[요지] 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감하여 산정하여야 할 것으로 양도 당시인 2021.6.14.(이전등기 접수일)의 장부가액을 차감하여 산정하고, 위 장부가액은 자산의 취득가액에 자본적 지출 등을 가산하고 감가상각 등을 차감한 장부상 대차잔액을 말하는 것으로, 이 건에서 양도일 이후의 양도 관련 지출이 양도 당시에 확정되어 있다고 보기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 양도 당시 장부가액이란 토지 매입비용과 부대비용, 건설 제작원가와 부대비용을 말하므로 이를 반영하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 재계산하여야 한다. (가) 토지의 매입 및 부대비용, 유통단지 조성공사에 필수적인 공사비, 설계비, 인ㆍ허가 관련 비용 등은 장부가액에 해당된다. (나) 청구법인이 2021년 말 현재 유통산업단지 조성공사와 관련하여 장부에 자산으로 계상한 OOO원(장부가액인 OOO원에서 장부가액에 반영된 금융관련 금액 OOO원을 차감한 금액으로 이하 “쟁점금액”이라 한다)은 토지 매입가액과 취득세 등, 단지 조성공사와 관련한 공사비, 설계비, 인허가 관련 비용 등 단지조성 공사에 필수불가결하게 발생하는 공사비용과 부대비용을 반영한 것으로 자산의 취득가액과 장부가액에 해당한다. 더욱이 청구법인은 쟁점토지 매각 계약 시 매수자에게 부동산 명의를 이전한 이후에도 기반시설 공사 및 인허가 사항까지 책임을 지고 완결하는 일종의 조건부 거래로 계약하였고 이러한 계약 형태를 보더라도 쟁점금액은 양도가액인 매매금액에 필수불가결하게 대응하여 발생하는 취득가액에 해당한다. (다) 청구법인은 세무조사 당시 조사청에 취득가액 중 매출원가로 확정된 금액을 장부가액에 반영하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 환급하여 줄 것을 요청하였으나 조사청은 세무조사가 종결된 이후 처분청에 경정청구를 통하여 환급받을 것을 안내하였는바, 이에 청구법인은 처분청에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 환급해 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.6.14. 양도 당시의 장부가액은 소유권이전등기일까지 발생한 취득가액을 의미하는 것으로 해석하여 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
(2) 양도 당시의 장부가액이란 양도가액에 대응하여 발생하는 원가 전부를 의미하는 것이고 단순히 소유권이전등기일 등 특정시점까지 발생한 금액을 말하는 것은 아니다. (가) ‘양도’란 자산에 대한 등기, 등록과 관계없이 매도, 교환, 현물출자 등을 통해 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것으로 정의하고 있는바, 부동산의 양도는 양도대가를 계약금, 중도금, 잔금으로 구분하여 수취하고 잔금일에 목적물을 인계하는 것이 통상적인바, 부동산 개발업의 경우에도 양도할 목적물을 잔금 수령 시까지 완성하여 계약 상대방에게 양도하고 있고, 부득이한 사정이 있어 잔금 수령일 전에 소유권이전 등기를 하는 경우에도 목적물을 완성할 의무를 여전히 부담하고 있어 이는 실질적인 양도로 볼 수 없으며, 다만법인세법제40조 및 동법 시행령 제68조 제1항에 따라 국세의 원활한 확보를 위하여 신고 시기를 앞당기고 있을 뿐이다. (나) 따라서 ‘양도 당시’란 목적물이 완공되어 계약 상대방에게 이전되는 시점을 의미하는 것이고 처분청의 의견대로 완공되기 이전에 발생한 소유권이전등기일을 말하는 것이 아니다. 또한 장부가액이란 계약이나 관공서의 인ㆍ허가 조건 등으로 양도 목적물을 완성하기 위하여 부득이하게 지출할 수밖에 없는 비용 전부를 말하는 것이고, 이러한 비용이 전부 지출되지 않는다면 양도할 목적물을 완성할 수 없다. (다) 만일 소유권이전등기일까지 발생한 장부가액만 인정하고 소유권이전등기일 이후에 발생하는 장부가액을 인정하지 않는다면 양도가액은 전액 반영하면서 이에 대응하는 원가인 장부가액은 그 중 일부만 반영하겠다는 것으로서법인세법상 수익비용 대응의 원칙에 위배되는 부당한 처분에 해당하게 된다. (라)법인세법제40조 제1항, 제2항 등에서 권리의무 확정주의를 선언하고 거래 유형에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있으며법인세법제40조 제1항에 따라 익금이 확정되었다고 하려면 그 소득의 원인이 되는 권리도 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되어 있어야 한다는 것이 우리나라 법원의 태도라고 할 것인바(대법원 2004.11.25. 선고 OOO 판결 참조), 손금의 확정 또한 수익비용 대응의 원칙에 따라 익금에 대응하는 비용이라고 하더라도 당해 사업연도에 확정되지 않은 것을 손금으로 계상할 수는 없다(서울행정법원 2018.12.20. 선고 OOO 판결 참조).
