조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 특수관계법인으로부터 쟁점계약금 상당의 채무면제이익을 받았다고 보아 이를 익금에 산입하여 결손금을 감액한 처분의 당부

사건번호 조심 2023서6804 선고일 2024-02-06 조세심판원

[요지] 청구법인이 AAA로부터 이 사건 부동산 매매계약상 양수인의 지위를 승계하였고, 이 사건 양도인들에게 종전 계약상 매매대금 중 쟁점계약금을 제외한 금액을 지급함으로써 이 사건 부동산을 취득하였다고 볼 수 있다 할 것임(청구법인이 AAA에 쟁점계약금 상당액을 지급할 의무를 부담하는 것으로 볼 수 있음)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. AAA 주식회사(이하 “AAA-주”이라 한다)는 2000.8.29. 설립되어 부동산개발업 등을 영위하는 법인으로, 서울특별시 중구 OOO 일대에서 OOO 중 OOO에 대한 도시환경정비사업에 따른 재개발사업(이하 “이 사건 정비사업”이라 한다)을 추진하면서 2009.7.14. 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)으로부터 서울특별시 중구 OOO 대지 361.7㎡를 OOO원에, 2009.9.25. aaa으로부터 서울특별시 중구 OOO 일대 토지 508.80㎡(지상건물 포함)를 OOO원에 각각 매수(주-BBB과 aaa을 합하여 이하 “이 사건 양도인들”이라 하고, 이 사건 양도인들로부터 매수하기로 한 토지 및 지상건물을 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)하기로 하는 계약(이하 “종전 계약”이라 한다)을 체결하고, 계약금 각 OOO원, OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점계약금”이라 한다)을 지급하였다.
  • 나. 청구법인은 2014.12.24. 서울특별시 중구에 위치한 OOO의 부동산 개발을 목적으로 설립된 법인으로, 2015년 3월경 특수관계법인인 AAA-주으로부터 이 사건 정비사업에 관한 권한과 의무 등 일체의 지위를 승계받은 후 서울특별시 중구청장으로부터 도시 및 주거환경정비법제28조 제1항에 따른 사업시행인가(또는 변경인가)를 받아 OOO구역에 관한 사업시행자의 지위에 있다.
  • 다. 청구법인은 2018년 이 사건 양도인들 소유의 토지를 수용하면서 AAA-주이 이 사건 양도인들과 체결한 이 사건 부동산 매매계약을 사실상 승계하여 이 사건 양도인들에게 이 사건 부동산 매매계약에 따른 매매대금에서 쟁점계약금을 차감한 잔액만을 지급하였음에도 AAA-주에 쟁점계약금을 지급하지 아니하였고 AAA-주 또한 쟁점계약금을 청구법인에 청구하지 아니하였다.
  • 라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.7.7.부터 2022.9.28.까지 청구법인에 대한 법인세 등 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 AAA-주의 사업자 지위를 승계하여 AAA-주이 이 사건 정비사업 부지를 매수하면서 이 사건 양도인들에게 기 지급한 쟁점계약금을 AAA-주에게 지급할 의무가 있음에도 이를 지급하지 아니하였으므로 청구법인에 채무면제이익이 발생하였다고 보아 쟁점계약금을 2019사업연도 소득에 익금산입하여 2022.11.9. 법인세 결손금 OOO원을 감액경정(결손법인으로 해당 사업연도에 부과된 세액은 없음)하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO구역 정비사업에 관한 사업시행자로서, 수용을 통하여 이 사건 부동산을 취득하였는바, 이 사건 양도인들에게 지급한 토지수용 보상금 및 원만한 사업진행을 위해 지급한 합의금만을 이 사건 부동산의 취득가액으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 2015년 7월경 서울특별시 중구청장으로부터 도시 및 주거환경정비법제28조 제1항에 따른 사업시행인가(고시)를 받아 OOO구역 정비사업 사업시행자가 되었는바, 이 사건 정비사업의 사업시행자의 지위에서 이 사건 부동산을 취득하고자 이 사건 양도인들과 협의를 진행하였으나 협의가 성립되지 아니하여 2018년경 서울특별시지방토지수용위원회에 수용재결을 신청하였고, 서울특별시지방토지수용위원회는 2018.1.26. 주-BBB 소유의 토지에 관하여 수용재결일을 2018.3.16.로 하는 수용재결을(주-BBB의 이의신청 결과 2018.10.25. 기각 재결), 2018.2.23. aaa 소유의 토지에 관하여 수용재결일을 2018.4.13.로 하는 수용재결을 하였다. (나) 청구법인은 위 수용재결에 따라 2018.3.12. 주-BBB 소유 부동산에 관한 토지수용 보상금을 공탁하고, 2018.4.4. aaa 소유 부동산에 관한 토지수용 보상금을 공탁하여 2018.4.13. 이 사건 부동산에 관한 소유권을 취득하였다. 다만 청구법인은 이 사건 양도인들이 청구법인을 상대로 소송을 제기함에 따라 원만한 사업진행을 위하여 주-BBB과 2019.5.3. 합의를 하여 OOO원(= 토지대금 OOO원 + 손해배상금 OOO원)을 지급하였고, aaa과는 민사조정을 통해 OOO원(= 합의금 OOO원 + 지연이자 OOO원)을 지급하였는바, 위와 같이 이 사건 양도인들에게 이 사건 부동산의 취득대가로 지급한 가액만을 이 사건 부동산의 취득가액으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 청구법인이 AAA-주으로부터 이 사건 부동산의 매매계약 당사자 지위를 승계하였다고 보았으나, AAA-주과 이 사건 양도인들 간 이 사건 부동산 매매계약은 AAA-주의 중도금 및 잔금지급 의무 불이행으로 인하여 2015년 11월경 해제되어 쟁점계약금 또한 이 사건 양도인들에게 몰취되었고, 청구법인은 AAA-주으로부터 이 사건 부동산의 매매계약 당사자 지위를 승계하지 아니하였다. (가) AAA-주은 당초 OOO구역 정비사업을 진행하면서 2009년경 주-BBB으로부터 서울특별시 중구 OOO 대지 361.7㎡를 OOO원에, 2009.9.25. aaa으로부터 서울특별시 중구 OOO 일대 토지 508.80㎡(지상건물 포함)를 OOO원에 각각 매수하기로 하는 계약을 체결하고, 쟁점계약금(주-BBB OOO원, aaa OOO원)을 지급하였으나, 이후 자본잠식 및 자금조달의 어려움으로 사업을 진행하기 어렵게 되었고, 이 사건 양도인들에게 약정된 기한 내에 이 사건 부동산의 매매계약상 중도금 및 잔금을 지급하지 못하였는바, 이에 주-BBB은 2015.11.2. AAA-주에게 계약의 불이행을 이유로 계약의 해제를 통보하였고, AAA-주과 aaa 간의 계약은 유예기간(90일) 내 잔금을 지급하지 못하여 자동해지(해제)되었으며, 이에 따라 쟁점계약금은 당초 매매계약의 약정에 따라 이 사건 양도인들에게 귀속되었다. (나) 청구법인은 OOO구역의 사업시행자가 되어 이 사건 양도인들과 이 사건 부동산 매매에 관한 협의절차를 거쳤으나 협의가 성립되지 않아 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라 한다)에 따라 적법한 수용재결을 거쳐 이 사건 부동산을 취득하였다. 청구법인은 종전 계약과는 무관하게 새로운 사업시행자의 지위에서 적법한 수용재결을 거쳐 2018.3.16. 주-BBB 소유의, 2018.4.13. aaa 소유의 각 이 사건 부동산을 취득한 것이므로 추가적으로 AAA-주에게 계약금 상당의 금원을 지급할 아무런 의무가 없다. 청구법인과 AAA-주 사이에 어떠한 법률관계도 없음에도 단지 청구법인이 세운3구역 중 일부 구역에 대한 사업시행자 지위에 있다는 이유로 AAA-주이 기 지급한 계약금에 대한 지급의무를 진다고 볼 수 없다. (다) 청구법인은 AAA-주과 어떠한 계약상 관계도 없으므로 AAA-주에게 아무런 금전 지급 의무를 부담하지 않는다.

