조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점가산세 부과처분은 과세전적부심사청구권을 박탈하여 이루어진 것이고 국세청의 유권해석에 반하여 신의성실원칙에 위반되며 의무불이행의 정당한 사유가 있었으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2023-서-10389 선고일 2024.09.24

처분청은 청구인이 **법원으로부터 이 사건 증여세조정권고안을 받은 날부터 자진납부일까지의 기간에 관하여 납부불성실가산세를 계산하여 쟁점가산세부과처분을 하였으나, 청구인 입장에서는 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소된 사실을 확인하고 이 사건 당초 증여세부과처분 취소소송의 소취하가 확정되기 전까지는 쟁점신주인수권의 양도소득이 증액될 것을 예상하여 양도소득세를 수정신고ㆍ납부할 수 없었을 것으로 보이는바, 쟁점가산세부과처분은 이 사건 당초 증여세부과처분 취소소송의 취하가 확정된 날의 다음 날인 기간에 대하여 납부불성실가산세를 계산하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

[주 문] OO세무서장이 2023.4.26. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 2019.6.26.부터 2023.2.28.까지 기간에 대하여 납부불성실가산세를 계산하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 주식회사 a(이하 “a”이라 한다)의 최대주주이자 대표이사로 재직하고 있는 자로, a이 발행한 사모 분리형 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권 중 70%(a의 신주 378,623주를 인수할 수 있는 권리가 표창된 증권으로, 이하 “쟁점신주인수권”이라 한다)를 2013.8.9. b 주식회사 등으로부터 OOO원(1주당 약 OOO원)에 매수하였다.
  • 나. OO지방국세청장은 2017.5.29.부터 2017.7.12.까지 a 및 청구인 등에 대한 주식변동조사(이하 “이 사건 당초 주식변동조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구인이 쟁점신주인수권을 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 시가보다 낮은 가액으로 취득하였다고 보아 상속세 및 증여세법 제40조 제1항 제1호 나목 등을 적용하여 쟁점신주인수권의 1주당 시가를 OOO원으로 산정하고, 취득가액과의 차액인 OOO원[= (OOO원 – OOO원) × 265,577주]을 증여이익으로 산정하였고, OO세무서장은 위 조사 결과를 통보받고 2017.9.5. 청구인에게 2013.8.9. 증여분 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지(이하 “이 사건 당초 증여세부과처분”이라 한다)하였다.
  • 다. 청구인은 2017.12.8. a에게 쟁점신주인수권을 합계 OOO원에 양도한 후 이 사건 당초 증여세부과처분 및 소득세법 시행령제163조 제10항 제1호에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액을 OOO원으로 하여 2018.2.28. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부(이하 “이 사건 1차 양도소득세신고”라 한다)하였다.
  • 라. 청구인은 이 사건 당초 증여세부과처분에 불복하여 2017.12.4. 심판청구를 거쳐 2018.9.28. 서울행정법원 2018구합79483호로 취소소송을 제기하였다가, OO세무서장이 서울행정법원의 2019.5.23.자 조정권고안(이하 “이 사건 증여세조정권고안”이라 한다)을 수용하여 2019.6.18. 이 사건 당초 증여세부과처분을 취소한 사실을 확인한 후 2019.6.25. 위 취소소송을 취하하였다.
  • 마. 청구인은 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소됨에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액을 당초 OOO원에서 OOO원(=OOO원-OOO원)으로 감액하여 2023.2.28. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부(이하 “이 사건 2차 양도소득세신고”라 한다)하였는데, 과소신고 및 납부불성실에 따른 가산세를 OOO원으로 신고하였다.
  • 바. 처분청은 2023.4.26. 이 사건 2차 양도소득세신고와 관련한 과소신고가산세를 전액 감면하는 것으로 결정하되, 2019.5.23.자 이 사건 증여세조정권고안을 기준으로 2019.5.24.부터 2023.2.28.까지 기간에 대한 납부불성실가산세 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 “쟁점가산세부과처분”이라 한다)하였다.
  • 사. 청구인은 이에 불복하여 2023.7.19. 이의신청을 거쳐 2023.10.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 담당공무원의 업무해태 및 직무유기로 인하여 과세전적부심사청구권의 행사권리를 침해당하였으므로 쟁점가산세부과처분은 중대한 하자로 취소되어야 한다. (가) 조세심판원은 납세자가 2016년 1월 양도물건에 대한 예정신고를 정상적으로 하였음에도 과세관청이 5년 가까이 이를 처리하지 않고 있다가 국세부과제척기간 직전인 2022년 4월에 고액의 양도소득세를 부과한 사건에서, 과세관청이 과세를 지연한 것에 대한 합리적인 이유가 제시되지 않았고, 과세관청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자가 과세전적부심사청구권을 행사할 수 없도록 하였기 때문에 해당 과세처분에 절차상 중대한 하자가 있다고 보아 납세자의 청구를 인용하였다. (나) 청구인의 경우 2017년 12월 쟁점신주인수권을 양도하고 2018년 2월에 예정신고를 하였는바, OO세무서 담당직원은 2018년 4월에 양도소득세 신고 내용 검증 목적으로 과세자료를 생성하였다. 그러나, 처분청은 양도소득세 예정신고일부터 5년 2개월이 지난 2023년 4월(부과제척기간 한달 전임)에 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않은 채 쟁점가산세부과처분을 한 것이다. OO세무서(재산세과)는 이 사건 당초 증여세부과처분을 직권으로 취소하고 이 사건 1차 양도소득세신고에 수정사항이 발생하여 과소신고 및 납부불성실가산세 부과에 대한 유권해석 사안이 발생하였음에도 청구인에게 이에 대한 안내를 전혀 하지 않았다. OO세무서장은 청구인에 대한 과세자료를 생성하였음에도 장기간 처리를 하지 않았고, 더구나 이 사건 증여세조정권고안이 있었음에도 불구하고 장기간 방치하고 있었다. OO세무서는 이 사건 1차 양도소득세신고 건에 대한 자료를 보유하고 있었기 때문에 이 사건 당초 증여세부과처분을 취소함과 동시에 양도소득세를 과세한 후 순액만을 증여세 환급세액으로 충당하거나, 청구인에게 양도소득세 수정신고 안내 등을 하여야 했다. (다) OO세무서장의 위법한 이 사건 당초 증여세부과처분과 그 취소가 쟁점가산세부과처분의 발생원인임에도 불구하고 OO세무서장과 처분청은 정당한 이유 없이 업무를 해태한 것이고, 이를 제쳐두더라도 경과기간에 대한 양도소득세 가산세 책임을 오로지 청구인에게 지우는 것은 매우 부당하다.

