활성화 등을 유도하기 위하여, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”이라 한다)에 따른 지주회사 설립 및 전환 등에 대한 과세특례제도로 마련된 것이다. 이에 주주가 주식을 현물출자하여 지주회사를 설립하거나 당초 지주회사가 아니었던 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(쟁점규정 제1항), 그리고 지주회사로 전환된 내국법인에 대하여 공정거래법상 자회사 보유 비율 요건에 미달하는 자회사(이른바 ‘지분비율미달자회사’) 주식을 현물출자하는 경우(쟁점규정 제2항) 등에 있어 일정한 요건을 갖춘 경우 해당 주주에 대하여 현물출자로 발생하는 양도소득세를 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세이연하도록 규정하고 있다. 이 건에서 피상속인은 CCC에 BBB의 주식을 현물출자하고 쟁점규정 제1항에 따라 양도소득세를 과세이연 받았는바, 피상속인의 사망(=상속)에 따라 상속인인 청구인들에게 주식의 소유권이 이전된 경우, 쟁점규정 제1항에서 과세이연의 종료사유로 규정한 ‘주식의 처분’에 해당한다고 보아 양도소득세를 납부할 의무가 발생하는지 여부가 쟁점이다. (2) 쟁점규정 제1항의 과세이연 종료사유인 주식의 ‘처분’을 문언 그대로 해석하더라도, 이는 사람의 ‘의사’에 따른 ‘법률행위’로서의 처분행위를 의미하는 것으로 보아야 한다. 따라서 사망과 같이 사람의 의사가 개입될 여지없이 법률규정에 따른 법률효과로서 포괄적 승계가 발생하는 것은 ‘처분’에 포함되는 것으로 볼 수 없다. (3) 아래 ＜표1＞과 같은 쟁점규정의 개정 경위를 보더라도 ‘상속’은 쟁점규정에 따른 ‘처분’에 해당한다고 볼 수 없다. <표1> 개정전규정(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)과 쟁점규정(개정후)의 과세이연 종료사유 비교 ㅇㅇㅇ (가) 개정전규정 제1항과 제2항은 아래 <그림>과 같이 ‘주식의 처분’을 과세이연 종료사유로 규정하고, 제3항 제2호는 (제1항 및 제2항과는 별개로) ‘지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우’에도 과세이연이 종료되는 것으로 규정하고, 과세이연 종료사유별로 납부할 세액도 달리 규정하고 있었다. <그림> 과세이연 종료사유 관련 개정내용 요약 ㅇㅇㅇ 즉, 개정전규정은 “주식을 처분”과 “상속 및 증여”를 별개의 법률요건으로 규정하면서 그 법률효과까지 각각 별개로 규정하고 있었으므로 “주식의 처분”에 “상속 및 증여”가 포함된다고 볼 수 없는바, “상속 및 증여”가 삭제된 개정후규정(쟁점규정)을 해석하는 경우에도 제2항 “주식의 처분”에는 개정전규정의 제3항 제2호가 정하고 있었던 “상속 및 증여”를 포함하고 있다고 해석할 수 없다. (나) 그런데 개정후규정(쟁점규정과 동일)은 위 <표1>, <그림>과 같이 제1항의 과세이연 종료사유(주식의 처분)는 그대로 둔 채, 제3항은 과세이연 종료시 세금을 부담해야 하는 주체를 “주주”에서 “지주회사”로 변경하면서, 개정전규정 제3항 제2호(“증여 및 상속”)를 삭제하였으므로 증여 및 상속은 더 이상 과세이연 종료사유에 해당하지 않게 되었다. 따라서 피상속인의 사망에 따라 쟁점주식이 청구인들에게 이전된 경우에는 과세이연 종료사유가 발생하였다고 볼 수 없다. (4) 설령, 제1항 “주식의 처분”에 해당하더라도, 적어도 ‘상속’의 경우에는 쟁점규정 제5항이 정한 부득이한 사유에 해당하여, 주주가 “주식을 여전히 보유하고 있는 것”으로 보아야 하므로 과세이연이 유지되어야 한다. 