[요지] 법인세법 제45조 제2항 등은 합병 전 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 각각 소득금액에서 공제하도록 규정하고 있으므로 이월결손금 공제한도 역시 각각 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당함
[요지] 법인세법 제45조 제2항 등은 합병 전 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 각각 소득금액에서 공제하도록 규정하고 있으므로 이월결손금 공제한도 역시 각각 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당함
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 관련 규정은 피합병법인으로부터 승계한 사업의 경우 쟁점공제한도를 적용하여야 하는 것으로 해석하여야 한다. (가) 법인세법제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서(이하 “쟁점규정①”이라 한다)는 내국법인의 전체 소득 중 이월결손금을 공제할 수 있는 총액을 제한하고 있으며, 법인세법제45조 제2항(이하 “쟁점규정②”라 한다)에는 합병법인의 경우 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득을 구분경리하고, 해당 사업에서 발생한 이월결손금은 원천에 따라 각각의 소득금액의 범위 내에서 공제하도록 규정하고 있다. (나) 따라서 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 전체 소득금액에서 그 사업에서 발생한 이월결손금을 공제하는 경우 쟁점규정②를 충족한 것이고, 그 금액이 합병법인의 각 사업연도 소득의 일정 비율(2018사업연도 70%, 2019사업연도 60%) 이내이면 쟁점규정①을 충족하였다고 보아야 한다.
(2) 2015.12.15. 개정된 쟁점규정①의 입법취지는 종전 결손이 발생한 흑자법인의 경우에도 각 사업연도 소득의 20∼40%에 상당하는 법인세를 부담하도록 하는 것이다. (가) 쟁점규정① 개정 당시 국회 기획재정위원회 전문위원 검토보고에 따르면, 쟁점규정①의 개정취지는 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 연간 이월결손금 공제한도를 설정하려는 것으로, 흑자법인임에도 과거 이월결손금이 전액 공제되는 현상을 방지하고 최소한의 법인세를 부담하도록 하기 위한 것이다. (나) 실제 청구법인의 경우 쟁점공제한도를 적용하더라도 각 사업연도 소득의 약 20%만을 이월결손금으로 공제하고, 나머지 약 80%의 소득금액에 대해서는 법인세를 납부하게 된다.
(3) 2019.12.31. 법인세법제45조 제5항(이하 “쟁점규정③”이라 한다)이 신설되었는데, 이는 창설적 규정이므로 경정청구 대상 사업연도(2018ㆍ2019사업연도)에는 적용되지 않는다. (가) 쟁점규정③은 쟁점규정①ㆍ②의 해석으로 도출할 수 없는 내용이고, 법인세법제113조는 구분경리에 관한 것으로 이월결손금 공제 방식을 규정한 것에 불과하므로 쟁점규정③은 창설적 규정이다. (나) 국회 기획재정위원회 회의록에서 기획재정부 세제실장도 쟁점규정③ 개정시 이월결손금 공제한도에 대해서는 명확한 규정이 존재하지 않았다고 발언하였다.
(4) 이외에도, 관련 규정의 해석이 불분명한 경우 납세자에게 유리하도록 해석하여야 하고, 합병 전ㆍ후 이월결손금 공제액이 반드시 일치하여야 하는 것도 아니며, 합병 이후 피합병법인은 법인격을 상실하는 점 등도 고려하여야 한다.
(1) 쟁점규정② 개정(2008.12.26.)에 따라 합병 전 합병법인의 결손금과 피합병법인의 결손금은 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하여야 한다. (가) 쟁점규정② 개정 당시 개정이유는 합병시 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하여 과세형평을 제고하고 합병을 이용한 조세회피를 방지하는 것으로 되어 있다. (나) 동일한 취지에서 국세청과 기획재정부는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액 전체가 아니라, 각각의 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액을 초과하지 않는 범위 내에서만 이월결손금을 공제한다고 해석하고 있다.
(2) 쟁점규정③ 개정과 관련하여 국회 기획재정위원회 전문위원 검토보고서에서도 합병한 후에도 합병 이전과 동일하게 이월결손금 공제한도가 각각 적용된다고 보는 것이 합리적이라고 기재되어 있다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 지류의 제조 및 판매 등을 주요사업으로 영위하고 있는 법인이고, 사업부문의 역량 보완을 통한 대외 경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등의 목적으로 2017.3.2. 쟁점피합병법인을 흡수(적격)합병하였다.
