벤처기업으로 확인받기 전에 출자한 쟁점주식이 조특법 제14조 제1항 제4호에 따른 과세특례 적용 대상인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.3.30. 및 2016.4.14. 데이터베이스 및 온라인 정보 제공업을 영위하는 주식회사 A(2015.11.9. 설립, 변경 전 상호: 주식회사 B, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 유상증자에 참여하여 신주 OOO주를 OOO원에 취득하였으며, 해당 주식은 2017년경 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)로 액면분할되었다.
• 나. 청구인은 2022년 4월경 쟁점주식 및 다른 주주로부터 취득한 쟁점법인 발행주식 OOO주(취득가액 OOO원) 합계 OOO주를 약 OOO원에 양도하고, 2022.8.23. 처분청에 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으나, 2023.5.4. 처분청에 그 중 쟁점주식의 양도는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제14조 제1항 제4호(이하 “쟁점규정”이라 한다) 및 같은 법 시행령 제13조 제1항 제1호의 벤처기업에의 출자에 대한 과세특례 적용 대상에 해당한다는 이유로 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2023.6.23. 쟁점법인은 청구인이 유상증자에 참여한 이후인 2016.5.12.에서야 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제25조에 따른 벤처기업확인을 받았으므로 쟁점규정에 따른 과세특례 적용 대상에 해당하지 아니한다는 이유로 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.9.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 ‘창업 후 5년 이내로 벤처기업의 실질을 갖춘’ 쟁점법인에 출자하여 쟁점주식을 취득하였으므로, 쟁점주식의 양도는 쟁점규정의 과세특례 적용 대상에 해당한다. (가) 쟁점법인은 청구인의 쟁점주식 취득 당시 벤처기업으로서의 실질을 갖추고 있었다. 1) 쟁점법인은 창업 당시 로보어드바이저서비스 관련 우수한 기술의 개발을 완료한 상태였고, 창업으로부터 불과 6개월 이내에 벤처기업 확인을 받았다. 2) 쟁점법인(구 B)은 “자산운용 인공지능 로보어드바이저(Robo Advisor)” 플랫폼 서비스를 제공하는 기업인데, 창업 당시 세계 3대 투자자로 꼽히는 A로부터 그 기술력을 인정받아 앤젤투자를 받았고, 그를 투자고문으로 선임하기까지 하였다. 3) 이러한 쟁점법인은 창업(2015.11.9.) 이전인 2015년 4월경부터 연구개발을 시작하여 2015년 9월경 자산배분 최적화 알고리즘 개발(1차)을 완료하였고, 2015년 8월경부터는 최적 자산군 및 자산 선별 알고리즘 개발을 시작하여 2016년 1월경부터는 펀드추천 및 배분 알고리즘 개발을 시작한 상태에 있었으며, 특히 쟁점법인은 창업 당시 이미 로보어드바이저 연구개발과 관련하여 투자 알고리즘을 만드는 전문인력 7명과 산업재산권(특허 2건, 프로그램 1건)도 보유하고 있었고, 2016년 1월경 초기버전의 시제품인 프로토(Proto) 서비스 개발도 완료한 상태에 있었다. 4) 나아가, 쟁점법인은 2016년 1월경 국내 3대 은행에 속하는 우리은행과 로보어드바이저 사업 MOU를 체결하고, 2016년 2월경 로보어드바이저 베타(Beta)서비스를 시작하였고, 2016년 3월경에는 기업은행과도 로보어드바이저 서비스공급계약을 체결하였다. 그에 따라 2016년 3월경 우리은행에서는 ‘로보어드알파’라는 로보어드바이저 서비스를 출시했고, 기업은행에서는 쟁점법인의 로보어드바이저 서비스 기술을 이용한 일임형 ISA 상품을 출시하였다. (나) 이처럼 쟁점법인은 이미 창업 전·후로 로보어드바이저 관련 우수한 기술의 개발을 완료하여 시중은행과 관련 서비스공급계약을 체결한 상태에 있는 등 “기술보증기금으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것”이라는 벤처기업(기술평가보증기업)의 요건(벤처기업법 제2조의2 제1항 제2호 다목)을 실질상 갖춘 상태에 있었고, 그에 따라 창업 후 불과 약 6개월 뒤인 2016.5.12. 