부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점, 기획재정부는 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급 분부터 적용하도록 하였으나, 질의회신일을 기준으로 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 위탁자인 청구법인을 부가가치세 납세의무자로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음. 다만, 청구법인이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기는 어려우므로, 신탁재산 처분과 관련한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] 서초세무서장이 2023.7.10. 청구법인에게 한 2017년 제2기 부가가치세의 경정청구 거부처분은, 청구법인이 2014년 3월 등 A 주식회사 외 3개사와 신탁계약을 체결하고 관련 신탁재산 처분 시 거래징수한 매출세액을 감액하는 한편, 신탁재산 처분과 관련한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
(1) 처분청의 이 사건 거부처분은 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자로 선고한 전합판결 이후 일관된 대법원 및 조세심판원의 해석에 반하는 것이므로 위법·부당하다. (가) 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자로 선고한 전합판결에 따라, 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다. 대법원은 신탁 관련 부가가치세의 납세의무자를 자익신탁·타익신탁 구분법에 따라 위탁자 내지 수익자로 보던 해석을 변경하여 위탁자는 재화의 공급자가 아니며 “부가가치세 납세의무자는 수탁자”라고 판단하였다. 구체적으로 ①부가가치세법이 ‘영리목적의 유무와 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세의 납세의무자라고 정하고 있고, ② 재화의 공급을 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’으로 정하고 있으며, ③부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접 과세대상으로 삼고 있지 않는 즉, 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띄고 있는 점 등을 고려하였을 때, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자 즉, 신탁에 있어 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속 주체로서 계약 당사가 되어 신탁업무를 처리하는 수탁자가 부가가치세의 납세의무자가 되어야 한다고 판단하였다. 더욱이 이와 같이 수탁자를 납세의무자로 보아야만 다단계 거래세인 부가가치세의 특성을 고려할 때 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있으며, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있다고 설명하였다. 따라서, 신탁재산의 처분에 대한 납세의무자가 대법원 판례를 통해 위탁자가 아닌 수탁자로 변경되었으므로, 신탁재산 처분에 따른 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아닌 수탁자인 신탁사가 되어야 한다. (나) 전합판결 이후 대법원 및 조세심판원은 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세법상 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자로 일관되게 판시하고 있다. 전합판결 이후 대법원은 부가가치세 부과처분 취소사건과 관련하여 일관성있게 주택분양보증신탁 사안(대법원 2017.6.15. 선고 2015두57604 판결), 부동산처분신탁 사안(대법원 2017.6.15. 선고 2014두6111 판결) 등에서 전합판결을 그대로 원용하여 동일하게 수탁자를 납세의무자로 보아야 한다는 입장에서 판단을 하였다. 조세심판원도 전합판결을 그대로 원용하여, 신탁에 따른 우선수익자에게 신탁부동산에 대한 실질적인 통제권이 이전되었는지 여부를 불문하고 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁부동산을 계약당사자가 되어 매각한 경우, 수탁자를 그에 따른 부가가치세의 납세의무자로 보는 것이 타당하다는 이유로 과세관청이 위탁자의 경정청구를 거부한 처분을 취소하도록 결정하고 있다(조심 2017부4592, 2018.5.29., 조심 2017서1078, 2018.10.30., 조심 2017중1106, 2018.11.5., 조심 2017서4307, 2018.11.19., 조심 2017서2279 2018.12.5., 조심 2020서1148, 2020.9.3. 외 다수).
(2) 신탁재산 양도의 부가가치세 납세의무자와 관련하여 원칙적으로 위탁자를 재화의 공급자로 한다는부가가치세법개정규정은 2017.12.17. 신설되었고 2018.1.1. 이후 적용되는 것이므로, 세법 개정 이전의 신탁재산 양도에 따른 부가가치세 납세의무자는 수탁자이다. 대법원의 전합판결 이후 2017.12.19. 부가가치세법개정 시 부가가치세법제10조 제8항을 신설하여 신탁재산 양도에서 부가가치세 납세의무자를 원칙적으로 신탁법 제2조 에 따른 위탁자로 규정하였고, 다만 부가가치세 체납 방지를 위해 신탁재산을 한도로 보충적으로 수탁자에게 물적납세의무를 부과하는 조항을 신설하였다. 또한, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 부동산 등을 수탁 운용하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 특별히 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 규정하였다. 그러나 부칙에 따르면 개정법령은 2018.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용된다. 따라서, 청구법인이 경정청구를 신청한 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 경우에는 위 개정세법이 적용되기 전이므로 신탁재산의 처분에 따른 납세의무자는 전합판결에 따라 수탁자로 봄이 타당하다.