처분청은 쟁점규정 제5항이 정한 부득이한 사유는 과세이연 개시요건인 쟁점규정 제1항 각 호에만 적용되는 것으로 규정하고 있으므로, “주식의 처분”을 규정하고 있는 본문에는 적용된다고 볼 수 없다는 의견이나, 기획재정부의 간추린 개정세법 해설은 “ 법인세법 시행령제80조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(파산, 사망, 적격 기업구조개편 등)는 과세이연을 계속함”이라고 기재하여 부득이한 사유가 과세이연 종료요건에도 적용된다는 입장이다. 즉, 기획재정부의 취지는 설령 상속으로 인한 권리이전을 ‘처분’으로 본다고 하더라도, 이는 ‘부득이한 사유’로 인한 것이므로 과세이연이 종료되지 않고 계속된다는 것으로 이해된다. (5) 조세심판원과 OOO행정법원은 이 건과 동일한 쟁점의 사건에서 쟁점규정 등을 합목적적으로 해석하여, 상속이 처분에 해당하지 않거나, 상속이 처분에 해당하더라도 부득이한 사유에 해당하여 과세이연이 계속된다고 판단하였으므로, 이 건도 위 선례들과 동일하게 판단되어야 한다. (가) OOO행정법원은 이 건과 동일한 쟁점의 사건(2019.12.13. 선고 2019구합57817 판결)에서 ‘상속’은 쟁점규정 제1항이 규정하는 ‘처분’에 해당하지 않는다고 판결하였고, 당시 피고였던 OOO서장은 항소심(2020누31837, 2020.9.2. 소취하) 진행 과정에서 재판부의 조정권고안에 동의하여 관련 세금을 환급하였다. (나) 특히 위 판결 이유를 살펴보면, 쟁점규정 제5항, 조특법 시행령 제35조의3 제12항 제1호, 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 각 목을 근거로 들고 있는데, 쟁점규정 제5항은 “제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 (중략) 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다”고 규정하고 있고, 이에 위임을 받은 조특법 시행령 제35조의3 제12항 제1호 및 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 나목은 “부득이한 사유”를 “해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우”라고 규정하고 있으므로, 위 규정 내용을 종합하여 보면 양도소득세 과세이연을 받은 주주의 사망으로 인하여 주식이 상속되는 경우에는 쟁점규정 제5항이 정한 부득이한 사유에 해당한다 할 것이므로, 주주가 “주식을 여전히 보유하고 있는 것”으로 보아야 하는바(간주 규정), 과세이연 종료사유인 주식의 처분이 있었다고 볼 수 없다고 보았다. (다) 조세심판원도 이 건과 동일한 쟁점의 사건(조심 2021서2878, 2022.11.21. 합동회의 결정)에서 ① 쟁점규정 제5항은 부득이한 사유(사망 포함)가 있는 경우에는 쟁점규정에 따라 개시된 과세이연을 계속하기 위한 것으로 보이는 점, ② 개정 규정의 조화로운 해석을 위하여 쟁점규정 제5항을 제2항 본문에도 적용하는 것이 타당하다고 판단한 점, ③ 상속을 처분으로 볼 경우 개정 후에는 양도소득세를 과세할 근거가 없다는 점을 고려하여, 피상속인이 사망하였다고 하더라도 쟁점규정 제2항에 따른 과세이연은 계속되는 것으로 봄이 타당하다고 결정하였다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점규정 제3항 제4호 과세이연 중단사유의 ‘처분’에는 상속이 포함되는 개념이므로 상속시 과세이연된 양도차익에 대하여 양도소득세를 신고·납부하여야 한다. 