기술보증기금으로부터 기술평가보증기업 유형의 벤처기업 확인을 받았다. (2) 청구인이 출자하여 쟁점주식을 취득한 시점 무렵에 쟁점법인은 이미 벤처기업의 요건을 갖추어서 벤처기업 확인 절차를 준비 중이었다. (가) ‘기술평가보증기업’의 경우, 기술보증기금이 벤처기업 확인기관으로서 서류검토 및 현장실사를 통하여 기술성, 사업계획 타당성 등을 평가하고 벤처확인위원회의 심의·의결을 거치는바, 청구인이 출자하여 쟁점주식을 취득한 시점(2016.3.30. 및 2016.4.20.)에 쟁점법인은 위와 같은 벤처기업 확인 절차 준비 중에 있었다. 즉, 쟁점법인은 청구인이 출자한 2016.4.20. 무렵에 벤처기업법 제2조의2 제1항 제1호 및 제2호 다목에 따른 요건을 갖춘 상태에서 이를 증명하는 필요서류를 제출하는 등 벤처기업 확인 절차를 준비 중에 있었다. 그 결과, 쟁점법인은 당시 기술보증기금으로부터 로보어드바이저 서비스 관련 ‘기술성’ 영역에서 매우 우수한 평가(기술성 영역의 총 배점 52점 중 41.2점 획득)를 받아서 2016.5.12. 기술보증기금으로부터 기술평가보증기업 유형의 벤처기업 확인을 받았다. (나) 결국, 쟁점주식 양도의 경우 쟁점규정의 적용 요건을 충족하는 것이고, 따라서 양도소득세 비과세 대상에 해당한다. (3) 쟁점법인에 대한 벤처기업 확인이 청구인의 출자로부터 불과 약 1개월 뒤인 2016.5.12.에 있었음을 이유로 쟁점규정의 적용 대상이 아니라 할 수 없다. (가) 조세심판원은 벤처기업 확인을 받았는지가 아니라 그 실체가 벤처기업인 상태였는지를 기준으로 조특법상 과세특례 적용 대상인지 여부를 판단한 바 있다. 조세심판원은 “청구법인은 벤처기업 확인이 취소된 것이 아니라 관리소홀로 그 확인(갱신)을 누락한 것으로 나타나고 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유만으로 창업중소기업 세액감면을 부인하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”고 결정하였다(조심 2018서2607, 2018.12.27.). 즉, 위 결정은 청구법인이 벤처기업 확인을 받은 상태였는지가 아니라 그 실체가 벤처기업인 상태였는지를 기준으로 하여, 벤처기업법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업의 요건을 갖추어 그 실체가 벤처기업인 상태였다면 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유로 창업중소기업 세액감면을 부인할 수 없다고 판단한 것이다. 위 결정의 취지에 비추어 보면, 쟁점법인도 청구인의 출자 당시 벤처기업(기술평가보증기업)의 요건을 갖추어 충분히 벤처기업 확인을 받을 수 있는 상태에 있었으므로, 쟁점주식의 양도는 조특법 제14조 제1항 제4호의 과세특례 적용 대상에 해당하는 것이고, 벤처기업 확인이 청구인의 출자로부터 불과 약 1개월 뒤인 2016.5.12.에 있었음을 이유로 해당 과세특례 적용 대상이 아니라 할 수 없다. (나) 대법원도 같은 취지에서 영농조합법인이 개정 규정에서 법인세 면제신청 시 제출하도록 정한 등록확인서를 제출하지 않았다고 하더라도 조특법상 과세특례의 적용을 거부할 수 없다고 판시하였다(대법원 2023.3.30. 선고 2019두55972 판결). 즉 대법원은 조특법 시행령 개정 전까지 법인세를 면제받아 왔던 영농조합법인이 개정 규정에서 법인세 면제신청 시 새로이 제출하도록 정한 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 않자 이를 이유로 해당 법인세 면제가 거부된 사안에서, “면제 신청 절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 이 사건 규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다”고 판시하였다. 이러한 대법원 판단에 비추어 보면, 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호 개정의 취지는 해당 과세특례를 적용받고자 하는 기업이 벤처기업법에서 정한 벤처기업의 요건을 갖추었는지를 확인하려는 데에 있는 것이지 과세특례 적용대상을 ‘ 벤처기업법 제25조 에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’으로만 제한하려는 데에 있는 것으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점법인이 벤처기업의 요건을 실질상 갖춘 상태에 있었으나, 단지 ‘벤처기업 확인’이 청구인의 출자로부터 불과 약 1개월 이후에 있었음을 