조세심판원 심판청구 소득세

쟁점임대주택에 대하여 임대보증금 증액제한요건을 미충족한 것으로 보아 장기보유특별공제율(장특공제) 30%를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2023서3202 선고일 2023-09-21 조세심판원

[요지] 민간임대주택에 관한 특별법 개정안이 상정(18.5.25.)되었던 제360회 국토교통소위 제2차 회의록을 보면 규정에 연 5%로 되어 있어 2년 단위 임대차계약에서 10% 범위에서 할 수 있는지 여부 등이 불분명하기 때문에 수정의견을 제시하였다는 내용이 확인되고, 20.2.11. 조특법 시행령 개정시 개정이유에 임대보증금 증액제한 규정을 명확하게 하기 위한 목적이 나타나는 점, 언론기사에도 임대사업자들이 위 규정의 불명확성을 지적하였던 점 등을 볼 때 청구인이 쟁점임대주택 양도시 임대보증금 증액제한요건을 충족하였다고 보아 양도소득세 신고시 장기보유특별공제율 50%를 공제하여 신고한 것이 단순한 법령의 부지 또는 착오로 보기는 어려우므로 청구인에게 신고불성실가산세를 부과하는 것은 과도한 의무를 부과하는 것으로 판단됨

[주 문] OOO서장이 2022.10.19. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분 중 과소신고가산세 OOO원과 OOO시장이 2022.11.21. 청구인에게 한 2020년 귀속 지방소득세 OOO원을 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2004.5.24. OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 취득하고 이를 장기일반민간임대주택으로 등록하여 임대하다가 2020.12.29. 양도한 후 2021.1.25. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도차익을 산정한 후조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제97조의3의 과세특례(장기보유특별공제율 50%)를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 국세청장은 2022.2.14.〜2022.3.4. 기간 동안 양도소득세 세원관리 실태점검 특정감사를 실시한 결과 청구인이 조특법 제97조의3 제1항 제1호의 임대보증금 증액제한요건을 충족하지 못하였다고 보아 현지시정을 지시하였고, 이에 따라 OOO서장은 장기보유특별공제액을 OOO원(장기보유특별공제율 30%)으로 하여 2022.10.19. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, OOO시장(이하 OOO서장과 OOO시장을 함께 “처분청”이라 한다)은 2022.11.21. 청구인에게 2020년 귀속 지방소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.3. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 2020.2.11. 개정되기 전의 구 조특법 시행령 제97조의3 제3항 제1호(이하 “구 조특법 시행령 조항”이라 한다)는 임대보증금 또는 임대료의 “연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것”이라고 규정하고 있었으나 2020.2.11. 조특법 시행령 개정시 “연”을 빼고 임대보증금 또는 임대료의 “증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것”이라고 규정하였는바, 개정전 규정에 따를 때에는 “연”을 “연간” 증가율 5% 이내로 해석하는 것이 가능하였다. 청구인은 위 규정을 연간 증가율로 이해하여 청구인이 쟁점임대주택의 임대보증금을 2016년 11월 OOO원에서 2018년 10월 OOO원(총 증가율 7.69%)으로 증액하였는데 연환산 증가율을 보면 4.15%로 이는 연 5% 이내에 해당한다.

(2) 헌법재판소는 과세요건법정주의란 납세의무를 성립시키는 납세의무자·과세물건·과세표준·과세기간·세율 등의 과세요건과 조세의 부과·징수절차를 모두 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로 규정하여야 한다는 것을 의미하고, 과세요건명확주의란 과세요건을 법률로 정하였다고 하더라도 그 규정내용이 지나치게 추상적이고 불명확하다면 과세관청의 자의적 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정내용이 명확하고 일의적이어야 한다는 것을 의미한다고 결정(OOO 결정)하였고 대법원도 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 판시(OOO 판결)하였다. 그러나 2020.2.11. 개정된 조특법 시행령의 개정이유를 보면 제97조의3 제3항은 장기일반민간임대주택 등에 대한 임대료 증액제한 요건을 명확화하기 증가율의 한도를 연 5%에서 5퍼센트로 하고, 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 증액하지 못하도록 한다고 기재되어 있으며, 이는 기존 임대료 증액제한 요건의 해석이 불명확했다는 것을 보여주는 것으로 언론(OOO 등)에서도 개정 전 조문으로는 연간 인상률(2년이 경과한 경우 10% 한도)로 해석될 수도 있다는 문제를 제기한바 있다.