(1) 청구법인이 주장의 근거로 삼은 전합판결은 담보신탁의 경우로 수탁자가 실질적인 통제권을 취득한 것으로 보아 납세의무자를 수탁자로 판시한 것이다. 전합판결은 금전채권을 담보하기 위해 채권자를 우선수익자로, 위탁자를 수익자로 하여 위탁자 소유의 부동산을 신탁법에 따라 수탁자에게 이전하고, 위탁자의 채무불이행으로 신탁자가 신탁재산을 처분하여 우선수익자의 채권 변제 등에 충당 후 나머지를 위탁자에게 반환하는 담보신탁을 체결한 경우로, 사업진행 과정에서 신탁업무가 원활하게 진행되지 않자 위탁자의 의사와 무관하게 수탁자가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로 계약 당사자가 되어 우선수익자에게 신탁재산을 이전한 것으로, 신탁재산을 사용·소비할 수 있는 권한을 상대방에게 이전한 주체 즉, 신탁재산에 대한 실질적인 통제권을 행사하는 자를 수탁자로 보아 수탁자를 납세의무자로 본 것이다. 따라서 정상적으로 분양을 완료한 청구법인의 신탁사업의 경우 납세의무자는 실질적인 통제권을 행사한 위탁자가 된다.
(2) 신탁계약별로 사업의 실질적 주체가 다르므로 모든 신탁계약에 전합판결을 적용하여 수탁자에게 재화가 실질적으로 이전되었다고 볼 수는 없다. (가)부가가치세법제2조에 따라 납세의무자가 되는 사업자란 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’이고, 부가가치세는 각 거래 단계별로 부과되는 거래세인만큼 재화의 공급자가 되기 위한 전제는 재화의 취득이 있어야 하는 것이고, 같은 법 제9조에 ‘재화의 공급은 계약상, 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’이라고 규정된바, ‘인도’란 재화에 대한 사실상의 지배, 즉 점유를 이전하는 것이며, ‘양도’란 소유권의 이전 행위를 말하는 것이므로, 전합판결과 같이 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자가 수탁자가 되려면 사실상 소유자로서 실질적 통제권을 가진 수탁자에 의해 신탁재산이 처분되어야 한다. (나) 신탁계약으로 소유권이 위탁자에서 수탁자로 이전되었더라도 이는 형식적으로 소유권이 이전된 것일 뿐 재화에 대한 사실상 소유자 지위(실질적 통제권)까지 이전되었다고 볼 수 없고, 신탁법상 신탁은 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산권을 이전하거나 기타의 처분을 하여 수탁자로 하여금 신탁 목적을 위해 그 재산권을 관리·처분하게 하는 것이며, 수탁자가 신탁재산을 관리·처분하면서 수탁자 자신이 계약 당사자가 되어 신탁업무를 처리하게 되더라도 그 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용은 최종적으로 위탁자에게 귀속되어 실질적으로 위탁자의 계산에 의한 것이고, 수탁자는 약정된 업무를 처리하고 그 보수를 받는 것에 불과하여 신탁업무의 처리 주체 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 원칙적으로 위탁자로 봄이 타당하다.
(3) 쟁점신탁계약의 내용을 보면 실질적인 사업의 주체가 위탁자임이 확인된다. (가) OOO택지지구 오피스텔 신축사업 관련 신탁계약서 및 특약사항(수탁자들 중 A 주식회사 관련) 청구법인(위탁자, 甲), A 주식회사(수탁자, 乙), 시공사(E, F 등, 丙), 대출금융기관(G은행 등, 丁)이 계약당사자로서 ‘OOO 오피스텔 신축사업’에 대해 관리형토지신탁계약을 체결한바, 다음과 같은 사항이 나타난다.
○ 본 계약 특약사항 제2조(목적) ②항에서 “甲”, “乙”, “丙” 및 “丁” 간의 업무범위와 책임을 명확히 하고 있고, “乙”의 역할에 대해본 사업 수행상 필요한 자금의 조달 및 시공상의 하자, 분쟁 및 민원의 처리와 해결 등에 대해서는 일체의 책임을 지지 않는다고 명시하고 있다.
○ 특약 제5조(신탁보수) ①항에서는“甲”이 “乙”에게 신탁보수로 총 OOO원을 지급한다고 하여 수탁자는 신탁업무와 관련한 보수만을 지급받음으로써 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다.