(2) 청구인이 양도소득세 수정신고 의무를 이행하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있으므로 과소신고가산세 뿐만 아니라 쟁점가산세부과처분 또한 감면되어야 한다. (가) ‘ 국세기본법 집행기준’ 48-0-1(가산세 감면 등) 제2항은 “‘정당한 사유가 있는 때’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있는 때를 말한다”고 하고 있고 대법원도 같은 입장이다. 국세청은 이 건과 같은 사실관계로서 법원판결로 인한 취득가액의 변동이 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부에 대해 “납세의무자가 과세관청의 결정가액을 취득가액으로 하여 양도소득세 신고 후 대법원 판결로 취득가액이 변동된 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다”고 해석(법령해석기본-2016-187, 2016.9.29., 이하 “쟁점유권해석”이라 한다)하였고, 이는 2019년 12월에 국세청에서 발간한 세법해석사례집에도 공식적으로 실려 있다. (나) 청구인의 이 사건 1차 양도소득세신고에 대하여 수정신고 사항은 청구인의 증여세 소송결과에 따라 정해지고, 양도소득세와 증여세 두가지 세목이 연관되어 있다는 점과 처분청에서도 부과처분 당시 관련 법령 등을 집행하는 과정에서 고지서상 세액 계산 오류가 여러 차례 있었던 점을 감안하면, 청구인이 스스로 잘못을 발견할 것으로 기대하기는 어려운 사안이다.

