쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

[ 주 문] OOO세무서장이 2022.7.13. 청구법인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [ 이 유]

• 가. 청구법인은 2016.6.1. 개업하여 오픈마켓(OOO등)에서 의복, 악세사리 등을 판매하고 있는 사업자로, 2019년 제1기 과세기간에 주식회사 AAA(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 2019년 제1기 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2020.10.13.∼2020.11.30.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 거래질서 관련 조사를 실시한 후, 쟁점세금계산서를 실지거래 없이 발급한 가공세금계산서로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 동 과세자료와 관련하여 2022.3.22.∼2022.6.10.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하였는바, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2022.7.13. 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.11. 이의신청을 거쳐, 2023.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 구입한 상품은 전 량 중국으로부터 수입된 물품으로서 거래당시 쟁점거래처에 수입통관자료를 수시로 요청하여 실제 상품이 수입된 사실을 확인한 후에 물품대금을 쟁점거래처의 통장으로 입금하였는바, 쟁점세금계산서는 실지거래에 따른 것이며, 설령 쟁점거래처가 정상사업자가 아닌 것으로 보더라도 청구법인은 선량한 사업자로서의 주의의무를 게을리 한 바 없다. (가) 청구법인은 의류 등을 중국으로부터 수입하여 온라인 판매를 하는 업체로서 수입관련 업무는 자체적인 인력 조직이 부족하여 상품수입 및 수입관련용역을 주로 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)와 진행하여 오던 중 2018년 제2기부터 매출 증대로 인한 수입물량이 증가하였으나, 기존 거래처인 BBB는 업무량 과다로 인해 납기 등을 제때 맞추지 못하는 등 문제가 생겨 BBB의 소개로 새로운 거래처인 쟁점거래처를 알게 되어 거래한 것이고, 2019년 제1기에 쟁점세금계산서와 관련된 물품을 매입(수입)하였다. (나) 청구법인은 쟁점거래처와 거래당시 쟁점거래처가 제시한 수입통관자료를 확인한 후 물품대금을 지급하였고, 쟁점거래처가 자료상일 것이라는 전혀 알 수가 없었으며, 쟁점거래처로부터의 매입단가가 타업체와 비교하여 저렴하다는 등 하등의 유리한 것이 없는 상황에서 자료상이라는 사실을 알았다면 굳이 문제가 있는 쟁점거래처와 거래를 하지는 않았을 것이다. (다) 처분청은 청구법인이 제출한 사업자등록증 사본과 법인등기부상의 대표자가 다르다는 이유로, 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 게을리 하였다는 의견이나, 상관행상 일반적인 거래는 사업자등록증과 명함 및 통장 등을 확인하고 거래를 하는 것으로서 법인등기부등본 확인까지 요구하는 것은 지극히 처분청의 행정편의적인 과세 논리에 지나지 않고, 세무공무원이 조사시에 필요로 하는 수준의 절차를 제시하면서 이러한 기준에 미치지 못하다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가공거래라 하는 것은 지극히 행정편의적 주장에 지나지 않는다. (2) 처분청은 쟁점세금계산서를 가공거래로 보았으면서도, 부가가치세 부과처분 이외 법인세 부과 및 인정상여처분을 하지는 않았는바, 청구법인의 쟁점세금계산서 수취가 가공자료일 경우 이에 대한 원가를 인정받기 위한 입증책임은 납세자에게 있는 것이고, 본 건의 경우 처분청도 실물거래를 인정하여 쟁점세금계산서에 대하여 가공거래가 아닌 위장거래로서 매입세액 불공제처분만을 하였다. 