(3) 구 조특법 시행령 조항은 민간임대주택에 관한 특별법제44조 제2항에서 유래한 것으로 이 규정 역시 당초 “연 5퍼센트”로 기재되어 있던 것을 2018.8.14. 개정하여 “연”을 삭제하였고, 국회 국토교통위원회 회의록(OOO) 14쪽에 의하면 수석전문위원이 “지금 현재 연 5%로 되어 있기 때문에 2년 단위 임대차계약에서 그러면 2년이니까 재계약시 10%의 범위에서 할 수 있는지 여부 등이 불분명하기 때문에 이를 한번 할 때는 무조건 5% 범위내에서 할 수 있도록 하고 1년 내에는 다시 할 수 없도록 하는 등으로 해서 수정의견을 제시”라고 발언하였는바, 국회 수석전문위원조차도 2년 계약시 10%를 올린 것이 위반인지 여부가 불분명하다고 인정하였고 당시 국토위 소속 국회의원조차 이를 연 5%로 이해하고 있었던 점들이 확인되며, 법제처 법령해석에 대한 민원회신에서도 기존 법령이 불명확했다는 점을 인정하고 있는바 이러한 불명확한 임대료 증액기준을 적용할 때에는 납세자에게 불리하지 않도록 해석·적용하는 것이 타당하다 할 것이다.

(4) 구 조특법 시행령 조항이 현행 규정처럼 명확하게 규정되어 있었다면 청구인이 쟁점임대주택 임대보증금을 직전계약 대비 5%를 초과하여 증액하는 일은 없었을 것이고, 청구인이 5%를 초과하여 증액한 결과 얻은 이익은 약 OOO원에 불과한 반면 이로 인해 추가고지받은 양도소득세와 지방소득세는 이 이익의 100배가 넘는 OOO원에 달하는바, 구 조특법 시행령 조항이 불명확하고 그에 따라 규정내용과 다르게 해석·적용하여 청구인이 당초 적용하였던 장기보유특별공제 적용을 박탈하는 것은 국가가 국민의 재산권을 부당하게 침해하는 것으로 임대차시장 안정 및 세입자 보호라는 임대사업자로서의 의무를 다하고 법령을 준수하기 위하여 8년 이상 충실하게 임대의무를 수행해온 청구인에게 가혹하고 불합리한 처분이므로 이 건 처분은 취소하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 구 조특법 시행령 조항의 “연 증가율이 100분의 5”를 연간 인상률(2년이 경과한 경우 10% 한도)로 해석하여 임대차계약을 체결한 것이 법령상 문언이 불명확했기 때문이라고 주장하나, 구 조특법 시행령 조항의 입법취지와 주택임대사업자의 의무를 규정하는 민간임대주택에 관한 특별법의 법령해석 사례를 볼 때 임대보증금 또는 임대료의 증액 상한은 직전계약 대비 5%로 해석하는 것이 타당하다.

(2) 조특법 시행령 제97조의3은 2014.1.1. 신설되었고, 당시 “임대보증금 또는 임대료의 증액 제한규정은 임대주택법제20조 제2항에 따르도록 하면서 임대주택법제20조는 주택임대차보호법제7조로 정한 범위에서 주거비, 물가지수, 인근 지역의 전세가격 변동률 등을 고려해야한다”라고 규정하였으며, 주택임대차보호법 시행령 제8조 제1항은 “동법 제7조에 따른 차임이나 보증금의 증액청구는 약정한 차임 등의 20분의1의 금액을 초과하지 못한다”라고 규정하였다. 즉, 당초 장기임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 법률 신설시에는 “연 증가율”이라는 표현은 없었고, 2016년 조특법 시행령 개정시 민간임대주택에 관한 특별법과 사용용어를 통일하는 과정에서 “연 증가율” 표현이 들어간 것으로 당초 조특법 시행령의 입법취지는 “임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건”을 증액청구 직전계약의 5% 이내로 규정한 것으로서 당초 입법 취지를 고려하여 해석하여야 한다.