(3) 쟁점가산세부과처분은 처분청이 동일한 사실관계에 대해 국세청에서 공표한 세법해석을 스스로 위배하여 과세한 것으로서 이는 청구인의 신뢰할 만한 이익을 침해하여 신의성실의 원칙을 위반한 것이다. (가) 앞서 서술한 바와 같이 이 건과 동일한 사실관계에 관하여 국세청(법령해석과)은 쟁점유권해석을 하였고, 2019년 12월 ‘세법해석사례집’을 발간하여 공표하였다. 국세청은 이 책자 머리말에서 “납세자의 권익 및 과세관청의 세무행정에 중요한 영향을 미치거나 다수의 납세자에게 폭넓게 활용될 수 있는 일반적이고 핵심적인 사례를 쟁점별로 엄선하여 만들었으며, 세법해석의 취지를 쉽게 이해할 수 있도록 사실관계, 질의내용, 관련 법령 및 회신문과 함께 검토 내용까지 제시하여 납세자와 과세관청에 유용한 정보가 제공되도록 하였습니다”고 하면서 “종사직원에게는 적법하고 공정한 세법 집행을 위한 길잡이가 되기를 기대한다”고 하였다. 또한, 국세청은 위 ‘세법해석사례집’ 발간 시점에 맞추어 2019년 12월 간부회의자료를 통해 지방국세청과 일선 세무서에 ‘세법해석사례집’을 배부함과 동시에 국세법령정보시스템에도 등재하였다. 이렇게 국세청은 ‘세법해석사례집’의 발간을 통해 종사직원으로 하여금 국민의 재산권을 부당하게 침해하지 않도록 하는 세법적용의 기준이 되도록 하였다. 그럼에도 처분청은 이러한 국세청의 공적인 세법해석을 무시한 과세를 함으로써 청구인의 재산권을 부당하게 침해한 것이다. (나) 국세청은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 쟁점유권해석을 회신하였고, 이를 ‘세법해석사례집’ 및 법령정보시스템에 공표함은 물론 종사직원들에게 시달한바, 그 후 그 세법해석과 관련하여 사정 변경이 없었으므로 쟁점가산세부과처분은 신의성실원칙이나 국세기본법제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙을 위배한 것이다. (다) 처분청은 조세심판원의 선결정례 2건, 조심 2020서1486호(2021.9.8.)와 조심 2022서132호(2022.8.10.)를 들어 쟁점가산세부과처분이 정당하다고 주장하나, 국세청이 주식변동조사를 통해 자본거래 유형 중상속세 및 증여세법제40조를 근거로 과세한 사례는 수십 건 내지 수백 건 이상으로 추정되는데 위 심판사례는 그 중 2건에 불과하다. 즉, 과세관청의 종사직원이 청구인과 동일한 사례에 대해 ‘세법해석사례집’과 국세법령정보시스템에 등재된 쟁점유권해석을 근거로 가산세를 모두 면제한 건은 위 2건보다 훨씬 많을 것으로 추정되는데, 그렇다면 쟁점가산세부과처분을 당한 청구인에게는 큰 불형평성이 발생하게 되는 것이다. (라) 또한 위 조세심판원의 선결정례 2건을 보면, 과세관청의 담당공무원이 ‘세법해석사례집’의 해석사례를 숙지하지 못하고 과세한 것으로 보인다. 그리고 위 선결정례 2건에서 문제가 된 사안 모두 납부불성실가산세 부과 시 납세자의 미납일수가 193일 및 297일에 불과하여 모두 1년 이내 단기간에 과세가 이루어졌지만, 쟁점가산세부과처분의 경우 무려 1,377일로 계산한 납부불성실가산세를 부과하였는바, 그 과정에서 업무를 방치하고 해태한 처분청 등의 업무과실은 배제하면서 청구인에게 무거운 가산세를 부과하는 것은 너무나 부당하고 가혹한 처사이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점가산세부과처분을 감면할 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. (가) 청구인은 2017.12.8. 쟁점신주인수권을 양도하고, 이에 대하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하면서 취득가액에 이 사건 당초 증여세부과처분에 따른 증여재산가액을 합산하였으며, 2000년부터 현재까지 a의 대표이사를 역임하는 등 세법에 대한 이해도가 일반인들에 비해 부족하다고 보기 어렵다. 청구인은 또한 세무사, 변호사 등 전문가의 조력을 받아 이 사건 당초 증여세부과처분 취소소송을 진행하였는바, 청구인에게는 의무불이행의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. (나) 신고 세목인 양도소득세의 납세의무 성립은 국세기본법제21조 제3항 제2호에 따라 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일이 되고, 납세의무확정은 같은 법 제22조 제2항 및 소득세법제105조에 따라 납세의무자가 신고했을 때 확정되는 것이다. 앞서 언급했듯이 세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상 제재로서, 이러한 가산세가 감면되기 위해서는 납세의무가 확정되었을 때(신고ㆍ납부 법정기한에 납세의무자가 자진신고ㆍ납부했을 때) 과세표준과 세액을 확정할 수 없는 경우에는 의무 불이행의 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. (다) 따라서, 청구인의 경우 납세의무 이행을 위해 과세표준과 세액을 법정기한 내에 신고할 때(2018.2.28.) 소득세법에서 규정한 양도가액과 취득가액을 기준으로 과세표준과 세액을 정상 신고ㆍ납부하였고, 이후 이 사건 증여세조정권고안에 따라 2019.6.18. 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소되었으므로 청구인은 이 사건 1차 양도소득세신고에 대하여 국세기본법제45조 제1항 제1호에 따라 자진해서 과세표준 수정신고서를 제출하거나, 처분청이 소득세법제114조 제2항에 따라 당초 신고분에 대해 경정결정을 할 수 있는 것이다. 이 과정에서 지연이자 성격의 납부불성실가산세는 납부해야 할 세액보다 적게 납부한 경우 법정납부기한의 다음날부터 납부일까지의 기간에 국세기본법 시행령제27조의4의 이자율을 곱한 금액을 부과하는 것이다. (라) 청구인의 경우 원칙적으로는 법정신고ㆍ납부기한인 2018.2.28.의 다음 날부터 과세표준 수정신고ㆍ납부일 또는 관할세무서의 고지일까지 계산한 세액(본세+가산세)을 납부해야하지만, 이 사건 당초 증여세부과처분에 대한 취소소송이 결정되기 전까지는 당초 신고하여 확정된 세액이 정당한 것이고, 위 취소소송의 결과로 과세표준이 수정되었으므로 과소신고가산세 감면의 정당한 사유에 해당하므로 과소신고가산세는 부과되지 않으며 이 사건 증여세조정권고안의 조정권고일까지 납부불성실가산세 또한 부과되지 않는 것이다. 다만, 조정권고일 이후에는 취득가액이 확정되어 납세의무자에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 과소납부한 세액에 대해서는 납부일 또는 고지일까지 납부불성실가산세가 부과되는 것이 타당하다.