1. OOO이 10개 세부 사업구역으로 구분된 이후 청구법인은 OOO구역의 사업시행자로 인가받았고, 청구법인이 AAA-주으로부터 사업시행자 지위를 인수받거나 변경된 사실이 없으며, 청구법인은 이 사건 부동산 취득 과정에서 AAA-주과 어떠한 계약도 체결한 사실이 없다.

2. 무엇보다 AAA-주과 이 사건 양도인들 간 종전 매매계약은 2009년경 체결되어 쟁점계약금이 지급되었고 2015년경 위 매매계약이 해제되었는데, 청구법인이 이 사건 부동산에 관한 수용재결을 받은 것은 2018년경으로서 종전 계약이 체결된 때로부터는 9년, 종전 계약이 해제된 때로부터는 3년이나 경과한 상황이므로 AAA-주과 청구법인 간 어떠한 법률관계가 존재한다고 볼 수 없다.

3. 또한 종전 계약에 따라 지급된 쟁점계약금은 이 사건 양도인들이 보유하고 있다가 종전 계약이 해제됨에 따라 이 사건 양도인들의 계약금 반환의무가 면제된 것일 뿐 청구법인이 AAA-주에 그 금액 상당을 지급할 의무가 발생한 것이 아닌바, 처분청에서 이와 달리 AAA-주과 청구법인 사이에 채무면제 행위가 있었다고 보아 한 이 건 처분은 위법·부당하다. (라) 청구법인이 AAA-주으로부터 사업시행자의 지위를 취득하였다고 하여 종전 계약상 AAA-주의 매수인 지위를 승계하는 것은 아니다.

1. 청구법인은 2015.7.30. 서울특별시 중구청장의 고시에 의하여 사업시행자의 지위를 취득하였는데, 사업시행자의 지위를 취득하였다고 하여 종전 사업시행자였던 AAA-주이 체결한 사법상의 매매계약에 따른 매수인의 지위를 승계한다고 볼 수 없다. 청구법인이 매수인의 지위를 승계하기 위해서는 종전 계약의 당사자와 청구법인 간에 의사의 합치가 필요하다.