개정전규정 제3항 제2호에서 소유권 이전의 사유를 증여, 상속으로 정하는 구체적 열거조항을 삭제하며 개정후규정(쟁점규정) 제3항 제4호를 ‘처분’으로 하여 포괄적으로 규정한 것인바 ‘상속’은 과세이연 중단사유에서 제외된 것이 아닌 중복된 법조항을 정리한 것일 뿐이므로 상속을 처분으로 보아 양도소득세가 과세되어야 함이 명백하다. (가) 2000.12.29. 법률 제6297호로 신설된 쟁점규정은 기업의 구조조정을 촉진하고 지배구조의 투명성을 제고하기 위한 목적을 가지며, 이 때 과세이연의 중단사유를 정하고 있는 제3항도 함께 규정되었다. 1) 제3항 각 호는, 신설된 지주회사, 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우(제1호), 양도소득세의 과세를 이연 받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우(제2호), 지주회사 전환한 날 다음날부터 2년이 되는 날까지 본문에서 정하는 일정비율 미만으로 주식을 소유하는 경우(제3호), 자기주식을 교환하여 최대주주가 공정거래법에 의한 자회사의 임원으로 취임하게 되는 경우(제4호)를 과세이연 중단사유로 규정하고 있었다. 2) 이후 위 조항은 제1호의 예외사유를 추가한 것 외 큰 변화 없이 유지되다가, 2010.12.17. 법률 제10406호로 개정되었는데 종전 제1호 및 제3호는 내용이 유지된 채 제3호가 제2호로 위치가 변경되었고, 제2호 및 제4호가 폐지되었으며, 자회사가 사업을 폐지하는 경우(제3호) 및 지주회사 또는 현물출자 등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자 등으로 취득한 주식을 처분하는 경우(제4호)로 신설되었다. 3) 청구인은 위 법률 개정으로 쟁점규정 제3항 제2호가 삭제되어 더 이상 상속은 과세이연이 중단되는 사유가 아닌 것으로 해석하였으나, 해당 세법 개정안에 대하여 기획재정부가 발표한 개정세법 요강의 개정 취지를 보면 쟁점규정 제3항 제4호의 ‘처분’에 증여 및 상속이 포함되어 있는 개념이기 때문에 증여, 상속을 삭제한 것이라 명시하고 있다. (나) 지주회사 등의 주식이 증여 또는 상속되는 경우에는 기업구조조정 촉진이라는 목적이 상실되었을 뿐만 아니라 현물출자된 주식에 대한 간접적 소유·지배가 더이상 존재하지 않으므로, 쟁점규정 제3항은 원칙으로 돌아가 기존에 과세이연된 양도차익을 과세하는 내용의 대법원 판례(2015.8.13. 선고 2015두40569 판결)도 있다. 따라서 조특법의 입법연혁 및 이후 대법원 판례, 행정해석 등에 따르면, 과세이연 받은 주식을 상속하는 경우 상속한 주식에 상당하는 과세이연된 양도차익에 대한 양도소득세를 신고·납부하여야 함에는 변함이 없다. (2) 대통령령 제22583호로 개정되기 전 조특법 시행령 제35조의4 제2항은 과세이연 중단 시 양도차익을 계산할 단독의 근거 조항이 아니므로 해당 조항이 삭제되었다고 하더라도 상속시 양도소득세 신고·납부에 영향을 미치지 아니한다. (가) 조특법 제2조 제1항 제7호는 “과세이연”과 “과세이연금액”에 대해서 정의하고 있고, 과세이연 받은 자산을 양도할 때 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것이라 규정하며, 법률 제10406호로 개정된 후 쟁점규정 제6항은 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자 등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하고 있다. 