(2) 쟁점유권해석에 따라 과소신고가산세 및 이 사건 증여세조정권고안의 조정권고일까지 납부불성실가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 할 것이나, 위 조정권고일 이후의 납부불성실가산세를 감면하여야 한다는 것은 쟁점유권해석을 확대해석하는 것인바, 쟁점가산세부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구인의 주장은 타당하지 않다. (가) 청구인이 제시하는 쟁점유권해석을 보면, “납세의무자가 양도소득세 신고 시 양도주식의 취득가액을 과세관청의 결정가액으로 신고한 후 대법원 확정판결로 인하여 취득가액이 변동되어 양도소득세를 과소 신고한 것으로 판명된 경우에는 납세의무자에게 양도소득세 과소신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 국세기본법제48조의 제1항에 따라 가산세를 감면할 수 있는 것임”이라고 되어 있다. (나) 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소됨에 따라 청구인이 납부해야할 양도소득세는 당초 OOO원에서 OOO원으로 증가되었으므로 원칙적으로 추가납부세액(OOO원)에 대하여 법정기한 다음날부터 납부불성실가산세가 부과되어야 하나, 위 국세청의 해석을 적용하여 과소신고가산세 감면의 정당한 사유가 있고, 소송결과가 확정되기 전까지는 쟁점신주인수권의 취득가액을 확정할 수 없으므로 소송결과 확정일까지는 납부불성실가산세도 부과하지 않는 것이다. (다) 청구인이 주장하는 바와 같이 전체 기간에 대한 가산세를 감면해야 한다고 해석하는 것은 위 국세청 유권해석을 확대해석하는 것으로 판단되고, 국세청의 공적인 견해표명과 달리 처분한 것으로 보기 어려우므로 신의성실의 원칙에 반하는 것이 아니다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점가산세부과처분은 과세전적부심사청구권을 박탈하여 이루어진 것으로 신의성실원칙에 위반되어 위법하다는 청구주장의 당부