○ 특약 제6조(업무분담 및 신의성실) ①항본 사업 시행과 관련한 일체의 업무를 “甲”의 책임과 비용으로 수행한다, 제9조(사업비의 조달) 본 사업과 관련한 자금 일체는 “甲”의 책임하에 조달하기로 하며, “乙”은 본 사업과 관련하여 일체의 자금차입 및 조달의무를 갖지 않는다를 통해 사업의 주체는 위탁자이고, 자금조달은 전적으로 위탁자의 책임하에 조달되는 것이 확인된다.
○ 특약 제18조(분양업무수행 등) ③항은 수분양자에 대한 제반 관리 업무 및 신탁사에게 발생하는 일체의 의무를 위탁자가 책임 처리하기로 하여 공급의 실질적인 주체가 청구법인임을 인지할 수 있다.
○ 특약 제34조(사업장 매각 및 처분대금 정산)에 “甲”의 부도, 파산 등으로 정상적인 사업진행이 불가하다고 판단할 경우 “乙”, “丙”이 “甲”의 동의없이 단독으로 본사업장 전체를 일괄 매각할 수 있다」는 내용이 있으나 이는 위탁자가 부도발생 등으로 사업을 원활히 추진하지 못할 경우 위탁자의 의사와 관계없이 부동산을 매각할 수 있는 권원이 수탁자에게 생겨 수탁자가 단독으로 집행할 수 있다는 것으로, 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 본 건의 경우 신탁사가 법률상 주체가 되어 신탁된 부동산을 처분하게 되는 경우와 관련이 없다.
○ 또한 본 계약 제35조(세무와 회계등)의 ①, ②항“甲”은 본 사업과 관련해 사업자등록 및 세무에 관한 사항은 책임지고 처리한다, ③항부가가치세는 위탁자가 신고·납부하도록 한다는 조항이 확인되며, 위탁자가 납세의무자라는 것을 명시하고 있다. (나) OOO지구 공동주택 개발사업 관련 신탁계약서 및 특약사항(수탁자들 중 B 주식회사 관련) 청구법인(위탁자, 甲), B 주식회사(수탁자, 乙), 시공사, 채무자(OOO, 丙), 대출금융기관(H은행 등, 丁)이 계약당사자로서 ‘OOO지구 C-1블록 공동주택 개발사업’에 대해 관리형토지신탁계약을 체결한바, 다음과 같은 사항이 나타난다.
○ 특약사항 제4조(사업의 진행)에서“을”은 본 사업과 관련한 일체의 사업비 조달의무를 부담하지 않으며, 사업비 조달의무는 “갑”이 부담한다, “을”은 형식적인 시행사로서 을이 부담하는 사업주체(건축주) 및 분양권자로서의 의무나 책임은 “갑”이 실질적으로 부담한다는 조항을 통해 실질적인 사업의 주체가 청구법인임을 알 수 있다.
○ 특약사항 제7조(업무분담 및 신의성실) ①, ②항의본 사업 시행과 관련한 일체의 업무를 “갑”의 책임과 비용으로 수행한다는 조항을 통해 위탁자의 책임하에 사업이 수행되는 것이 확인된다.
○ 특약 제17조(분양관리 및 분양계약 등)의 ④항과 같이 위탁자 책임하에 분양계약함을 분양계약서에 기재하기로 하고, 분양계약서상 청구법인을 위탁자로 표기하고 신탁사를 위임받은 수탁자로 표기하여 수분양자는 신탁계약에 따른 분양임에도 실질적 거래의 당사자와 공급자가 청구법인임을 충분히 인지할 수 있다.
○ 본 계약 제22조(신탁보수) ①항 및 별지4의위탁자가 직접 수탁자에게 신탁보수로 총 OOO원을 지급한다는 조항을 통해 수탁자는 사업의 신탁과 관련한 보수만을 지급받으므로 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다.
○ 특약 제24조(세무와 회계 등)에서는 쟁점신탁계약 사업과 관련된 제세공과금과 관련 부담금은 “갑”이 부담하도록 한다조항이 확인되며, 위탁자가 납세의무자라는 것을 명시하고 있다.
○ 특약 제32조(위탁자 부도, 파산 등) ①항의“갑”의 부도, 파산 등이 발생한 경우 갑은 위탁자 및 수익자로서의 권리를 포기한다및 ③항“을”은 “갑”의 동의 여부에 불문하고 신탁재산의 관리 및 처분 관련 일체의 권리를 행사한다는 조항은 위탁자가 부도 등으로 사업을 원활히 추진하지 못하는 경우 위탁자의 의사와 관계없이 수탁자에게 단독의사로 부동산을 매각할 수 있는 권원이 생긴다는 것으로, 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 본 건의 경우 신탁사가 법률상 주체가 되어 신탁부동산을 처분하게 되는 경우와 관련이 없다.
