청구인이 조합원입주권을 양도한 것으로 보아 관리처분계획인가일 이후부터 양도일까지의 기간에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1998.6.20. 취득한 OOO(OOO, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2018.3.5. OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 2018.6.29. 잔금을 수령한 후, 1세대 1주택(고가주택) 양도의 경우로 하여 취득일부터 양도일까지의 보유기간에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산이 소재하는 일대가 ‘OOO아파트 주택재건축정비사업’(이하 “쟁점재건축사업”이라 한다)에 포함되어 2018.5.15. 관리처분계획이 인가되었으므로 그 인가일을 기준으로 쟁점부동산의 양도차익과 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 양도차익으로 구분되고, 관리처분계획 인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제의 적용이 배제된다고 보아 2022.10.27. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 관리처분계획이 인가(2018.5.15.)되기 전에 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고(2018.3.5.), 중도금을 수령하였으며(2018.4.30.), 지병과 고령으로 인해 관리처분계획이 인가된 사실을 인지하지 못한 상태에서 잔금을 수령하였다(2018.6.29.).

(2) 쟁점재건축사업에서 관리처분계획이 인가되었으나, 상가조합원 측의 관리처분계획 인가 취소소송 등으로 인해 현재까지 관리처분이 집행되지 못하고 있다.

(3) 청구인은 쟁점부동산 외에 다른 주택을 보유한 사실이 없고, 쟁점부동산의 양도행위를 투기행위로 보기 어려우므로 인가일부터 양도일까지의 기간에 대해 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

(4) 예비적으로, 위에서 주장한 바와 같이 청구인이 쟁점부동산을 1세대 1주택 양도의 경우로 하여 양도소득세를 신고․납부한 데에는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 가산세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항에 의하면 장기보유특별공제는 기존 부동산의 취득일부터 관리처분계획 인가일까지의 보유기간에 대하여 적용하도록 하고 있다.

(2) 이 건 매매계약서에서도 ‘조합원 지위 양도 가능’으로 기재되어 있고, 청구인이 분양을 신청한 사실이 있는 점 등을 고려할 때 조합원입주권 양도의 경우로 보아야 하고, 이와 달리 1세대 1주택을 양도한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 대법원, 조세심판원 등에서도 조합원입주권의 장기보유특별공제는 관리처분계획 인가 전으로 한정한다고 해석하고 있는바(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 조심 2021서919, 2021.5.11. 참조), 처분청이 쟁점부동산의 취득일부터 관리처분계획 인가일까지의 기간을 기준으로 장기보유특별공제를 적용한 이 건 처분은 적법하다.

(4) 청구인은 예비적으로 가산세 부과처분의 취소를 주장하나, 청구인이 관리처분계획 인가 사실을 충분히 알 수 있었던 사정 등을 고려할 때 가산세를 면제할만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점

① 청구인이 조합원입주권을 양도한 것으로 보아 관리처분계획 인가일 이후부터 양도일까지의 기간에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부

② (예비적 청구) 청구인에게 가산세를 면제할만한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2018.3.5. 아래와 같이 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고, 2018.6.28. 소유권 이전등기를 접수한 것으로 확인된다. <쟁점부동산 매매계약서(2018.3.5.)> OOO

(2) OOO구청장은 2018.5.15. 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획을 인가한 것으로 나타난다(OOO 고시 제2018-120호).

(3) 청구인은 2018.8.31. 쟁점부동산의 양도에 대하여 1세대 1주택(고가주택) 양도의 경우로 하여 2018년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였고, 처분청은 소득세법 시행령 제166조 제1항 에 따라 관리처분계획 인가 전․후의 양도차익을 구분계산하여 아래 <표>와 같이 과세대상 양도차익을 OOO원으로 산정한 다음, 관리처분계획 인가 전의 양도차익분에 대해서만 장기보유특별공제를 적용(공제액 OOO원)하여 양도소득세를 산정․부과하였다. <표> 양도소득세 신고 및 경정내용 OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 관리처분계획 인가일 전에 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고 청구인이 인가 사실을 인지하지 못하였으므로 인가일 이후 기간에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 가산세를 부과한 처분이 위법하다고 주장하나, 소득세법 제95조 제2항 에서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 전 토지․건물분의 양도차익에 한하여 장기보유 특별공제액을 적용한다고 정하고 있고, 같은 법 제88조 제9호에서 조합원입주권이란 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다고 정의하고 있는 점, 쟁점재건축사업의 경우 2018.5.15. 관리처분계획을 인가받았고, 쟁점부동산은 그 이후인 2018.6.28. 양도되었으므로 인가일 이후 양도차익은 조합원입주권에 대한 양도차익으로 볼 수 있는 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결, 같은 뜻임), 청구인에게 가산세를 면제할만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “조합원입주권”이란 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2018.6.5. 대통령령 제28946호로 개정된 것) 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 소득세법 시행령 제118조의5 제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)