이유로 조특법 제14조 제1항 제4호의 과세특례 대상이 아니라고 할 수 없다. (4) 만일 벤처기업 확인이 청구인의 출자로부터 불과 약 1개월 뒤에 있었음을 이유로 쟁점규정의 적용 대상이 아니라 한다면 이는 해당 과세특례 규정의 입법 취지에 반하는 것이다. (가) 쟁점규정은 개인이 벤처기업 등에게 출자하여 성장동력 확보에 기여할 경우 그 과정에서 발생하는 고위험에 대한 보상책으로 개인에게 세제혜택을 부여하는 것이고, 이러한 입법 취지에 비추어 보면, 벤처기업 확인 후에 하는 투자보다 더 큰 위험을 부담하는 벤처기업 확인 전에 하는 투자가 더욱 세제혜택의 대상이 되어야 한다. (나) 이러한 점에서도, 쟁점법인에 대한 벤처기업 확인이 청구인의 출자로부터 불과 약 1개월 뒤에 있었음을 이유로 쟁점규정의 적용 대상이 아니라고 할 수 없다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점규정의 문언해석상 출자 당시 이미 벤처기업의 확인을 받은 경우에만 과세특례가 적용된다고 해석하여야 한다. (가) 쟁점규정은 과세특례 대상을 ‘벤처기업에 출자’함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분이라고 규정하고 있으므로, 과세특례가 적용되는 출자의 대상을 문언상 벤처기업으로 명확히 규정하고 있다. 또한, 쟁점규정의 위임을 받은 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호에서 과세특례의 구체적 요건으로 ‘① 창업 후 5년 이내인 벤처기업 또는 ② 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’으로 규정하고 있는바, 쟁점규정과 마찬가지로 과세특례가 적용되는 출자의 대상을 그 문언상 ‘벤처기업’으로 명확히 재확인하고 있음을 알 수 있다. 한편, 벤처기업법 제1조 에 따르면, 해당 법률은 ‘㉮ 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 ㉯ 벤처기업의 창업을 촉진’하기 위한 목적이 있는바, 조특법에서 특례대상 출자기업인 ‘① 창업 후 5년 이내인 벤처기업과 ② 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’은 각각 벤처기업법이 목적으로 하는 ‘㉯ 벤처기업의 창업과 ㉮ 기존 기업의 벤처기업으로의 전환’에 대응함으로써 벤처기업법의 목적과 궤를 같이하고 있다. 결국 이 건 쟁점이 되는 ‘① 창업 후 5년 이내인 벤처기업’은 벤처기업법에 따른 ‘㉯ 벤처기업의 창업’과 대응함으로써 ‘벤처기업으로 창업한 후 5년 이내인 기업’의 의미로 이해하는 것이 법률간 조화로운 해석의 측면에서 보다 더 자연스럽다. (나) 그동안 국세청, 조세심판원 및 법원은 모두 출자 당시에 이미 벤처기업 확인을 받은 경우에만 쟁점규정 적용을 긍정하였다. 1) 국세청은 벤처기업으로 확인받기 전 설립된 법인에 출자하여 취득한 주식을 양도하는 경우에는 쟁점규정에 따른 과세특례를 적용받을 수 없다는 입장을 명확히 하였다(사전-2016-법령해석재산-0410, 2017.1.12.). 2) 조세심판원도 법인 설립 후 3년(현재 5년) 이내에 벤처기업법 제2조 제1항 의 규정에 따른 벤처기업으로 전환된 경우 벤처기업으로 전환되기 이전에 출자된 당해 법인의 주식 또는 출자지분은 쟁점규정에 해당되지 않는 것으로 결정하였다(조심 2009서2696, 2010.6.9.). 3) 법원도 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ‘벤처기업으로 창업한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미한다고 판시하였다(대법원 2015.1.15. 선고 2014두11250 판결, 대법원 2020.9.3. 선고 2020두38706 판결). (2) ‘출자일까지 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’을 명문화한 2022.2.15.자 조특법 시행령 개정사항은 개정 전에도 적용하던 내용을 명확히 한 것에 불과하다. (가) 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호가 2022.2.15. 개정되어 과세특례가 적용되는 출자대상 벤처기업이 ‘출자일까지 벤처기업법 제25조 에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’으로 보다 구체적으로 명시되었다. 