[요지] 쟁점용역이 ㅁㅁ특별시의 학술용역 추진지침에 따라 사전 검토를 거쳤다고 하여 반드시 부가가치세법상 면세되는 학술연구용역에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 쟁점용역이 부가가치세 면세대상이라는 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있다고 할 것이나, 각 용역과제의 구체적인 과업목적 및 용역보고서의 내용 등을 제출하지 아니하여 청구주장이 객관적으로 입증되었다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[요지] 쟁점용역이 ㅁㅁ특별시의 학술용역 추진지침에 따라 사전 검토를 거쳤다고 하여 반드시 부가가치세법상 면세되는 학술연구용역에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 쟁점용역이 부가가치세 면세대상이라는 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있다고 할 것이나, 각 용역과제의 구체적인 과업목적 및 용역보고서의 내용 등을 제출하지 아니하여 청구주장이 객관적으로 입증되었다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[참조결정] 조심2023서1016 / 조심2015구4370
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 이 건 연구용역은 부가가치세법 제26조 제1항 제15호(이하 “쟁점조항①”이라 한다)에 따른 부가가치세 면세대상인 학술연구용역에 해당한다. (가) 처분청은 당초 이 건 연구용역이 부가가치세법상 면세대상인지 여부와 관련하여 쟁점조항①은 적용하기 어렵다고 보아 쟁점조항②를 적용하여 부가가치세법상 면세·과세 여부를 판단하였는바, 완료된 연구과제 중 집행잔액[=계약금액(또는 예산액)에서 직접경비와 간접경비를 차감한 금액]이 양수이면(+) 실비로 공급한 용역이 아닌 것으로 보았다. (나) 하지만 학술연구용역과 기술연구용역의 범위는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함하는 것(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결)이고, 조세심판원은 청구법인과 유사한 연구단체의 연구용역 사례에 대하여 ‘해당 법인이 지역 장기발전 구상 및 시책개발, 지역경제의 현안 과제 연구 등을 고유 업무로 하는 비영리법인으로서 해당 법인이 제공하는 쟁점 용역은 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등으로 부가가치세 면세 대상 연구용역에 포함된다’고 결정(조심 2015구4370, 2016.1.20.) 한 점 등에 비추어, 이 건 연구용역은 쟁점조항①에 따른 부가가치세법 시행령 제42조 제2호 나목의 학술연구용역에 해당한다. (다) 구체적으로 살펴보면, 서울특별시는 학술용역 추진지침에 따라 발주하려는 연구과제가 “학문분야의 기초과학과 응용과학에 관한 연구용역 및 이에 준하는 용역으로서 학술, 연구, 조사, 검사, 평가, 개발 등 지적활동을 통해 타당성 조사, 법령 및 제도개선 방안연구 등 정책과제 개발 성격인 경우” 학술용역에 해당하는 것으로 보아 용역을 발주하고 있는바, 이 건 연구용역 역시 위 지침에 따라 학술연구용역인지 여부가 사전에 엄격하게 검토된 과제들로 대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결의 내용과도 부합한다.