2. 한편, AAA-주이 2015.7.13. 주-BBB에게 사업시행 및 계약상 지위 승계 알림이라는 제목으로 공문을 발송하였다고 하더라도, 사업시행자의 지위는 사법상의 매매계약에 따라 양도할 수 있는 것이 아니므로 AAA-주과 청구법인 사이의 합의에 의하여 사업시행자의 지위 내지 매수인의 지위를 양도하는 효력이 발생하였다고 볼 수 없고, 청구법인, AAA-주 및 이 사건 양도인들 사이에 종전 계약의 매수인 지위 승계에 대한 합의가 이루어진 바 없다.

3. 주-BBB과 AAA-주 간의 종전 계약은 주-BBB의 해제 의사표시로서 해제되었고, aaa과의 종전 계약은 자동해제 특약에 따라 적법하게 해제되었는바, 청구법인이 AAA-주으로부터 승계받을 수 있는 이 사건 부동산에 관한 매매계약은 이미 소멸하여 존재하지 아니하고, 청구법인이 존재하지 않는 매매계약에 따른 의무를 부담한다고 볼 수 없다. (마) 청구법인이 이 사건 양도인들과 체결한 합의서 내지 조정조서는 청구법인이 단지 분쟁을 원만하게 해결하고 사업을 원활하게 진행하기 위하여 합의한 것에 불과하다. 청구법인은 이 사건 양도인들과 합의 내지 조정을 할 당시에 이미 수용재결을 통해 이 사건 부동산을 적법·유효하게 취득한 상황이었다. 다만 당시 이 사건 부동산 등과 관련하여 청구법인과 이 사건 양도인들 사이에 다수의 법적 분쟁이 진행 중이어서 청구법인으로서는 사업진행에 많은 어려움을 겪고 있었고, 이에 청구법인은 모든 분쟁을 가급적 원만하게 해결하고 사업을 원활하게 진행하는 것이 청구법인에 이익이 될 것으로 판단하고 이 사건 양도인들에게 종전 계약에 따라 취득할 수 있었던 대금 상당액을 보전해주기로 하는 대신 일체의 법적 분쟁을 마무리하기로 한 것일 뿐이다.

(3) 처분청은 청구법인과 이 사건 양도인들 간 판결문 등에 의해 청구법인이 AAA-주의 매수인 지위를 승계한 사실을 확인할 수 있다는 의견이나, 이는 아래와 같은 이유로 부당하다. (가) 처분청은 서울중앙지방법원 OOO 판결에서 청구법인이 주-BBB에 대한 중도금 지급의무를 부담한다고 판시하였으므로 청구법인이 AAA-주의 지위를 승계한 것이라는 의견이나, 위 판결은 이미 항소심에서 원고인 주-BBB의 소취하로 종결되어 그 효력이 없으므로 위 판결을 전제로 한 처분청의 의견은 부당하다. (나) 또한 처분청은 서울중앙지방법원 OOO 사건에서 청구법인과 AAA-주이 연대하여 aaa에게 대금을 지급하라는 조정사항이 있다는 이유로 청구법인이 AAA-주의 지위를 승계한 것이라는 의견이나, 조정조서에는 청구원인에 대한 판단이 기재되어 있지 않아 주문기재상 ‘연대하여’의 의미가 무엇인지 정확하게 확인할 수 없다. 다만 조정조서는 당사자들 간의 분쟁이 원만하게 해결될 수 있도록 당사자들이 요구하는 내용들을 기재하는 것이 통상적인 점, 청구법인이 AAA-주의 지위를 승계한 것이라면 종전 계약관계에서 탈퇴한 AAA-주이 연대하여 대금을 지급할 의무가 없는 점 등을 고려할 때 위 조정조서를 이유로 청구법인이 AAA-주의 지위를 승계하였다고 볼 수는 없다. (다) 처분청은 서울중앙지방법원 OOO판결을 근거로 주-BBB이 이 사건 부동산에 경료된 근저당권 말소의무를 이행하지 아니하였으므로 청구법인의 중도금 지급의무가 이행지체에 빠졌다고 보기 어렵고 종전 계약이 해제되지 않았다는 의견이나, 청구법인은 2018년경 수용을 통해 이 사건 부동산을 원시취득하였으므로 종전 계약에 따른 권리·의무에 구속되지 않고, AAA-주의 중도금 지급의무는 선이행의무로 특약되어 있으므로 합의된 기간까지 중도금을 지급하지 않는 경우 중도금 지급의무가 이행지체에 놓였는지 여부와 관계없이 종전 계약은 자동 해제되었거나 매도인의 해제권 행사에 따라 해제되었다고 볼 수 있다.

(4) 처분청은 청구법인이 AAA-주의 지위를 승계하면서 매도인들에게 지급할 계약금 상당액을 단축급부로 AAA-주에 지급한 사례가 있는데, 이러한 사안과 이 사건을 달리 볼 이유가 없다는 의견이나, 처분청이 주장하는 사례들은 AAA-주이 매도인들과 체결한 매매계약을 합의해제하고, 청구법인이 매도인들과 새로운 매매계약을 체결하기로 합의한 경우이다. 위 합의에 따라 매도인들은 AAA-주에게 기 지급받은 계약금을 반환할 의무를 부담하고 청구법인은 매도인들에게 계약금을 지급해야할 의무를 부담하였다. 다만 실제 계약금 지급과정에서 청구법인이 단축급부로서 AAA-주에게 계약금을 지급한 것일 뿐이다. 반면 이 사건의 경우 AAA-주이 중도금 지급의무를 불이행함으로써 이 사건 양도인들과 체결한 종전 계약이 해제되고 계약금이 몰취되었고, 청구법인은 수용재결을 통하여 이 사건 부동산을 취득하였는바, 청구법인이 굳이 새로운 매매계약을 체결하면서 단축급부로 쟁점계약금 상당액을 AAA-주에 지급할 이유가 없다.