② 쟁점가산세부과처분은 쟁점유권해석에 반하여 신의성실원칙에 위반되고, 납부의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있으므로 이를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 당초 증여세부과처분 관련 결정서, 이 사건 증여세조정권고안, 이 사건 2차 양도소득세신고서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) a은 유ㆍ무선통신 부가서비스 제공을 목적으로 2000.2.14. 설립되어 2010.2.9. 코스닥 시장에 상장된 법인이고, 청구인은 a의 대표이사로 재직하고 있으며 2023년말 기준 a 발행주식의 약 17%를 보유하고 있다. (나) a은 2013.8.9. 권면총액 OOO원의 사모 분리형 신주인수권부사채(이하 “이 사건 신주인수권부사채”라 한다)를 발행하였고, b 주식회사 외 3인은 같은 날 이를 인수함과 동시에 청구인에게 이 사건 신주인수권부사채와 분리된 쟁점신주인수권을 OOO원(1주당 약 OOO원)에 매도하였다. (다) OO지방국세청장은 이 사건 당초 주식변동조사를 실시한 결과 청구인이 쟁점신주인수권을 시가 보다 낮은 가액으로 취득함으로써 OOO원의 증여이익을 얻었다고 보아 관련 조사결과를 OO세무서장에게 통보하였고, OO세무서장은 2017.9.5. 청구인에게 이 사건 당초 증여세부과처분을 하였다. (라) 청구인은 2017.12.4. 이 사건 당초 증여세부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하는 한편, 2017.12.8. a에게 쟁점신주인수권을 OOO원에 양도한 후 소득세법 시행령제163조 제10항 제1호 등에 따라 그 취득가액을 OOO원으로 하여 2018.2.28. 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (마) 청구인은 이 사건 당초 증여세부과처분에 대한 심판청구가 기각되자, 2018.9.28. 서울행정법원(2018구합79483)에 취소소송을 제기하였는데, 서울행정법원은 2019.5.23. 청구인 및 OO세무서장에게 아래 <표1>과 같은 내용의 조정권고를 하였다. <표1> 이 사건 증여세조정권고안의 내용 (바) OO세무서장은 이 사건 증여세조정권고안을 수용하여 2019.6.18. 이 사건 당초 증여세부과처분을 취소하였고, 청구인 역시 위 조정권고안을 수용하여 2019.6.25. 소취하서를 제출함에 따라 2019.6.25. 해당 소송의 소취하가 확정되었다(아래 <표2> 참조). <표2> 이 사건 증여세조정권고안에 대한 등본 및 동의서 송달내역 (사) 처분청은 2023.2.13. 청구인에게 유선으로 이 사건 당초 증여세부과처분의 취소에 따른 쟁점신주인수권의 취득가액변경을 반영하여 양도소득세를 수정신고할 것을 요청하였고, 청구인은 2023.2.28. 쟁점신주인수권의 취득가액을 OOO원(= OOO원 - OOO원)으로 하고 과세신고가산세 및 납부불성실가산세를 OOO원으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하면서 가산세감면신청서를 제출하였다. (아) 처분청은 2023.4.13. ‘청구인에게 과소신고가산세 전액과 2018.3.1.부터 2019.5.23.까지의 기간에 대한 납부불성실가산세를 감면하고, 2019.5.24.부터 2023.4.13.까지의 기간에 대한 납부불성실가산세 OOO원은 감면대상에서 제외한다’는 내용의 통지를 한 후 2023.4.18. 청구인에게 납부불성실가산세 OOO원의 부과처분을 하였다가, 2023.4.26. 청구인에게 당초 고지한 납부불성실가산세 OOO원을 일부 감액하여 2019.5.24.부터 2023.2.28.까지 기간에 대한 납부불성실가산세 OOO원(쟁점가산세부과처분)을 경정ㆍ고지(<표3> 참조)하였다. <표3> 쟁점가산세부과처분의 산정내역 (단위: 일, %, 원) (자) 한편, 청구인이 제시한 쟁점유권해석의 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점유권해석의 질의내용 및 회신

