겸용주택의 공부상 현황에 따라 주택 외의 부분에 대해서는 비과세를 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2003.4.5. 취득한 서울특별시 관악구 신림동 OOO 소재 건물(공부상 주택면적 170.22㎡, 점포 면적 43.15㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 및 토지(154.7㎡)를 2022.10.24. OOO원에 양도한 후, 2022.11.25. 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 OOO원 초과분에 대한 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 2023.5.10.부터 2023.5.29.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후, 쟁점부동산 중 공부상 점포 부분(이하 “쟁점임대부분”이라 한다)에 대해 용도가 불분명하다고 보아 1세대 1주택 비과세 규정 적용대상에서 제외하여 청구인에게 2023.7.5. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.9.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 건축물 대장에 의하면 쟁점부동산은 연면적 213.37제곱미터로 1층은 주택 66.83㎡, 점포 43.15㎡(쟁점임대부분)이며, 2층은 주택 87.39㎡, 옥탑 16㎡로 구성되어 있다. 청구인은 쟁점부동산을 2003.4.5. 배우자로부터 상속받아 2층에서 양도시점까지 계속 거주하였고, 1층의 2세대는 전세계약을 체결하였다. 쟁점임대부분은 주식회사 A(이하 “㈜A”라 한다)와 전세계약을 체결하였으나, 이는 개인인 B(전 B, 영문: B, 2021년 중 대한민국 국적 취득 후 개명)이 거주하기 위하여 계약한 것이다. B은 본인이 거주하면서 KKKK공사에 가입하고 전력을 주거용으로 신청하여 사용하였고, SSSS주식회사도 본인이 직접 가입하여 주택용가스를 사용하였다. 처분청에서는 ㈜A가 주식회사 C(이하 “㈜C”라 한다)와 전대 계약을 체결하여 쟁점임대부분을 사업용으로 사용했다고 주장하지만, ㈜C는 쟁점임대부분을 실제로 사용하지 않았다. 현재 쟁점부동산은 철거되었음에도 2023.9.18. 기준 ㈜C의 법인등기부등본에도 본점소재지는 쟁점부동산으로 되어있고 사업자등록 장소도 쟁점부동산으로 되어 있는바, ㈜C는 단지 사업자 등록을 하기 위하여 전대차계약을 채결한 것으로 보인다.

(2) 비록 쟁점부동산의 공부상 점포부분을 자연인이 아닌 법인에게 임대하였지만, 쟁점임대부분의 실제 사용용도는 주거용이었다. 쟁점임대부분의 도시가스와 전기사용 용도가 주택용으로 표기되어 있고, 실제 사용하고 있는 B이 가입한 것이다. B 또한 본인이 거주하였음을 인정하였으므로 쟁점임대부분은 실질과세 원칙에 따라 주택으로 간주되어야 한다. 쟁점부동산은 1986년 이전에 신축된 노후주택이고, 청구인이 상속받기 이전부터 주거용으로 사용되었다. 쟁점임대부분은 실제 계속해서 주거용으로 사용되었다는 직접적 증거만 있을 뿐 주거용 이외의 목적으로 사용되었다는 증거는 없다. 부동산의 사용용도는 사업용 아니면 주거용으로 특정해서 구분할 수밖에 없으나, 처분청은 쟁점임대부분이 사업용으로 사용되었다는 증거를 제시하지도 않았고, 청구인은 또는 B은 사업용으로 사용한 적이 없다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점임대부분은 점포가 아닌 주택으로 사용되었으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 ① 쟁점부동산의 주민등록 전출입세대 내역에 따르면 2021.11.1.∼2022.10.30. 당시 전입세대는 조사대상자인 D 가족이외에는 어떤 세대도 없었고, ② 세무조사시 세입자인 ㈜A 대표자가 직원숙소로 사용하였다고 주장하며 B의 주거사실 확인서를 제출하였으나 B은 쟁점부동산에 거주한 사실이 없고 배우자인 E과 양도시점 전후 서울특별시 관악구 조원로14길 OOO에 거주한 것으로 확인된다. 또한 B이 ㈜A에 근무한 시점은 2020년이므로 확인서 상 B의 거주일자인 2018년 7월부터 B이 쟁점임대부분에 거주한 했다는 주장은 신빙성이 떨어진다.