○ 특약 제41조(신탁관련 권리의 양도)에서권리승계계약에 따른 의무는 실질적으로 “갑”의 의무라는 내용이 확인된다. (다) OOO 주상복합 신축사업 관련 신탁계약서 및 특약사항(수탁자들 중 C 주식회사 관련) 청구법인(위탁자, 甲), C 주식회사(수탁자, 乙), 시공사(I, 丙), 대출금융기관(G은행 등, 丁)이 계약당사자로서 ‘OOO 주상복합 신축사업’에 대해 관리형토지신탁계약을 체결한바, 다음과 같은 사항이 나타난다.
○ 특약 제1조(목적)에서“甲”은 사업부지 제공, 사업비 조달, 분양관련 일체 업무 등의 사업 관련 전반 업무를 행하며, “乙”은 형식적인 시행자로서 분양권자로서의 의무나 책임을 지지 않는 관리형토지신탁사업의 구도를 상호 규정하고 있다고 확인되는바, 청구법인은 신탁계약을 통해 신탁사에게 관리·운영업무를 위임한 것임을 알 수 있다.
○ 특약 제6조(신탁보수) ①항“甲”이 “乙”에게 신탁보수로 총 OOO원을 지급한다는 조항을 통해 수탁자는 사업의 신탁과 관련한 보수만을 지급받으므로 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다.
○ 특약 제8조(업무분담 및 신의성실) ②항“甲”의 업무는 ‘사업수행에 필요한 제반 자금의 조달 등 각종 비용 부담’ 및 제13조(사업비의 조달) ①항사업비의 조달은 “甲”이 조달한다를 통해 실질적인 사업의 주체가 청구법인임을 알 수 있다.
○ 특약 제20조(분양관리 및 분양계약 등)의 ①항실질적인 분양업무는 “甲”이 수행한다, ⑧항 및 ⑨항세금 계산서 발행 및 교부업무는 “甲”이 수행하며, 본 사업의 분양업무를 수행하는 주체는 “甲”임을 통해 분양사업의 주체를 명확히 하고 있다.
○ 분양계약서상 청구법인을 위탁자로 표기하고 신탁사를 위임받은 수탁자로 표기하여 수분양자는 신탁계약에 따른 분양임에도 실질적인 거래의 당사자인 공급자가 청구법인임을 충분히 인지할 수 있다.
○ 특약 제28조(세무, 회계 등)에서 쟁점사업과 관련된 세무, 회계에 관한 사항은 “甲”이 부담하도록 한다는 내용이 확인되며, 위탁자가 납세의무자라는 것을 명시하고 있다.
○ 제30조(위탁자의 부도 등에 따른 권한 이전) ①항의“甲”의 정상적인 업무수행의 불가로 사업시행이 불가하다고 판단한 경우 “甲”의 권리를 포기한다및 ③항“乙”은 갑의 동의여부에 불문하고 신탁재산의 관리 및 처분 관련 일체의 권리를 행사한다는 조항은 위탁자가 부도발생 등으로 사업을 원활히 추진하지 못하는 경우 수탁자가 단독의사로 집행할 수 있는 상황이 되어 위탁자의 의사와 관계없이 부동산을 매각할 수 있는 권원이 생기는 것으로, 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 본 건의 경우는 신탁사가 법률상 주체가 되어 신탁된 부동산을 처분하게 되는 경우와 관련이 없다. (라) OOO 주상복합 신축사업 관련 신탁계약서 및 특약사항(수탁자들 중 C 주식회사 관련) 청구법인(위탁자, 甲), C 주식회사(수탁자, 乙), 시공사(J, 丙), 대출금융기관(K 등, 丁)이 계약당사자로서 ‘OOO 주상복합 신축사업’에 대해 관리형토지신탁계약을 체결한바, 다음과 같은 사항이 나타난다.
○ 신탁계약 특약사항 제2조(목적)에서“甲”은 사업부지의 제공, 사업비의 조달, 분양관련 일체 업무, 사업계획승인(건축허가 포함) 등 사업관련 전반 업무를 행하고, “乙”은 시행자로서 명의를 제공하고 기타 자금의 조달 등에 대해서는 일체의 책임을 지지 않는다고 확인되는바, 청구법인은 신탁사에게 신탁등기 업무, 신탁부동산 소유권 관리 등 제반 신탁사무를 위임한 것임을 알 수 있다.