매입세액 불공제 사유인 위장거래로 과세처분하기 위해서는 실물공급자가 확인되어 실 매출자에 대한 매출누락 과세와 매입자에 대한 매입세액 불공제가 동시에 이루어져야 하나, 처분청은 쟁점세금계산서를 위장거래로 처리하였으면서도 실 매출자에 대한 과세처분 또는 과세자료 통보 없이 청구법인의 매입세액만 불공제처분한 것은 처분청도 실 매출자를 쟁점거래처라 인지한 것으로서 이는 단지 청구법인이 쟁점거래처에게 지급한 부가가치세액을 공제받았으나, 쟁점거래처가 납부하지 않고 체납하였으므로 체납된 세금을 받기 위한 국고주의적 과세처분에 불과한 것으로 처분청이 위장거래에 대한 입증 없이 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 자료상이라 함은 실물거래 없이 세금계산서만 발급하는 업체로 2019년 제1기 중 세관장이 쟁점거래처에 대하여 발급한 수입통관자료가 거짓이 아닌 한 청구법인이 쟁점거래처로부터 구입한 상품에 대한 실지거래는 인정되어야 하고, 처분청은 쟁점거래처가 입금 받은 물품대금을 현금 인출하였다는 이유만으로 거래를 부인하였다. (나) 쟁점거래처는 수입물품에 대하여 세관장으로부터 세금계산서를 수취한 사실이 있는데, 처분청은 청구법인의 실물 매입이 존재함에도 쟁점거래처가 매출을 무신고하였다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가공거래로 보았으나, 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사내용을 보면, 일부 매입금액(OOO원)에 대하여 정상거래로 실물매입을 인정하고서도, 매출에 대하여는 전액 가공거래로 처분한 사실이 확인되는바, 세관 통관 물품이 청구법인에 도달된 것을 처분청이 확인하였음에도 이를 가공거래로 보는 것은 부당하다. (다) 청구법인의 쟁점거래처로부터의 상품 구입은 전량 중국으로부터의 수입물품으로서 동 상품에 대하여 쟁점거래처에게 수입통관자료를 수시로 요청하여 쟁점거래처가 청구법인의 매입 상품을 수입한 사실을 확인한 후에 물품대금을 쟁점거래처의 통장으로 입금하였는바, 쟁점거래처의 수입통관자료가 거짓이 아닌 한 청구법인이 구입한 상품을 쟁점거래처가 수입하였다는 사실이 입증되는 것으로서 당사가 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서는 실물거래에 의한 정당한 세금계산서로 보지 아니할 하등의 이유가 없다. (라) 또한 쟁점거래처가 수입한 물품을 운송해주는 운송업체(CCC)의 ‘배차표’ 내역에도 ‘AAA’이 기재되어 있어 쟁점거래처의 수입물품이 청구법인에게 실지 운송되었음이 확인된다. (마) 처분청은 수입신고필증상 품목 단위당 단가는 OOO원인데 반해, 쟁점세금계산서상 품목 단위당 단가는 OOO원으로서, 차이가 커 실지거래로 인정하기 어렵다고 하나, 일반적으로 동 업계에서 물품 구입 시 판매자에게 매입 단가가 얼마인지를 확인하고 구매하는 것은 불가능한 것으로서 청구법인의 입장에서는 쟁점거래처의 상품 수량이 정상적으로 통관된 상품인지 및 매입한 물품의 품질이 문제가 없는지가 중요한 것이지, 쟁점거래처의 통관 단가까지 관리할 수는 없다. (바) 당초 청구법인의 이의신청에 대한 결정문을 보면, 25쪽에 “수입신고필증 47건에 기재된 상품 수량과 청구법인이 쟁점거래처로부터 구입한 상품 수량이 일치한다”고 기재되어 있으므로 청구법인의 매입상품 수량이 쟁점거래처로부터 정상적으로 구입되었다는 것이 객관적으로 입증된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점거래처는 2018.10.17. 개업하여 2019.11.11.에 폐업한 사업자로 사업자등록기간이 단기간에 불과하고, 그 기간 동안 대표자는 3회 이상 변경되었으며, 사업기간 동안의 국세 납부액은 OOO원에 불과한 반면, 심판청구일 현재 체납액은 OOO원에 이르며 쟁점거래처는 조사관서의 세무조사에 의해 자료상으로 밝혀졌다. (2) 청구법인은 선량한 관리자의 주의의무를 게을리 하지 않았다고 주장하나, 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인은 거래처가 정상사업자임을 확인하지 않고 거래를 한 것으로 확인되는바, 쟁점거래처와 실지거래가 있었다는 주장은 받아들이기 어렵다. (가) 청구법인은 쟁점거래처와 거래 당시 법인등기부등본 및 사업자등록 사본도 확인하지 아니한 채 거래를 개시하였고, 일반적인 상거래에서는 거래를 최초 시작할 때 사업자등록증 사본, 통장사본을 제출받고 계약서를 작성한 후 거래를 하게 되는데, 청구법인은 거래가 시작되고 한 달이 지난 후 발급받은 사업자등록증 사본을 제출하였고, 쟁점거래처가 발급받은 2019.5.13.