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 처분청의 장기간 직무유기로 쟁점가산세부과처분에 관한 과세전적부심사청구권을 침해당하였으므로 쟁점가산세부과처분에 중대한 하자가 있다고 주장하나, 청구인은 OO세무서장이 2019.6.18. 이 사건 당초 증여세부과처분을 취소함에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액이 변동되었음을 알 수 있었다고 보이는 점, 양도소득세가 신고납세방식의 조세임을 감안하면 쟁점신주인수권의 양도소득 증가에 따른 양도소득세 수정신고ㆍ납부의무는 원칙적으로 청구인에게 있는 점, 청구인은 쟁점신주인수권의 취득가액이 변동됨에 따라 양도소득세 수정신고의무가 발생하였음에도 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소된 날부터 3년 8개월이 넘는 기간 동안 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 아니한 점, 처분청은 쟁점신주인수권의 양도에 관한 국세부과 제척기간의 만료일 3개월 전인 2023.2.13. 청구인에게 양도소득세 수정신고를 안내한 점 등에 비추어 위와 같은 과세전적부심사청구권을 침해당하였으므로 쟁점가산세부과처분을 취소하여야 한다는 취지의 청구인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 청구인은 쟁점신주인수권 양도에 대한 양도소득세를 수정신고ㆍ납부하지 않은데 정당한 사유가 있고, 쟁점가산세부과처분은 쟁점유권해석에 반하는 것이므로 이를 취소하여야 한다고 주장하나, 청구인은 이 사건 당초 증여세부과처분의 취소에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액이 증가하였음에도 3년 8개월이 넘게 양도소득세 수정신고의무를 이행하지 아니한 점, 청구인이 이 사건 1차 양도소득세신고를 하면서 이 사건 당초 증여세부과처분 및 소득세법 시행령제163조 제10항 제1호에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액을 계산한 것을 감안하면 이 사건 당초 증여세부과처분의 취소에 따라 쟁점신주인수권의 취득가액 변동 및 양도소득세 수정신고의무가 발생하였다는 사실을 몰랐다고 볼 수 없어 보이는 점, 국세기본법제48조의 적용 여부를 판단함에 있어서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결, 같은 뜻임), 쟁점유권해석을 보면 “대법원 확정판결로 인하여 취득가액이 변동되어 양도소득세를 과소신고한 것으로 판명된 경우에는 납세의무자에게 양도소득세 과소신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다”고 하고 있고, 처분청은 이에 따라 청구인에게 쟁점신주인수권의 양도소득세 신고에 대하여 과소신고가산세를 부과하지 아니한 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 납부의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 세액을 납부한 납세자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 점 등을 종합하면 쟁점가산세부과처분을 취소하여야 한다는 청구인의 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 처분청은 청구인이 서울행정법원으로부터 이 사건 증여세조정권고안을 받은 날(2019.5.24.)부터 자진납부일(2023.2.28.)까지의 기간에 관하여 납부불성실가산세를 계산하여 쟁점가산세부과처분을 하였으나, 청구인 입장에서는 이 사건 당초 증여세부과처분이 취소된 사실을 확인하고 이 사건 당초 증여세부과처분 취소소송의 소취하가 확정(2019.6.25.)되기 전까지는 쟁점신주인수권의 양도소득이 증액될 것을 예상하여 양도소득세를 수정신고ㆍ납부할 수 없었을 것으로 보이는바(조심 2022서132, 2022.8.10. 같은 뜻임), 쟁점가산세부과처분은 이 사건 당초 증여세부과처분 취소소송의 취하가 확정된 날의 다음 날인 2019.6.26.부터 2023.2.28.까지 기간에 대하여 납부불성실가산세를 계산하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