조특법 시행령 제35조의4 제1항은 과세이연된 주식의 양도에 대하여는 지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다고 명시하고 있다. (나) 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정 된 조특법 시행령 제35조의4는 당시 제2항 및 제3항을 삭제하였는데, 구 조특법 시행령 제35조의4 제2항은 ‘그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 과세이연금액과 그에 따른 양도소득세는 현물출자 당시의 과세기간에 귀속하고 과세이연금액 산출을 위한 법령도 현물출자 당시의 것을 적용하여야 하며 누진세율의 문제도 있으므로, 이 규정은 과세이연 중단사유가 발생한 과세기간의 양도소득을 합산하여 하나의 양도소득세를 신고하라는 것이 아니라 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한 내에 현물출자 당시의 양도소득세와 과세이연 중단사유가 발생한 당시 양도소득세를 각각 별도의 신고서에 의하여 함께 신고할 것을 요구하는 규정(OOO행정법원 2017.9.8. 선고 2016구합75531 판결)이다. 따라서 조특법 시행령 제35조의4 제2항이 삭제되었다 하여 양도차익을 계산할 수 있는 근거 조문이 없으므로 상속시 과세이연된 양도소득세를 계산할 수 없다는 청구주장은 이유가 없다. (3) 법원은 유사한 사안에서 ‘사망으로 인한 상속’은 처분에 해당하지 않는 것으로 보았으나 이 판결은 1심 판결이다. OOO행정법원의 판결(2019.12.13. 선고 2019구합57817 판결)은 1심 판결로, 국세청은 기존 세법해석사례인 기획재정부 예규(기획재정부 금융세제과-242, 2016.11.15.)와 같이 주주가 전환지주회사에 현물출자를 함으로써 발생한 양도차익을 과세이연 받은 후, 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 ‘처분’하는 경우 과세이연된 양도소득세를 추징하고 있는바 ‘처분’에는 양도뿐 아니라 ‘상속’도 포함하는 것으로 해석하고 있다. ＜기획재정부 예규＞ ㅇㅇㅇ (4) 쟁점규정 제3항 제4호의 ‘처분’에 상속을 포함되고, 과세이연이 종료되는 것이므로 상속인이 현재까지 쟁점주식을 보유한 사실은 과세이연에 영향을 미치지 않는다. 쟁점규정 제3항 제4호의 처분의 사유에 구체적으로 상속을 열거하지 않았으나 법의 취지나 목적, 그리고 전후 문맥의 내용, 입법연혁 등 문리적·논리적 해석을 통해 그 의미를 충분히 구체화할 수 있는 내용이다. (가) 주식을 현물출자하여 얻는 양도차익은 양도소득세의 과세대상이 되는 것이 원칙이나, 일정한 요건을 갖춘 현물출자에 대한 과세특례를 마련하고 있는데, 쟁점규정은 거주자가 지주회사에 주식을 현물출자한 경우 현물출자로 인하여 취득한 지주회사 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대해서 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있는 규정으로, 현물출자는 양도소득세 과세 대상이라는 원칙에도 불구하고 양도시 과세하지 아니하고 과세를 이연하는 조세 감면 혜택의 규정이며, 쟁점규정 제3항은 혜택을 제한하는 사항을 규정하였는데 제3항 각 호에 해당하는 경우는 과세이연을 중단하여 과세이연된 양도소득을 납부하게 하는 규정이다. (나) 청구인은 당초 현물출자로 양도한 주식에 대하여 양도소득세를 신고·납부하여야 하는 것이 원칙이나, 취득한 지주회사의 주식을 처분할 때 양도소득세를 납부하게 되는 과세이연 제도라는 조세 감면의 특혜규정을 적용받았음에도, 과세이연 중단 사유를 적용할 때는 양도소득세를 납부하지 않는 방향으로 유리하게 해석하여 합리적 이유 없이 확장해석 및 유추해석 한 것이라 할 수 있다.

