조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용한 자산으로 보아 그 처분수입을 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부

사건번호 조심-2023-서-3082 선고일 2023.06.27

고정자산을 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재 시점을 기준으로 하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로 해석함이 문리해석상 타당하다고 할 것이고, 과거 종중이 3년 이상을 계속하여 고유목적사업에 사용하였다고 하더라도 그 후 오랜 기간 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우까지 비과세를 적용하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지를 처분일부터 직전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보이므로 쟁점토지의 처분수입에 대하여 비과세를 적용하기는 어렵다 하겠음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 선조 문중 묘소 관리 및 친목도모를 목적으로 하여 2016.1.1. 처분청으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 “법인으로 보는 단체”로 승인을 받은 단체이다.
  • 나. 청구법인은 1970.3.14. OOO 31,934㎡를 취득하였고, 2019.3.4. 이중 일부 면적인 4,844㎡(2019.4.26. OOO로 이기되었고, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도 하였으며, 2020.3.25. 처분청에 아래 <표1>과 같이 2019사업연도 법인세 과세표준 OOO원과 산출세액 OOO원을 신고하고 2020.3.31. 및 2020.4.29. 동 세액을 분할‧납부하였다. <표1> 2019사업연도 법인세 신고내용 ㅇㅇㅇ
  • 다. 이후 청구법인은 2022.9.17. 처분청에 경정청구를 하여, 쟁점토지를 약 49년 보유하면서 약 42년을 고유목적에 사용하였으므로 비과세대상으로 보아 해당 법인세 OOO원을 취소하여야 한다고 하였으나, 처분청은 2022.10.11. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 쟁점토지를 처분일 직전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보았고, 당초 법인세 신고내용 중 쟁점토지 양도에 대하여 토지 등 양도소득세 대한 법인세 과세대상에서는 제외하여, 유형자산처분이익 OOO원을 익금산입하는 등 법인세 OOO원을 환급 결정하고 나머지 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 거부하였다. <표2> 2019사업연도 법인세 경정청구 결정내용 ㅇㅇㅇ
  • 라. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분에 불복하여 2023.1.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 처분일 기준, 보유기간인 약 49년(1970년 3월부터 2019년 3월까지 기간) 중 약 42년(1970년 3월부터 2012년 봄 기간) 간 고유목적사업에 사용하며 3년 이상을 고유목적사업에 사용하였으므로 그 처분수입을 비과세하여야 한다. (가) 청구법인은 1998.4.24. 비영리법인 사단으로 OOO청장으로부터 부동산등기용 등록번호를 받았고, 2007.4.25. 사업자등록을 한 후 2016.1.1. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받았다. 청구법인은 종중규약에 의하여 종중회의를 통하여 종중단체로 운영되어 왔고, 규약상 종중의 목적이 선조들의 봉제사 등으로 명문화되어 있으며, 소득세‧법인세 등을 정기적으로 신고‧납부하여 왔고, 대표자를 선임하여 수익과 재산을 독립적으로 소유‧관리하였으며, 동 수익을 구성원에게 분배하지 않고 현재까지 운영하고 있다. (나) 청구법인은 AAA씨22세 BBB(貞穆公)의 9세손인 30세 휘(諱) ‘삼(森)’ 및 30세 휘(諱) ‘림(林)’의 후손으로 구성되어 있고, 약 300년 전부터 현재 OOO 일대(과서 OOO 등)에서 집성촌을 이루어 살던 때부터 지금까지 매해 가을 전 종원들이 선산에 모여 조상님들께 제사를 올리며, 그 외 족보를 편찬 정리 및 간행, 상조전통의 계승, 종중임야 및 위토를 비롯한 종중재산의 관리, 기타 종원 간의 친목도모 등과 관련된 사업을 해 온 종중단체이다. (다) 청구법인은 1970년 2월까지 OOO 부지에 있던 임야를 조상님들과 후손들의 묘소로 사용하였고, 1970년경 현 OOO아파트의 건립으로 인하여 국가에 수용되어 1970.3.14. 이 건 토지를 매입하여 조상님들과 후손들의 묘소를 이장하였으며, 이후 작고한 종원들도 안치하게 되었다. 그러다가 약 40년의 세월이 흘러 묘소가 포화상태에 이르고 화장문화의 시대흐름에 따라 종중규약에 따라 종중회의를 거쳐 OOO를 새로운 종중묘역으로 선장하여, 2009.11.5. 매입한 후 2010년부터 2012년까지 기존의 각 묘(총 32기 40위)를 화장한 후 동 신규 종산 납골묘로 재이장하게 되었다. (라) 위와 같이 청구법인은 쟁점토지를 1970.3.14.부터 2012년 6월까지 종중분묘(32기 50위)로 관리하고 제사를 지내며 다른 묘역으로 이장하기 전까지 고유목적사업에 사용하였는바, 청구법인은 2022년 8월경 쟁점토지의 처분수입에 대하여 법인세 비과세대상으로 적용받기 위해 이 건 경정청구를 제기하게 되었다. (마) 조세심판원 결정례(조심 2022부1923, 2022.6.14.)에서는 “처분일 이전 3년 이상 계속하여”를 ‘그 시점보다 앞선 때’로 해석하고 있고, 이 경우 ‘이전 3년 이상’이라는 문구는 ‘처분일을 기준으로 과거 보유기간 중 일정 기간 3년 이상’으로 해석하는 것으로서 반드시 처분일을 포함한 직전 3년 이상을 의미하는 것이 아니라고 판단되므로, 처분청이 이 건 경정청구를 받아들이지 아니한 것은 고유목적 사업의 취지 및 적용 기간을 편협하게 해석하는 것으로 볼 수밖에 없다.