11. 가산세: 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세: 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일 제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

2. 인지세

3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

4. 납세조합이 징수하는 소득세

5. 중간예납하는 법인세(세법에 따라 정부가 조사ㆍ결정하는 경우는 제외한다) 제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 제46조(추가자진납부) ① 세법에 따라 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정된 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미치지 못할 때에는 그 부족한 금액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 추가하여 납부하여야 한다.

③ 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하였으나 과세표준신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 자는 그 세액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 세무서장이 고지하기 전에 납부할 수 있다. 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

③ 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 가산세를 적용하지 아니한다.

1. 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법에 따른 납부기한까지 어느 사업장에 대한 부가가치세를 다른 사업장에 대한 부가가치세에 더하여 신고납부한 경우

2. 부가가치세법 제45조 제3항 단서에 따른 대손세액에 상당하는 부분

3. 부가가치세법 제53조의2 에 따라 전자적 용역을 공급하는 자가 부가가치세를 납부하여야 하는 경우

4. 법인세법 제66조 에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로 상속세 및 증여세법 제45조의3 부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)

5. 제4호에 해당하는 사유로 소득세법 제88조 제2호 에 따른 주식등의 취득가액이 감소된 경우

(2) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  • 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
  • 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액
  • 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  • 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
  • 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

  • 가. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정ㆍ통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정ㆍ통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의4에 따른 가산세만 해당한다)
  • 나. 세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설(이하 이 목에서 “제출등”이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다)
  • 다. 제1호에도 불구하고 세법에 따른 예정신고기한 및 중간신고기한까지 예정신고 및 중간신고를 하였으나 과소신고하거나 초과신고한 경우로서 확정신고기한까지 과세표준을 수정하여 신고한 경우(해당 기간에 부과되는 제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준신고를 하는 경우는 제외한다)
  • 라. 제2호에도 불구하고 세법에 따른 예정신고기한 및 중간신고기한까지 예정신고 및 중간신고를 하지 아니하였으나 확정신고기한까지 과세표준신고를 한 경우(해당 기간에 부과되는 제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준신고를 하는 경우는 제외한다)

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. 부 칙 <법률 제16097호, 2018.12.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제4호ㆍ제5호ㆍ제8호ㆍ제12호, 제5조 제3항, 제23조, 제24조 제1항ㆍ제3항, 제25조 제1항ㆍ제4항, 제25조 제2항ㆍ제3항(가산금과 관련된 개정사항에 한정한다), 제25조의2, 제26조, 제32조부터 제34조까지, 제35조제1항ㆍ제2항, 제35조 제4항(가산금과 관련된 개정사항에 한정한다), 제36조부터 제42조까지, 제47조의4, 제51조 및 제83조의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행하고, 법률 제9911호 국세기본법 일부개정법률 제21조의 개정규정은 법률 제9346호 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. 제11조(납부지연가산세에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 전에 납세의무가 성립된 분에 대해서는 제2조 제4호ㆍ제5호ㆍ제8호ㆍ제12호, 제5조 제3항, 제23조, 제24조 제1항ㆍ제3항, 제25조 제1항ㆍ제4항, 제25조 제2항ㆍ제3항(가산금과 관련된 개정사항에 한정한다), 제25조의2, 제26조, 제32조부터 제34조까지, 제35조 제1항ㆍ제2항, 제35조 제4항(가산금과 관련된 개정사항에 한정한다), 제36조부터 제42조까지, 제47조의4, 제51조 및 제83조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 국세기본법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29534호로 개정된 것) 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

