의무임대기간을 채우지 못하고 임대주택을 양도함에 따라 기존 거주주택 양도 관련 1세대주택 비과세를 적용받은 것에 대해 추징한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2004.8.13. OOO(이하 “이 건 거주주택”이라 한다)를 취득하였고, 2010.2.25.～2010.4.27. OOO(총 3채, 이하 “이 건 임대주택들”이라 한다)를 취득한 후, 2020.1.20. 이 건 임대주택들을 ｢민간임대주택에 대한 특별법｣(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 “민간임대주택특별법”이라 한다)에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록하였다.
• 나. 이후 청구인은 2021.6.15. 이 건 거주주택을 양도한 후, 2021.6.15. ｢소득세법 시행령｣(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항 및 제21항에 따라 1세대1주택 비과세특례를 적용하여 고가주택 OOO원 초과분 양도차익에 대한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였고, 2022.5.20. 이 건 임대주택들 중 B동 607호(이하 “쟁점임대주택”이라 하고, 이 건 임대주택들 중 쟁점임대주택을 제외한 2채를 이하 “보유임대주택들”이라 한다)를 민간임대주택특별법 제43조 제2항에 따라 임대사업자 지위를 포괄승계하는 것으로 하여 양도하였다.
• 다. 처분청은 2023.8.11.∼2023.8.30. 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 이 건 거주주택을 양도한 후 쟁점임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하였다고 보아 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제22항 에 따라 1세대1주택 비과세특례를 배제하고 ｢소득세법｣ 제104조 제7항 에 따른 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 2023.10.20. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.11.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 청구인은 쟁점임대주택 양도 전 관할관청인 서울특별시 OOO을 방문하여 포괄승계 조건으로 양도할 경우 양도가 가능하다는 답변을 듣고 승인을 받아 쟁점임대주택을 양도하였는데, 이 당시 ｢소득세법｣상 임대기간요건을 충족하지 못할 경우 비과세 적용을 받은 양도소득세를 추가 신고‧납부하여야 한다는 사실을 전혀 인식하지 못하였다. 민간임대주택특별법 제43조 제2항에 따라 적법하게 쟁점임대주택을 포괄승계의 조건으로 양도하였다면, ｢소득세법｣상 임대기간요건을 충족하는 것으로 보는 것이 민간임대주택특별법의 취지 및 특별법 우선의 원칙에 부합하는 것이므로 1세대1주택 비과세특례의 적용을 배제하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 청구인은 이 건 거주주택을 양도할 당시 쟁점임대주택과 2채의 보유임대주택들을 소유하고 있었고, 보유임대주택들은 여전히 청구인이 보유한 채 임대하고 있어 소유 주택수에서 제외되어야 할 것이므로, 이 건 거주주택은 1세대 2주택에 해당하는 주택임에도 1세대 3주택에 해당하는 주택으로 보아 중과세율을 적용하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 과잉금지의 원칙에 위배되어 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구 관련) 민간임대주택특별법이 ｢소득세법｣에 우선하여 배타적으로 적용된다는 명문규정이 없고, 해당 두 법률은 입법목적을 서로 달리하는 법률이므로, 이 건 거주주택의 양도소득세에 대한 비과세 판단은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 에 따라 판단하면 될 뿐, 민간임대주택특별법은 고려대상이 아니다. 결국, 청구인은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제22항 에 따라 이 건 거주주택을 임대기간 요건 충족 전에 양도하였으므로, 1세대1주택 비과세특례의 적용을 부인하여 양도소득세를 경정한 이 건 처분은 적법하다.

