쟁점금액이 비록 그 원천이 기존 부동산(종전주택 평가액에 포함됨)이므로 관련 양도차익 계산시 비과세 및 장특공제의 적용 등과 관련하여 구분계산할 필요가 있으나 이를 재개발·재건축사업의 결과 수령한 청산금으로 보아 별도의 양도시기를 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보임
쟁점금액이 비록 그 원천이 기존 부동산(종전주택 평가액에 포함됨)이므로 관련 양도차익 계산시 비과세 및 장특공제의 적용 등과 관련하여 구분계산할 필요가 있으나 이를 재개발·재건축사업의 결과 수령한 청산금으로 보아 별도의 양도시기를 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점주택에 대한 관리처분계획인가시 쟁점금액이 청산금으로 결정되었고, 감사청은 이를 포함한 쟁점입주권이 그 잔금청산일에 양도된 것으로 보았으나, 기획재정부 예규(재산세제과-35, 2020.1.14.)에 따르면 청산금의 양도시기는 소유권이전 고시일의 다음날이며, 이는 소득세법 시행령제166조 제1항 제2호에서도 청산금 수령시 입주권 양도차익은 청산금을 제외한 순수한 입주권의 양도에 대하여만 산정하도록 규정하고 있는 것에서도 나타난다. 즉 쟁점금액은 청산금으로서 관리처분계획인가 전 종전주택의 양도에 대한 대가로 미수금으로 보아야 하며 채권의 성격이 있다 할 것이다. 따라서 감사청과 같이 청산금인 쟁점금액을 입주권 양도가액에 합산하여 입주권 양도대가로 보아 양도차익을 산정하는 것은 위 소득세법 시행령에서 규정하는 양도차익의 산정방식을 벗어나는 것이므로 입주권 양도차익과 청산금 양도차익은 귀속시기를 달리하여 별도로 산정하여야 한다.
(2) 입주권과 쟁점금액의 양도시기가 같다 하더라도 양자의 양도차익은 구분계산하여야 하며, 이 건과 같이 관리처분계획인가시 2개의 입주권을 받은 경우 먼저 양도한 1개의 입주권은 비과세에서 제외한다고 하더라도 나머지 1개의 입주권과 쟁점금액은 관리처분계획인가일 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택을 양도하는 경우와 동일하다고 할 것이므로 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 하고, 이 경우소득세법제95조 제2항 단서에 따라 1세대 1주택 비과세 조합원 입주권에 대해서는 1세대 1주택과 같이 그 자산의 전체 양도차익(곧, 같은 항 본문과 달리 장기보유특별공제를 관리처분계획인가 전 토지 및 건물분 양도차익으로 한정하다는 규정 미적용)의 80%를 장기보유특별공제하여야 할 것이다.
(3) 처분청은 양도소득세 조사시 쟁점금액의 양도시기는 소유권이전 고시일의 다음날이라는 기획재정부의 세법해석에 관한 질의회신에 따라 청산금을 제외한 입주권에 대해서만 양도소득세를 고지하였다가 감사청의 감사결과 이와 다른 과세처분을 하였는바, 이는 국세기본법 제48조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호에서 규정한 가산세를 부과하지 아니하는 경우에 해당하므로 가산세를 감면하여야 한다.
(1) 청구인은 쟁점금액을 기획재정부 재산세제과-35(2020.1.14.)에 명시된 청산금으로 보아 그 양도시기를 소유권이전 고시일의 다음날이라고 주장하나, 쟁점금액은 분담금 환급예정액으로 청구인이 이를 쟁점입주권에 대한 양도대가로 수령한 것이므로 위 해석상 신탁업자로부터 지급받은 ‘청산금’이라고 볼 수 없고 청산금이 아닌 이상 그 양도시기를 적용할 수 없으며, 오히려 쟁점분양권 매매계약서 및 재건축조합의 소유권 변동내역 회신자료에 따르면 2020.3.31. 쟁점입주권 및 조합과 관련한 모든 권리․의무가 매수인에게 이전된 것으로 확인된 이상 쟁점금액을 포함한 쟁점입주권이 2020.3.31. 양도된 사실에 이견이 있을 수 없는바, 양도가액에서 쟁점금액을 차감하여 이 건 양도소득세를 경정하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
(2) 감사청도 쟁점금액과 쟁점입주권의 양도차익을 구분하여 계산하여야 한다는 것에는 이견이 없으나, 조합원입주권에 대해서는 소득세법 시행령제166조 제1항에서 규정한 조합원입주권의 양도차익계산 방식에 따라 계산하는 한편, 쟁점금액에 대해서는 종전주택에 대한 양도차익으로 구분하였고 결국 청구인과의 차이는 쟁점금액 관련 양도차익 중 비과세대상에 대한 것인바, 청구인은 쟁점금액 관련 양도차익 전체가 비과세되는 것으로 주장하나 쟁점금액이 입주권과 별개의 자산으로 양도된 것이 아니고 비과세되는 쟁점①입주권과 비과세가 배제되는 쟁점②입주권 양도에 수반된 것이므로 이 역시 비과세부분과 비과세배제부분으로 안분ㆍ계산하였으며, 이는 관련 법령 및 해석(부동산거래과-202, 2010.2.8.)에 따라 적정한 것이다. 한편, 청구인은 비과세되는 쟁점①입주권과 쟁점금액 관련 양도차익 전체에 대하여 소득세법제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제(80%)를 적용하여야 한다고 주장하나 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정ㆍ시행된소득세법제95조 제2항에서 종전에 부동산에 한정하여 적용하던 장기보유특별공제를 조합원입주권의 양도차익에도 확대ㆍ적용하되 관리처분인가전 양도차익에 한정하도록 명확히 규정하고 있으므로 청구주장은 이유 없다. (3)국세기본법제28조 제1항에 따르면 “세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우”에 가산세를 감면하는 것이나, 청구인은 두 개의 조합원입주권을 양도하고, 전체를 하나의 주택으로 보아 비과세 및 장기보유특별공제를 적용한 결과 양도소득세를 과세 신고ㆍ납부한 것이므로 최초의 신고 당시 비과세ㆍ공제 관련 법령을 잘못 적용하여 과세신고한 경우에 해당하여 위 규정 소정 가산세 감면 사유와는 무관하다.