② 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)

③ 제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다. 부 칙 <대통령령 제29534호, 2019.2.12.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제16조, 제23조 제1항, 제27조의4(조 제목 부분에 한정한다), 제31조 제1항ㆍ제2항, 제37조 제4항 제1호 및 제43조의4 제2항의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제4조(가산세의 면제에 관한 적용례) 제28조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 가산세의 감면을 신청하는 경우부터 적용한다.

(4) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제76조(확정신고납부) ① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 종합소득 산출세액 또는 퇴직소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 “확정신고납부”라 한다. 제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조 제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. (5) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ⑩ 법 제97조 제1항 제1호 가목은 다음 각 호에 따라 적용한다.

1. 상속세 및 증여세법 제3조의2 제2항, 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 상속세나 증여세를 과세받은 경우에는 해당 상속재산가액이나 증여재산가액(같은 법 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증ㆍ감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.

2. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 법인세법 제52조 에 따른 특수관계인(외국법인을 포함한다)으로부터 취득한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있으면 그 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액을 취득가액에 더한다.

(6) 상속세 및 증여세법(2013.1.1. 법률 제11609호로 개정된 것) 제40조(전환사채 등의 주식전환 등에 따른 이익의 증여) ① 전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환·교환하거나, 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 이 조에서 "전환사채등"이라 한다)를 인수·취득·양도하거나, 전환사채등에 의하여 주식으로의 전환·교환 또는 주식의 인수를 함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

1. 전환사채등을 인수·취득함으로써 얻은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

  • 가. 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)으로부터 전환사채등을 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다)보다 낮은 가액으로 취득함으로써 얻은 이익
  • 나. 전환사채등을 발행한 법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인으로서 같은 법 제9조 제7항에 따른 유가증권의 모집방법으로 전환사채등을 발행한 법인은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 최대주주나 그의 특수관계인으로서 주주인 자가 그 법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수·취득(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제12항 에 따른 인수인으로부터 인수·취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "인수등"이라 한다)함으로써 얻은 이익 (7) 상속세 및 증여세법 시행령(2013.6.11. 대통령령 제24576호로 개정된 것) 제30조(전환사채등의 주식전환등에 따른 이익의 계산방법 등) ⑤법 제40조 제1항의 규정에 의한 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 이익으로 한다.

1. 법 제40조 제1항 제1호 각목에서 규정하고 있는 이익: 전환사채등의 시가에서 전환사채등의 인수·취득가액을 차감한 가액이 전환사채등의 시가의 100분의 30 이상이거나 1억원 이상인 경우의 당해 금액 제58조의2(전환사채등의 평가) ② 법 제63조 제1항 제2호에 따른 유가증권 중 제1항에 해당하지 아니하는 전환사채등 및 신주인수권증서는 다음각 호의 어느 하나에 따라 평가한 가액으로 하되, 제58조 제1항 제2호 나목 단서에 따라 평가한 가액이 있는 경우에는 해당 가액으로 할 수 있다.

1. 주식으로의 전환등이 불가능한 기간중인 경우에는 다음 각 목의 구분에 따라 평가한 가액으로 한다.

  • 가. 신주인수권증권: 신주인수권부사채의 만기상환금액(만기전에 발생하는 이자상당액을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 사채발행이율에 따라 발행 당시의 현재가치로 할인한 가액에서 그 만기상환금액을 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 이 호에서 "적정할인율"이라 한다)에 따라 발행 당시의 현재가치로 할인한 가액을 뺀 가액. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)