(2) (예비적 청구) 설령 이 건 연구용역이 쟁점조항① 적용대상이 아니라 하더라도, 쟁점용역은 쟁점조항②에 따른 “실비로 공급하는 연구용역”에 해당하므로 부가가치세 면세대상에 해당한다. (가) 이 건 연구용역이 쟁점조항①의 적용 대상이 아니라 하더라도 집행잔액이 (+)로 산출된 4건의 쟁점용역은 학술 등 연구단체가 그 연구와 관련하여 실비로 공급하는 용역으로 보아야 하는바, 이 건 연구용역의 집행잔액이 (+)로 산출되었다 하더라도 해당 잔액은 청구법인의 잉여금으로 누적되지 않고 바로 다음연도 청구법인이 받아야 할 출연금에서 차감되어 예산에 반영되기 때문에 결과적으로 ＜표3＞과 같이 집행잔액을 서울특별시에 반환한 것과 경제적 실질이 동일하다. ＜표3＞ 청구법인 수입예산 및 비용 구조의 도식화 수입예산 비용 출연금 60 연구사업비 70 자체수입 고유목적사업금 등 35 경영사업비 20 이월금 또는 순세계잉여금 (수탁사업의 집행잔액) 인건비 8 기타 5 예비비 2 합계 100 합계 100 (나) 따라서 잉여금이 누적되더라도 다음연도 출연금에서 이를 차감하여 실비로 사용되는 점을 고려할 때, 결과적으로 수탁연구과제의 경우 쟁점조항②에 따른 부가가치세법 시행령 제45조 제2호에서 규정한 “실비로 공급하는 연구용역”에 해당하는 것으로 보아야 하고, 청구법인이 동일한 목적 및 절차와 예산편성 기준에 따라 진행한 전체 1,074건의 연구용역과 쟁점용역의 성격을 다르게 볼 만한 사정은 전혀 없다. (다) 또한 최근 행정해석(서면-2023-법규부가-1226, 2023.6.27.)에서는 사업비를 지급받고 남은 금액을 반납하는 경우 해당 용역을 실비로 공급하는 것으로 보아 면세로 해석한바, 이 사건의 경우도 집행 잔액이 반환된 것과 그 실질이 동일하므로 쟁점용역의 경우 “실비로 공급하는 연구용역”으로 보는 것이 타당하다.
(3) 처분청 의견에 대한 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 일부 과제의 과제명만 보고 해당 과제가 학술연구용 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용하거나 시정과 정책에 이용한 것이라는 의견을 제시하나, 해당 과제들은 모두 출연금 과제들로 청구법인 설립목적 본연의 과제들에 해당하는바, 과제명만으로는 부가가치세법상 면세대상인 학술연구용역에 해당하는지 판단할 수 없다. (나) 또한 처분청은 조심 2015구4370, 2016.1.20. 선결정례는 과세대상 기간이 2007년 제2기, 2008년 제1기 부가가치세이나, 2014.2.21. 부가가치세 시행령 제45조 제2호가 개정되었으므로 위 선결정례를 이 사건에 적용할 수 없다는 의견이나, 2015년 개정세법 해설을 보면, 해당 조항의 개정 취지가 “무상이나 실비”로 공급되는 용역을 규정하기 위함이 아니라, 대법원 1995.5.23. 선고 94누7515 판결에 따라 학술연구단체의 범위를 명확하게 규정(학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 법령에 의한 출연기관)하기 위함인바, 이 사건과 달리 볼 이유가 전혀 없다. (다) 처분청은 청구법인이 OOO원의 이익잉여금이 누적된 점에 비추어 서울특별시에 집행잔액을 반환하지 않는다는 의견이나, 이는 회계상 착시 현상에 불과하다. 청구법인은 현금수입과 현금지출을 바탕으로 예산회계 처리를 하면서 회계상 집행잔액이 순세계잉여금으로 누적되었다가 차후 다음연도 출연금 과제의 예산으로 충당되거나 반환 또는 대체되나, 이 경우 이익잉여금에서 이를 차감하는 회계처리 방안이 없어 계속하여 이익이 누적된 것으로 보일 뿐으로, 이와 관련한 회계기준의 모순에 대하여 현재 개선 방안이 논의되고 있다.