○ 본 계약 제12조 ②항사업비용 일체의 조달책임은 위탁자가 부담하기로 한다및 특약 제6조(업무분담 및 신의성실) ⓛ항본 사업 시행과 관련한 일체의 업무를 “甲”의 책임과 비용으로 수행하여야 한다, ②항“甲”은 사업부지 소유권 확보, 제반 인·허가업무, 신탁사업과 관련하여 발생하는 제부담금 등의 부담, 사업비 조달업무 등을 수행한다고 하여 본 사업의 실질적인 주체가 청구법인임을 알 수 있다.
○ 특약 제5조(신탁보수) ①항에서“甲”이 “乙”에게 신탁보수로 총 OOO원을 지급한다고 하여 수탁자는 신탁사업과 관련한 보수만을 지급받으므로 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다.
○ 특약 제17조(신탁부동산의 분양(처분) 및 관리, 운용방법 관련)에서는 신탁부동산의 분양(처분)과 관련된 일체의 업무에 관해서는 “甲”의 책임으로 처리한다고 하여 신탁부동산 처분의 권한이 청구법인에게 있음을 명시하고 있다.
○ 특약 제31조(세무, 회계 등) ①항의 본 사업과 관련하여 발생되는 세무, 회계에 관한 사항은 “甲”이 책임지고 처리하도록 한다는 위탁자가 납세의무자라는 것을 알려주고 있다.
○ 특약 제33조(사업장 매각 및 처분대금 정산) ①항“甲”의 부도, 파산 등으로 본 사업의 정상적인 진행이 불가하다고 판단할 경우, “乙”은 “甲”의 동의 없이 단독으로 “본 사업장 전체”를 일괄 또는 분리매각 할 수 있다는 조항은 위탁자의 부도 발생 등으로 사업이 원활히 추진되지 못하는 경우 수탁자가 단독의사로 집행할 수 있는 상황이 되어 수탁자에게 위탁자의 의사와 관계없이 부동산을 매각할 수 있는 권원이 생긴다는 것이지, 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 본 건의 경우는 신탁사가 법률상 주체가 되어 신탁된 부동산을 처분하게 되는 경우와 관련이 없다. (마) 송도동 공동주택 신축사업 관련 신탁계약서 및 특약사항(수탁자들 중 D 주식회사 관련) 청구법인(위탁자, 甲), D 주식회사(수탁자, 乙), 시공사(L, 丙), 대출기관(G은행 등, 丁)이 계약당사자로서 ‘인천 연수구 송도동 OOO 일원 공동주택 신축사업’에 대해 관리형토지신탁계약을 체결한바, 다음과 같은 사항이 나타난다.
○ 특약사항 제1조(목적)에서“甲”은 사업부지 제공, 사업비 조달 등 사업관련 전반 업무를 행하며, “乙”은 수행상 필요한 자금의 조달 및 시공상의 하자, 분쟁 및 민원의 처리와 해결 등에 대해서는 일체의 책임을 지지 않는 관리형토지신탁사업의 구도를 상호 규정한다로 확인되는바, 청구법인은 신탁사에 신탁계약을 통해 신탁건물을 건축하고 임대·처분하는 등 관리·운영업무를 위임한 것임을 알 수 있다.
○ 특약 제4조(업무분담 및 신의성실) ①항“甲”은 특약사항에 따라 “乙”, “丙”에게 위임한 업무를 제외하고 본 사업 관련 일체 업무를 책임진다 및 ②항“甲”의 업무는 사업시행 관련 필요한 자금의 조달업무 등 각종 비용 부담, 제10조(사업비 등 자금의 조달) ①항사업비의 조달은 “甲”이 조달한다 등을 통해 실질적인 사업의 주체가 청구법인임을 알 수 있다.
○ 특약 제9조(신탁보수) ①항과 별지4에서와 같이“甲”이 “乙”에게 신탁보수로 총 OOO원을 지급한다는 조항은 수탁자는 사업의 신탁과 관련한 보수만을 지급받으므로 수수료만을 받는 대외적 사업주체에 불과함을 알 수 있다.
○ 특약 제24조(분양업무수행 등)의 ②항실질적인 분양업무는 “甲”의 책임과 비용부담 하에 수행한다, ⑧항분양계약서상 “甲”을 위탁자로 표기하여 날인한다 등을 통해 본 사업의 분양업무를 수행하는 주체는 “甲”임을 명확히 하고 있다.
