2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 장기임대주택과 대체주택은 청구인의 보유주택 수에서 제외됨에도 청구인을 1세대 3주택자로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용한 처분은 부당하다. (가) 고가주택이라 해서 장기보유특별공제를 배제한다거나 중과세율을 적용해야 한다는 규정은 없으므로, 중과세율을 적용할 때에는 주택 수만을 기준으로 1세대 1주택인지 2주택인지 또는 3주택인지를 판단하여야 한다. 장기임대주택과 대체주택은 보유주택 수에서 제외되므로 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당하는 것이지 1세대 2주택(쟁점주택 + 장기임대주택) 또는 3주택(쟁점주택 + 장기임대주택 + 대체주택)의 양도가 성립할 수 없다. (나) 국세청은 고가주택이라고 하더라도 장기임대주택을 주택 수에서 제외함으로써 1주택자인 경우 보유기간(거주기간)에 따라 장기보유특별공제(24∼80%) 등의 혜택을 부여하다가(서면-2015-부동산-0195, 2015.3.13.) 갑자기 2019.11.1. 세법해석 사전답변(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1.)을 통해 대체주택 등 일시적 2주택 및 장기임대주택에 해당하는 경우 ‘종전과 같이 1세대 1주택으로 보고 소득세법 시행령제154조 제1항을 적용한다’고 하면서도, 당초의 입법취지와는 달리 ‘고가주택에 대해서는 중과배제 규정이 없다. 1세대 1주택의 비과세 규정과 장기보유특별공제 규정, 중과세율 규정은 각각 다르고 그 입법취지도 다르다’며, 1주택 개념이나 1세대1주택, 대체주택 등 일시적 2주택의 비과세규정 취지에 반하는 중과세율을 적용하고, 동시에 장기보유특별공제를 배제하도록 하는 해석을 하였으며, 이후 조세심판원도 해당 유권해석을 수용하여 결정(조심2022서2295, 2020.11.23.)하였는바, 이는 조세법률주의, 근거과세 원칙, 법적안정성에 위반되고, 세법의 입법취지를 벗어난 확장해석으로 신의칙, 과세불소급의 원칙에 위반된다. (다) 국세청과 조세심판원은 ‘중과세배제 주택으로 고가주택은 포함하고 있지 아니하다’고 지적하고 있으나, 고가주택이더라도 1주택인 경우 장기보유특별공제(최대 80%)의 혜택을 두고 있는 점, 고가주택에 대해 중과세율을 적용해야 한다는 규정이 없는 점, 고가주택에 대해 일정금액 초과분에 대해 일반세율로 과세하고 있는 점, 일시적 2주택인 경우 1세대 1주택의 비과세를 유지하고 있는 점, 서민들의 주거안정 등을 위해 장기임대주택을 널리 보급해야 한다는 입법목적과 취지 등에 비추어 장기보유특별공제를 적용하고 일반세율로 과세하는 것이 조세법률주의에 충실한 것이다. (라) 처분청은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하다고 보고 있으나, 이는소득세법제104조 제7항 제2호 및 제4호에서 장기임대주택은 중과세율 적용에서 제외하도록 한 규정을 간과한 것이다. (마) 정부는 세법해석의 오류와 운용의 문제점을 개선하기 위하여 2021.2.17. 다음과 같이 소득세법 시행령을 개정(대통령령 제31442호, 2021.2.17., 일부개정된 것)하였는바, 이후에는 당초의 법 취지에 맞게 종전과 같은 해석을 하고 있다. <2021.2.17. 소득세법 시행령개정 내용> OOO <위 개정 이후 유권해석> OOO (바) 장기임대주택으로 등록된 오피스텔은 세법상 혜택을 받기 위하여 등록된 것일 뿐, 사실상 법률상 사회통념상 주택에 해당하지 아니하므로 주택 수에서 제외되어야 한다.