(5) 청구법인이 향후 이 사건 부동산을 양도할 때 종전 계약금 상당액은 양도차익에 포함되어 과세가 이루어질 것인바, 쟁점계약금을 청구법인의 2019사업연도 익금에 산입하게 된다면 위 계약금은 2019사업연도에 과세되고, 이후 청구법인이 이 사건 부동산을 양도할 때 또다시 과세되어 사실상 이중과세가 된다는 문제가 발생하게 된다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 AAA-주의 사업시행자 지위를 승계하였으므로 AAA-주이 토지주들에게 기 지급한 쟁점계약금을 AAA-주에게 지급할 채무를 부담한다. (가) AAA-주은 2015년 3월경 OOO구역 내 도시환경정비사업에 관한 권한과 의무 등 일체의 지위를 청구법인에게 승계하기로 합의하고, AAA-주은 2015.7.13. 주-BBB 등 양도인에게 ‘매수인 지위를 포함하여 OOO구역 도시환경정비사업에 관한 권한과 의무 등 일체의 지위를 모두 양도하고 청구법인은 이를 승계하였다’는 취지의 통지서를 발송하여 다음 날 양도인에게 송달되었다. (나) 청구법인은 AAA-주으로부터 사실상 사업을 승계하고 토지매매계약을 승계한 계약당사자로서 업무를 수행하였고, 청구법인과 주-BBB이 매매계약의 중도금·잔금 및 지연손해금 지급에 대해 다툰 사건(서울중앙지방법원 OOO)에서 사업 승계 사실을 인정한 바 있다.

1. 사업시행자 지위 자체를 사인 간 거래할 수 없는 것과는 별개로 청구법인이 사업을 승계하기로 AAA-주과 합의하고 이에 따라 AAA-주은 사업시행을 포기하고 해당 사업과 해당 사업에 관한 권한·의무를 양수하기로 한 청구법인이 사업시행자 지위를 취득함으로써 사실상 사업을 승계하였다. 이를 전제로 하여 AAA-주은 주-BBB 등을 포함한 토지매매계약상대방에게 2015.7.13. 일체의 지위를 청구법인에 양도하였음을 통지한 것이다. 이후 청구법인은 2015.11.3. 주-BBB에 ‘계약이행 촉구의 건’이라는 제목으로 중도금 및 잔금 지급을 위해서는 명도가 완료되어야 하므로 명도조취를 취할 것을 요청하는 공문을 보냈고, 2015.11.17. ‘계약해제 통고의 건’이라는 제목으로 청구법인이 AAA-주으로부터 매수인 지위를 승계받고 주-BBB과 계약 이행에 관하여 협의를 진행해 왔으나, 명도의무를 이행하지 않아 매매계약을 해제한다는 취지의 공문을 발송하였다. 이를 보면 청구법인은 지금 주장하는 바와는 다르게 본인들이 계약을 승계한 것을 전제로 상대방에게 계약 이행을 촉구하고 계약불이행을 이유로 계약 해제 및 위약금을 지급하여 줄 것을 요청하고 있으며, 계약상대방인 주-BBB과 aaa도 계약상대방이 청구법인이라고 인식하고 있었음을 알 수 있다.