피상속인의 사망으로 인한 상속이 조특법 제38조의2의 양도소득세 과세이연 종료사유에 해당하는지 여부

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “과세이연(課稅移延)”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】① 내국법인의 내국인 주주가 2015년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2015년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.

1. 전환지주회사의 주식소유비율이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

• 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인
• 나. 전환지주회사의 분할로 신설·합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】⑫ 법 제38조의2 제5항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제38조의2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제3항에 따른 주주등이 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. (3) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조의2【적격합병의 요건 등】① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

(4) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2【주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】① 내국법인의 주주(현물출자의 경우에는 내국인 주주에 한정한다)가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자, 상법제360조의2의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(주식의 포괄적 교환에 의하여 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호 에 따른 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 기존의 금융지주회사의 자회사로 편입시키는 경우를 포함한다) 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 전환지주회사의 주식소유비율이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

• 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인
• 나. 전환지주회사의 분할로 신설·합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우

3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우

④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 법인세법제91조 제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 그 주식의 현물출자, 이전 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 “현물출자등”이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(법인세법 제52조 제2항 의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 “주식양도차익”이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다. {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

③ 법인이 제1항의 규정에 의하여 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2 제3항 제1호 또는 제3호에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 당해 법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액중 제2항의 규정에 의하여 익금에 산입하고 남은 잔액을 전액 익금에 산입한다.

⑤ 법 제38조의2 제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 법 제38조의2 제3항 제3호에 해당되는 사유로 제3항의 규정에 의하여 익금에 산입하는 압축기장충당금 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 제1호의 규정에 의한 압축기장충당금 잔액을 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 그 잔액을 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

② 거주자등은 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2 제3항 제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의3 제6항을 준용한다.

③ 거주자등이 법 제38조의2 제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액

2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

④ 법 제38조의2 제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.

⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다. 이 경우 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 현물출자의 경우: 주주인 거주자등의 취득가액

2. 주식의 포괄적 교환 또는 이전의 경우: 제35조의2 제10항에 따른 금액

(6) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제97조의6【임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례 등】② (본문 생략)

1. 현물출자의 대가로 받은 주식의 일부 또는 전부를 처분하는 경우(제4호에 따라 거주자가 증여하거나 거주자의 사망으로 상속이 이루어지는 경우는 제외한다)

