민간임대주택법의 개정으로 과세기준일 현재 임대사업자 등록이 자동말소된 민간임대주택이 종부세 합산배제 대상인지 여부

• 가. 청구법인은 2006.5.15. 서울특별시 종로구 창의문로 OOO에 주택임대업을 주업종으로 사업자 등록을 하고, 2006.5.19. 같은 소재지의 다세대주택 16세대(OOO 외 15세대, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2006.6.12. 종로구청장에게 임대사업자등록을 하였다.
• 나. 처분청은 2020.9.17. 쟁점주택이 종로구청장에 의해 임대사업자등록이 자동말소 됨에 따라 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 청구법인에게 2023.5.30. 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 합계 OOO원을 과세예고 통지하였고, 이에 청구법인은 2023.6.27. 과세전적부심사를 청구하였으나, 2023.8.1. 불채택 결정되어 2023.8.9. 위 종합부동산세가 결정․고지되었다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2006년 5월 쟁점주택을 취득하여 심판청구일 현재까지 임대사업을 영위 중이며, 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제6조 제6항에서 ‘제1항 각 호 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약이 끝날 때까지 임대사업자로 본다’고 규정하는바 임대사업자의 지위가 유지되므로 쟁점주택은 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에 규정한 합산배제 임대주택에 해당하므로 종합부동산세 부과처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 규정하는 합산배제 임대주택이라 함은 공공주택 특별법 제4호 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현대 임대하거나 소유하고 있는 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로, 민간임대주택법 제6조 6항 은 입법취지 등에 비추어 볼 때 임차인의 주거안정을 위해 임대사업자가 남은 임대차계약서상 임차기간 동안 민간임대주택법상 의무를 준수하라는 취지에서 규정된 것이지 종합부동산세법상 합산배제 요건에 적용되는 임대사업자를 규정한다고 보기 어려우며, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 ‘주택임대업 사업자등록을 한 자’라는 요건은 민간임대주택법에 따른 사업자등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있는 것을 포함하는 것이다(부산지방법원 2014.10.02. 선고 2014구합20248 판결 참조). 따라서, 종합부동산세법에서 규정하는 ‘합산배제 임대주택’을 적용받기 위해서는 ‘임대’라는 실질적 요건과 민간임대주택법 제5조 ‘임대사업자의등록’ 및 법인세법 제111조 ‘사업자등록’이라는 법적요건을 모두 충족해야하는데, 쟁점주택은 2021년 및 2022년 과세기준일 현재민간임대주택법에 따른 임대사업자등록이 말소되었으므로 합산배제 임대주택 적용요건을 충족하지 않는다(조심 2022서6155, 2022.11.29. 같은 뜻임). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석해야하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하다 할 것이다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조).

• 가. 쟁점 민간임대주택에 관한 특별법의 개정에 따라 임대사업자 등록이 말소되었다고 하더라도, 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 (2020.12.29. 법률 제17760호로 일부 개정된 것) 제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 (2) 종합부동산세법 시행령 (2021.2.17. 법률 제31447호로 일부 개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

• 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
• 다. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료 등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료 등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료 등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 및 공공주택 특별법 시행령 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

(3) 법인세법 (2020.12.22. 법률 제17652호로 일부 개정된 것) 제111조(사업자등록) ① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주의 명세서를 제출하여야 한다.

② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 (가) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정 전 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략) (나) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정 후 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18.> 제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략)

⑤ 종전의민간임대주택에 관한 특별법제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한날 등록이 말소된다. <신설>

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다. 부 칙 <대통령령 제17482호, 2020.8.18.> 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 청구법인의 종합부동산세 과세대상 물건명세는 아래와 같다. (나) 쟁점주택의 임대사업자등록 등 일자별 주요 사실관계는 다음과 같다. (다) 청구법인은 2006.6.12. 종로구청장에게 쟁점주택을 임대주택법에 따라 임대사업자 등록하였고, 그 주요내용은 아래와 같다. (라) 2020.8.18. 개정 및 시행된 민간임대주택에 관한 특별법에 따르면, 종전 ① 의무임대기간 4년의 단기민간임대주택과 ② 의무임대기간 8년의 장기민간임대주택 중 아파트 부분에 대하여 해당 제도를 폐지하는 한편(제2조 제5호 및 제6호), 기존의 해당 임대주택은 의무기간이 종료한 날 등록이 말소되도록 규정하였다(제6조 제5항). (마) 종로구청장은 2020.10.13. 청구법인에게 “ 민간임대주택법 개정(2020.8.18. 시행)에 따라 폐지되는 유형인 단기임대 및 장기일반 아파트 매입임대주택의 경우, 법 시행일에 이미 임대의무기간이 경과한 경우에는 법 시행일에 자동으로 말소되며, 따라서 같은 법 제6조 제5항에 따라 쟁점주택 임대의무기간이 종료하여 임대사업 등록이 말소 처리되었음”을 아래와 같이 통지하였다. (바) 청구법인은 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제6항 에서 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지는 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다고 규정하고 있으므로 쟁점주택 중 303호의 임대차계약 기간이 끝나는 2022.9.1. 까지는 임대사업자에 해당한다고 주장하면서, 쟁점주택의 임대현황을 제출하였다.

(2) 과세전적부심사 결정서의 판단부분은 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 민간임대주택법 제6조 제6항 에서 등록이 말소된 경우 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약이 끝날 때까지 임대사업자로 본다고 규정하고 있으므로 쟁점주택은 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하나, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택은 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록이 말소되었으므로, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택에 해당한다고 보기 어려운 점(조심 2022서1437, 2022.5.12. 외 다수, 같은 뜻임), 민간임대주택법 및종합부동산세법의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정은 두고 있지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 과세기준일 현재 합산배제 임대주택에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 종합부동산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.