[요지] 최초 사업시행인가의 효력을 부인할 만한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[요지] 최초 사업시행인가의 효력을 부인할 만한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[참조결정] 조심2023서1018 / 조심2022서0172
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세징수법 제6조 제1항에서 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다) 및 납부장소를 적은 납부고지서를 납세자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있으나, 처분청이 청구인에게 고지한 이 건 양도소득세의 납부고지서에는 과세표준과 세액의 계산명세와 도출근거가 명확히 제시되지 않는 등 처분의 근거 제시가 지나치게 불충분하여 납세의무자로 하여금 과세처분의 내용을 정확히 알지 못하고 유추하여 계산을 하도록 하고 있어 위법‧부당하다.
(2) 이 건 재건축 사업시행인가는 최초 2005.5.16. 이루어진 바 있으나, 재건축사업은 그 이후 약 7∼8년간 아무런 유의미한 진척 없이 표류하다가 2011년경 새로운 조합 집행부가 구성된 후 본격적이고 실질적인 활동이 이루어지기 시작했다. 이에 2012.1.5. 조합변경인가, 2011.12.27. 설계자 선정 등 본격적인 사업이 시작되어 2013.8.23. 이 건 재건축 사업시행변경인가를 받았는데, 최초 사업시행인가의 내용과 비교하였을 때, 조합명, 시행기간, 부지면적, 건축면적, 건폐율, 용적율, 층수 등 최초 사업계획과의 유사성을 찾아보기 힘들다. 결국, 최초 사업시행인가는 2013.8.23.의 사업시행변경인가에 의하여 효력을 상실하고 무효화 되었다고 보아야 할 것이므로 청구인 조합원입주권을 취득‧보유하였다고 보아 장기보유 특별공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 위법하다.
(3) 청구인은 종전부동산을 매입하였을 뿐이지, 조합원입주권을 매입한다거나, 조합원이 된다는 사실을 인지하지 못하였다. 당시 주택 매매를 중개하였던 공인중개사 역시 이에 대하여 아무런 언급을 하지 않았고, 매매계약서에 조합원입주권에 대한 언급이 없고, 특약사항에 재건축과 관련한 내용이 없는 등 당사자들 모두 그저 보통의 주택 매매를 하였다. 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 시행령”이라 한다) 제155조 제16항에서 주택재건축사업을 시행하는 조합원을 ‘사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자’로 규정하다가, 2005.5.31. 개정된 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것, 이하 “개정 시행령”이라 한다) 제155조 제16항에서 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원을 ‘관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자’로 개정하였으나, 일선 세무서에서는 개정 시행령 시행 전 재건축 사업시행인가가 있었다 하더라도 관리처분계획인가일 이전에 취득한 부동산을 곧바로 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보는 것이 아니라, 쟁점부동산과 같이 관리처분계획인가일까지 철거되지 아니하고 소유자가 사실상 거주하고 있던 경우에는 조합원입주권이 아닌 주택을 취득한 것으로 양도소득세를 신고하는 것을 허용해 오다가, 국세청 감사부서가 2021년 3월경 사업시행인가일이 2005.5.30. 이전인 경우 철거시기에 관계없이 일괄적으로 사업시행인가일을 기준으로 주택이 조합원입주권으로 변경된 것으로 보아 양도차익을 계산하도록 하여 이와 같은 처분이 이루어진 것으로 보인다. 법 조문의 적용과 시행에 있어 과세관청 내에서도 혼선이 있었던 사안, 즉 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었던 사안과 관련하여, 납세자인 청구인에게 일방적으로 그 의무의 해태를 탓하며 행정벌적 성격의 거액의 가산세를 부과하는 것은 온당하지 못한바, 청구인이 설령 납세의무를 이행하지 못하였다 하더라도 이에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다 할 것이다.
(1) 이 건 양도소득세 고지서에는 ‘세액 산출근거’란에 귀속연도, 세목, 고지의 근거, 과세표준 및 세율과 그에 따라 계산 된 세액 및 가산세의 계산 근거까지 모두 기재되어 있다. 청구인은 산출근거가 명확하게 적시되어 있지 않음을 주장하며 고지 절차의 적법성에 의문을 제기하였으나, ‘고지에 대한 안내말씀’란에 승계취득한 조합원입주권의 장기보유 특별공제를 부인하여 경정한다는 내용이 모두 기재되어 있으므로 청구주장은 이유 없다.
(2) 청구인은 이 건 재건축사업이 최초 사업시행인가 이후 표류되어, 최초의 사업시행인가일이 아닌 그 후 변경된 사업시행인가일을 실질적 사업시행인가일로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 제1항 및 제2항에서 장기보유 특별공제액 적용 시 조합원으로부터 취득한 조합원입주권은 제외한다고 규정하고 있고, 개정 시행령 제155조 제16항이 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원을 ‘관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자’로 개정되었으나, 그 부칙 제4항에서 이 영 시행전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있는바, 이 건 재건축사업은 개정 시행령 시행 전에 사업시행인가를 받았으므로 최초 사업시행인가일인 2005.5.16. 종전부동산은 조합원입주권이 된 것이고, 청구인은 이를 승계취득하였으므로 장기보유 특별공제 적용 대상에 해당하지 아니한다.
(3) 법령의 부지나 오해는 가산세 부과를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이므로(대법원 2002.9.4. 선고 2001두9370 판결 등 참조), 구 시행령 제155조 제16항 및 개정 시행령 부칙 제4항에서 조합원의 요건, 경과조치를 명확히 규정하고 있으므로, 세법 해석상의 견해의 대립 등으로 납세자의 의무 미이행을 탓할 수 없다는 청구주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
① 납부고지서에 과세표준과 세액의 계산명세와 도출근거가 명확히 제시되지 않아 위법하다는 청구주장의 당부
② 최초 재건축 사업계획은 사실상 폐기되었으므로 최초 사업시행인가일이 아닌 사업시행변경인가일을 실지 사업시행인가일로 보아야 한다는 청구주장의 당부
③ 가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 서초구청장은 2005.5.16. 대지면적 60,418.40㎡, 건축연면적 256,073.27㎡, 건폐율 15.40%, 용적율 278.90％, 공동주택 1,037세대 등을 주요내용으로 한 이 건 재건축사업의 시행을 인가하였다. (나) 1998.12.31. 이전까지는 조합원입주권에 대한 1세대1주택 비과세특례 및 장기보유 특별공제 규정이 없다가, 1998.12.31. 소득세법 시행령(대통령령 제15969호)의 개정으로 조합원입주권의 양도에 대한 1세대1주택 비과세특례 규정(제155조 제16항)이 신설되었고, 2005.5.31. 이전까지는 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 ‘조합원’을 도시 및 주거환경정비법 제28조의 규정에 의한 ‘사업시행인가일’ 등에 기존주택을 소유하는 자로 규정하다가, 2005.5.31. 소득세법 및 같은 법 시행령의 개정으로 ‘조합원입주권’에 대한 정의 규정(제89조 제2항)이 신설되면서 ‘조합원입주권’을 취득하는 때를 ‘관리처분계획의 인가일’ 등으로 규정하게 되었는데, 개정 시행령 부칙 제4항에서는 개정 시행령 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다고 규정하였다. (다) 청구인은 2009.2.19. OOO원에 종전부동산을 매수하는 매매계약을 체결하고, 2009.3.17. 종전부동산을 취득하였다. (라) 서초구청장은 2010.8.24. 이 건 재건축사업에 대한 관리처분계획을 인가하였다. (마) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항은 장기보유 특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하면서 승계취득한 조합원입주권은 그 대상에서 제외하였는바, 그 개정 내용 및 개정 취지는 다음과 같다. 개정 전 개정 후 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ＜2013.1.1. 개정 전·후의 소득세법 제95조 제2항＞ ＜기획재정부 개정세법 해설＞
(1) 개정내용 종전 개정 ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 o 3년 이상 보유한 부동산 ＜ 신 설 ＞ ▣ 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용시 보유기간 ＜ 신 설 ＞ ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 추가 o (좌 동) o 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익 부분(승계 취득분 제외) o 기존 주택의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간
(2) 개정이유 o 장기보유특별공제는 토지ㆍ건물 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않으나, -재개발ㆍ재건축 관리처분계획인가 승인시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것이므로 장기보유특별공제를 적용