(1) 청구법인은 세무조사 당시 청구법인의 연구용역이 쟁점조항①에 해당되는지와 관련하여 주장한 바 없고, 처분청도 한정된 기간 내 모든 용역이 학술연구용역에 해당하는지 검토하는 것은 현실적으로 불가능하다. (가) 청구법인이 수행한 용역이 쟁점조항①에 해당하는지 판단은 매우 주관적이고 전문적인 영역에 속하고, 판단해야 할 용역과제의 수 또한 1,079건에 달하는 관계로 조사 당시 청구법인도 용역이 쟁점조항①에 따라 부가가치세가 면제되는지 여부와 관련하여 자료를 제출하지 않았다. 청구법인이 수행한 과제들을 살펴보면 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용하거나 서울특별시 시정 및 정책에 이용하기 위한 것으로 보이는 용역이 대다수인 것으로 보이는바, 이는 대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결에서도 학술연구용역에 포함되지 않는다고 판시하였다. ＜표4＞ 2018년도 A이 수행한 연구과제 중 일부 과제명 민선5∼6기 분야별 혁신정책 평가와 공유 Ⅱ 서울로 7017 시민 이용실태 및 문화연구 [전략과제] 민선 5·6기 서울시정의 주요 성과와 향후 과제 서울시 북방도시 네트워크 구축 및 협력방안 연구 2018년 기초자료 구축 분석과 서울인포그래픽스 제작 서울의 미래세대 [정책기획] 자치구 생태계 특성과 사회적경제 발전 양상의 관계 [정책기획] 강남북 균형발전을 위한 저층주거지 내발적 발전방안 2017년 ‘작은연구 좋은서울’ 지원사업 [정책기획] 부양의무자 기준 개선 방안 연구 [정책기획] 서울시 노인건강주치의 제도 도입방안 [정책기획] 서울시민의 사회문제 해결을 위한 시민참여 활성화 방안 연구 [정책기획] 지속가능한 도시로의 전환을 위한 서울시 정책 평가: 에너지·마을·공유도시 정책을 중심으로 [전략과제] 광화문광장 재구조화를 위한 기본구상 연구 새로운 광화문광장 조성 사업 타당성조사 2017년 A 경영성과 제고를 위한 종합적인 개선방안 연구 (나) 위 과제명을 보더라도, 새로운 학술이나 이론을 개발하는 것보다 기존에 있는 학술이나 기술연구 결과를 서울특별시 시정에 필요한 정책을 개발하는 데 응용하거나 이용한 용역인 것으로 보이고, 비과세 요건 사실에 대한 입증책임은 납세의무자에게 있는바, 조사 당시에는 쟁점조항①과 관련한 주장이나 증빙을 제출하지 아니하였다가 불복 시 주장하는 것은 신의성실 원칙에도 부합하지 않는다. (다) 청구법인이 주장하는 조심 2015구4370, 2016.1.20. 선결정례는 2007년 제2기 및 2008년 제1기 과세기간 부가가치세에 대한 심판청구인바, 이후 2015.2.3, 부가가치세 시행령 제45조 제2호가 개정되었는바, 위 선결정을 청구법인에게 그대로 적용할 수 없다. ＜부가가치세법 시행령 제45조 제2호 개정내용＞ 종 전 개 정 ▢ 부가가치세가 면제되는 공익단체가 공급하는 재화ㆍ용역
○ 학술·기술연구단체가 학술·기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역 ㅇ 학술·기술의 발전을 위하여 학술·기술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체가 학술·기술연구와 관련하여 무상 또는 실비로 공급하는 재화 또는 용역 대법원 1995.5.23. 선고 94누7515판결 참조
(2) 2021년 청구법인의 감사보고서 운영성과표에서 누적된 이익잉여금이 확인되는 등 청구법인의 주장은 사실과 다르다. (가) 처분청은 인천지방법원 2017.2.17. 선고 2013구합11318 판결에 따른 실비(용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음을 의미하는 것으로 판시하였음) 개념과 간접경비 배분을 고려(직접 경비를 기준으로 안분하되 외부 업체에게 지급하는 금액에 대해서는 간접경비를 배분하지 아니함)하여, 개별 용역이 면세대상인지 여부를 판단(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조)하였는바, 쟁점용역의 경우 집행잔액(과제계약금액-실비)이 발생하였고, 해당 집행잔액이 서울특별시에 반환되지 않고 일반사업비 재원으로 사용되었으므로 부가가치세 과세대상으로 본 것이다. (나) 청구법인은 잉여금으로 누적되지 않고 다음연도 출연금의 차감항목으로 예산에 반영되어 편성된다고 주장하나, 2021년 청구법인의 감사보고서 운영성과표에는 누적된 이익잉여금이 확인되는 등 청구법인이 서울특별시에 집행잔액을 반환한다는 주장은 사실이 아닌 것으로 보인다. ＜표5＞ 청구법인의 운영성과표
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점
① (주위적 청구) 쟁점용역이 부가가치세법 제26조 제1항 제15호에 따른 학술연구에 해당하여 부가가치세 면세대상인지 여부
② (예비적 청구) 쟁점용역이 부가가치세법 제26조 제1항 제18호에 따른 실비로 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세 면세대상인지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 부가가치세법 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
15. 저술가·작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 부가가치세법 시행령 제42조(저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다.