③ 처분청이 KKKK공사 및 SSSS가스공사에 유선으로 확인한 바, 용도결정(주택용 및 상업용)은 신청자의 신청에 의하여 대부분 결정되는 것으로 공과금청구서 상 용도가 주택용으로 청구되었다는 사정만으로는 실제 주택용으로 인정하기 부족하다. ④ 또한 청구인은 ㈜A가 2020.6.2∼2021.6.1까지 ㈜C에 쟁점임대부분을 전대차하는 것에 동의하기도 하였으므로 쟁점임대부분은 용도가 불분명한 것으로 보는 것이 타당하고 처분청이 청구인에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 겸용건물의 공부상 현황에 따라 주택 부분만을 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 비과세하고 주택 외의 부분은 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분을 적용할 때 1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우로서 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체 주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액이 12억원을 초과하는 경우에는 고가주택으로 본다.

② 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 따른 고가주택의 실지거래가액을 계산하는 경우에는 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

③ 제155조 제15항에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분을 적용한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ①법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 임대차계약서에 따르면 청구인은 2018.7.14.부터 24개월동안 ㈜A에게 쟁점임대부분을 임차한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 B이 작성한 확인서를 제출하였는바, “B(개명전 B, 영문: B)은 2018년 7월부터 2022년 6월까지 쟁점임대부분에서 거주하였음을 확인합니다.”로 기재되어 있음이 나타난다. (다) 청구인은 주식회사 F이 작성한 사실확인서를 제출하였는바, “주식회사 F은 쟁점임대부분의 계약일(2018년 7월) 이후 계약만료일(2022년 6월)까지 직원숙소용(주거용)으로 사용하였음을 확인한다”는 내용이다. (라) 청구인이 제출한 쟁점임대부분의 2022년 7,9월분 전기요금 청구서에 따르면 ‘수취인 명의: G(B의 개명전 영문명), 계약종별: 주택용전력’ 으로 기재되어 있음이 나타나고, 서울도시가스의 2017년 1월 ∼ 2023년 5월분 요금 청구 및 납부내역에 따르면 ‘성명: H, 상품: 주택용, 취‧난방 겸용)’으로 기재되어 있음이 나타난다. (마) 청구인은 쟁점부동산의 전경을 촬영한 사진자료를 제출하였다. (바) 쟁점부동산의 건축물대장 및 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산은 1층 109.98㎡, 2층 87.39㎡, 옥탑 16㎡로 구성되어 있고, 1층 중 66.83㎡의 용도는 주택, 1층 중 43.15㎡(쟁점임대부분)의 용도는 점포, 2층 전체의 용도는 주택으로 기재되어 있다. (사) 쟁점부동산은 2022.12.1. 멸실되어 쟁점임대부분이 주거용으로 사용되는 데에 적합한 기능을 갖추었는지 여부를 확인할 수 없다. (아) 처분청이 쟁점부동산 관할지방자치단체인 관악구청에 요청하여 회신 받은 쟁점부동산 전출입 자료에 따르면, 쟁점부동산에 전출입한 자는 D 외 6명(처분청은 이들이 D의 가족이라는 의견이다)이고, 이 중 B은 나타나지 않는다. (자) 처분청이 제출한 ‘외국인 국내거소 기록자료’에 따르면 B이 쟁점임대부분 또는 쟁점부동산에 거소한 사실은 확인되지 않고, 2017.1.4. 서울특별시 관악구 조원로14길 OOO에 거소신고한 것으로 나타난다. (차) 처분청이 제출한 전대동의서에 따르면 청구인은 쟁점임대부분의 임차인 ㈜A가 ㈜C와 체결한 전대차계약에 동의한 것으로 나타나고, ㈜C의 사업자등록증 및 법인등기사항전부증명서에 의하면, ㈜C의 본점소재지는 ‘쟁점부동산 1층’이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 중 공부상 점포 부분인 쟁점임대부분을 공부상 현황에 따라 주택이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,소득세법제88조 제7호는 “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하며, 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있는바, 쟁점부동산은 2022.12.1. 멸실되어 쟁점임대부분이 주거생활을 할 수 있는 구조를 갖추고 있는지 여부가 확인되지 않는 점, 청구인이 쟁점임대부분에 거주하였다고 주장하는 임차인 B의 거주사실이 객관적으로 확인되지 않는 점, 용도가 분명하지 아니할 경우 공부상의 용도에 따를 수밖에 없는 점 등에 비추어, 쟁점부동산 중 공부상 점포 부분인 쟁점임대부분을 주택이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.