① 쟁점 입주권 양도에 따른 양도차익 계산시 쟁점금액 (청산금 혹은 분담금 환급예정액)은 귀속시기가 다른 것으로 보아 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적) 귀속시기가 같다 하더라도 쟁점금액과 쟁점①입주권 관련 양도차익 전체에 대하여는 1세대 1주택 비 과세 및 소득세법제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제(80%)를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제28조 [가산세의 감면 등] ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 (3) 소득세법 제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제100조 [ 양도차익의 산정 ]
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령 제166조 [ 양도차익의 산정 등 ]
① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 관리처분계획내역서(2016.7.14.), 부동산매매계약서, OOO주택재건축정비사업조합의 공문(OOO), 양도소득세 신고서 및 양도소득세 경정결의서, 감사청의 감사지적내용 등의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 종전주택 관련 관리처분계획내용은 아래 <표1>과 같은바, 청 구인등은 관리처분계획에 따라 쟁점입주권과 쟁점금액을 받게 되었다. <표1> 종전주택 관련 관리처분계획 ㅇㅇㅇ (나) 청구인등은 2019.11.28. 양수자들과 종전주택을 OOO원(잔금일: 2020.3.31.)에 양도하는 계약을 체결하였고, 특약사항에 “2. 매도인측 설명하에 조합원 지위승계에 하자없음을 확인함(현 매도인과 세대원 전원이 재건축 구역에 주택 1채임)”, “4. OOO 정비사업지역으로 관리처분내역서에 감정평가 OOO원이며 배정평행 84+59(관리처분내역서첨부) 확인함” 등의 내용이 기재되어 있으며, OOO 주택재건축정비사업조합은 2020.9.29. 처분청에 청구인 대표조합원(961-18)의 조합원 지위가 2020년 4월 21일 AAA, BBB 조합원(대표조합원: AAA)의 조합설립동의서 제출로써 양도되었다는 취지의 내용을 회신하였다. (다) 청구인은 2020.4.22. 처분청에 1세대 1주택 고가주택의 양도로 하여 양도소득세 OOO원 신고하였는바, 그 주요 내용은 아래와 같다.
• 아 래 - ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점금액 중 청구인 지분상당액을 양도가액에서 제외하고 쟁점①입주권에 대하여만 1세대 1주택 비과세를 적용하는 등(세부내용 아래 참조) 하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 아 래 - ㅇㅇㅇ (마) 감사청은 처분청에 대한 감사시 쟁점금액을 양도가액에서 제외하여 청구인등의 양도소득세를 과소부과한 것을 지적하였는바, 그 요지는 아래 <표2>와 같다. <표2> 감사청의 관련 감사지적 요지 ㅇㅇㅇ
(2) 감사청의 감사에 따른 처분청의 과세내역 및 이에 대한 청구인의 주장을 살펴보면 아래와 같다. (가) 처분청은 청구인등의 양도소득금액을 OOO원(청구인분: OOO원)으로 계산하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 고지하였고 세부적인 양도소득금액 산정 내역은 아래 <표3>과 같은바, 우선 쟁점금액을 쟁점①입주권(비과세)과 쟁점②입주권(과세)의 평가액에 따라 안분하면서 권리가 아닌 기존부동산(종전주택) 양도분으로 보았으며, 비과세양도차익은 양도차익×9억원/비과세 양도가액(쟁점①입주권 양도가액 + 쟁점금액 중 쟁점①입주권 안분액)의 산식에 따라 산정하였으며, 장기보유특별공제액은 쟁점입주권 양도차익을 기존부동산 부분(곧, 소득세법 시행령제166조 제1항의 관리처분계획인가전양도차익, 쟁점금액 관련 양도차익은 전액 이에 속함)과 권리 부분(같은 항 관리처분계획인가후양도차익)으로 구분, 기존부동산 부분에 대하여만 적용(1세대 1주택 비과세대상인 쟁점①입주권 관련 양도차익에 대해서는 소득세법제95조 제2항 표2에 따른 80%, 쟁점②입주권 관련 양도차익에 대해서는 같은 항 표2에 따른 30%)하였다. <표3> 감사청 산정 청구인등 양도소득금액 내역 ㅇㅇㅇ (나) 이에 대하여 청구인은 ① 쟁점금액의 귀속시기는 소유권이전고시일의 다음 날이므로 쟁점입주권과 양도시기를 달리하며,