2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역
- 나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 제45조 (종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
2. 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체(이하 “학술등 연구단체”라 한다)가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
(3) 부가가치세법 시행규칙 제32조 (학술연구용역과 기술연구용역의 범위) 영 제42조 제2호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1992.7.14. 지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률 제3조, 제4조 및 같은 법 시행령 제2조 등에 근거하여 설립된 서울특별시의 출연기관으로 청구법인이 수행하는 연구용역은 크게 ① 정책연구과제(출연금 과제)와 ② 수탁연구과제 또는 대행연구과제로 구분되고, 수탁연구과제와 대행연구과제는 공개경쟁 입찰계약 또는 수의계약 등을 통하여 수주하고 있으며, 90% 이상은 서울특별시 주관부서, 나머지 10%는 국가 또는 국가 출연기관 등으로부터 수주하는 것으로 나타난다. ＜표6＞ 청구법인의 연구직 인원 비율 연도 2018년 2019년 2020년 2021년 총 근무인원 225명 228명 233명 234명 합계 연구직 80명 82명 83명 84명 연구원 68명 69명 71명 71명 148명 151명 154명 155명 연구직 비율 65.78% 66.23% 66.09% 66.24% (나) 처분청은 조사 당시 이 건 연구용역 중 집행잔액[=계약금액(또는 예산액)에서 직접경비와 간접경비를 차감한 금액]이 양수이면 실비로 공급한 용역이 아닌 것으로 보았는데, 실비의 개념은 인천지방법원 2017.2.17. 선고 2013구합11318 판결에 따라 ‘용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음’을 의미하고, ‘재화・용역을 공급하기 위하여 직접 투입되는 비용 즉, 직접경비(재료구입비, 직접 사업부서의 인건비 등) 뿐만 아니라 사업 수행을 원활하게 하기 위하여 투입되는 비용 즉, 간접경비(지원부서의 인건비, 연구개발비 등)’도 비용으로서 실비에 포함된다고 보아 청구법인이 수행한 용역들의 집행잔액을 산출한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 주장의 근거로 제시한 자료는 다음과 같다.
1. 쟁점조항①에 따른 부가가치세 면세대상 학술연구용역에 해당하는지 여부와 관련하여 이 건 연구용역이 서울특별시의 ‘학술용역 추진지침’에 따라 타당성 조사와 제도개선 방안 연구가 객관적으로 전제되어 진행되었으므로 학술연구용역 범위에 포함된다고 주장하며 2021년 ‘학술용역 추진지침’(문서번호: 조직담당관-1691)을 제출하였고, 해당 지침의 주요 내용을 보면, 학술용역 계획 수립 시 “학문분야의 기초과학과 응용과학에 관한 연구용역 및 이에 준하는 용역으로서 학술, 연구, 조사, 검사, 평가, 개발 등 지적활동을 통해 타당성 조사, 법령 및 제도개선 방안연구 등 정책과제 개발 성격인 경우”를 학술용역으로 보아 여기에 해당하는지 여부를 검토하도록 되어 있으며, 구체적인 심의기준은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜ 2021년 ‘학술용역 추진지침’(문서번호 조직담당관-1691) ＞
(1) 학술용역 계획(안) 수립 (주관부서) ^#56192;^#57306; 계획 수립 시 검토사항
○ 용역의 성격이 학술용역인지 여부 검토
• 학술연구기관(대학, 연구원, 학회 등)에서 수행하는 기본계획 수립, 타당성 조사, 법령 및 제도개선 방안연구 등 정책과제 개발 성격인 경우 학술용역에 해당