(2) (예비적 청구 관련) 청구인은 이 건 거주주택의 양도일(2021.6.15.) 기준 이 건 거주주택, 이 건 임대주택들 합계 4채를 보유하고 있다가, 이 건 거주주택을 양도하고 곧이어 쟁점임대주택 1채를 양도함에 따라 기 양도한 이 건 거주주택의 양도소득세에 영향을 미치게 된 것인데, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 규정한 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 에 따르면, 위와 같은 경우에 중과세율 적용대상에서 제외한다는 규정이 명시되어 있지 않으므로, 4주택을 소유한 청구인에게 ｢소득세법｣ 제104조 제7항 에 따라 기본세율에 30%를 가산한 중과세율을 적용하여 양도소득세를 경정한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) ｢민간임대주택에 대한 특별법｣에 따라 쟁점임대주택을 양도하였으므로 임대기간요건을 충족하는 것으로 보아 1세대1주택 비과세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 과세한 처분이 과잉금지 원칙에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인의 임대사업자 등록 및 2021.6.15. 현재 주택 소유 현황은 아래 <표>와 같다. <표> 청구인의 임대주택 등록 및 2021.6.15. 현재 주택 소유 현황 (나) 청구인은 2021.6.15. 이 건 거주주택을 양도할 당시 이 건 거주주택 외 3채의 이 건 임대주택들을 보유하고 있었으나 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에 따라 이를 보유주택에서 제외하고 1세대1주택 비과세특례를 적용하여 이 건 거주주택의 고가주택 OOO원 초과분 양도차익에 대하여만 양도소득세를 신고‧납부하였다. (다) 청구인은 2022.5.20. 주택임대사업자 지위를 포괄승계하는 조건으로 하여 쟁점임대주택을 양도하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 민간임대주택특별법 제43조 제2항에 따라 적법하게 쟁점임대주택을 포괄승계의 조건으로 양도하였다면, ｢소득세법｣상 임대기간요건을 충족하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 양도소득세 과세 및 비과세 요건은 소득세법령에서 규정하고 있고, ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에서 1채의 거주주택과 장기임대주택을 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세특례를 적용받을 수 있는 요건으로, 장기임대주택을 민간임대주택특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것과 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것을 규정하고 있고, 같은 조 제21항에서 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제22항에서 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 추가 신고‧납부해야 한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 임대기간요건은 청구인이 쟁점임대주택을 민간임대주택특별법에 따라 장기임대주택으로 등록한 후 해당 임대기간 동안 해당 임대주택을 임대하는 것을 의미하는 것이고, 민간임대주택특별법에 따라 쟁점임대주택을 포괄승계 조건으로 양도하였다 하여 위 요건이 충족된다고 볼 수는 없다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 이 건 거주주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세특례를 적용하기 어렵다 하더라도 1세대 3주택 중과세율을 적용하는 것은 과잉금지원칙에 위배된다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제104조 제7항 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에서 조정대상지역에 있는 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하도록 하면서, 중과세율이 배제되는 주택으로 장기일반민간임대주택 등을 열거하고 있으나, 이 건 거주주택은 이에 해당하지 아니하는 점, 1세대 3주택 중과세율 적용 시 장기일반민간임대주택을 소유 주택수에서 제외하도록 하는 별도의 규정이 없는 점, 청구인은 이 건 거주주택 양도 시 조정대상지역에 이 건 거주주택, 쟁점임대주택 외 2개의 임대주택 등 총 4개의 주택을 소유하고 있었던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

(4) 따라서 처분청이 1세대1주택 비과세특례를 배제하고 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 3.조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 ｢영유아보육법｣ 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1.거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 ｢영유아보육법｣ 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2.장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다.

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. (각 호 생략) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 1.수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, ｢지방자치법｣ 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 ｢세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법｣ 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택 2.법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조 제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

• 마. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). (단서 생략) 10.1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) (3) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정된 것) 부 칙<제31083호, 2020.10.7.> 제5조(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 관한 경과조치) 2020년 8월 18일 전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 하는 경우를 포함한다)한 민간임대주택의 경우에는 제167조의3 제1항 제2호 마목 1)부터 3)까지의 규정 외의 부분 본문 및 같은 호 바목(장기일반민간임대주택등의 임대기간요건에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 2.법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서 생략)
• 마. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 8년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). (단서 생략)

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.