○ 분양계약서상 청구법인을 위탁자로 표기하고 신탁사를 위임받은 수탁자로 표기하여 수분양자는 신탁계약에 따른 분양임에도 실질적인 거래의 당사자인 공급자가 청구법인임을 충분히 인지 할 수 있다.
○ 특약 제38조(세무, 회계 등) ①항에서 쟁점사업과 관련된 세무, 회계에 관한 사항은 “甲”이 부담하도록 한다조항이 확인되며, 위탁자가 납세의무자라는 것을 명시하고 있다.
○ 특약 제32조(위탁자의 부도, 파산등)의 ①항 및 제34조(사업장 매각 및 처분대금 정산)의 ①항“甲”의 정상적인 업무수행의 불가로 사업시행이 불가하다고 판단한 경우 “甲”의 권한은 이전된다는 조항을 통해 위탁자가 부도발생 등으로 사업을 원활히 추진하지 못하는 경우 수탁자가 단독의사로 집행할 수 있는 상황이 되어 위탁자의 의사와 관계없이 부동산을 매각할 수 있는 권원이 생기는 것으로, 정상적으로 사업이 진행되어 채무불이행으로 인한 환가사유가 발생하지 않은 본 건의 경우는 신탁사가 법률상 주체가 되어 신탁된 부동산을 처분하게 되는 경우와 관련이 없다.
(4) 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 통제·지배하고 있고, 경정청구 대상 기간인 2017년 제2기 예정 신고분은 기획재정부 질의회신 적용 대상(2017.9.1. 이후 공급분부터)에도 해당하지 않으므로 위탁자를 납세의무자로 봄이 타당하다. (가) 쟁점신탁계약은 관리형 토지신탁 계약으로, 신탁사는 사업의 대외적인 명의인일 뿐 위탁자가 사업비 조달, 분양 업무, 세금신고 등에 일체의 책임을 지고 실질적 통제권을 행사하고, 수탁자는 위탁자의 부도발생 등의 경우에만 제한적으로 위탁자의 의사와 무관하게 신탁재산을 처분할 수 있다. 따라서 수탁자는 위임받은 관리업무를 수행하는 소극적 역할에 그치고, 위탁자가 분양계약의 당사자이자 사업의 주체로 정상적으로 사업을 진행한 쟁점신탁계약의 경우까지 대법원 판례를 동일하게 적용함은 타당하지 않고, 부가가치세법에 따라 계약상 또는 법률상 원인에 의해 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 청구법인이 납세의무자로, 청구법인의 명의로 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 것은 적법한 것이며, 수분양자와 분양계약을 체결함에 있어서도 위탁자를 청구법인으로 기재하여 수분양자는 공급자가 누구인지 충분히 인식할 수 있으므로 공급가액의 산정 등에 있어 혼란이 발생한다고도 볼 수 없다. (나) 전합판결 이후 기획재정부는 신탁 유형에 관계 없이 신탁재산 처분 시 납세의무자는 수탁자라고 회신(기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.9.1.)하였으나 이는 2017.9.1.부터 2017.12.31.까지만 유효하고, 이후 세법 개정으로 부가가치세법제10조 제8항이 신설되어 2018.1.1. 이후 신탁부동산 처분 시 납세의무자를 일반적인 경우 위탁자로 규정하면서 수탁자가 위탁자의 채무불이행을 사유로 신탁재산을 처분하는 경우에만 납세의무자가 수탁자임을 명확히 하였으므로, 2017.9.1.부터 2017.12.31.까지의 기간을 제외하고는 일관되게 위탁자가 납세의무자에 해당한다.