2. 주-BBB이 청구법인을 상대로 제기한 OOO구역 정비사업 관련 부동산 매매대금 청구소송(서울중앙지방법원 OOO)에서 청구법인은 본 심판사건과 동일한 주장으로 매매계약의 해제 및 AAA-주으로부터 사업을 승계한 사실이 없다고 주장하였으나, 1심 판결에서 ‘원고 및 피고의 해제통지 내용이 객관적으로 일치하지 않고, 각자의 해제권 행사가 적법하지 않은 것으로 보아 매매계약이 해제된 것으로 볼 수 없으며, 청구법인은 OOO구역 도시환경정비사업에 관한 권한과 의무 등 일체의 지위를 AAA-주으로부터 승계받은 사실’이 인정된 바 있고, 해당 사건이 원고 및 피고의 합의로 항소 없이 소취하로 종결되기는 하였으나, 1심 판결에서 위와 같이 확인된 사실관계를 부인할 수는 없는 점, 소송 이후 청구법인과 주-BBB간 합의서 작성 시에도 기 지급한 계약금이 승계됨을 전제로 하여 잔여 매매대금을 계산한 점으로 볼 때 청구법인이 AAA-주으로부터 사업을 승계한 사실을 인정할 수 있다. (다) 청구법인은 이 사건 정비사업의 사업자 지위를 승계한 후 종전 소유자들로부터 정비사업 부지를 취득하면서 AAA-주이 종전 소유자들에게 지급한 계약금을 대부분 AAA-주에게 지급하였으나, 이 사건 양도인들로부터 취득한 토지의 계약금(쟁점계약금)을 지급하지는 아니하였다. AAA-주이 OOO구역 토지 취득을 위해 토지주들에게 기 지급한 계약금은 총 OOO원으로, 청구법인은 이 중 수용재결된 토지 관련 계약 보증금 OOO원을 제외한 OOO원과 관련하여서는 계약을 승계한 것으로 보아 AAA-주에 지급하였다. 청구법인은 이 사건 양도인들 소유 토지를 수용하였다고 주장하나, 이후의 판결문 및 조정조서에서 AAA-주과의 계약을 사실상 승계한 것으로 확인되는바, 위의 다른 승계매수 건과 다르게 볼 이유가 없다. (라) 청구법인은 최종적으로 이 사건 양도인들에게 당초 계약상 매매대금에서 AAA-주이 기 지급한 쟁점계약금을 제외한 금액을 지급함으로써 계약금 상당의 이익을 분여받았다. 청구법인은 이 사건 양도인들에게도 다른 협의매매와 같이 총 매매대금에서 AAA-주이 기 지급한 쟁점계약금을 제외한 금액을 중도금 및 잔금으로 지급하였다. 주-BBB의 경우 2019.5.3. 작성된 합의서를 보면 ‘잔여매매대금 OOO원(=총 매매대금 OOO원–기 지급 계약금 OOO원–수용재결공탁금 OOO원)을 지급한다’, ‘본건 부동산 매매에 관한 중·잔금의 지연손해금’이라는 표현을 사용하는 등 당시 청구법인과 주-BBB이 당초 매매계약대로 대금을 수수하는 것으로 인식하고, 청구법인은 AAA-주과 주-BBB간의 계약을 승계한 것으로 본 것이다. 이후 AAA-주이 청구법인에 OOO원의 채권 청구를 하지 않음으로써 청구법인은 OOO원인 해당 토지를 OOO원의 저가에 취득하게 되었다. aaa의 경우 또한 앞서 본 바와 같이 청구법인과 AAA-주이 연대하여 24억원을 지급하게 되었는데, 이는 당초 매매대금에서 AAA-주이 기 지급한 계약금 및 수용재결공탁금을 차감한 금액을 기초로 한 것으로, 이 또한 주-BBB 건과 마찬가지로 청구법인이 AAA-주의 계약을 승계한 것이며, 청구법인은 AAA-주이 토지주에게 기 지급한 계약금을 다시 AAA-주에 반환하지 않음으로써 이익을 분여받은 것이다. (마) 결국, 청구법인은 앞서 살펴본바와 같이 2015년경 AAA-주으로부터 사업시행자 지위를 승계받아 권리와 의무를 함께 승계하였으며, 이에 따라 주-BBB과 aaa에게 당초 매매계약에 따른 총매매가액에서 AAA-주이 지급한 쟁점계약금을 제외한 금액만을 그 대가로 지급한바, AAA-주이 기 지급한 쟁점계약금은 AAA-주에 지급해야 할 부채에 해당하나 AAA-주이 이를 청구하지 않음으로써 청구법인에게 이익을 분여한바, 이를 익금산입한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 수용에 따라 토지를 취득하였으므로 AAA-주이 기 지급한 계약금을 토지 매매대금으로 볼 수 없다고 주장하나, 실제 토지 매매대금은 수용재결과는 별도로 합의 등에 따라 얼마든지 달라질 수 있는 것으로, 이 사건의 쟁점은 토지의 실제 토지 매매대금이 얼마인가이지 취득원인이 수용인지 매매인지가 아니다. (가) 이 사건 부동산의 취득원인이 ‘수용’으로 기재되어 있기는 하나, 청구법인이 이 사건 양도인들과의 매매대금 청구소송 도중 이 사건 부동산을 수용함에 따라 토지의 취득원인이 수용으로 기재되었고, 이후 청구법인이 소송에서 패소(매매대금 지급 판결)하자 합의를 통해 소취하되어 취득원인이 그대로 수용으로 기재된 것일 뿐 청구법인은 사실상 AAA-주과 이 사건 양도인들 간 매매계약을 승계한 후 합의된 매매대금을 지급하여 이 사건 부동산을 취득하였으므로 그 합의된 매매대금이 이 사건 부동산의 취득가액이 되는 것이다. (나) 청구법인 스스로도 본인이 매매계약의 당사자임을 전제로 업무를 수행하였으며, 수용 이후 이 사건 양도인들이 수용재결 취소소송을 제기하여 서울특별시지방토지수용위원회(피고) 및 피고보조참가인인 청구법인이 패소하여 항소심 판결 선고시까지 수용재결의 효력을 정지하도록 결정하였던 바 있다. 청구법인은 주-BBB이 제기한 매매대금 청구 소송(청구법인이 피고), 매매대금 반환 소송(청구법인이 원고) 및 수용재결 취소소송(청구법인이 보조참가인)에서 패소한 이후 2019년 5월경 매매대금 청구소송의 1심 판결 취지 및 당초 토지매매계약의 내용과 같이 총매매대금 OOO원에서 AAA-주이 기 지급한 계약금 OOO원 및 수용재결공탁금 OOO원을 제외한 OOO원을 지급하기로 주-BBB과 합의하였고, 2019년 7월경 aaa과 동일한 사유로 OOO원을 추가로 지급하는 것으로 조정이 성립된 것이다. 이런 사정을 고려하면 청구법인이 일련의 소송에서 패소하자 합의를 통해 사건을 해결하는 과정에서 항소심을 취하하도록 하여 토지 취득원인이 수용이 되었을 뿐, 실제로는 합의 및 조정을 통해 당초 매매계약의 내용과 동일하게 토지 매매대금을 지급하였으므로 이 사건 부동산 매매대금은 합의 및 조정의 기초 금액이 되는 당초 계약상 토지 매매대금으로 보는 것이 타당하다. (다) 따라서 청구법인은 당초 토지 매매대금 중 기 지급금을 제외한 금액을 추가로 지급한 것에 불과하므로, AAA-주이 기 지급하였으나 청구법인으로부터 회수하지 않아 저가로 취득하게 된 토지의 계약금을 익금산입한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 처분청에서 과세근거로 든 판결들이 항소심에서 취하되어 효력이 없으므로 해당 판결을 전제로 한 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청에서는 취하된 소와 관련된 판결의 효력이 있다는 것을 전제로 하여 처분을 한 것이 아니라, 취하된 소의 판결문에 나타나 있는 인정사실, 주장 및 판단 등을 참고하여 이 사건 부동산의 취득가액을 판단한 것이다. 청구법인은 주-BBB이 제기한 매매대금 청구 소송(청구법인이 피고), 매매대금 반환 소송(청구법인이 원고) 등에서 패소한 이후 이 사건 양도인들의 주장에 따라 합의하였고 그에 따라 모든 소가 취하되었는데, 이러한 상황에서 취하되어 효력이 없는 판결이라 할지라도 합의를 할 수밖에 없게 된 기초가 된 판결을 검토하고 판결에서 인정한 사실관계를 바탕으로 사실관계를 확인·확정하고 처분한 데에 잘못이 없다.