• 시설 건립과 관련한 사전 타당성조사 용역은 주된 과업내용이 조직·인력 구성 등 운영에 관련한 기본구상 내용이 더 많을 경우 학술용역
• 심의, 설계, 공사 등 기술적 조사에 관련한 내용이 더 많을 경우 기술용역
• 조사·통계, 자료수집, 단순한 평가·자문 성격의 컨설팅 등은 일반용역 … 이하생략 … ＜표7＞ 서울특별시의 학술연구용역 추진지침상 학술용역 심의기준 적정사업 부적정사업 ^#56192;^#57083;법적 절차 이행을 위한 연구ㆍ조사 용역 ^#56192;^#57083;기본모델·평가지표 개발로 고도의 전문성이 요구되는 사업 ^#56192;^#57083;기본계획 수립을 위한 연구 용역사업 ^#56192;^#57083;고부가가치 기대 사업 ^#56192;^#57083;학술용역 시행 후 확실한 효과가 예상되는 사업 ^#56192;^#57083;시 당면 과제의 해결을 위한 사업 등 ^#56192;^#57083;현황 및 실태조사 등 자체적으로 해결이 가능한 사업 ^#56192;^#57083;최근 5년간 유사ㆍ중복이 있는 용역 ^#56192;^#57083;외부 전문가 자문 등을 통해 해결이 가능한 사업 ^#56192;^#57083;과업범위가 불확실, 활용방안에 대한 구체적인 계획이 없어 향후 연구결과의 활용도가 미흡할 수 있는 용역 ^#56192;^#57083;장기과제로서 사업시기 적합성이 없는 용역 ^#56192;^#57083;1회성 사업이나 단순히 사업 예산 확보를 위한 용역 ^#56192;^#57083;기술용역, 정보통신 용역과 기타 일반용역(구조물 안전진단이나 백서제작, 단순 조사·평가용역 등) 등
2. 청구법인은 쟁점용역이 그 구체적인 내용을 보더라도 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등으로 부가가치세 면세대상 연구용역에 포함된다고 주장하며 쟁점용역 중 ‘공공부지를 활용한 민관협력적 사업모델 개발 용역(2차)’ 및 ‘도시계획시설 기능 고도화 방안 연구용역(2차)’의 목차 등을 제출하였다.
3. 청구법인은 쟁점조항②에 따른 면세대상 학술연구용역 여부와 관련과 아래 ＜표8＞과 같이 원가계약서 샘플을 제출하였는바, 이 건 연구용역은 당초 원가계약서의 이윤이 대부분 ‘0’으로 책정되어 공급될 뿐만 아니라 설령 잔액이 발생하더라도 이는 원가계산서상 책임연구원(주된 업무가 출연금과제 수행임)의 노무비가 책정되지 않았음에도 실제로는 책임연구원으로서 연구를 수행하고 있어 결과적으로 회계상 총 용역원가는 당초보다 증가하기 때문에 실질적으로 실비 성격의 수행 용역에 해당한다는 주장이다. ＜표8＞ 청구법인이 제시한 원가계산서 샘플 항목 (연구명: 2018 서울서베이 설계 및 분석용역) 산출내역 구성비율 금액
③ 순 용역원가
① 노무비 책임연구원 0원 54.0% 연구원 등 OOO원
② 경비 OOO원 44.0%
④ 일반관리비 OOO원 2.0%
⑤ 이윤 0원 0%
⑥ 총 용역원가 (③+④+⑤) OOO원 100%
⑦ 부가가치세 0 0% 총 용역비 (⑥+⑦) OOO원 100%
4. 또한 집행잔액이 (+)로 산출된 경우라 하더라도 해당 집행잔액은 청구법인의 잉여금으로 누적되지 않고 바로 다음연도 출연금의 차감항목으로 예산에 반영되어 편성된다는 근거로 청구법인의 정기이사회 심의안건 내용 중 일부를 제출하였고, 청구법인의 경우 회계상 집행잔액은 순세계잉여금으로 누적되었다가 다음연도 출연금 과제의 예산으로 실제 충당되거나 반환 또는 대체되는 경우 이익잉여금에서 이를 차감하는 회계처리 방안이 없어 계속하여 이익이 누적된 것으로 보일 뿐이라는 근거로 “결산상 잉여금은 다음 연도 세출예산의 재원으로 사용되고 있어 매년 누적되는 것이 아니고”, “OOO원의 잉여금이 남아있다고 왜곡 해석될 여지가 있는 것은 맞지 않는 표현”이라는 내용이 나타나는 2021.12.9.자 교육부의 보도자료를 제출하였으며, 실제 청구법인의 경우 다음 ＜표9＞의 과정에 따라 집행잔액이 순세계잉여금(2021년)으로 집계되어 동 금액을 차기 사업연도(2022년) 예산편성의 내부유보금으로 반영하고, 동 금액을 그 다음 후기 사업연도(2023년)의 예산금액에서 순세계잉여금만큼 차감하여 예산을 지급받고 있으므로(=세입재원 활용) 이는 실질적으로 집행잔액을 반환한 것과 경제적 실질이 동일하다는 주장이다. ＜표9＞ 청구법인이 제시한 집행잔액 예산반영 과정 기중 차기예산편성 당기 사업연도 결산 후 순세계잉여금 확정 해당 순세계잉여금을 차기 내부유보금(예비비)로 편성 후기 예산수령시 내부유보금(예비비) 차감 후 수령