② 양도시기를 같이 보더라도 청구인등의 양도소득금액을 <표4>와 같이 OOO으로 계산하여 양도소득세의 일부 감액을 구하고 있고, 양도차익까지의 금액은 감사청과 동일하며 이후 차이가 발생한 원인을 <표5>와 같이 제시하고 있다. <표4> 청구인 산정 양도소득금액 내역 ㅇㅇㅇ <표5> 감사청과 청구인의 양도소득금액산정 내역 비교 ㅇㅇㅇ
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, (가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점금액은 청산금으로서 소득세법 시행령제166조 제1항 제2호의 규정내용이나 관련 세법 해석(기획재정부 재산세제과-35, 2020.1.14.) 등에 따라 관련 양도소득의 귀속시기는 쟁점입주권 양도소득과 달리 관련 소유권이전 고시일의 다음날이라고 주장하나, 청산금의 귀속시기를 위와 같이 보는 것은 재개발․재건축사업의 결과 수령한 청산금만큼의 재개발․재건축 대상 기존부동산의 양도차익이 확정․실현되어 이때를 그 귀속시기로 보기 위한 것으로 보이는 점, 청구인이 2020.3.31. 양도한 것은 쟁점입주권이며 그 양도가액에 쟁점금액 상당액이 포함되어 있는 것이므로 이를 위 법령 등의 청산금으로 볼 수 없는 점(조심 2022서6160, 2022.12.29., 참조), 따라서 쟁점금액이 비록 그 원천이 기존 부동산(종전주택 평가액에 포함됨)이므로 관련 양도차익 계산시 비과세 및 장기보유특별공제의 적용 등과 관련하여 구분계산할 필요가 있으나 이를 재개발․재건축사업의 결과 수령한 청산금으로 보아 별도의 양도시기를 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. (나) 다음으로 청구인은 쟁점금액 관련 양도차익의 귀속시기를 쟁점입주권과 같이 보더라도, 이를 쟁점입주권 가액에 배분할 수 없고 별도의 단위로 하여 비과세 양도차익을 계산하며, 비과세양도차익(쟁점①입주권 및 쟁점금액 관련) 전체에 대하여 소득세법제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제(80%)를 적용하여야 한다고 주장하나, 감사청과 청구인이 제시한 방식에 따라 양도소득금액을 계산하면 각 <표3>과 <표4>와 같이 나타나고, 실제 차이가 발생하는 부분은 비과세양도차익과 장기보유특별공제 등인바, 우선 청구인이 산정한 비과세 양도차익은 감사청이 계산한 비과세 양도차익보다 소액으로 계산되므로 이를 이유로 이 건 과세처분이 정당세액을 넘어 청구인의 권리를 침해하였다고 할 수 없고, 청구인이 양도한 것은 쟁점입주권이고, 쟁점금액 상당액도 그 대가로 수령한 것인 이상 쟁점금액을 쟁점입주권에 안분하는 것이 타당할 것이며, 소득세법제95조 제2항 등은 조합원입주권 양도에 따른 양도차익 중 관리처분계획인가 등 이전에 발생한 기존 부동산분 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하도록 규정하고 있으며, 2014.1.1. 이후부터는 조합원입주권이 1세대 1주택으로 의제되더라도 장기보유특별공제는 관리처분계획인가 등 전의 양도차익으로 한정되는 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 참조) 등에 비추어 1세대 1주택 비과세 대상인 양도차익 전체에 대하여소득세법제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제(80%)를 적용하기도 어렵다 할 것이다. (다) 마지막으로 청구인은 기획재정부 유권해석 등에 따른 처분청의 당초 과세처분과 달리 이 건 과세가 이루어지는 등 이 건 과세처분 중 가산세의 경우 이를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 위 쟁점①에서 보듯이 청구인은 쟁점금액 상당액을 청산금이 아니라 쟁점입주권에 대한 대가로 수령한 것이므로 위 유권해석 등의 적용대상이라고 보기 어려운 점, 이 건 과세는 당초 청구인이 쟁점입주권을 양도하고도 이를 1세대 1주택 고가주택의 양도인 것으로 신고한 것에서 비롯되는 등 청구인의 일련의 신고 및 청구가 청구인의 세법 해석․적용 상 오류에서 기인한 점, 비록 이 건 양도소득금액을 계산시 납세자의 어려움이 있을 수 있다고 하더라도 이는 주로 기술적인 부분으로서 세법해석의 의의 등에 따른 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.