(2) 관련 규정의 개정취지 등과 관련하여 청구인이 제시한 증빙자료와 처분청이 제시한 내역은 아래와 같다. (가) 쟁점규정② 및 법인세법제45조 제1항의 개정(2008.12.16.)으로 합병법인의 이월결손금은 합병 전 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내에서만 공제가 가능하게 되었는데, 관련 개정이유는 ‘합병방식 간 과세형평이 제고되고 합병을 이용한 조세회피가 방지될 것으로 기대됨’이라고 되어 있다. (나) 쟁점규정①이 개정(2015.12.15.)될 당시 국회 기획재정위원회 전문위원 검토보고서에서는 개정안(정부안)의 취지를 ‘이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 한도를 설정하되, 흑자법인이 매년 최소한의 법인세 부담을 할 수 있도록 하려는 것’이라고 기재되어 있다. (다) 쟁점규정③ 신설(2019.12.31.)과 관련하여 국회 기획재정위원회 조세소위 회의록(2019.11.20.)에 따르면, 기획재정부 세제실장 등은 합병 또는 분할의 경우에도 소득금액의 60% 이내에서 이월결손금에서 공제하는 것을 명확화하기 위해 쟁점규정③을 개정한 것이라고 발언한 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점규정①이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 대한 공제한도비율 적용방식을 명확하게 규정하고 있지 아니하므로, 쟁점규정②에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 이월결손금은 쟁점공제한도 내에서 공제 가능하다고 주장한다. 그러나, 법인세법제113조 제3항 제1호에서는 다른 내국법인을 합병하는 법인이 쟁점규정②에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 그 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 쟁점규정② 및 법인세법제45조 제1항에서는 합병 전 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 각각의 소득금액에서 공제하도록 규정하고 있으므로 이월결손금 공제한도 역시 각각의 소득금액을 기준으로 계산하는 것이 타당하다고 할 것인 점[부산고등법원 2023.9.14. 선고 (울산)2022누10944 판결, 같은 뜻임], 쟁점규정② 및 법인세법제45조 제1항은 합병 전 합병법인의 이월결손금을 합병 전 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 개정(2008.12.26.)되었는데, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 쟁점공제한도를 적용하는 경우 합병 여부에 따라 이월결손금 공제액의 차이가 발생할 수 있어 합병방식 간 과세형평을 제고하고 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 하는 당초 개정취지와 부합하지 않는 측면이 있는 점, 쟁점규정①이 개정(2015.12.15.)될 당시 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 이월결손금 공제한도를 쟁점공제한도로 변경한다는 입법취지가 확인되지 아니하고, 쟁점규정③이 신설(2019.12.31.)될 때 기획재정부는 위 규정의 입법취지를 이월결손금 계산방식의 명확화라 밝힌 점 등에 비추어, 처분청이 합병 전 합병법인과 피합병법인 각각의 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액을 각각의 이월결손금 공제한도로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 법인세법(2008.12.16. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제3호 단서의 규정에 해당되어 구분경리하지 아니한 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 대통령령이 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.
1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10이상일 것
3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여 구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다.
(2) 법인세법(2008.12.16. 법률 제9267호로 개정된 것) 제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것
2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것
3. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것
(3) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법류에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법류에 따른 소득공제액
(4) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액
(5) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제13조【과세표준】① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[조세특례제한법제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.
1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액
2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.
② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.
③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.(중략)
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조【구분경리】③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(6) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.
1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액
2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 ※ 부칙 ＜법률 제16833호, 2019.12.31.＞ 제1조【시행일】이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
(7) 법인세법 시행령 제81조【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로 한다. 제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
(8) 법인세법 시행규칙 제77조【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】① 법 제113조 제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산·부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.
1. 유형자산 및 무형자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산
2. 현금·예금등 당좌자산 및 투자자산은 자금의 원천에 따라 각 사업별로 구분하되, 그 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산
3. 제1호 및 제2호외의 자산 및 잉여금 등은 용도·발생원천 또는 기업회계기준에 따라 계산
4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.
② 합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다.
1. 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산·부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.