(3) 국토교통부(주거복지기획과)는 2017.12.13. 등록임대주택 연간 임대료 증액한도와 관련하여 임대료 증액 청구의 상한은 직전 계약을 기준으로 5% 이내 범위에서 증액할 수 있다고 보도자료를 배포하였고, 법제처 법령해석례(17-0665)를 보면 “임대사업자의 임대의무기간 동안에 임대기간을 2년으로 정하고 임대료를 증액하는 청구가 없었던 계약이 만료되어 임대사업자가 임대료의 증액을 청구하는 경우 임대료 증액 청구의 상한”에 관한 해석요청에 대하여 “민간임대주택에 관한 특별법제42조 제1항에 따른 임대의무기간 동안 임대기간을 2년으로 정하고 임대료를 증액하는 청구가 없었던 계약이 만료되어 임대사업자가 같은 법 제44조 제2항에 따라 임대료의 증액을 청구하는 경우 1년 전 임대료를 기준으로 5%의 범위에서 임대료를 증액할 수 있습니다”라고 회신한바 있으며, 국토교통부(민간임대정책과)에서는 OOO의 보도내역에 대하여 “등록임대주택 임대료 증액기준은 직전 계약 임대료 대비 5% 이내로 일관적으로 규정 및 해석 중입니다”라고 보도설명자료를 배포한바 있으며, 기획재정부는 종합부동산세 합산배제임대주택 임대료 상한 적용기준과 관련한 해석에서 합산배제 임대주택의 임대료 상한 적용시 임대기간이 2년인 경우 1년전 임대료를 기준으로 5퍼센트 범위에서 증액할 수 있는 것으로 해석(기획재정부 재산세제과-680, 2019.10.10.)하여 등록임대주택의 의무준수사항과 관련하여 혼동될 수 있는 부분에 대하여 보도설명자료, 예규 등을 통해 명확히 안내한바 있다.

(4) 청구인은 법령이 모호하여 임대보증금을 매해 5% 증액할 수 있는 것으로 해석하였고, 2018.10.31. 종전 임대보증금 대비 7.69% 인상였다고 주장하나, 당시 국토교통부의 보도참고자료와 법제처의 법령해석이 이미 존재하고 있었는바, 구 조특법 시행령 조항의 “연 증가율”이라는 문언은 청구인의 법적 예측가능성을 침해하였다고 보이지 않고, 또한 구 조특법 시행령 조항의 의미를 임차인의 주거생활을 충분히 보장할 수 있는 방향으로 해석하는 것이 타당하며, 조특법 시행령 제97조의3을 비롯하여 민간임대주택특별법, 종합부동산세법 모두 직전계약대비 5% 이내라는 동일한 해석 태도를 취해오고 있었는바, 민간임대, 임대보증금과 임대료의 상한기준에 대한 해석은 조세법에 별도의 규정이 없는 한 임대사업자를 관리하는 규정인 민간임대주택에 관한 특별법과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성과 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다.

(5) 주택임대사업자로 등록하는 경우 임대의무기간 및 임대료 증액요건, 양도기한의 제한, 표준임대차계약서 사용 등 각종 의무가 부여되고 이를 준수하여야만 임대주택사업자 등록의 혜택을 받을 수 있는바, 청구인은 쟁점임대주택 외 다수의 임대주택을 보유하고 있었으므로 임대사업자로서 의무를 준수하기 위하여 주의를 기울였어야 하고 임대료 상한요건에 대한 일관된 법령해석이 존재했음에도 이를 준수하지 아니하였으므로 청구인이 구 조특법 시행령 조항을 준수하지 아니하였다고 보아 장기보유특별공제특례율 50%의 적용을 배제하여 양도소득세와 지방소득세를 부과한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구인이 쟁점임대주택에 대하여 임대보증금 증액제한요건을 미충족한 것으로 보아 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제97조의3(준공공임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호의 기업형임대주택 또는 같은 조 제5호의 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다.

③ 법 제97조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것

2. 주택법 제2조 제3호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 임대주택의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

④ 준공공임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 준공공임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택을 준공공임대주택등으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택등의 임대기간에 포함하여 산정한다.

⑤ 법 제97조의3 제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 준공공임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조 제3항·제4항 및 제6항을 준용한다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것) 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모주택정비사업 또는 주택법에 따른 리모델링으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

③ 법 제97조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 주택법 제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

⑤ 법 제97조의3 제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조 제3항ㆍ제4항 및 제6항을 준용한다. 부 칙 제16조(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례의 임대료 증액제한 등에 관한 적용례) 제97조의3 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주택 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용하고, 임대보증금과 월임대료 상호 간 전환은 이 영 시행 이후 전환하는 분부터 적용한다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2018.8.14. 법률 제15730호로 일부개정된 것) 제44조(임대료) ① 민간임대주택의 최초 임대료(임대보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다)는 임대사업자가 정한다. 다만, 공공지원민간임대주택의 최초 임대료는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라야 한다.