(2) 청구법인의 경우처럼 재고자산을 양도하기 위해 지출하는 금액은 일종의 판매부대비용에 해당하는 것이므로 이는 ‘양도 당시 장부가액’에 포함되지 아니하고 손금으로 차감될 뿐이다. (가) 장부가액은 회계상의 장부가액이 아니라 세법회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 의미하는 것으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출ㆍ자산평가증 등을 가산하고 감가상각ㆍ평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리키는 것인데, 청구법인의 주장대로 ‘양도 당시’를 ‘사업연도 단위’로 한다면 양도 이후 발생한 해당 자산의 자본적 지출ㆍ자산평가증 및 감가상각ㆍ평가손실 등 장부가액에 영향을 미치는 요소에 대하여 개별 기업별로 회계 처리 여부 및 방법에 따라 장부가액이 천차만별로 달라질 수 있으므로 청구주장은 부당한 것이다. (나) 청구법인은 쟁점금액을 ‘양도 당시 장부가액’으로 보아야 한다고 주장하나, 용지에 관한 계정별 원장을 살펴보면, 양도일인 2021.6.14. 기준 장부가액 잔액은 OOO원으로 최초 신고한 장부가액 OOO원보다 작아서 양도차익이 더 커지는 점은 별론으로 하더라도 최초 신고한 OOO원의 산출근거 등을 용지 계정으로는 확인할 수도 없고, 청구법인은 단순히 착오로 신고한 것이라 주장할 뿐, 당초 용지계정에 계상한 금융 관련 수수료 OOO원 또한 이의신청 과정에서 스스로 비용에 해당한다고 장부가액에서 제외하였다면, 청구법인의 최초 신고한 장부가액에서 이를 차감하는 수정신고를 해야 하는 것이 타당한 것임에도 본 건에서조차 그 상세 내역 및 산출근거 등을 제시하지 않고 있으므로 청구주장은 신빙성이 없어 보인다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 경기도 용인시 OOO에서 OOO 물류단지(총면적 248,179㎡) 개발사업을 영위하는 사업자로 2021.6.14. 상업단지 등 대부분(220,218㎡)의 조성부지를 판매하고 2021사업연도 법인세(토지 등 양도소득)를 아래 ＜표1＞과 같이 신고하였다. ＜표1＞ 2021사업연도 법인세 신고 내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인이 경정청구 당시 산정한 양도 당시 장부가액의 산정 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 양도 당시 장부가액 산정 내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 2023.6.14. 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 처분청이 제출한 ‘법인세 경정청구 검토서’ 중 검토자 의견은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 처분청의 경정청구 검토서 중 ‘검토자 의견’란 발췌 ＜검토자 의견＞ ○법인세법제55조의2 제6항에 따르면 “토지등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며, 양도 당시 장부가액은 양도일 현재 세무상 장부가액을 의미하는 것으로서 “조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 청구법인이 주장하는 기말 손익계산서상의 매출원가를 양도 당시 장부가액으로 인정해 달라는 주장은 법령의 입법취지 해석을 별론으로 하더라도 받아들이기 어려움 ○최초신고한 양도 당시 장부가액 OOO원의 상세 내역과 산출근거 등의 확인이 선행되어야 하나 이를 제출하지 못하였으며(이하 생략) ○상기에 따라 경정할 내용이 없으므로 이 건 경정청구는 거부통지하고 종결함 (라) 청구법인은 쟁점토지에 관한 지구단위 계획(안)을 제출하였으며 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ OOO 유통물류단지 지구단위 계획(안) ㅇㅇㅇ (마) 청구법인의 2020∼2021사업연도 재무상태표는 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 청구법인의 2020∼2021사업연도 재무상태표 ㅇㅇㅇ (바) 청구법인의 2019∼2021사업연도 계정별 원장 중 용지계정은 아래 ＜표6＞ㆍ＜표6-1＞ㆍ＜표6-2＞와 같다. ＜표6＞ 청구법인의 용지계정 원장(2019사업연도) ㅇㅇㅇ ＜표6-1＞ 청구법인의 용지계정 원장(2020사업연도) ㅇㅇㅇ ＜표6-2＞ 청구법인의 용지계정 원장(2021사업연도) ㅇㅇㅇ (사) 청구법인의 2021사업연도 법인세 신고내역 중 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산출명세서는 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산출명세서 ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 2021년 4월경 주식회사 A와 쟁점토지에 관하여 부동산매매계약을 체결하였으며 아래 ＜표8＞과 같이 그 부동산매매계약서 사본을 제출하였다. ＜표8＞ 쟁점토지에 관한 부동산매매계약서 사본 중 일부 발췌 ㅇㅇㅇ (자) 청구법인은 2019년 11월경 쟁점토지에 관한 당초 매수인과 작성한 합의서 중 일부를 제출하였으며, 관련 내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 쟁점토지에 관한 합의서 중 일부 발췌 ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 2020년 9월경의 쟁점토지에 관한 매수인 지위 이전계약서 중 일부를 제출하였고 관련 내용은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점토지에 관한 매수인 지위 이전계약서 중 일부 발췌 ㅇㅇㅇ (카) 청구법인은 2020년 11월경 쟁점토지에 관한 매수인들과 쟁점토지에 관한 기반시설 설치 등의 의무이행을 확약하는 계약을 체결하였다며 확약서를 제출하였고, 관련 내용은 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표11＞ 쟁점토지에 관한 확약서 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 소유권이전등기 시기가 아닌 2021년 말의 장부에 자산으로 계상한 금액(금융 관련 비용은 차감)이 자산의 취득가액과 장부가액에 해당하고 이를 반영하여 세액을 재계산하여야 하므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제6항은 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 하고 자산의 판매손익 등의 귀속시기와 관련하여 같은 법 시행령 제68조에 의하면 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기 등을 하는 경우에는 그 이전등기일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도로 하고 있고 같은 법 시행령 제92조의2 제6항에 의하면 위 제68조 규정이 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 등에 관하여도 준용되는바, 이 건에서 청구법인의 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감하여 산정하여야 할 것으로, 청구법인은 쟁점토지에 대해 매수인들이 대금을 청산하기 전인 2021.6.14.에 소유권이전등기를 하였으므로 토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시인 2021.6.14.(이전등기 접수일)의 장부가액을 차감하여 산정하고, 위장부가액은 자산의 취득가액에 자본적 지출 등을 가산하고 감가상각 등을 차감한 장부상 대차잔액을 말하는 것으로, 이 건에서 양도일 이후의 양도 관련 지출이 양도 당시에 확정되어 있다고 보기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 법인세법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.
(2) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다
3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 제92조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)
⑥ 제68조는 법 제55조의2 제1항에 따른 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다.
(3) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.