(5) 그럼에도 불구하고 청구주장대로 납세의무자가 수탁자이므로 위탁자인 청구법인의 매출이 감해져야 한다면 위탁자가 공제받은 매입세액도 불공제되어야 하므로 정당한 과세표준과 세액이 다시 계산되어야 한다. 신탁재산 처분에 따른 매출이 위탁자의 매출이 아니라면 매출과 관련하여 공제받은 매입세액 역시 위탁자의 매입세액이 아닌 것으로 매입세액을 불공제하여 과세표준과 세액을 재계산하는 것은 당연하고, 경정청구 내용에 따라 납세의무자가 아닌 청구법인의 매출세액 OOO원을 감액할 경우 공사도급비용 등 기존에 공제받은 매입세액 OOO원이 부인되어 청구세액은 OOO원이 된다. 이는 신탁재산 처분 시 납세의무자를 신탁회사들(수탁자)로 본다면, 청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기는 어려워 매출세액 차감과 함께 매입세액도 부인한 청구법인의 동일쟁점 타 과세기간(2016년 2기 부가가치세 과세기간) 심판 결정(2022서7296, 2022.11.17., 부분인용)의 내용과 부합하고, 이어진 소송(행정2023구합55283, 2023.8.18., 국승)에서도 법원은 매입세액을 불공제한 처분은 적법한 것으로 판단하였다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014년∼2016년 기간 동안 OOO지구, OOO지구, OOO지구, OOO 역세권 및 인천광역시 송도 일대의 각 개발사업을 위하여 주식회사 M, A 주식회사, B 주식회사, C 주식회사 및 D 주식회사와 각각 위탁자를 청구법인으로, 수탁자를 신탁회사들로, 수익자를 금융기관으로 정한 ‘관리형 토지신탁 계약(쟁점신탁계약)’을 체결하였다. (나) ‘관리형 토지신탁’이란, 보통 위탁자가 사업비 조달을 부담하지만 사업부지의 소유권뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 모든 인허가 명의, 공사도급, 설계 및 감리계약 등 사업과 관련한 계약 명의를 수탁자(신탁회사)에게 이전하여 수탁자가 직접 사업주체의 지위에서 부동산 개발사업을 진행하고, 수탁자는 건축된 건물의 소유권을 보유하는 한편, 수분양자와 직접 분양계약을 체결하고 수분양자로부터 분양대금을 수령하며, 이를 재원으로 위탁자가 차입한 대출금을 상환하고 시공자에게 공사대금을 지급하는 등 자금을 관리하는 신탁방식을 말하는데, 쟁점신탁계약 역시 이와 유사한 내용을 담고 있다. (다) 종래 신탁과 관련하여서는 과세실무상 주로 실질을 고려하여 위탁자를 부가가치세의 납세의무자로 보면서도, 신탁의 종류에 따라 달리 보는 경우도 있었는바, 청구법인도 마찬가지로 자신을 납세의무자로 하여 아래 <표>와 같이 쟁점신탁계약 관련 매출세금계산서를 발급하고, 매출세액 및 관련 매입세액을 반영하여 2017년 제2기 부가가치세를 예정신고를 하였다. <표> 청구법인의 2017년 제2기 부가가치세 예정신고 내역 공급자 (위탁자) 공급 받는자 신탁회사 (수탁자) 사업명 공급가액(원) 세액(원) 청구 법인 수분 양자 A 주식회사 OOO 오피스텔 신축 OOO OOO N 주식회사 OOO공동주택 개발 OOO OOO C 주식회사 OOO 주상복합 신축 OOO OOO OOO 주상복합 신축 OOO OOO O 주식회사 OOO 공동주택 신축 OOO OOO 합 계 OOO OOO (라) 대법원이 2017.5.18. 전합판결로 ‘신탁재산 처분 시의 부가가치세 납세의무자는 수탁자’라고 그 입장을 변경하자, 청구법인은 종래 자신이 부담한 매출세액에 대하여 자신이 납세의무자가 아니라는 이유에서 그 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청이 이를 거부하자, 심판청구를 제기하였다. (마) 전합판결과 관련하여 기획재정부는 아래와 같이 ‘수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세 납세의무자는 수탁자’라고 질의회신(부가가치세과-447, 2017.9.1.)을 하면서 해당 질의회신은 질의회신일(2017.9.1.)부터 적용하도록 하였다. < 기획재정부 부가가치세과-447(2017.9.1.)의 주요 내용 >
□ 질문요지 (질의 1) 이 사건 대법원판결 이후 거래분에 대해 납세의무자를 종전대로 위탁자(또는 우선수익자)로 할 것인지, 아니면 수탁자인 신탁회사로 할 것인지 여부 (질의 2) 질의 1에서 판결일 이후 납세의무자를 수탁자인 신탁회사로 하는 경우 위탁자가 수탁자에게 세금계산서를 발급하여야 하는지 여부 (질의 3) 질의 1에서 납세의무자를 수탁자인 신탁회사로 하는 경우 모든 신탁(자익 및 타익신탁)에 대해 적용할 것인지 여부
□ 회신 1. 수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세법 제3조 에 따른 납세의무자는 수탁자이며, 이는 신탁 유형에 관계없이 적용하는 것임 2. 동 질의회신은 우리부의 질의회신일 이후 공급하는 분부터 적용하는 것임. 다만, 관련 이 사건 대법원판결(2017.5.18. 선고, 2012두22485)의 취지에 따라 판결일 이후부터 예규 회신일 전까지 수탁자가 해당 부가가치세의 납세의무자로서 부가가치세를 신고한 경우에는 수탁자를 납세의무자로 할 수 있음 (바) 한편, 전합판결 이후 부가가치세법령은 몇 차례 개정되었는데, 당초 이러한 경우에 대하여 위탁자가 부가가치세의 납세의무자임을 명확하게 하는 것으로 개정되었으나, 최근에는 그 입장을 변경(2022.1.1.부터 적용)하여 원칙적으로 수탁자를 납세의무자로 하되, 예외적으로 신탁재산 관련 재화ㆍ용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우나 위탁자가 실질적으로 신탁재산을 통제ㆍ지배하는 경우는 위탁자를 납세의무자로 하는 것으로 규정하면서, 특례로 일정한 경우에는 수탁자(위탁자)도 위탁자(수탁자)를 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있도록 개정되었다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 먼저 처분청은 쟁점신탁계약의 경우 실질적인 사업의 주체가 위탁자이므로 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보아야 한다는 의견이나, 부가가치세법은 재화나 용역의 공급이라는 거래 자체를 과세대상으로 삼고 있으므로 납세의무자 또한 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 재화나 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자’이어야 할 것인데, 신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음, 그 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약 당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점(조심 2017서1078, 2018.10.30. 