(2) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지의 처분일부터 그 이전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니하였으므로 그 처분수입은 법인세 과세대상에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점토지를 2012년 중순부터 2019.3.13. 처분일까지 종중 묘역이 아닌 일반임야로 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니하였으므로 법인세법 제4조 제3항 제5호 의 비과세 적용대상에 해당하지 아니한다. (나) 청구법인은 법인세법 시행령 제3조 제2항 의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여”를 해석함에 있어, 처분일 기준으로 과거 보유기간 중 일정 기간 3년 이상으로 해석하여 쟁점토지 처분이익을 과세소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 이에 대한 법리해석은 이미 조세심판원 결정례(조심 2022부2070, 2022.5.30., 조심 2018부2208, 2018.7.9.)에서 처분일을 기준으로 소급하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로 문구 해석함이 타당하다고 판단하였으므로 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용한 자산으로 보아 그 처분수입을 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 ((1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2007.4.25. 개인으로 보는 단체(OOO)로 등록(개업일: 2007.8.1.)한 후 2016.1.1. 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 정관상 사업목적은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지의 부동산 등기사항전부증명서, 부동산매매약정서(2009.11.6.), 토지매도대금 수령내역서, 청구법인의 계좌(OOO)에 의하면, 쟁점토지는 1998.9.4. 청구법인 명의로 증여를 원인으로 소유권이전등기를 하였고, 2019.3.4. OOO원에 잔금을 지급하였으며, 2019.3.14. 매수인에게 소유권이전등기를 하였다. (다) 청구법인은 1970.3.14. 쟁점토지를 취득할 당시부터 2012년 6월경까지 약 종중의 묘소로 약 42년간 사용하였다가 OOO으로 2010년부터 2012년 6월까지 기존의 묘를 이장하였다.

1. 청구법인의 운영위원회 결의서(2010.8.1.)에 의하면, 이 건 토지의 조상묘를 OOO 신규 종중묘지로 화장하여 이장하기로 하였다.

2. 청구종중이 2012.6.30. 현재 작성한 ‘묘위수 및 이장 내역’에 의하면, 이 건 토지에 선조 분묘 32기 50위가 OOO으로 이전된 것으로 확인되며, 청구법인이 제출한 항공사진(2012년 5월, 2017년 7월)에서도 이 건 토지의 묘지 이장이 확인된다. (라) 쟁점토지 위에 2012년 7월경부터 2019.3.13.(처분일)까지 선묘 관리, 종묘 시제 등 사용내역은 제출된 바가 없다. (마) 청구법인은 2022.9.17. 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 그 처분수입에 대하여 비과세 적용하여야 한다고 이 건 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.10.11. 이를 거부하였다. (바) 청구법인은 법인세법 시행령 제3조 제2항의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여”를 ‘과거 보유기간 중 일정기간 3년 이상을 계속하여’로 해석하여야 한다고 주장한다. (사) 처분청은 위 (바)의 청구법인 주장에 대하여 해당 법령 문구는 ‘처분일 기준으로 직전 3년 이상을 계속하여 ’로 해석하여야 한다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 법인세법 제4조 제3항 제5호 에서 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입에서 생기는 소득 등으로 한정하되, 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제2항에서 “법 제4조 제3항 제5호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 수입’이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다”고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점토지를 약 49년간 보유하면서 2012년 6월경 조상 봉분을 이장하기 전까지 약 42년간을 계속하여 고유목적사업에 사용하였으므로 그 처분수입에 대하여 비과세를 적용하여야 한다고 주장한다. (다) 살피건대, 조세법규 엄격해석의 원칙상 조세법규는 과세요건은 물론 비과세 요건이나 감·면세요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바(대법원 1994.2.22. 선고 92누18603 판결, 같은 뜻임), 법인세법 시행령 제2조 제2항 은 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여”라고 하여 현재 시점을 기간계산의 기준으로 규정하고 있으므로, 고정자산을 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재 시점을 기준으로 하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로 해석함이 문리해석상 타당하다고 할 것이고, 과거 종중이 3년 이상을 계속하여 고유목적사업에 사용하였다고 하더라도 그 후 오랜 기간 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우까지 비과세를 적용하는 것으로 보기 어려운 점(조심 2016중1502, 2016.11.9., 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점토지를 약 49년(1970년 3월 ~ 2019년 3월) 기간 동안 보유하면서 약 42년(1970년 3월 ~ 2012년 6월)을 분묘를 모시며 고유목적사업에 사용하였다고는 하나, 2012년 6월경에 묘지를 이장한 이후부터 양도 당시까지 분묘가 소재하고 있지 아니하고 있는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 처분일(2019년 3월)부터 직전 3년 (2016.3.5. ~ 2019.3.4.) 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보이므로 쟁점토지의 처분수입에 대하여 비과세를 적용하기는 어렵다 하겠다. (라) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한

  • 다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부 개정된 것) 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제2조 제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부 개정된 것) 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

  • 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정된 것) 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료 수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의6(임야의 범위 등) ④ 법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)