이에 관하여 청구인은 위 개정된 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호는 개정 이후 출자분부터 적용되기 때문에 조특법 시행령이 개정되기 전에 청구인이 출자하여 취득한 쟁점주식은 쟁점법인이 출자일까지 벤처기업 확인을 받지 아니하여도 설립 후 5년 이내에 벤처기업으로 확인을 받기만 하면 특례가 적용될 수 있다는 주장으로 이해된다. 그러나 위와 같은 조특법 시행령의 개정은 특례 적용대상을 명확화하는 취지로 국세청 발간 ‘개정세법 해설책자’에서도 다른 개정사항과 달리 별도 적용시기를 명시하지 않았으며, 개정법령 부칙에 따르더라도 개정규정은 공포일부터 즉시 시행하고, 양도소득세에 관한 개정규정은 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용되므로 2022년 4월에 양도한 쟁점주식은 쟁점규정에 따른 특례대상이 아님이 명확하다. (나) 조특법에서는 벤처기업 확인 및 그 취소를 벤처기업에 관한 특례의 성립과 배제의 요건으로서 규율하고 있다. 청구인은 벤처기업으로서 요건을 갖추기만 하면 일응 벤처기업이 성립된 것으로 볼 수 있는 것으로 ‘벤처기업 확인’은 새로운 권리를 부여하는 것이 아니라 기존의 사실 또는 법률관계의 존부를 확인하는 행위에 불과하다는 주장이나, 조특법에서 벤처기업의 용어를 처음 정의한 제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 규정에 따르면, 해당 세액감면은 벤처기업 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 감면을 개시하고, 벤처기업 확인이 취소된 경우 그 취소일이 속하는 과세연도부터 감면 적용을 배제하는바, 즉, 조특법에서 ‘벤처기업의 확인 및 취소’는 청구주장대로 단순히 기존의 사실 또는 법률관계의 존부를 확인하는 행위 이상으로 벤처기업에 관한 특례적용이 개시되거나 종료되는 기준일로서 기능하고 있음을 알 수 있다. 더구나, 벤처기업에 관한 세제지원 요건을 판정하면서 국가가 법률에 따라 벤처기업의 요건을 심사하여 발급하는 확인서에 아무런 의미를 부여할 수 없다는 취지의 청구주장이야말로 자칫 관련 제도 자체를 형해화하는 지나친 자의적 해석에 불과하다. (3) 간접투자의 경우에도 벤처기업으로 확인받은 경우에 한해 특례가 적용되기는 쟁점규정과 마찬가지이다. (가) 청구인은 조특법 제14조 제1항 제2호 등에 의하면 벤처투자조합 등이 간접투자하는 경우에는 벤처기업 확인을 받았는지를 불문하고 과세특례대상이므로, 개인이 벤처기업에 직접투자하는 경우에도 동일하게 적용되어야 한다는 취지의 주장이나, 이는 쟁점규정의 경우 2022.2.15. 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호의 개정으로 과세특례가 적용되는 출자대상 벤처기업이 구체적으로 ‘출자일까지 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’으로 명확히 된 것에 비해 조특법 제14조 제1항 제2호 등 간접투자 규정에서는 이러한 개정이 없었던 것에 기인한 주장으로 이해된다. 그러나, 청구인이 예로 든 조특법 제14조 제1항 제2호 등의 규정은 ‘벤처기업에 출자’한 경우를 특례대상으로 규정함으로써 쟁점규정과 그 형식이 동일하고, 2022.2.15. 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호의 개정내용은 해석 등에 의해 이미 집행하고 있던 내용을 단지 명확화한 것에 불과하므로 간접투자 규정에서의 벤처기업도 ‘출자일까지 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’의 의미로 해석됨은 마찬가지이다. (나) 오히려 예를 들어 조특법 제14조 제1항 제2호는 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 특례대상으로 규정하고 있는데, 이때의 ‘창업기업’이란 조특법 제13조 제1항 제1호에 따르면 ‘중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 기업(법인과 개인사업자를 포함)’을 말하는바, 즉, 간접투자 규정에서는 청구인이 이 건에서 특례대상으로 주장하고 있는 ‘벤처기업 확인을 받지 않은 창업 초기의 기업’에 대하여도 특례대상으로 명시적으로 규정하고 있는 점과 대비되는 점을 감안할 때, 쟁점규정에 따른 직접투자의 경우에는 간접투자의 경우와 달리 이러한 창업 초기의 기업에 대한 출자를 특례대상에 포함하지 않는 입법의도가 있었음을 쉽게 유추할 수 있다.