② 임대사업자가 임대의무기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 임대료의 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률, 임대주택 세대 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 증액 비율을 초과하여 청구해서는 아니 된다. 다만, 공공지원민간임대주택은 임대의무기간을 넘는 임대기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에도 이를 적용한다.

③ 제2항에 따른 임대료 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다.

④ 임대사업자가 제2항에 따라 임대료의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우의 적용기준은 국토교통부령으로 정한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점임대주택을 2004.5.24. 취득하여 2020.12.29. 양도하였고, 2009.3.4. OOO서장에게 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하였으며, 2009.3.4. OOO시장에게 단기임대로 임대사업자 등록을 하였다가 2012.9.27. 장기임대로 전환하였고, 쟁점임대주택 양도당시 청구인의 임대사업자 등록현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 임대사업자 등록증 ㅇㅇㅇ (나) 쟁점임대주택의 임대보증금 인상내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점임대주택의 임대보증금 인상내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구인은 쟁점임대주택 양도시 구 조특법 시행령 조항의 장기임대주택에 대한 양도소득세 과세특례요건을 충족하였다고 보아 장기보유특별공제율 50%를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 청구인이 구 조특법 시행령 조항의 임대보증금 증액제한요건을 충족하지 못하였다고 보아 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세 및 지방소득세를 경정·고지하였다. <표3> 2020년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ

(2) 조특법 시행령 제97조의3 제3항 제1호 개정연혁 및 국토교통부 보도자료 등 내용은 아래와 같다. (가) 조특법 시행령 제97조의3은 2014.1.1. 신설되었고, 조특법 시행령 제97조의3 제3항 제1호의 개정이력은 아래 <표4>와 같다. <표4> 조특법 시행령 제97조의3 제3항 제1호 개정 연혁 구분 개정이유 내용 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것 (2014.2.21. 이후 양도분 적용) 준공공임대주택 양도소득세 과세특례 신설

③ “대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1.임대주택법 제20조 제2항에 따른 임대보증금 또는 임대료의 증액 제한 임대주택법 제20조 제2항: 임대주택의 임대사업자가 임대보증금 또는 임대료의 증액을 청구하는 경우(갱신 및 신규계약을 포함한다)에는 주택임대차보호법 제7조로 정한 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 전세가격 변동률 등을 고려하여야 한다. 주택임대차보호법 제7조 당사자는 약정한 차임이나 보증금이 임차주택에 관한 조세, 공과금, 그 밖의 부담의 증감이나 경제사정의 변동으로 인하여 적절하지 아니하게 된 때에는 장래에 대하여 그 증감을 청구할 수 있다. 다만, 증액의 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따른 비율을 초과하지 못한다. *주택임대차보호법 시행령 제8조 ① 법 제7조에 따른 차임이나 보증금(이하 “차임등”이라 한다)의 증액청구는 약정한 차임등의 20분의 1의 금액을 초과하지 못한다.

② 제1항에 따른 증액청구는 임대차계약 또는 약정한 차임등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다. 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것 (2016.2.5. 이후 양도분 적용) 임대보증금 또는 임대료의 증액 제한 개정

③ “대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것 2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것 (2020.2.11. 이후 주택 임대차계약을 갱신 또는 새로 체결하는 분부터 적용) 임대보증금 또는 임대료의 증액 제한 개정

③ “대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것 (나) 국토교통부가 2017.12.13. 등록임대주택의 임대료 증액한도와 관련하여 배포한 보도자료의 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 국토교통부(주거복지기획과) 보도자료(2017.12.13.) ㅇㅇㅇ (다) 기획재정부 재산세제과-680(2019.10.10.) 종합부동산세법 시행령의 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율 100분의 5에 대하여 아래<표6>과 같이 답변하였다. <표6> 기획재정부 재산세제과-680(2019.10.10.)

1. 종합부동산세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29524호로 일부개정된 것) 제3조 제1항 제1호·제2호·제7호·제8호의 “임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것”이라는 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 적용함에 있어서,임대주택의 임대의무기간 동안에는 1년 단위로 임대료를 증액하고 그 증액의 범위를 임대료의 5퍼센트로 한정하는 것이므로 임대기간을 2년으로 정하고 임대료를 증액하는 청구가 없었던 계약이 만료되어 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 경우에는 1년 전 임대료를 기준으로 5퍼센트의 범위에서 증액할 수 있는 것입니다.