조세심판관합동회의 등, 같은 뜻임), 기획재정부는 전합판결 취지에 따라 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였으나, 질의회신일을 기준으로 하여 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 위탁자인 청구법인을 부가가치세 납세의무자로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다만, 부가가치세법령에 의하면 매출세액에서 공제하는 매입세액은 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 말하는데, 앞서 본 바와 같이 신탁회사(수탁자)가 쟁점신탁계약상 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무의 귀속주체로서 계약의 당사자가 되어 신탁업무를 처리하였음을 전제로 부가가치세의 납세의무자를 신탁회사(수탁자)로 판단한 이상, 청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기는 어려우므로, 신탁재산 처분과 관련한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점신탁계약에 따른 신탁사업 관련 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 청구법인이 납세의무자가 아닌 것으로 보아 쟁점신탁계약 관련 매출세액을 감액하되, 이와 관련된 매입세액도 불공제하여 최종적으로 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이다(조심 2023중7014, 2023.9.4. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 일부개정된 것) 제3조 [납세의무자] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
제9조 [재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제38조 [공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
(3) 부가가치세법(2020.12.22. 법률 제17653호로 일부개정된 것) 제3조 [납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 “신탁재산”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 신탁법 제2조 에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 “수탁자”라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신탁법 제2조 에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 “위탁자”라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우
2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 제8조 [사업자등록] ⑥ 제3조 제2항에 따라 수탁자가 납세의무자가 되는 경우 수탁자(공동수탁자가 있는 경우 대표수탁자를 말한다)는 해당 신탁재산을 사업장으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 사업자등록을 신청하여야 한다. 제10조 [재화 공급의 특례] ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부 칙 제1조 [시행일] 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제36조 제1항ㆍ제4항, 제36조의2, 제46조 제1항ㆍ제3항, 제63조 제1항ㆍ제3항ㆍ제5항, 제65조, 제66조 제1항ㆍ제3항부터 제6항까지, 제67조 제2항ㆍ제3항, 제68조 제2항 및 제68조의2 제1항ㆍ제2항 제1호ㆍ제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제3조, 제3조의2, 제8조 제6항부터 제12항까지, 제10조 제8항, 제50조, 제52조의2 및 제58조의2의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. (4) 부가가치세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
11. 법 제3조 제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
12. 법 제3조 제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우 부 칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
2. 제5조의2, 제5조의3, 제8조 제7항, 제12조 제1항, 제13조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제2항, 제16조, 제21조의2 및 제75조 제11호ㆍ제12호의 개정규정: 2022년 1월 1일 제2조 [일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
(5) 신탁법(2014.1.7. 법률 제12193호로 일부개정된 것) 제2조 [신탁의 정의] 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률 관계를 말한다. 제31조 [수탁자의 권한] 수탁자는 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 신탁재산의 관리, 처분 등을 하고 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 모든 행위를 할 권한이 있다. 다만, 신탁행위로 이를 제한할 수 있다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.