(4) 청구법인은 자신이 계약을 승계한 것이라면 AAA-주은 계약관계에서 탈퇴하게 되므로 ‘연대하여’ 금원을 지급하라는 결정이 내려질 수 없다고 주장하나, 만약 청구주장대로 청구법인이 이 사건 부동산 관련 매매계약을 승계하지 않았고 AAA-주과 토지주 간 매매계약이 해제된 것이라면 반대로 청구법인은 이 사건 부동산 관련 매매계약과 전혀 관계가 없으므로 연대하여 금원을 지급할 이유가 없는 것이다. 오히려 당초 토지매매계약의 당사자는 AAA-주이었고 이를 청구법인이 승계하였으나 그 과정에서 분쟁이 발생하였기 때문에 AAA-주과 청구법인이 연대하여 대금을 지급하라는 결정을 하였다고 보는 것이 합리적이다.

(5) 청구법인은 이 사건 부동산이 양도될 때 토지 계약금만큼 양도차익으로 과세되기 때문에 이를 2019사업연도의 익금으로 산입하는 것은 이중과세라고 주장하나, 이 사건 처분은 토지가 저가로 계상됨에 따라 익금산입 및 유보된 소득의 귀속시기에 관한 문제로, 과세연도 이후에 양도차익에 반영될 것이라도 세법상 적정한 귀속시기에 익금산입되어야 하는 것이다. 이후 부동산이 양도되는 경우 부동산이 양도된 과세기간에 손금산입으로 추인하게 되므로 이중과세의 문제가 발생하지 않는다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 특수관계법인으로부터 쟁점계약금 상당의 채무면제이익을 받았다고 보아 이를 익금에 산입하여 결손금을 감액한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

5. 무상으로 받은 자산의 가액

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 세운3구역 사업시행 경과는 아래와 같다.

1. 서울특별시는 2006.10.26. 서울특별시 중구 OOO 일대를 OOO로 지정하고 2009.3.19. OOO계획을 결정·고시하였고, 2009.3.13. OOO 재정비촉진계획 결정 및 1단계 변경결정으로 위 OOO를 OOO 사업구역으로 분할하면서 서울특별시 중구 OOO 일대 사업면적 46,072.3㎡를 세운3구역으로 지정하였다.

2. 당초 세운3구역(서울특별시 중구 OOO 일대 사업면적 46,072.3㎡)은 서울특별시 2014.3.27. OOO 재정비촉진계획 결정 변경 고시에 따라 10개 사업구역(OOO구역, 41,127.3㎡)으로 구분되었다.

3. 서울특별시 중구청장은 2015년 7월경 OOO구역의 사업시행자를 AAA-주으로, OOO구역의 사업시행자를 청구법인으로 각 사업시행인가·고시하였다가, 2018년 3월경 OOO구역의 사업시행자를 청구법인으로 변경인가·고시하였는바, 청구법인은 OOO구역의 사업시행자이다. (나) 청구법인의 이 사건 부동산 취득 경과는 아래와 같다.