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세법 제26조 제1항 제15호 및 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목에 따른 학술연구용역에 해당하여 부가가치세 면세대상이라고 주장하나, 부가가치세가 면세되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는 것인바(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 참조), 쟁점용역이 서울특별시의 ‘학술용역 추진지침’에 따라 사전 검토를 거쳤다고 하여 반드시 부가가치세법상 면세되는 학술연구용역에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 쟁점용역이 부가가치세 면세대상이라는 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있다고 할 것이나, 각 용역과제의 구체적인 과업목적 및 용역보고서의 내용 등을 제출하지 아니하여 청구주장이 객관적으로 입증되었다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세법 제26조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제2호 나목에 따른 실비로 공급하는 연구용역에 해당하므로 부가가치세 면세대상에 해당한다고 주장하나, 어떠한 용역을 실비로 공급할 경우 실비의 개념과 판단기준에 관하여 부가가치세법 등에 특별한 규정이 없는바, 실비의 사전적(辭典的) 의미(실제로 드는 비용) 등에 비추어 볼 때 실비란 용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음을 의미한다고 할 것이고, 용역을 공급받는 자로부터 받은 금원 등 용역대가가 실비에 해당되는지 여부는 관련 법령 내지 계약 등을 기초로 용역의 공급의도・목적, 용역의 내용과 성격, 공급 이후 과세기간 종료 시까지의 제반사정(용역대가에 이윤포함 여부 등)을 종합하여 합리적으로 판단하여야 할 것인바, 쟁점용역은 각 용역을 공급받은 자로부터 받은 금액이 당해 용역의 비용(간접비+직접비)을 초과하여 집행잔액이 발생한 점, 청구법인이 집행잔액이 발생한 이유에 대하여 원가계산서상 책임연구원의 노무비가 책정되지 않았음에도 실제로는 책임연구원이 연구를 수행하였으므로 결과적으로 총 용역원가가 당초 계약금액보다 증가하기 때문에 실질적으로 실비 성격의 수행 용역에 해당한다고 주장하나, 책임연구원의 노무비를 고려하면 실제 지출 비용에 상응하는 실비가 산정된다고 인정할 아무런 증거가 없는 점, 재화 또는 용역이 실비로 공급되어 부가가치세 면세대상에 해당하는지 여부는 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하는 것이 타당한바, 설령 해당 집행잔액이 청구법인 외부로 유출되지 아니하고 잉여금으로 다음 연도 청구법인의 세출예산에 편성되어 일반재원으로 사용되었다 하더라도 청구법인 전체 예산 및 사업분야를 기준으로 실비 공급 여부를 따져 부가가치세 면세 대상인지 여부를 판단하는 것은 실비 공급 여부의 판단 대상이 되는 재화 또는 용역의 단위에 관한 법리를 오해한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.