4. 제1항을 적용받은 거주자가 현물출자의 대가로 받은 주식의 일부 또는 전부를 증여하거나 거주자의 사망으로 해당 주식에 대한 상속이 이루어지는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) BBB은 1953.11.28. 설립되어 1970.11.25. 한국거래소 유가증권시장에 상장되어 있는 법인이고 CCC는 1970.4.1. 설립된 비상장법인으로, 2015년경 CCC는 지배구조 개선 및 경영 효율성 증대를 위해 지주회사 체제로 전환하기 위해 당시 BBB의 지배주주였던 피상속인이 보유한 BBB 주식 OOO주를 현물출자받고 2015.5.18. 그 대가로 CCC의 신주 OOO주를 발행하였다. (나) 피상속인은 위 현물출자에 대한 양도소득세 신고를 하면서, 조특법 제38조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제35조의4 제6항에 따른 현물출자 등 양도소득세 과세특례를 신청하였다(아래 ＜표2＞ 참조). ＜표2＞ 양도소득세 과세이연 신청서 상세내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구인들은 2022.2.3. 피상속인의 사망으로 상속이 개시되자, 쟁점주식의 상속이 조특법상 과세이연 종료사유인 ‘주식의 처분’에 해당하는 것으로 보아, 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다(아래 ＜표3＞ 참조). ＜표3＞ 과세이연분 상속에 따른 양도소득세 신고·납부 내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구인들은 쟁점규정상 과세이연 종료 사유인 주식의 처분에는 상속이 포함되지 아니한다고 보아 2022.11.30. 처분청에 기신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구 처리기한이 경과할 때까지 아무런 처분을 하지 않았다. (마) 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 쟁점규정에 대한 기획재정부 개정세법 해설의 내용은 아래와 같다. ＜기획재정부의 개정세법 해설(2010)＞ ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인들은 쟁점규정 제1항 본문이 과세이연 종료사유로 규정하고 있는 ‘처분’에는 ‘상속’이 포함되지 아니하므로 이 사건에서 피상속인의 사망에도 불구하고 과세이연이 계속되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, ① 쟁점규정 제5항 등의 위임을 받은 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 나목은 “해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우”라고 규정하는 등 쟁점규정은 원칙적으로 주주의 사망에 의한 주식의 소유권 이전도 처분에 포함된다는 전제 하에 규정된 것으로 보이는 점, ② 기획재정부 개정세법 해설(2010)에 의하면 사후관리 내용에서 지주회사 주식 등이 증여·상속된 경우를 삭제하면서 증여·상속은 처분에 포함된다고 명시하고 있고, 기획재정부 예규(기획재정부 금융세제과-242, 2016.11.15.)에 따르더라도 처분에는 양도뿐만 아니라 상속이 포함된다고 명시하고 있는 점, ③ 피상속인의 현물출자(2015.5.18.) 이후에 개정된 규정이기는 하나 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 조특법 제97조의6 제2항 제1호에서 ‘처분(거주자가 증여하거나 거주자의 사망으로 상속이 이루어지는 경우는 제외한다)’고 규정하는 등 조특법의 다른 조항에서는 원칙적으로 처분에 증여나 상속을 포함하는 것을 전제하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 쟁점규정 제1항이 과세이연 종료사유로 정하고 있는 ‘처분’에는 ‘상속’도 포함된다고 할 것인바, 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 처분청은 쟁점규정 제5항 등이 규정하고 있는 부득이한 사유인 ‘사망’은 문언상 쟁점규정 제1항 각 호를 적용하는 경우에만 적용되고, 제1항 본문이 규정하고 있는 ‘처분’에는 적용되지 아니하므로 피상속인이 사망한 경우에는 주식의 처분에 해당한다고 보아야 하고, 주식을 계속 보유하고 있는 것으로는 볼 수 없으므로 과세이연이 종료된다는 의견이나, ① 기획재정부 개정세법 해설(2010)에 의하면 입법자가 쟁점규정 제5항을 신설한 것은 파산, 사망, 적격 기업구조개편 등의 경우 등 부득이한 사유가 있는 경우에는 쟁점규정에 따라 개시된 과세이연을 계속하기 위한 것으로 보이는 점, ② 만일 처분청 의견과 같이 사망이 쟁점규정 제1항에 따른 과세이연 종료사유인 주식의 처분에 포함된다면, 예컨대 쟁점규정 제1항 제1호 기간 중에 지배주주가 사망한 경우, 쟁점규정 제5항 등에 따라 여전히 지배주주가 주식을 보유하고 있는 것으로 간주되므로 쟁점규정 제1항 제1호의 과세이연 개시요건은 충족하게 되나, 이는 동시에 쟁점규정 제1항 본문에 따른 과세이연 종료사유에도 해당하게 되는바, 결국 지배주주는 쟁점규정 제5항에도 불구하고 과세이연을 받지 못하게 되는 불합리한 결론에 이르게 되는 점, ③ 쟁점규정은 개정전규정 제38조의2 제3항과 달리 상속에 의하여 과세이연이 종료되는 경우 양도소득세 신고·납부에 관한 규정을 두고 있지 아니하므로, 쟁점주식 상속으로 인하여 과세이연이 종료되었다고 하더라도 현실적으로 처분청이 양도소득세를 과세할 수 있는 근거가 미비한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 사건에서 피상속인이 사망하였다고 하더라도 쟁점규정 제1항에 따른 과세이연은 계속되는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라며 청구인들이 2022.11.30. 제기한 경정청구에 대한 부작위 처분은 부당하므로 피상속인의 사망에도 불구하고 쟁점규정 제1항에 따른 과세이연이 계속되는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.