1. AAA-주은 서울특별시 중구 OOO 일대 OOO에서 이 사건 정비사업을 추진하면서 2009.7.14. 주-BBB으로부터 OOO구역 내 토지 361.7㎡를 OOO원에, 2009.9.25. aaa으로부터 OOO구역 내 토지 508.80㎡(지상건물 포함)를 OOO원에 각각 매수하기로 하는 계약(종전 계약)을 체결하고, 계약금(매매대금의 10%) 각 OOO원, OOO원 합계 OOO원(쟁점계약금)을 지급하였으며, 중도금(매매대금의 70%)은 계약금 지급일로부터 1년 후, 잔금은 사업시행인가일로부터 30일 이내(단, 세입자 명도 완료 후)에 각 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

2. AAA-주은 이 사건 양도인들에게 기간 내에 중도금 및 잔금을 지급하지 못하게 되자 2011년 9월경 이 사건 양도인들과 중도금 및 잔금 지급기한을 2년까지 연장하는 내용의 합의(1차 합의)를 하였고, 1차 합의에 따른 중도금 지급기일까지도 이를 지급하지 못하게 되자 2013년 10월경 재차 중도금 및 잔금 지급기한을 2년간 연장하고, 지급기한까지 중도금을 지급하지 못할 경우 이 사건 양도인들이 매매계약을 해제할 수 있다는 내용의 합의(2차 합의)를 하였으며, 이후 2015.11.4. aaa과 2차 합의에 이은 부속합의를 체결하여 AAA-주이 유예기간(90일) 내 잔금을 지급하지 못하는 경우 매매계약은 자동해지(해제)되는 것으로 되어 있다.

3. 청구법인은 2015년 3월경 AAA-주으로부터 이 사건 정비사업에 관한 권한과 의무 등 일체의 지위를 승계받은 후 2015년 7월경 서울특별시 중구청장으로부터 도시 및 주거환경정비법제28조 제1항에 따른 사업시행인가(고시)를 받아 OOO구역 정비사업 사업시행자가 되었고, 이후 2018년 3월경 OOO구역의 사업시행자로 추가 지정되어 OOO구역 정비사업(이 사건 정비사업)의 사업시행자이다.

4. 청구법인은 이 사건 정비사업의 사업시행자의 지위에서 이 사건 부동산을 취득하고자 이 사건 양도인들과 협의를 진행하였으나 협의가 성립되지 아니하여 2018년경 서울특별시지방토지수용위원회에 수용재결을 신청하였고, 서울특별시지방토지수용위원회는 2018.1.26. 주-BBB 소유의 토지에 대한 수용재결(수용 개시일 2018.3.16., 보상금 OOO원, 주-BBB의 이의신청 결과 2018.10.25. 기각 재결)을, 2018.2.23. aaa 소유의 토지에 대한 수용재결(수용 개시일 2018.4.13., 보상금 OOO원)을 하였다.

5. 청구법인은 위 수용재결에 따라 2018.3.12. 주-BBB 소유 부동산에 관한 토지수용 보상금(OOO원)을 공탁하고, 2018.4.4. aaa 소유 부동산에 관한 토지수용 보상금(OOO원)을 공탁하여 2018.4.13. 이 사건 부동산에 관한 소유권을 취득(등기원인: 토지수용)하였으며, 거래처원장[계정별과목: 건설용지]에 아래 <표>와 같이 기재하였다. <표> 거래처원장 주요내용 (단위: 원) 거래처 날짜 계정과목 적요란 차변 주-BBB 2018.3.16. 건설용지 OOO(주-BBB) 토지대금공탁 OOO 주-BBB 2019.5.10. 건설용지 OOO(주-BBB) 토지잔금 지급 OOO 주-BBB 2019.5.10. 건설용지 OOO(주-BBB) 퇴거관련 각종 합의보상금 OOO aaa 2018.4.13. 건설용지 OOO외9필지(aaa) 토지수용 공탁 OOO aaa 2019.8.30. 건설용지 OOO외9필지(aaa) 조정합의금_매매대금청구 OOO aaa 2019.8.30. 건설용지 OOO외9필지(aaa) 조정합의금_지연손해금 OOO