자 사업자등록증은 쟁점거래처의 최종 사업자등록증으로 언제 이 사업자등록증을 청구법인이 받았는지 알 수 없으며, 더구나 청구법인이 세무조사 개시 후 15일이 지난 시점에 사업자등록증 사본을 제출하였는바, 세무조사를 개시할 때 가지고 있지 않던 사업자등록증 사본을 세무조사 개시 후 미상의 인물로부터 받았을지 모른다는 합리적인 의심도 생긴다. (나) 또한, 처분청은 청구법인과 쟁점거래처간의 계약서를 조사 초기에 요구하였으나, 80여일이나 지나 제출된 계약서(계약일 2019.4.1.) 상의 쟁점거래처의 대표이사는 거래개시 당시의 대표자(DDD)가 아닌 변경 후(변경일 2019.5.8.) 대표자(EEE)로 확인된 바, 작성시점을 특정할 수 없어 언제 그 계약서가 작성되었는지 확정할 수 없다. (3) 청구법인에 대한 세무조사 당시인 2022.4.27. 청구법인 대표자 FFF에 대한 심문과정에서 ‘쟁점거래처와 거래기간동안 확인 서류가 무엇인가’라고 질문하였는데, ‘주기적으로 수입통관자료를 요구했고 확인하였다’고 답변하였으나, 청구법인이 제출한 전체 47개 수입신고필증 중 입항일이 2019.5.7. 이후인 44개 수입신고필증상 운송주선인이 ‘GGG’에서 BBB로 변경되었는데, 이에 대하여 쟁점거래처와 BBB의 관계를 묻는 질문에 ‘처음 몇 번은 수입신고필증을 확인하였는데, 이후 추가적인 확인은 하지 않았다’는 전혀 상반된 답변을 하였다. BBB에서 쟁점거래처로 거래처를 바꾸게 된 이유가 BBB의 물량이 많아져 공급을 할 수 없기 때문이라고는 하나, 여전히 수입신고필증상 운송주선인은 BBB로 확인된다. (4) 청구법인 대표자는 심문조사 당시 쟁점거래처에서 수입할 때 1개 품목 당 평균단가가 OOO원에서 OOO원이라고 진술하였으나, 수입신고필증의 평균단가는 OOO원에서 OOO원 정도로 확인되고, 청구법인이 쟁점거래처로부터 발급받은 쟁점세금계산서(공급가액 OOO원)와 쟁점거래처가 세관장으로부터 발급받은 매입세금계산서(공급가액 OOO원), 청구법인이 제출한 수입신고필증(과세가액 OOO원)의 가액이 많은 차이가 나는 이유에 대한 질문에는 ‘관례상 그렇게 한다고 하여 대수롭게 생각한지 않았다’고 답변한 바, 청구법인은 쟁점거래처가 부가가치세 및 관세 등 탈세에 대하여 미리 알았을 것으로 추정된다. (5) 청구법인 대표자는 쟁점거래처와의 물품 디자인, 주문 등을 OOO에서 이루어진다고 진술한 바, 세무조사기간 중 제출을 요구하였으나, 제출하지 않고 있다가 이의신청 심사일 당일 제출한 사실이 있다. 제출된 OOO자료에 청구법인이 OOO(중국수출업자)에게 직접 주문ㆍ정산ㆍ입고ㆍ납기ㆍ샘플 등을 요청 및 확인하는 대화가 나타나나, 쟁점거래처는 대화내용에 전혀 없었고, 이는 이 건 거래에서 쟁점거래처가 어느 역할도 수행하지 않았음을 방증하고 있는 것으로 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 제60조(가산세) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트

2. 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 “세금계산서 등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 국세통합전산망 자료 등을 보면, 청구법인은 중국에서 파자마, 의류 등을 수입하여 카카오커머스 등 에서 온라인 소매판매업을 주업으로 하고 있는 것으로 확인되고, 부가가치세 신고사항 등 주요 사업내용은 아래와 같이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 사업자등록 기본사항 (나) 청구법인의 2018년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 매출신고내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 부가가치세 매출신고내용 (단위: 백만원) (다) 청구법인의 2018년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 매입신고내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 부가가치세 매입신고내용 (단위: 백만원) (라) 청구법인의 2018년 제1기～2020년 제2기 과세기간의 신고 부가가치율은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인 부가가치세 신고 부가가치율 (단위: 백만원, %) (마) 청구법인이 2019년 제1기 과세기간에 쟁점거래처부터 수취한 쟁점세금계산서 세부내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점세금계산서 