1. 청구인과 배우자는 오피스텔이 사실상 또는 법률상 사회통념상 주택인지 아닌지를 명확히 알 수 없는 상황에서 분양사업자의 설명을 듣고 장기임대주택으로서의 세제혜택을 받기 위하여 주택임대사업자등록을 하게 되었으나, 장기임대주택으로 등록된 오피스텔은 방이 하나뿐이고 가족 구성원이 아닌 1인이 직장을 다니면서 임시 거주하거나 업무를 보는 공간으로서, 사회통념상 가족이나 그 구성원이 장기간 거주할 수 있는 주택의 기능이 없고, 시세 또한 일반주택 시세의 1/5∼1/10 수준에 불과하여 사회통념상 주택으로도 볼 수 없다.
2. 주택법제2조 제1호에서 ‘주택이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립적인 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말한다’고 규정하고 있는바, 오피스텔은 주택법상 주택으로 볼 수 없고, 집합건축물대장 및 오피스텔 임대차 계약서, 중개대상물 확인설명서에서도 ‘업무시설’, ‘비주거용 건축물’로 등재 및 표시되어 있다는 점에서도 주택으로 보기 어려우므로 보유주택 수에 산입하여서는 아니된다.
(2) 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 존재한다. (가) 처분청 재산세과 담당자가 2019년 9월경 장기임대주택(오피스텔)에 대하여 청구인에게 국세청 기획감사의 일환으로 소명을 요구하였고, 청구인은 “이 사건 오피스텔은 업무용이며, 설사 주택이라고 보더라도 대체주택 및 장기임대주택으로 1세대 1주택(고가주택)으로 해당되어 쟁점주택의 양도소득세는 비과세된다”고 소명하자 통지관서는 아무런 문제제기 없이 기존주택의 양도소득세 신고를 인정하였다. (나) 과세관청의 확인소명 절차 및 법령의 입법취지 및 종전의 유권해석에 의해 비과세에 해당한다고 판단하여 계속 인정해 오다가, 3년 3개월 이상이 경과된 시점에 동일한 통지관서의 조사에 의하여, 새로이 이 사건 양도소득세와 함께 가산세까지 부과한 처분은 신뢰보호의 원칙을 위배하고 종전의 타당한 유권해석을 자의적으로 확장·변경한 것이라 아니할 수 없어 납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것이다.
(1) 쟁점주택의 양도는 조정대상지역 내 3주택자의 양도에 해당하므로 3주택 중과세율 적용 및 그에 따른 장기보유특별공제 배제 대상에 해당한다. (가) 청구인이 쟁점주택 양도 당시 청구인 세대가 보유하고 있었던 쟁점주택, 장기임대주택 및 대체주택은 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 일시적 2주택특례(대체주택 특례) 및 같은 조 제20항의 장기임대주택 소유시 거주주택 특례에 따라 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지만 9억원을 초과하는 부분에 대하여는 장기보유특별공제액 등을 별도로 계산하여야 한다. (나) 쟁점주택의 양도가액 9억원을 초과하는 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 적용된다.
1. ‘장기보유 특별공제액’이란 소득세법제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말하는 것으로, 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 “조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”에 해당하는 경우 장기보유특별공제를 배제하고 있다. 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 각 호에서 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위’에 대하여 열거하면서 제1호에 해당하는 주택(수도권‧광역시‧특별시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 기준시가가 3억원을 초과하지 아니하는 주택)에 대해서만 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택 양도 당시 청구인 세대가 보유하고 있었던 쟁점주택, 장기임대주택 및 대체주택은 위 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 의 주택에 해당하지 아니하므로 청구인 세대는 ‘주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대’에 해당한다. 양도하는 주택이 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에 열거된 주택에 해당하는 경우에만 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 것인데 쟁점주택은 이에 해당하지 아니하므로 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’으로 보아야 할 것이다.
2. 청구인이 쟁점주택의 양도가액 9억원 초과분의 양도차익에 대하여는 조정대상지역에 있는 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대에 해당하므로 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따라 양도소득세 중과세율(기본세율에 20% 가산)이 적용된다.
(3) 청구인은 가산세를 감면만할 만한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고・납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다. 청구인이 주장하는 바와 같이 과세관청의 의사표시가 없었을 뿐만 아니라, 설령 당시 업무담당자의 의사표시가 있었다 하더라도 법령의 부지 및 오인에 따른 의사표시는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없음으로 정당한 사유에 관한 법리오해나 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.