6. 청구법인은 이 사건 양도인들이 청구법인을 상대로 소송을 제기하자 주-BBB과 2019.5.3. 합의를 하여 OOO원(=토지대금 OOO원+손해배상금 OOO원)을 지급하였고, aaa과는 민사조정을 통해 OOO원(=합의금 OOO원+지연이자 OOO원)을 지급하여 관련 소송을 종결(항소심 소취하, 민사조정 등)시켰다(아래에서 상세하게 기재). (다) AAA-주은 이 사건 양도인들에게 약정된 기한 내에 이 사건 부동산의 매매계약상 중도금 및 잔금을 지급하지 못하였는바, 서울중앙지방법원은 주-BBB(원고)이 2018.2.13. 청구법인(피고)을 상대로 서울중앙지방법원에 매매대금 청구의 소를 제기한 데 대하여, ① 청구법인이 AAA-주으로부터 이 사건 매매계약 당사자로서의 지위를 포괄적으로 승계받고, 주-BBB은 적어도 이를 묵시적으로 승낙한 것으로 봄이 타당하므로, 청구법인은 이 사건 매매계약상 매수인의 지위에 있고, ② 주-BBB, 청구법인 각자의 해제권 행사에도 불구하고 이 사건 매매계약은 해제되지 않았으며, ③ 이 사건 매매계약은 유효하게 존속하고 있고, 이 사건 매매계약 및 1,2차 합의에 따른 중도금 지급기한이 이미 도과하였으므로 청구법인은 주-BBB에게 중도금 OOO원의 지급의무를 부담한다고 보아 2018.12.5. 청구법인에게 주-BBB에 대하여 OOO원을 지급하라는 판결을 하였다(서울중앙지방법원 OOO 판결). (라) 청구법인과 주-BBB은 2019.5.3. 부동산과 관련된 일체의 분쟁을 종결시키기 위하여 청구법인이 주-BBB에 본건 부동산에 관한 잔여 매매대금 OOO원(=총매매대금 OOO원–기 지급 계약금 OOO원–수용재결공탁금 OOO원)을 지급하되, 주-BBB은 매매대금청구의 소(1심 서울중앙지방법원 OOO) 및 항소 취하, 수용재결취소청구의 소 취하, 손실보상금청구의 소 취하 등 일련의 분쟁을 모두 종결하기로 합의하였다. (마) aaa은 AAA-주 및 청구법인을 상대로 이 사건 부동산의 매매계약이 유효하고, 청구법인이 AAA-주으로부터 이 사건 매매계약 당사자로서의 지위를 포괄적으로 승계받아 이 사건 매매계약상 매수인의 지위에 있다는 것을 전제로 매매계약매매대금청구의 소를 제기하였고, 해당 사건은 2019.7.18. “AAA-주과 청구법인은 연대하여 2019.8.16.까지 aaa에게 OOO원을 지급하되, aaa은 사업시행인가처분무효확인등 사건, 수용재결취소등 사건, 구상금 사건 등의 소송을 모두 취하한다”는 취지로 조정성립되었다. (바) 청구법인이 제출한 합의서(매도인 bbb 외 17건, 2018년 2월)에 의하면 매도인, AAA-주, 청구법인이 3자 간 합의서를 작성하여 ① 매도인과 AAA-주은 2009년경 체결한 부동산 매매계약을 위약책임 없이 해제하고 매도인은 AAA-주에게 계약금을 반환하며, ② 매도인과 청구법인은 해당 부동산에 대하여 새로운 부동산 매매계약을 체결하고 청구법인은 매도인에게 동일한 금액의 계약금을 지급하며, ③ 청구법인이 매도인에게 지급하여야 할 계약금을 AAA-주에 지급함으로써 위 계약금 수수가 모두 이루어진 것으로 간주한다고 합의한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 자신이 AAA-주에 쟁점계약금을 지급할 어떠한 법적 의무가 없음에도 이를 지급하지 아니한 것을 채무면제이익을 받았다고 본 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인과 이 사건 양도인들은 2019년 5월경 부동산과 관련된 일체의 분쟁을 종결시키기 위하여 청구법인이 이 사건 양도인들에게 이 사건 부동산에 관한 잔여 매매대금 상당의 합의금을 지급하기로 합의하였고, 해당 합의금은 종전 계약에 따른 총매매대금에서 쟁점계약금, 수용재결공탁금 및 기타 합의금을 제외한 나머지 금액인 것으로 보이는 점, 종전 계약서에도 사업상 필요에 의하여 AAA-주의 요청 등에 의하여 매수인을 변경할 수 있다고 기재되어 있는 점, 법원도 주-BBB이 제기한 매매대금 청구소송에서 ① 청구법인이 AAA-주으로부터 이 사건 매매계약 당사자로서의 지위를 포괄적으로 승계받고, 주-BBB은 적어도 이를 묵시적으로 승낙한 것으로 봄이 타당하므로, 청구법인은 이 사건 매매계약상 매수인의 지위에 있고, ② 주-BBB, 청구법인 각자의 해제권 행사에도 불구하고 이 사건 매매계약은 해제되지 않았으며, ③ 이 사건 매매계약은 유효하게 존속하고 있고, 이 사건 매매계약 및 1, 2차 합의에 따른 중도금 지급기한이 이미 도과하였으므로 청구법인은 주-BBB에게 중도금 OOO원의 지급의무를 부담한다고 보아 2018.12.5. 청구법인에게 주-BBB에 대하여 OOO원을 지급하라는 판결(서울중앙지방법원 OOO 판결)을 한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 AAA-주으로부터 이 사건 부동산 매매계약상 양수인의 지위를 승계하였고, 이 사건 양도인들에게 종전 계약상 매매대금 중 쟁점계약금을 제외한 금액을 지급함으로써 이 사건 부동산을 취득한 것으로 볼 수 있다고 할 것이다. 또한 청구법인은 이 사건 정비사업을 승계하면서 이 사건 양도인들을 제외한 나머지 토지주들과 개별 합의를 통해 토지주들이 AAA-주으로부터 지급받은 계약금을 AAA-주에 반환하고, 대신 청구법인이 토지주들에게 동일한 금액의 계약금을 지급하기로 하면서 그 계약금 수수과정을 청구법인이 AAA-주에게 위 계약금을 지급하는 것으로 갈음(단축)하기로 합의하였는바, 청구법인이 2019년 5월~7월경 이 사건 양도인들과 합의 또는 민사조정을 통해 이 사건 양도인들에 대한 쟁점계약금 상당액의 지급을 면한 것 역시 다른 정비사업 부지의 취득과정에서 합의를 통해 토지주들에 대한 계약금 상당액의 지급을 면하고 대신 AAA-주에게 그 계약금 상당액을 지급하는 것으로 단축한 것과 그 실질이 다르다고 보기 어려워, 청구법인이 AAA-주에 쟁점계약금 상당액을 지급할 의무를 부담하는 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구법인이 특수관계법인인 AAA-주으로부터 쟁점계약금 상당의 채무면제이익을 받았다고 보아 이를 익금에 산입하여 결손금을 감액한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)