발급내용 (단위: 백만원) (바) 처분청의 청구법인에 대한 2019년 제1기 부가가치세 조사종결보고서를 보면, 쟁점거래처를 제외한 다른 거래처들의 매입세금계산서에 대해서는 실지거래 내용을 인정하여 별도 경정한 사실은 없는 것으로 파악된다. (2) 처분청이 제출한 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사내용을 보면, 아래와 같은 내용들이 확인된다. (가) 쟁점거래처의 사업자등록․변경사항은 아래 <표6>～<표8>과 같고, 조사관서의 쟁점거래처에 대한 2018년 제2기～2019년 제2기 과세기간의 부가가치세 조사결과 아래 <표9>와 같이 가공거래 금액을 확정한 것으로 나타난다. <표6> 쟁점거래처 사업자 기본사항 <표7> 쟁점거래처 대표자 변경이력 <표8> 쟁점거래처 사업장소재지 변경이력 <표9> 쟁점거래처 조사결과 (단위: 백만원) (나) 조사관서의 조사종결보고서 내용을 보면, 쟁점거래처는 청구법인으로부터 매출대금 OOO원을 입금받은 후, 매입처인 OOO○○ 등에게 이체하였고, 이후 전액 현금으로 인출한 사실이 확인되어 조사관서는 쟁점세금계산서에 대해 실지거래 없이 세금계산서만 발급한 사실과 다른 세금계산서로 보았는바, 조사보고서에 기재된 내용은 아래 <표10>과 같다. <표10> 조사관서의 조사보고서 내용 발췌 (3) 청구법인은 이 건 심판청구시 쟁점세금계산서가 실지 거래임을 주장하며 쟁점거래처의 수입통관신고내용(47건, 86매)과 운송내역서(HHH, 세금계산서 포함)를 제출하였는데, 수입통관신고 세부내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> 쟁점거래처 수입통관신고내용 (4) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 당시 작성된 대표자(FFF)에 대한 심문조서를 보면, BBB를 통해 쟁점거래처를 알게 되었고, 거래당시 쟁점거래처 관계자들로부터 명함과 사업자등록증 사본, 계좌번호를 건네받은 후 거래를 시작한 것으로 기재되어 있다. (5) 한편, 처분청의 조사종결보고서 내용을 보면, 쟁점세금계산서를 가공거래가 아닌 위장거래로 보아 부가가치세만을 부과처분하고, 원가 부인(법인세 부과처분 및 상여처분)은 없었던 것으로 보이는데, 조사종결보고서 세부내용은 아래 <표12>와 같이 확인된다. <표12> 청구법인에 대한 조사종결보고서 내용 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 쟁점거래처가 자료상으로 고발된 업체로서 청구법인과 쟁점거래처와의 쟁점세금계산서에 대한 거래내용을 인정할 수 없으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 정당하다는 의견이다. 그러나, 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사내용을 보면, 쟁점거래처가 OOO세관장으로부터 발급받은 수입세금계산서가 확인되므로 이에 대응하는 매출액도 존재하였을 것으로 보이고, 청구법인이 제출한 쟁점거래처의 수출통관내용과 청구법인의 운송내역서를 보면, 청구법인이 쟁점세금계산서를 발급받은 시기에 수입화물을 운송한 내용이 나타나며, 처분청도 청구법인이 제출한 운송비 내용과 수입신고필증상의 물량의 무게가 유사한 것으로 본 사실이 있어 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 발급된 것으로 단정하기 어려운 점, 처분청의 조사종결보고서를 보면, 쟁점세금계산서상의 거래를 모두 가공거래로 볼 경우 청구법인의 부가가치율이 동종업종에 비해 과도하게 높은 것으로 나타나 실제 쟁점세금계산서 금액에 상당하는 매입이 있었을 것으로 추정하여 부가가치세 외 법인세 등은 부과처분을 하지 않았으면서도 실지거래처 등은 밝히지 못하고 있고, 쟁점세금계산서에 대한 대금지급이 이루어진 사실이 금융증빙에 의하여 확인되며, 이후 동 대금이 반환된 사실이 확인되지 아니한 점, 청구법인은 쟁점거래처로부터 사업자등록증 사본, 명함 및 계좌번호 등을 확인하여 거래를 시작한 것으로 보이고, 이후 쟁점거래처가 제시한 거래물품의 수입통관내용 등을 확인한 후 대금을 지급하여 정상적인 거래를 한 것으로 볼 수 있는 반면, 거래상대방(쟁점거래처)이 자료상으로 고발되었다는 혐의점 이외에 쟁점세금계산서가 실지거래를 수반하지 아니한 사실과 다른 세금계산서라는 다른 조사내용이 확인되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.