벤처기업으로 확인받기 전에 출자한 쟁점주식이 조특법 제14조 제1항 제4호에 따른 과세특례 적용 대상인지 여부

(1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법 제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 소득세법제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3·제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분 (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 5년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 창업 후 5년 이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원 이하인 경우에는 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 출자한 것으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 5년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것(단서 생략) ＜부칙＞ 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 규정의 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용한다. (3) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등(이하 생략)
• 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.
• 다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2016.3.22. 법률 제14079호로 개정되기 전의 것) 제1조【목적】이 법은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데에 기여하는 것을 목적으로 한다. 제2조【정의】① “벤처기업”이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다. 제2조의2【벤처기업의 요건】① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

• 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 “투자금액의 합계”라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

(1) 중소기업창업 지원법제2조 제4호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)

(2) 중소기업창업 지원법제2조 제5호에 따른 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)

(3) 여신전문금융업법제2조 제14호에 따른 신기술사업금융업을 영위하는 자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)

(4) 여신전문금융업법제41조 제3항에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)

(5) 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합

(6) 제4조의8에 따른 전담회사

(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 금융기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

• 나. 기업(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 대통령령으로 정하는 기관으로부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업
• 다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는 (3)의 요건만 적용한다]

(1) 기술보증기금법에 따른 기술보증기금(이하 “기술보증기금”이라 한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나, 중소기업진흥에 관한 법률제68조에 따른 중소기업진흥공단(이하 “중소기업진흥공단”이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

② 제1항 제2호 나목 및 다목 (3)에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제25조【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

(5) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2016.5.31. 대통령령 제27205호로 개정되기 전의 것) 제2조의3【벤처기업의 요건 등】⑪ 법 제2조의2 제1항 제2호 다목 (3)에 따른 기술성 평가기준은 기술의 우수성, 기술의 활용도 등으로 하되, 구체적인 평가기준과 평가방법은 중소기업청장이 정하여 고시한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 2016.5.12. 기술보증기금으로부터 벤처기업법 제25조 에 따른 벤처기업 확인(인증)을 받은 사실이 ‘벤처기업확인서’에 나타난다. (나) 청구인은 2016.10.31.부터 벤처기업법 제2조의2 제1항 제2호 가목 (8)에 의한 전문엔젤투자자의 기준을 충족함을 확인받은 자로, 쟁점법인 설립 다음 해인 2016.3.30. 및 2016.4.20. 아래 <표>와 같이 쟁점법인 발행주식 OOO주를 인수한 후 2017년 액면분할되어 쟁점주식인 OOO주를 보유하게 되었고, 2017년 및 2019년 다른 주주로부터 쟁점법인 발행주식 OOO주를 추가로 취득하였다. <표> 청구인의 쟁점법인 발행주식 취득 내역 (단위: 원, 주) 구분 계약일(주금납입일) 취득가액 주식수 비고 신주 인수 2016.3.26.(2016.3.30.) OOO OOO 신주 인수 2016.4.14.(2016.4.20.) OOO OOO 소계 OOO OOO 2017년 액면분할로 주식수 증가(OOO주) 구주 인수 2017.8.28.(2017.8.28.) OOO OOO 구주 인수 2019.7.1.(2019.7.2.) OOO OOO 소계 OOO OOO (다) 청구인은 2022.4.6. 및 2022.4.20. 주식회사 C 등에게 쟁점주식을 포함한 쟁점법인의 발행주식 합계 OOO주를 OOO원에 양도하고, 2022.8.23. 처분청에 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2023.5.4. 처분청에 이 건 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2023.6.23. 아래와 같은 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

□ 처리결과: 기각(거부) - 처리 사유: 쟁점규정에 따른 과세특례는 출자일까지 벤처기업 확인을 받은 벤처기업에 출자하는 경우에 적용받는 것으로, 출자 당시에 벤처기업 확인을 받지 않은 청구인의 사례는 해당 과세특례 대상에 해당하지 않음 (라) 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 조특법 시행령 제13조 제1항 제1호의 개정 내용은 다음과 같다. ＜기획재정부 발간 ‘2021년 간추린 개정세법’＞ 11. 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례를 적용받는 벤처기업 명확화(조특령 §13①) 【개정 내용】

종전 개정

□ 벤처기업 등 출자에 대한 과세특례 * 직·간접으로 벤처기업 등에 출자 후 벤처기업 주식 양도시 양도세 비과세

○ (특례대상) 창업 후 5년 이내 벤처기업

• 벤처기업: 벤처기업법(§2①)상 벤처기업

□ 벤처기업 명확화

○ (좌동)

• 벤처기업법에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업 벤처기업협회가 벤처기업임을 확인 【개정이유】

□ 특례 적용대상 명확화 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 ‘창업 후 5년 이내로 벤처기업의 실질을 갖춘’ 쟁점법인에 출자하여 쟁점주식을 취득하였으므로, 쟁점주식의 양도는 쟁점규정의 과세특례 적용 대상에 해당한다고 주장하나, 조특법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제14조 제1항 제4호는 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분’의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세의 과세대상에서 제외하는 과세특례를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 조특법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제13조 제1항 제1호는 ‘ 벤처기업법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업’에 대하여 적용하되 부칙 제2조 제3항에서 시행령 시행일 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하였으므로 2022년 4월에 양도된 쟁점주식은 쟁점규정에 따른 특례대상에 해당하지 아니한다 할 것인바 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.