2. “쟁점 규정”은 관련 부칙 제3조에 따라 그 시행일(2019.2.12.)이후 주택 임대차계약(표준임대차계약분)을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용하되, 동 시행일 이후 최초로 표준임대차계약(갱신 포함)을 체결하는 경우에는 해당 표준임대차계약을 기준으로 하여 적용하는 것이며, 다른 임대사업자가 이미 임대주택으로 등록한 주택을 취득하는 경우 임대사업자인 양수인은 양도인에게 적용되는종합부동산세법상 세제 혜택과 과세요건 등을 승계하지 않는 것입니다.

3. “쟁점 규정”을 적용함에 있어서 민간임대주택의 경우 임대보증금과 월임대료간 전환은 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항을 준용하는 것입니다. (라) 민간임대주택 임대료 증액과 관련한 법제처의 민원회신(2018.1.30.) 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 법제처 민원회신(일부 발췌) ㅇㅇㅇ

(3) 청구인이 제시한 국회 국토교통위원회 회의록과 언론기사내용은 아래와 같다. (가) 민간임대주택에 관한 특별법개정안이 상정되었던 OOO 회의록은 아래 <표8>과 같다. <표8> OOO 회의록(일부 발췌) ㅇㅇㅇ (나) OOO 기사를 보면 아래 <표9>와 같이 연 5%라는 말이 1년에 5%로 해석될 수 있다고 기재되어 있다. <표9> OOO 기사(일부 발췌) ㅇㅇㅇ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법 시행령상 임대보증금 증액제한 규정은 “연 5%”로 명확히 규정되어 있으므로 2년 후 재계약시 7.69%의 임대보증금 인상은 증액제한요건인 연 5%를 충족한다고 주장하나, 구 조특법 시행령 조항 신설당시 따르도록 한 주택임대차보호법 시행령 제8조 제1항은 “동법 제7조에 따른 차임이나 보증금의 증액청구는 약정한 차임 등의 20분의1의 금액을 초과하지 못한다”고 규정하고 있었는바 위 조항의 입법취지를 볼 때 직전 계약 임대료 대비 5% 이내로 해석하는 것이 타당해 보이는 점, 구 조특법 시행령 조항을 직전 계약 임대료 대비 5% 이내로 해석하는 것은 국토교통부 보도자료, 기획재정부 예규 등을 통해 일관되게 유지되고 있었으므로 법령상 문언이 불명확하여 “연 증가율이 100분의 5”를 연간 인상률(2년이 경과한 경우 10% 한도)로 해석하여 임대차계약을 체결하였다는 주장을 인정하기는 어려운 점, 조특법 시행령 제97조의3을 비롯하여 민간임대주택특별법, 종합부동산세법등도 직전 계약대비 5% 이내라는 동일한 해석 태도를 취해오고 있었고, 민간임대주택 임대보증금의 상한기준에 대한 해석은 임대사업자를 관리하는 규정인 민간임대주택에 관한 특별법과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성과 조세법률주의가 요구하는 해석의 원칙에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다고 판단된다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법개정안이 상정(2018.5.25.)되었던 제360회 국토교통소위 제2차 회의록을 보면 규정에 연 5%로 되어 있어 2년 단위 임대차계약에서 10% 범위에서 할 수 있는지 여부 등이 불분명하기 때문에 수정의견을 제시하였다는 내용이 확인되고, 2020.2.11. 조특법 시행령 개정시 개정이유에 임대보증금 증액제한 규정을 명확하게 하기 위한 목적이 나타나는 점, 언론기사에도 임대사업자들이 위 규정의 불명확성을 지적하였던 점 등을 볼 때 청구인이 쟁점임대주택 양도시 임대보증금 증액제한요건을 충족하였다고 보아 양도소득세 신고시 장기보유특별공제율 50%를 공제하여 신고한 것이 단순한 법령의 부지 또는 착오로 보기는 어려우므로 청구인에게 신고불성실가산세를 부과하는 것은 과도한 의무를 부과하는 것으로 판단되고, 납부지연가산세의 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있으므로 납부지연가산세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 보이므로 처분청의 당초 처분에서 신고불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호와 지방세기본법제96조 제7항에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)