(3) 적용시기 및 적용례 o 2013.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용 (바) 이 건 재건축사업은 2013.8.23. 및 2014.7.1. 두 차례에 걸쳐 변경인가 되었는바, 변경된 주요내용은 아래 ＜표＞와 같고, 관리처분계획변경인가는 2013.11.8., 2014.9.3. 및 2016.11.22. 세 차례에 걸쳐 이루어졌다. ＜표＞ 이 건 재건축사업 사업시행인가 변경내역 구분 최초 사업시행인가 사업시행변경인가 사업시행변경인가 인가일 2005.5.16. 2013.8.23. 2014.7.1. 대지면적 60,418.40 61,998.39 68,853.23 건축연면적 256,073.27 189,385.26 210,263.92 건폐율 15.40 19.97 19.98 용적율 278.90 299.49 299.68 세대수 1,037 1,468 1,612 (단위: ㎡, %, 세대) (사) 청구인은 2016.12.15. 쟁점주택에 대한 소유권보존등기를 완료하였고, 2018.11.9. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 장기보유 특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하였다. (아) 처분청은 이 건 재건축사업의 사업시행인가가 2005.5.16. 이루어졌고, 청구인은 사업시행인가 이후 종전부동산을 취득하였으므로 조합원입주권을 승계취득하였다고 보아 장기보유 특별공제의 적용을 배제하여 청구인에게 전자고지의 방법으로 2023.7.1. 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 납부고지서에는 귀속연도, 신고내용오류에 대한 것이라는 내용, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 산출근거, 승계취득한 조합원 입주권 장기보유 특별공제를 부인하여 경정고지한다는 내용 등이 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세의 납부고지서의 내용이 불충분하여 위법‧부당하다고 주장하나, 이 건 양도소득세 납부고지서에는 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부기한 및 납부장소 등 법령이 정한 필요적 기재사항이 모두 적시되어 있는 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 최초 사업시행인가는 무효화되었으므로 청구인이 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보아 장기보유 특별공제의 적용을 배제하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 소득세법 시행령에서 2005.5.31. 이전까지는 주택재건축사업의 경우 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 1세대1주택에 해당하는 기존주택을 소유하는 자를 조합원으로 규정하고 있었고, 2005.5.31. 소득세법 제89조 제2항 및 같은 법 시행령 제155조 제16항의 개정으로 ‘조합원입주권’에 대한 정의 규정이 신설되면서 ‘조합원입주권’을 취득하는 때를 ‘관리처분계획의 인가일’ 등으로 규정하게 되었지만, 개정 시행령 부칙 제4항에서 시행 전 사업시행인가를 받은 주택재건축사업에 대하여는 종전의 규정에 의하도록 하였으므로 2005.5.16. 최초 사업시행인가가 이루어진 종전부동산은 구 시행령에 따라 2005.5.16. 조합원입주권이 된 것으로 보이는 점, 최초 사업시행인가 고시 등에 대한 무효 또는 취소 등 중대한 영향에 대한 공시내용은 확인되지 않는바, 사업시행변경인가가 있었다거나 그 변경의 규모가 크다 하여 최초 사업시행인가의 효력을 부인하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다(조심 2022서172, 2022.4.4. 참조). (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 잘못 이행하였다 하더라도 그것이 관련 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없는바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결, 같은 뜻임), 관련 법령에서 사업시행인가일 현재 기존주택을 소유하는 자를 조합원으로 보도록 규정하고 있고, 조합원으로부터 취득한 조합원입주권에 대하여는 장기보유 특별공제의 적용을 제외하도록 명확히 규정하고 있으므로, 이에 대하여 견해의 대립 등으로 납세자의 신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다(조심 2022서172, 2022.4.4. 참조). (라) 따라서 처분청이 장기보유 특별공제의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세징수법 제6조(납세자에 대한 납부고지 등) ① 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다) 및 납부장소를 적은 납부고지서를 납세자에게 발급하여야 한다. 다만, 국세기본법 제47조의4에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세 중 지정납부기한이 지난 후의 가산세를 징수하는 경우에는 납부고지서를 발급하지 아니할 수 있다.
(2) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
(3) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다.
(4) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부 칙＜제18850호, 2005.5.31.＞
① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
② (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
(5) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.